data_7LG5 # _model_server_result.job_id kP6PJ0cwBizpaUHG4ZeU1w _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 07:46:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7lg5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":903}' # _entry.id 7LG5 # _exptl.entry_id 7LG5 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 V N N ? 3 W N N ? 3 X N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 431 A ASP 431 1_555 I MG MG . A MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 450 A GLU 450 1_555 I MG MG . A MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 500 A THR 500 1_555 G MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 522 A THR 522 1_555 G MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 558 A GLU 558 1_555 G MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 558 A GLU 558 1_555 G MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc7 E O1G ATP . A ATP 901 1_555 G MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc8 E O1B ATP . A ATP 901 1_555 G MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc9 E O3G ATP . A ATP 901 1_555 H MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc10 F O1G ATP . A ATP 902 1_555 I MG MG . A MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 431 B ASP 431 1_555 N MG MG . B MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc12 B OE1 GLU 450 B GLU 450 1_555 N MG MG . B MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? metalc ? metalc13 B OG1 THR 500 B THR 500 1_555 L MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? metalc ? metalc14 B OG1 THR 522 B THR 522 1_555 L MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? metalc ? metalc15 B OE1 GLU 558 B GLU 558 1_555 L MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? metalc ? metalc16 B OE2 GLU 558 B GLU 558 1_555 L MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc17 J O1G ATP . B ATP 901 1_555 L MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc18 J O1B ATP . B ATP 901 1_555 L MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc19 J O3G ATP . B ATP 901 1_555 M MG MG . B MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc20 K O1G ATP . B ATP 902 1_555 N MG MG . B MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc21 C OD2 ASP 431 C ASP 431 1_555 S MG MG . C MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc22 C OE1 GLU 450 C GLU 450 1_555 S MG MG . C MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc23 C OG1 THR 500 C THR 500 1_555 Q MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? metalc ? metalc24 C OG1 THR 522 C THR 522 1_555 Q MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? metalc ? metalc25 C OE1 GLU 558 C GLU 558 1_555 Q MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? metalc ? metalc26 C OE2 GLU 558 C GLU 558 1_555 Q MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? metalc ? metalc27 O O1G ATP . C ATP 901 1_555 Q MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? metalc ? metalc28 O O1B ATP . C ATP 901 1_555 Q MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc29 O O3G ATP . C ATP 901 1_555 R MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc30 P O1G ATP . C ATP 902 1_555 S MG MG . C MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc31 D OD2 ASP 431 D ASP 431 1_555 X MG MG . D MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc32 D OE1 GLU 450 D GLU 450 1_555 X MG MG . D MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc33 D OG1 THR 500 D THR 500 1_555 V MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc34 D OG1 THR 522 D THR 522 1_555 V MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? metalc ? metalc35 D OE1 GLU 558 D GLU 558 1_555 V MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? metalc ? metalc36 D OE2 GLU 558 D GLU 558 1_555 V MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.945 ? metalc ? metalc37 T O1G ATP . D ATP 901 1_555 V MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc38 T O1B ATP . D ATP 901 1_555 V MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc39 T O3G ATP . D ATP 901 1_555 W MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc40 U O1G ATP . D ATP 902 1_555 X MG MG . D MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7LG5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 ATP A 1 901 901 ATP ATP . F 2 ATP A 1 902 1001 ATP ATP . G 3 MG A 1 903 1103 MG MG . H 3 MG A 1 904 1104 MG MG . I 3 MG A 1 905 2101 MG MG . J 2 ATP B 1 901 901 ATP ATP . K 2 ATP B 1 902 1001 ATP ATP . L 3 MG B 1 903 1103 MG MG . M 3 MG B 1 904 1104 MG MG . N 3 MG B 1 905 2101 MG MG . O 2 ATP C 1 901 901 ATP ATP . P 2 ATP C 1 902 1001 ATP ATP . Q 3 MG C 1 903 1103 MG MG . R 3 MG C 1 904 1104 MG MG . S 3 MG C 1 905 2101 MG MG . T 2 ATP D 1 901 901 ATP ATP . U 2 ATP D 1 902 1001 ATP ATP . V 3 MG D 1 903 1103 MG MG . W 3 MG D 1 904 1104 MG MG . X 3 MG D 1 905 2101 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 157.214 _atom_site.Cartn_y 144.623 _atom_site.Cartn_z 200.647 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 30 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 903 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 345 _model_server_stats.query_time_ms 282 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #