data_7LU5
#
_model_server_result.job_id            hTewzr3teD9n57W6muIazg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-17 01:46:32' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7lu5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"NA","auth_seq_id":701}' 
#
_entry.id    7LU5 
#
_exptl.entry_id    7LU5 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    32 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          114.72 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7LU5 
_cell.length_a            83.73 
_cell.length_b            573.482 
_cell.length_c            100.501 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7LU5 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,Q,R,S,T,U,V,W,X 1 1 
E,F,G,H,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 2 1 
I,J,K,L,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA 3 1 
M,N,O,P,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
? 2 Y N N 
? 2 Z N N 
? 2 AA N N 
? 2 BA N N 
? 2 CA N N 
? 2 DA N N 
? 2 EA N N 
? 2 FA N N 
? 2 GA N N 
? 2 HA N N 
? 2 IA N N 
? 2 JA N N 
? 2 KA N N 
? 2 LA N N 
? 2 MA N N 
? 2 NA N N 
? 2 OA N N 
? 2 PA N N 
? 2 QA N N 
? 2 RA N N 
? 2 SA N N 
? 2 TA N N 
? 2 UA N N 
? 2 VA N N 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                DGT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DGT sing 83 n n 
PG O2G DGT sing 84 n n 
O1G HO1G DGT sing 85 n n 
O2G HO2G DGT sing 86 n n 
O3G PG DGT doub 87 n n 
O3B PG DGT sing 88 n n 
PB O3B DGT sing 89 n n 
PB O1B DGT sing 90 n n 
PB O3A DGT sing 91 n n 
O1B HO1B DGT sing 92 n n 
O2B PB DGT doub 93 n n 
PA O3A DGT sing 94 n n 
PA O1A DGT sing 95 n n 
O1A HO1A DGT sing 96 n n 
O2A PA DGT doub 97 n n 
O5' PA DGT sing 98 n n 
O5' C5' DGT sing 99 n n 
C5' H5' DGT sing 100 n n 
C5' "H5'A" DGT sing 101 n n 
C4' C5' DGT sing 102 n n 
C4' H4' DGT sing 103 n n 
O4' C4' DGT sing 104 n n 
C3' C4' DGT sing 105 n n 
C3' O3' DGT sing 106 n n 
C3' H3' DGT sing 107 n n 
O3' HO3' DGT sing 108 n n 
C2' C3' DGT sing 109 n n 
C2' C1' DGT sing 110 n n 
C2' H2' DGT sing 111 n n 
C2' "H2'A" DGT sing 112 n n 
C1' O4' DGT sing 113 n n 
C1' H1' DGT sing 114 n n 
N9 C1' DGT sing 115 n n 
N9 C4 DGT sing 116 n y 
C8 N9 DGT sing 117 n y 
C8 H8 DGT sing 118 n n 
N7 C8 DGT doub 119 n y 
N7 C5 DGT sing 120 n y 
C5 C6 DGT sing 121 n n 
C5 C4 DGT doub 122 n y 
C6 N1 DGT sing 123 n n 
O6 C6 DGT doub 124 n n 
N1 C2 DGT sing 125 n n 
C2 N3 DGT doub 126 n n 
C2 N2 DGT sing 127 n n 
N2 HN2 DGT sing 128 n n 
N2 HN2A DGT sing 129 n n 
C4 N3 DGT sing 130 n n 
N1 H16 DGT sing 131 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7LU5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011943 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005498 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.001744 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010954 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
Q 2 DGT A 1 701 4 DGT DGT . 
R 2 DGT A 1 702 5 DGT DGT . 
S 2 DGT A 1 703 8 DGT DGT . 
T 2 DGT B 1 701 2 DGT DGT . 
U 2 DGT B 1 702 3 DGT DGT . 
V 2 DGT C 1 701 6 DGT DGT . 
W 2 DGT C 1 702 7 DGT DGT . 
X 2 DGT D 1 701 1 DGT DGT . 
Y 2 DGT E 1 701 12 DGT DGT . 
Z 2 DGT E 1 702 13 DGT DGT . 
AA 2 DGT E 1 703 16 DGT DGT . 
BA 2 DGT F 1 701 11 DGT DGT . 
CA 2 DGT F 1 702 14 DGT DGT . 
DA 2 DGT G 1 701 10 DGT DGT . 
EA 2 DGT G 1 702 15 DGT DGT . 
FA 2 DGT H 1 701 9 DGT DGT . 
GA 2 DGT I 1 701 20 DGT DGT . 
HA 2 DGT I 1 702 21 DGT DGT . 
IA 2 DGT J 1 701 17 DGT DGT . 
JA 2 DGT J 1 702 18 DGT DGT . 
KA 2 DGT J 1 703 19 DGT DGT . 
LA 2 DGT K 1 701 22 DGT DGT . 
MA 2 DGT K 1 702 23 DGT DGT . 
NA 2 DGT L 1 701 24 DGT DGT . 
OA 2 DGT M 1 701 28 DGT DGT . 
PA 2 DGT M 1 702 29 DGT DGT . 
QA 2 DGT N 1 701 27 DGT DGT . 
RA 2 DGT O 1 701 26 DGT DGT . 
SA 2 DGT O 1 702 30 DGT DGT . 
TA 2 DGT O 1 703 31 DGT DGT . 
UA 2 DGT P 1 701 25 DGT DGT . 
VA 2 DGT P 1 702 32 DGT DGT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG DGT . . . NA 2 15.063 -122.643 3.41 1 175.6 ? PG DGT 701 L 1 
HETATM 2 O O1G DGT . . . NA 2 16.391 -123.165 2.952 1 150.52 ? O1G DGT 701 L 1 
HETATM 3 O O2G DGT . . . NA 2 14.089 -122.433 2.277 1 179.03 -1 O2G DGT 701 L 1 
HETATM 4 O O3G DGT . . . NA 2 15.181 -121.447 4.308 1 162.3 ? O3G DGT 701 L 1 
HETATM 5 O O3B DGT . . . NA 2 14.459 -123.814 4.311 1 165.78 ? O3B DGT 701 L 1 
HETATM 6 P PB DGT . . . NA 2 14.387 -125.378 4 1 181.17 ? PB DGT 701 L 1 
HETATM 7 O O1B DGT . . . NA 2 14.628 -125.585 2.543 1 174.43 -1 O1B DGT 701 L 1 
HETATM 8 O O2B DGT . . . NA 2 13.138 -125.905 4.618 1 175.09 ? O2B DGT 701 L 1 
HETATM 9 O O3A DGT . . . NA 2 15.649 -125.952 4.8 1 183.08 ? O3A DGT 701 L 1 
HETATM 10 P PA DGT . . . NA 2 17.016 -125.374 5.401 1 190.28 ? PA DGT 701 L 1 
HETATM 11 O O1A DGT . . . NA 2 18.095 -125.53 4.384 1 139.49 -1 O1A DGT 701 L 1 
HETATM 12 O O2A DGT . . . NA 2 16.761 -124.029 5.989 1 175.23 ? O2A DGT 701 L 1 
HETATM 13 O O5' DGT . . . NA 2 17.262 -126.402 6.601 1 192.94 ? O5' DGT 701 L 1 
HETATM 14 C C5' DGT . . . NA 2 17.953 -127.652 6.416 1 182.21 ? C5' DGT 701 L 1 
HETATM 15 C C4' DGT . . . NA 2 18.872 -127.843 7.595 1 194.31 ? C4' DGT 701 L 1 
HETATM 16 O O4' DGT . . . NA 2 20.039 -128.584 7.181 1 201.43 ? O4' DGT 701 L 1 
HETATM 17 C C3' DGT . . . NA 2 19.386 -126.534 8.181 1 192.36 ? C3' DGT 701 L 1 
HETATM 18 O O3' DGT . . . NA 2 19.639 -126.68 9.571 1 192.41 ? O3' DGT 701 L 1 
HETATM 19 C C2' DGT . . . NA 2 20.684 -126.332 7.413 1 194.85 ? C2' DGT 701 L 1 
HETATM 20 C C1' DGT . . . NA 2 21.195 -127.757 7.294 1 196.98 ? C1' DGT 701 L 1 
HETATM 21 N N9 DGT . . . NA 2 22.064 -127.968 6.137 1 216.6 ? N9 DGT 701 L 1 
HETATM 22 C C8 DGT . . . NA 2 23.436 -127.968 6.159 1 212.1 ? C8 DGT 701 L 1 
HETATM 23 N N7 DGT . . . NA 2 23.975 -128.153 4.98 1 218.99 ? N7 DGT 701 L 1 
HETATM 24 C C5 DGT . . . NA 2 22.889 -128.283 4.126 1 248.16 ? C5 DGT 701 L 1 
HETATM 25 C C6 DGT . . . NA 2 22.854 -128.505 2.727 1 256.49 ? C6 DGT 701 L 1 
HETATM 26 O O6 DGT . . . NA 2 23.806 -128.625 1.948 1 254.31 ? O6 DGT 701 L 1 
HETATM 27 N N1 DGT . . . NA 2 21.547 -128.579 2.252 1 250.03 ? N1 DGT 701 L 1 
HETATM 28 C C2 DGT . . . NA 2 20.42 -128.447 3.023 1 241.01 ? C2 DGT 701 L 1 
HETATM 29 N N2 DGT . . . NA 2 19.244 -128.542 2.394 1 249.07 ? N2 DGT 701 L 1 
HETATM 30 N N3 DGT . . . NA 2 20.446 -128.237 4.336 1 242.5 ? N3 DGT 701 L 1 
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