data_7M0I
#
_model_server_result.job_id            CNevOSN8BZZOJ0UFfNIjSg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 03:37:40' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7m0i 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    7M0I 
#
_exptl.entry_id    7M0I 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              221.208 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    18 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7M0I 
_cell.length_a            114.53 
_cell.length_b            128.1 
_cell.length_c            431.32 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7M0I 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 2 2ab (y,z,x)' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 2 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,EA,FA,GA,HA 1 1 
G,H,I,J,K,L,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,IA,JA,KA,LA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
? 3 U N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
? 3 X N N 
? 3 Y N N 
? 3 Z N N 
? 3 AA N N 
? 3 BA N N 
? 3 CA N N 
? 3 DA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 10 G CYS 28 1_555 B SG CYS 296 H CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 42 G CYS 60 1_555 B SG CYS 71 H CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 172 H CYS 283 1_555 B SG CYS 200 H CYS 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 181 H CYS 292 1_555 B SG CYS 190 H CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.988 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 215 H CYS 326 1_555 B SG CYS 224 H CYS 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 239 H CYS 350 1_555 B SG CYS 250 H CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? 
disulf ? disulf7 B SG CYS 273 H CYS 384 1_555 B SG CYS 279 H CYS 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
disulf ? disulf8 C SG CYS 10 I CYS 28 1_555 D SG CYS 296 J CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
disulf ? disulf9 C SG CYS 42 I CYS 60 1_555 D SG CYS 71 J CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
disulf ? disulf10 D SG CYS 172 J CYS 283 1_555 D SG CYS 200 J CYS 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf11 D SG CYS 181 J CYS 292 1_555 D SG CYS 190 J CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
disulf ? disulf12 D SG CYS 215 J CYS 326 1_555 D SG CYS 224 J CYS 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
disulf ? disulf13 D SG CYS 239 J CYS 350 1_555 D SG CYS 250 J CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? 
disulf ? disulf14 D SG CYS 273 J CYS 384 1_555 D SG CYS 279 J CYS 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
disulf ? disulf15 E SG CYS 10 K CYS 28 1_555 F SG CYS 296 L CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf16 E SG CYS 42 K CYS 60 1_555 F SG CYS 71 L CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
disulf ? disulf17 F SG CYS 172 L CYS 283 1_555 F SG CYS 200 L CYS 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? 
disulf ? disulf18 F SG CYS 181 L CYS 292 1_555 F SG CYS 190 L CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
disulf ? disulf19 F SG CYS 215 L CYS 326 1_555 F SG CYS 224 L CYS 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? 
disulf ? disulf20 F SG CYS 239 L CYS 350 1_555 F SG CYS 250 L CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
disulf ? disulf21 F SG CYS 273 L CYS 384 1_555 F SG CYS 279 L CYS 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? 
disulf ? disulf22 G SG CYS 10 A CYS 28 1_555 H SG CYS 296 B CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
disulf ? disulf23 G SG CYS 42 A CYS 60 1_555 H SG CYS 71 B CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
disulf ? disulf24 H SG CYS 172 B CYS 283 1_555 H SG CYS 200 B CYS 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? 
disulf ? disulf25 H SG CYS 181 B CYS 292 1_555 H SG CYS 190 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
disulf ? disulf26 H SG CYS 215 B CYS 326 1_555 H SG CYS 224 B CYS 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
disulf ? disulf27 H SG CYS 239 B CYS 350 1_555 H SG CYS 250 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf28 H SG CYS 273 B CYS 384 1_555 H SG CYS 279 B CYS 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? 
disulf ? disulf29 I SG CYS 10 C CYS 28 1_555 J SG CYS 296 D CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf30 I SG CYS 42 C CYS 60 1_555 J SG CYS 71 D CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf31 J SG CYS 172 D CYS 283 1_555 J SG CYS 200 D CYS 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
disulf ? disulf32 J SG CYS 181 D CYS 292 1_555 J SG CYS 190 D CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
disulf ? disulf33 J SG CYS 215 D CYS 326 1_555 J SG CYS 224 D CYS 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? 
disulf ? disulf34 J SG CYS 239 D CYS 350 1_555 J SG CYS 250 D CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? 
disulf ? disulf35 J SG CYS 273 D CYS 384 1_555 J SG CYS 279 D CYS 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf36 K SG CYS 10 E CYS 28 1_555 L SG CYS 296 F CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
disulf ? disulf37 K SG CYS 42 E CYS 60 1_555 L SG CYS 71 F CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
disulf ? disulf38 L SG CYS 172 F CYS 283 1_555 L SG CYS 200 F CYS 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
disulf ? disulf39 L SG CYS 181 F CYS 292 1_555 L SG CYS 190 F CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf40 L SG CYS 215 F CYS 326 1_555 L SG CYS 224 F CYS 335 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
disulf ? disulf41 L SG CYS 239 F CYS 350 1_555 L SG CYS 250 F CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
disulf ? disulf42 L SG CYS 273 F CYS 384 1_555 L SG CYS 279 F CYS 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
covale ? covale1 A ND2 ASN 39 G ASN 57 1_555 M C1 NAG . G NAG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? 
covale ? covale2 B ND2 ASN 61 H ASN 172 1_555 N C1 NAG . H NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? 
covale ? covale3 B ND2 ASN 242 H ASN 353 1_555 O C1 NAG . H NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? 
covale ? covale4 C ND2 ASN 39 I ASN 57 1_555 P C1 NAG . I NAG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? 
covale ? covale5 D ND2 ASN 61 J ASN 172 1_555 R C1 NAG . J NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? 
covale ? covale6 D ND2 ASN 242 J ASN 353 1_555 Q C1 NAG . J NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? 
covale ? covale7 E ND2 ASN 39 K ASN 57 1_555 S C1 NAG . K NAG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? 
covale ? covale8 F ND2 ASN 61 L ASN 172 1_555 T C1 NAG . L NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? 
covale ? covale9 F ND2 ASN 242 L ASN 353 1_555 U C1 NAG . L NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? 
covale ? covale10 G ND2 ASN 39 A ASN 57 1_555 V C1 NAG . A NAG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? 
covale ? covale11 H ND2 ASN 61 B ASN 172 1_555 W C1 NAG . B NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? 
covale ? covale12 H ND2 ASN 242 B ASN 353 1_555 X C1 NAG . B NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? 
covale ? covale13 I ND2 ASN 39 C ASN 57 1_555 Y C1 NAG . C NAG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? 
covale ? covale14 J ND2 ASN 61 D ASN 172 1_555 Z C1 NAG . D NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? 
covale ? covale15 J ND2 ASN 242 D ASN 353 1_555 AA C1 NAG . D NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.476 ? 
covale ? covale16 K ND2 ASN 39 E ASN 57 1_555 BA C1 NAG . E NAG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? 
covale ? covale17 L ND2 ASN 61 F ASN 172 1_555 CA C1 NAG . F NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? 
covale ? covale18 L ND2 ASN 242 F ASN 353 1_555 DA C1 NAG . F NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H15 N O6' 
_chem_comp.formula_weight    221.208 
_chem_comp.id                NAG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 NAG sing 237 n n 
C1 O1 NAG sing 238 n n 
C1 O5 NAG sing 239 n n 
C1 H1 NAG sing 240 n n 
C2 C3 NAG sing 241 n n 
C2 N2 NAG sing 242 n n 
C2 H2 NAG sing 243 n n 
C3 C4 NAG sing 244 n n 
C3 O3 NAG sing 245 n n 
C3 H3 NAG sing 246 n n 
C4 C5 NAG sing 247 n n 
C4 O4 NAG sing 248 n n 
C4 H4 NAG sing 249 n n 
C5 C6 NAG sing 250 n n 
C5 O5 NAG sing 251 n n 
C5 H5 NAG sing 252 n n 
C6 O6 NAG sing 253 n n 
C6 H61 NAG sing 254 n n 
C6 H62 NAG sing 255 n n 
C7 C8 NAG sing 256 n n 
C7 N2 NAG sing 257 n n 
C7 O7 NAG doub 258 n n 
C8 H81 NAG sing 259 n n 
C8 H82 NAG sing 260 n n 
C8 H83 NAG sing 261 n n 
N2 HN2 NAG sing 262 n n 
O1 HO1 NAG sing 263 n n 
O3 HO3 NAG sing 264 n n 
O4 HO4 NAG sing 265 n n 
O6 HO6 NAG sing 266 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 
NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     7M0I 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008731 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007806 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.002318 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 3 NAG G 1 201 101 NAG NAG . 
N 3 NAG H 1 601 501 NAG NAG . 
O 3 NAG H 1 602 601 NAG NAG . 
P 3 NAG I 1 201 101 NAG NAG . 
Q 3 NAG J 1 601 501 NAG NAG . 
R 3 NAG J 1 602 601 NAG NAG . 
S 3 NAG K 1 201 101 NAG NAG . 
T 3 NAG L 1 601 501 NAG NAG . 
U 3 NAG L 1 602 601 NAG NAG . 
V 3 NAG A 1 201 101 NAG NAG . 
W 3 NAG B 1 601 501 NAG NAG . 
X 3 NAG B 1 602 601 NAG NAG . 
Y 3 NAG C 1 201 101 NAG NAG . 
Z 3 NAG D 1 601 501 NAG NAG . 
AA 3 NAG D 1 602 601 NAG NAG . 
BA 3 NAG E 1 201 101 NAG NAG . 
CA 3 NAG F 1 601 501 NAG NAG . 
DA 3 NAG F 1 602 601 NAG NAG . 
EA 4 HOH H 1 701 21 HOH HOH . 
FA 4 HOH I 1 301 11 HOH HOH . 
FA 4 HOH I 2 302 12 HOH HOH . 
GA 4 HOH J 1 701 25 HOH HOH . 
GA 4 HOH J 2 702 6 HOH HOH . 
GA 4 HOH J 3 703 13 HOH HOH . 
GA 4 HOH J 4 704 10 HOH HOH . 
HA 4 HOH L 1 701 17 HOH HOH . 
HA 4 HOH L 2 702 3 HOH HOH . 
HA 4 HOH L 3 703 15 HOH HOH . 
HA 4 HOH L 4 704 19 HOH HOH . 
HA 4 HOH L 5 705 14 HOH HOH . 
HA 4 HOH L 6 706 1 HOH HOH . 
IA 4 HOH B 1 701 16 HOH HOH . 
IA 4 HOH B 2 702 24 HOH HOH . 
IA 4 HOH B 3 703 9 HOH HOH . 
IA 4 HOH B 4 704 23 HOH HOH . 
IA 4 HOH B 5 705 5 HOH HOH . 
JA 4 HOH C 1 301 8 HOH HOH . 
JA 4 HOH C 2 302 20 HOH HOH . 
KA 4 HOH D 1 701 22 HOH HOH . 
KA 4 HOH D 2 702 7 HOH HOH . 
KA 4 HOH D 3 703 4 HOH HOH . 
KA 4 HOH D 4 704 18 HOH HOH . 
LA 4 HOH F 1 701 2 HOH HOH . 
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