data_7LU5
#
_model_server_result.job_id            rGeo1zbpdZpqm23Dn9aYwQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-17 02:06:08' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7lu5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"OA","auth_seq_id":701}' 
#
_entry.id    7LU5 
#
_exptl.entry_id    7LU5 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    32 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          114.72 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7LU5 
_cell.length_a            83.73 
_cell.length_b            573.482 
_cell.length_c            100.501 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7LU5 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,Q,R,S,T,U,V,W,X 1 1 
E,F,G,H,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 2 1 
I,J,K,L,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA 3 1 
M,N,O,P,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
? 2 Y N N 
? 2 Z N N 
? 2 AA N N 
? 2 BA N N 
? 2 CA N N 
? 2 DA N N 
? 2 EA N N 
? 2 FA N N 
? 2 GA N N 
? 2 HA N N 
? 2 IA N N 
? 2 JA N N 
? 2 KA N N 
? 2 LA N N 
? 2 MA N N 
? 2 NA N N 
? 2 OA N N 
? 2 PA N N 
? 2 QA N N 
? 2 RA N N 
? 2 SA N N 
? 2 TA N N 
? 2 UA N N 
? 2 VA N N 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                DGT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DGT sing 83 n n 
PG O2G DGT sing 84 n n 
O1G HO1G DGT sing 85 n n 
O2G HO2G DGT sing 86 n n 
O3G PG DGT doub 87 n n 
O3B PG DGT sing 88 n n 
PB O3B DGT sing 89 n n 
PB O1B DGT sing 90 n n 
PB O3A DGT sing 91 n n 
O1B HO1B DGT sing 92 n n 
O2B PB DGT doub 93 n n 
PA O3A DGT sing 94 n n 
PA O1A DGT sing 95 n n 
O1A HO1A DGT sing 96 n n 
O2A PA DGT doub 97 n n 
O5' PA DGT sing 98 n n 
O5' C5' DGT sing 99 n n 
C5' H5' DGT sing 100 n n 
C5' "H5'A" DGT sing 101 n n 
C4' C5' DGT sing 102 n n 
C4' H4' DGT sing 103 n n 
O4' C4' DGT sing 104 n n 
C3' C4' DGT sing 105 n n 
C3' O3' DGT sing 106 n n 
C3' H3' DGT sing 107 n n 
O3' HO3' DGT sing 108 n n 
C2' C3' DGT sing 109 n n 
C2' C1' DGT sing 110 n n 
C2' H2' DGT sing 111 n n 
C2' "H2'A" DGT sing 112 n n 
C1' O4' DGT sing 113 n n 
C1' H1' DGT sing 114 n n 
N9 C1' DGT sing 115 n n 
N9 C4 DGT sing 116 n y 
C8 N9 DGT sing 117 n y 
C8 H8 DGT sing 118 n n 
N7 C8 DGT doub 119 n y 
N7 C5 DGT sing 120 n y 
C5 C6 DGT sing 121 n n 
C5 C4 DGT doub 122 n y 
C6 N1 DGT sing 123 n n 
O6 C6 DGT doub 124 n n 
N1 C2 DGT sing 125 n n 
C2 N3 DGT doub 126 n n 
C2 N2 DGT sing 127 n n 
N2 HN2 DGT sing 128 n n 
N2 HN2A DGT sing 129 n n 
C4 N3 DGT sing 130 n n 
N1 H16 DGT sing 131 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7LU5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011943 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005498 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.001744 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010954 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
Q 2 DGT A 1 701 4 DGT DGT . 
R 2 DGT A 1 702 5 DGT DGT . 
S 2 DGT A 1 703 8 DGT DGT . 
T 2 DGT B 1 701 2 DGT DGT . 
U 2 DGT B 1 702 3 DGT DGT . 
V 2 DGT C 1 701 6 DGT DGT . 
W 2 DGT C 1 702 7 DGT DGT . 
X 2 DGT D 1 701 1 DGT DGT . 
Y 2 DGT E 1 701 12 DGT DGT . 
Z 2 DGT E 1 702 13 DGT DGT . 
AA 2 DGT E 1 703 16 DGT DGT . 
BA 2 DGT F 1 701 11 DGT DGT . 
CA 2 DGT F 1 702 14 DGT DGT . 
DA 2 DGT G 1 701 10 DGT DGT . 
EA 2 DGT G 1 702 15 DGT DGT . 
FA 2 DGT H 1 701 9 DGT DGT . 
GA 2 DGT I 1 701 20 DGT DGT . 
HA 2 DGT I 1 702 21 DGT DGT . 
IA 2 DGT J 1 701 17 DGT DGT . 
JA 2 DGT J 1 702 18 DGT DGT . 
KA 2 DGT J 1 703 19 DGT DGT . 
LA 2 DGT K 1 701 22 DGT DGT . 
MA 2 DGT K 1 702 23 DGT DGT . 
NA 2 DGT L 1 701 24 DGT DGT . 
OA 2 DGT M 1 701 28 DGT DGT . 
PA 2 DGT M 1 702 29 DGT DGT . 
QA 2 DGT N 1 701 27 DGT DGT . 
RA 2 DGT O 1 701 26 DGT DGT . 
SA 2 DGT O 1 702 30 DGT DGT . 
TA 2 DGT O 1 703 31 DGT DGT . 
UA 2 DGT P 1 701 25 DGT DGT . 
VA 2 DGT P 1 702 32 DGT DGT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG DGT . . . OA 2 28.503 -76.009 -29.223 1 210.26 ? PG DGT 701 M 1 
HETATM 2 O O1G DGT . . . OA 2 29.716 -75.704 -30.072 1 184.22 ? O1G DGT 701 M 1 
HETATM 3 O O2G DGT . . . OA 2 27.424 -76.729 -29.989 1 234.31 -1 O2G DGT 701 M 1 
HETATM 4 O O3G DGT . . . OA 2 28.838 -76.714 -27.929 1 146.9 ? O3G DGT 701 M 1 
HETATM 5 O O3B DGT . . . OA 2 27.873 -74.571 -28.817 1 195.81 ? O3B DGT 701 M 1 
HETATM 6 P PB DGT . . . OA 2 28.358 -73.636 -27.617 1 178.67 ? PB DGT 701 M 1 
HETATM 7 O O1B DGT . . . OA 2 29.829 -73.428 -27.73 1 174.55 -1 O1B DGT 701 M 1 
HETATM 8 O O2B DGT . . . OA 2 27.764 -74.159 -26.343 1 172.66 ? O2B DGT 701 M 1 
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