data_7LXU
#
_model_server_result.job_id            MbCkfFoVGMnwqQu97rbpbg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 14:02:31' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7lxu 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    7LXU 
#
_exptl.entry_id    7LXU 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              352.235 
_entity.id                          15 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "N-[(1R)-2-([1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-boronoethyl]-1-methyl-L-prolinamide" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7LXU 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7LXU 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    28-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      28 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 15 CA N N 
? 15 DA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 L OG1 THR 1 L THR 1 1_555 CA B01 YHD . L YHD 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? 
covale ? covale2 Z OG1 THR 1 Z THR 1 1_555 DA B01 YHD . Z YHD 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? 
#
_chem_comp.formula           'C20 H25 B N2 O3' 
_chem_comp.formula_weight    352.235 
_chem_comp.id                YHD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "N-[(1R)-2-([1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-boronoethyl]-1-methyl-L-prolinamide" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O24 B01 YHD sing 374 n n 
B01 O26 YHD sing 375 n n 
B01 C02 YHD sing 376 n n 
C09 C10 YHD sing 377 n n 
C09 C02 YHD sing 378 n n 
C11 C10 YHD doub 379 n y 
C11 C12 YHD sing 380 n y 
C10 C21 YHD sing 381 n y 
C12 C13 YHD doub 382 n y 
C02 N22 YHD sing 383 n n 
C19 C18 YHD doub 384 n y 
C19 C14 YHD sing 385 n y 
C21 C20 YHD doub 386 n y 
C18 C17 YHD sing 387 n y 
C13 C20 YHD sing 388 n y 
C13 C14 YHD sing 389 n n 
C14 C15 YHD doub 390 n y 
N22 C03 YHD sing 391 n n 
C17 C16 YHD doub 392 n y 
C15 C16 YHD sing 393 n y 
O25 C03 YHD doub 394 n n 
C03 C04 YHD sing 395 n n 
C04 C08 YHD sing 396 n n 
C04 N23 YHD sing 397 n n 
C08 C07 YHD sing 398 n n 
C05 N23 YHD sing 399 n n 
N23 C06 YHD sing 400 n n 
C07 C06 YHD sing 401 n n 
C11 H1 YHD sing 402 n n 
C16 H2 YHD sing 403 n n 
C17 H3 YHD sing 404 n n 
C18 H4 YHD sing 405 n n 
C19 H5 YHD sing 406 n n 
C21 H6 YHD sing 407 n n 
C12 H7 YHD sing 408 n n 
C15 H8 YHD sing 409 n n 
C20 H9 YHD sing 410 n n 
C02 H10 YHD sing 411 n n 
C04 H11 YHD sing 412 n n 
C05 H12 YHD sing 413 n n 
C05 H13 YHD sing 414 n n 
C05 H14 YHD sing 415 n n 
C06 H15 YHD sing 416 n n 
C06 H16 YHD sing 417 n n 
C07 H17 YHD sing 418 n n 
C07 H18 YHD sing 419 n n 
C08 H19 YHD sing 420 n n 
C08 H20 YHD sing 421 n n 
C09 H21 YHD sing 422 n n 
C09 H22 YHD sing 423 n n 
N22 H23 YHD sing 424 n n 
O24 H25 YHD sing 425 n n 
O26 H26 YHD sing 426 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7LXU 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
CA 15 YHD L 1 301 0 YHD 52 . 
DA 15 YHD Z 1 301 0 YHD 52 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C11 YHD . . . DA 15 248.491 285.553 281.525 1 68.33 ? C11 YHD 301 Z 1 
HETATM 2 C C13 YHD . . . DA 15 247.68 287.854 280.785 1 68.33 ? C13 YHD 301 Z 1 
HETATM 3 C C14 YHD . . . DA 15 246.547 288.928 280.343 1 68.33 ? C14 YHD 301 Z 1 
HETATM 4 C C16 YHD . . . DA 15 245.186 290.06 278.534 1 68.33 ? C16 YHD 301 Z 1 
HETATM 5 C C17 YHD . . . DA 15 244.489 290.875 279.418 1 68.33 ? C17 YHD 301 Z 1 
HETATM 6 C C18 YHD . . . DA 15 244.814 290.724 280.76 1 68.33 ? C18 YHD 301 Z 1 
HETATM 7 C C19 YHD . . . DA 15 245.792 289.799 281.182 1 68.33 ? C19 YHD 301 Z 1 
HETATM 8 C C21 YHD . . . DA 15 250.082 287.197 281.305 1 68.33 ? C21 YHD 301 Z 1 
HETATM 9 C C10 YHD . . . DA 15 249.866 285.841 281.64 1 68.33 ? C10 YHD 301 Z 1 
HETATM 10 C C12 YHD . . . DA 15 247.486 286.482 281.129 1 68.33 ? C12 YHD 301 Z 1 
HETATM 11 C C15 YHD . . . DA 15 246.161 289.142 278.986 1 68.33 ? C15 YHD 301 Z 1 
HETATM 12 C C20 YHD . . . DA 15 249.073 288.121 280.912 1 68.33 ? C20 YHD 301 Z 1 
HETATM 13 B B01 YHD . . . DA 15 253.54 284.188 282.091 1 68.33 ? B01 YHD 301 Z 1 
HETATM 14 C C02 YHD . . . DA 15 252.31 284.749 281.234 1 68.33 ? C02 YHD 301 Z 1 
HETATM 15 C C03 YHD . . . DA 15 253.243 283.942 279.06 1 68.33 ? C03 YHD 301 Z 1 
HETATM 16 C C04 YHD . . . DA 15 253.169 283.205 277.695 1 68.33 ? C04 YHD 301 Z 1 
HETATM 17 C C05 YHD . . . DA 15 252.161 285.316 276.923 1 68.33 ? C05 YHD 301 Z 1 
HETATM 18 C C06 YHD . . . DA 15 252.709 283.526 275.331 1 68.33 ? C06 YHD 301 Z 1 
HETATM 19 C C07 YHD . . . DA 15 254.225 283.496 275.444 1 68.33 ? C07 YHD 301 Z 1 
HETATM 20 C C08 YHD . . . DA 15 254.514 283.185 276.92 1 68.33 ? C08 YHD 301 Z 1 
HETATM 21 C C09 YHD . . . DA 15 250.979 284.836 282.075 1 68.33 ? C09 YHD 301 Z 1 
HETATM 22 N N22 YHD . . . DA 15 252.218 284.041 279.947 1 68.33 ? N22 YHD 301 Z 1 
HETATM 23 N N23 YHD . . . DA 15 252.206 283.843 276.711 1 68.33 ? N23 YHD 301 Z 1 
HETATM 24 O O24 YHD . . . DA 15 253.776 282.871 281.87 1 68.33 ? O24 YHD 301 Z 1 
HETATM 25 O O25 YHD . . . DA 15 254.355 284.489 279.362 1 68.33 ? O25 YHD 301 Z 1 
HETATM 26 O O26 YHD . . . DA 15 254.709 284.796 281.757 1 68.33 ? O26 YHD 301 Z 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              23 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    155 
_model_server_stats.query_time_ms           334 
_model_server_stats.encode_time_ms          7 
_model_server_stats.element_count           26 
#