data_7LXL
#
_model_server_result.job_id            ajLIZ1dh5RBCblHboLWV0g 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-14 19:33:52' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7lxl 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":602}' 
#
_entry.id    7LXL 
#
_exptl.entry_id    7LXL 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              628.923 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            17alpha-hydroxy-7alpha-[(2Z)-4-(17beta-hydroxy-3-oxo-8alpha-androst-4-en-7beta-yl)but-2-en-1-yl]-8alpha,10alpha,13alpha,14beta-androst-4-en-3-one 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7LXL 
_cell.length_a            77.869 
_cell.length_b            101.67 
_cell.length_c            127.7 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7LXL 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        23 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 2 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_545 -x,-y-1,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 -101.67 0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      3 
_struct_asym.id                             C 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
_struct_conn.conn_type_id                   metalc 
_struct_conn.details                        ? 
_struct_conn.id                             metalc1 
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id            A 
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id            SG 
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id            CYS 
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id             421 
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id             A 
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id             CYS 
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id              442 
_struct_conn.ptnr1_symmetry                 1_555 
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id            B 
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id            FE 
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id            HEM 
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id             . 
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id             A 
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id             HEM 
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id              601 
_struct_conn.ptnr2_symmetry                 1_555 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id    ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id        ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id       ? 
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id        ? 
_struct_conn.pdbx_PDB_id                    ? 
_struct_conn.pdbx_dist_value                2.404 
_struct_conn.pdbx_value_order               ? 
#
_chem_comp.formula           'C42 H60 O4' 
_chem_comp.formula_weight    628.923 
_chem_comp.id                YNV 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              17alpha-hydroxy-7alpha-[(2Z)-4-(17beta-hydroxy-3-oxo-8alpha-androst-4-en-7beta-yl)but-2-en-1-yl]-8alpha,10alpha,13alpha,14beta-androst-4-en-3-one 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C16 C17 YNV sing 456 n n 
C16 C15 YNV sing 457 n n 
O18 C17 YNV doub 458 n n 
C17 C19 YNV sing 459 n n 
C46 C36 YNV sing 460 n n 
C15 C36 YNV sing 461 n n 
C36 C20 YNV sing 462 n n 
C36 C24 YNV sing 463 n n 
O33 C32 YNV sing 464 n n 
C19 C20 YNV doub 465 n n 
C37 C24 YNV sing 466 n n 
C37 C38 YNV sing 467 n n 
C20 C21 YNV sing 468 n n 
C32 C28 YNV sing 469 n n 
C32 C31 YNV sing 470 n n 
C24 C23 YNV sing 471 n n 
C45 C39 YNV sing 472 n n 
C27 C28 YNV sing 473 n n 
C27 C26 YNV sing 474 n n 
C38 C39 YNV sing 475 n n 
C28 C34 YNV sing 476 n n 
C28 C29 YNV sing 477 n n 
C31 C30 YNV sing 478 n n 
C21 C22 YNV sing 479 n n 
C23 C22 YNV sing 480 n n 
C23 C40 YNV sing 481 n n 
C39 C40 YNV sing 482 n n 
C39 C43 YNV sing 483 n n 
C26 C14 YNV sing 484 n n 
C22 C04 YNV sing 485 n n 
O44 C43 YNV sing 486 n n 
C29 C30 YNV sing 487 n n 
C29 C13 YNV sing 488 n n 
C40 C41 YNV sing 489 n n 
C43 C42 YNV sing 490 n n 
C04 C03 YNV sing 491 n n 
C14 C13 YNV sing 492 n n 
C14 C25 YNV sing 493 n n 
C03 C02 YNV doub 494 z n 
C41 C42 YNV sing 495 n n 
C13 C12 YNV sing 496 n n 
C05 C25 YNV sing 497 n n 
C05 C06 YNV sing 498 n n 
C02 C01 YNV sing 499 n n 
C25 C35 YNV sing 500 n n 
C25 C10 YNV sing 501 n n 
C06 C07 YNV sing 502 n n 
C01 C12 YNV sing 503 n n 
C12 C11 YNV sing 504 n n 
C10 C11 YNV sing 505 n n 
C10 C09 YNV doub 506 n n 
C07 O08 YNV doub 507 n n 
C07 C09 YNV sing 508 n n 
C13 H2 YNV sing 509 n n 
C23 H3 YNV sing 510 n n 
C27 H4 YNV sing 511 n n 
C27 H5 YNV sing 512 n n 
C30 H6 YNV sing 513 n n 
C30 H7 YNV sing 514 n n 
C40 H8 YNV sing 515 n n 
C42 H9 YNV sing 516 n n 
C42 H10 YNV sing 517 n n 
C45 H11 YNV sing 518 n n 
C45 H12 YNV sing 519 n n 
C45 H13 YNV sing 520 n n 
C01 H14 YNV sing 521 n n 
C01 H15 YNV sing 522 n n 
C02 H16 YNV sing 523 n n 
C03 H17 YNV sing 524 n n 
C04 H18 YNV sing 525 n n 
C04 H19 YNV sing 526 n n 
C05 H20 YNV sing 527 n n 
C05 H21 YNV sing 528 n n 
C06 H22 YNV sing 529 n n 
C06 H23 YNV sing 530 n n 
C09 H24 YNV sing 531 n n 
C11 H26 YNV sing 532 n n 
C11 H27 YNV sing 533 n n 
C12 H28 YNV sing 534 n n 
C14 H29 YNV sing 535 n n 
C15 H30 YNV sing 536 n n 
C15 H31 YNV sing 537 n n 
C16 H32 YNV sing 538 n n 
C16 H33 YNV sing 539 n n 
C19 H34 YNV sing 540 n n 
C21 H35 YNV sing 541 n n 
C21 H36 YNV sing 542 n n 
C22 H37 YNV sing 543 n n 
C24 H38 YNV sing 544 n n 
C26 H39 YNV sing 545 n n 
C26 H40 YNV sing 546 n n 
C29 H41 YNV sing 547 n n 
C31 H42 YNV sing 548 n n 
C31 H43 YNV sing 549 n n 
C32 H44 YNV sing 550 n n 
C34 H45 YNV sing 551 n n 
C34 H46 YNV sing 552 n n 
C34 H47 YNV sing 553 n n 
C35 H48 YNV sing 554 n n 
C35 H49 YNV sing 555 n n 
C35 H50 YNV sing 556 n n 
C37 H51 YNV sing 557 n n 
C37 H52 YNV sing 558 n n 
C38 H53 YNV sing 559 n n 
C38 H54 YNV sing 560 n n 
C41 H55 YNV sing 561 n n 
C41 H56 YNV sing 562 n n 
C43 H57 YNV sing 563 n n 
C46 H58 YNV sing 564 n n 
C46 H59 YNV sing 565 n n 
C46 H60 YNV sing 566 n n 
O33 H61 YNV sing 567 n n 
O44 H62 YNV sing 568 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7LXL 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012842 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009836 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007831 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 HEM A 1 601 601 HEM HEM . 
C 3 YNV A 1 602 602 YNV YNV . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C10 YNV . . . C 3 -14.407 -32.274 -6.012 1 217.08 ? C10 YNV 602 A 1 
HETATM 2 C C13 YNV . . . C 3 -13.996 -34.374 -7.978 1 208.83 ? C13 YNV 602 A 1 
HETATM 3 C C20 YNV . . . C 3 -18.787 -34.387 -11.421 1 147.2 ? C20 YNV 602 A 1 
HETATM 4 C C23 YNV . . . C 3 -19.186 -31.833 -10.115 1 118.1 ? C23 YNV 602 A 1 
HETATM 5 C C27 YNV . . . C 3 -13.802 -33.761 -10.852 1 221.64 ? C27 YNV 602 A 1 
HETATM 6 C C30 YNV . . . C 3 -13.877 -36.911 -8.818 1 219.14 ? C30 YNV 602 A 1 
HETATM 7 C C36 YNV . . . C 3 -18.301 -33.079 -12.093 1 145.78 ? C36 YNV 602 A 1 
HETATM 8 C C40 YNV . . . C 3 -18.955 -30.634 -9.184 1 105.33 ? C40 YNV 602 A 1 
HETATM 9 C C42 YNV . . . C 3 -19.894 -28.795 -7.902 1 115.84 ? C42 YNV 602 A 1 
HETATM 10 C C45 YNV . . . C 3 -19.934 -29.102 -10.996 1 128.92 ? C45 YNV 602 A 1 
HETATM 11 C C01 YNV . . . C 3 -16.209 -34.437 -6.649 1 171.69 ? C01 YNV 602 A 1 
HETATM 12 C C02 YNV . . . C 3 -17.059 -35.417 -7.478 1 150.4 ? C02 YNV 602 A 1 
HETATM 13 C C03 YNV . . . C 3 -17.967 -34.96 -8.345 1 140.25 ? C03 YNV 602 A 1 
HETATM 14 C C04 YNV . . . C 3 -18.188 -33.448 -8.54 1 143.53 ? C04 YNV 602 A 1 
HETATM 15 C C05 YNV . . . C 3 -14.184 -30.506 -7.898 1 221.05 ? C05 YNV 602 A 1 
HETATM 16 C C06 YNV . . . C 3 -14.386 -29.466 -6.787 1 227.87 ? C06 YNV 602 A 1 
HETATM 17 C C07 YNV . . . C 3 -15.324 -30.032 -5.716 1 232.72 ? C07 YNV 602 A 1 
HETATM 18 C C09 YNV . . . C 3 -15.027 -31.366 -5.247 1 227.73 ? C09 YNV 602 A 1 
HETATM 19 C C11 YNV . . . C 3 -14.191 -33.733 -5.554 1 206.14 ? C11 YNV 602 A 1 
HETATM 20 C C12 YNV . . . C 3 -14.692 -34.706 -6.634 1 195.19 ? C12 YNV 602 A 1 
HETATM 21 C C14 YNV . . . C 3 -14.291 -32.931 -8.447 1 215.7 ? C14 YNV 602 A 1 
HETATM 22 C C15 YNV . . . C 3 -17.042 -33.357 -12.94 1 141.12 ? C15 YNV 602 A 1 
HETATM 23 C C16 YNV . . . C 3 -17.197 -34.572 -13.871 1 136.04 ? C16 YNV 602 A 1 
HETATM 24 C C17 YNV . . . C 3 -17.683 -35.808 -13.102 1 132.42 ? C17 YNV 602 A 1 
HETATM 25 C C19 YNV . . . C 3 -18.536 -35.589 -11.957 1 143.08 ? C19 YNV 602 A 1 
HETATM 26 C C21 YNV . . . C 3 -19.801 -34.274 -10.268 1 146.31 ? C21 YNV 602 A 1 
HETATM 27 C C22 YNV . . . C 3 -19.469 -33.115 -9.322 1 133.41 ? C22 YNV 602 A 1 
HETATM 28 C C24 YNV . . . C 3 -17.947 -32.042 -11.007 1 136.99 ? C24 YNV 602 A 1 
HETATM 29 C C25 YNV . . . C 3 -13.81 -31.917 -7.394 1 214.9 ? C25 YNV 602 A 1 
HETATM 30 C C26 YNV . . . C 3 -13.589 -32.662 -9.796 1 222.31 ? C26 YNV 602 A 1 
HETATM 31 C C28 YNV . . . C 3 -13.289 -35.11 -10.327 1 217.24 ? C28 YNV 602 A 1 
HETATM 32 C C29 YNV . . . C 3 -14.156 -35.427 -9.098 1 214.3 ? C29 YNV 602 A 1 
HETATM 33 C C31 YNV . . . C 3 -13.798 -37.527 -10.228 1 214.27 ? C31 YNV 602 A 1 
HETATM 34 C C32 YNV . . . C 3 -13.596 -36.344 -11.199 1 209.43 ? C32 YNV 602 A 1 
HETATM 35 C C34 YNV . . . C 3 -11.783 -35.041 -10.005 1 217.27 ? C34 YNV 602 A 1 
HETATM 36 C C35 YNV . . . C 3 -12.278 -31.945 -7.235 1 207.48 ? C35 YNV 602 A 1 
HETATM 37 C C37 YNV . . . C 3 -17.462 -30.737 -11.676 1 129.29 ? C37 YNV 602 A 1 
HETATM 38 C C38 YNV . . . C 3 -17.436 -29.511 -10.739 1 126.03 ? C38 YNV 602 A 1 
HETATM 39 C C39 YNV . . . C 3 -18.779 -29.35 -10.007 1 120.66 ? C39 YNV 602 A 1 
HETATM 40 C C41 YNV . . . C 3 -19.998 -30.317 -8.1 1 105.09 ? C41 YNV 602 A 1 
HETATM 41 C C43 YNV . . . C 3 -18.829 -28.293 -8.895 1 133.91 ? C43 YNV 602 A 1 
HETATM 42 C C46 YNV . . . C 3 -19.412 -32.552 -13.02 1 136.57 ? C46 YNV 602 A 1 
HETATM 43 O O08 YNV . . . C 3 -16.271 -29.405 -5.304 1 237.59 ? O08 YNV 602 A 1 
HETATM 44 O O18 YNV . . . C 3 -17.368 -36.927 -13.434 1 122.74 ? O18 YNV 602 A 1 
HETATM 45 O O33 YNV . . . C 3 -12.585 -36.655 -12.163 1 198.92 ? O33 YNV 602 A 1 
HETATM 46 O O44 YNV . . . C 3 -19.181 -26.991 -9.364 1 164.39 ? O44 YNV 602 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              30 
_model_server_stats.parse_time_ms           23 
_model_server_stats.create_model_time_ms    4 
_model_server_stats.query_time_ms           280 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           46 
#