data_7M0N
#
_model_server_result.job_id            JbKC9mJx7rFjQFFJXonRTg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 05:57:08' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7m0n 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":302}' 
#
_entry.id    7M0N 
#
_exptl.entry_id    7M0N 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7M0N 
_cell.length_a            126.702 
_cell.length_b            135.126 
_cell.length_c            126.751 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7M0N 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        20 
_symmetry.space_group_name_Hall    'C 2c 2' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 2 2 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 K N N 
? 5 L N N 
? 5 W N N 
? 5 X N N 
? 5 Y N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A NE2 HIS 41 A HIS 41 1_555 F MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLU 61 A GLU 80 1_555 G MN MN . A MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 89 A ASP 108 1_555 F MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 89 A ASP 108 1_555 G MN MN . A MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 100 A GLU 119 1_555 F MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc6 A O ILE 101 A ILE 120 1_555 F MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc7 E OAG RLT . A RLT 301 1_555 F MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc8 E OAH RLT . A RLT 301 1_555 F MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc9 E OAE RLT . A RLT 301 1_555 G MN MN . A MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? 
metalc ? metalc10 E OAH RLT . A RLT 301 1_555 G MN MN . A MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc11 G MN MN . A MN 303 1_555 DA O HOH . A HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc12 G MN MN . A MN 303 1_555 DA O HOH . A HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc13 B NE2 HIS 41 B HIS 41 1_555 N MN MN . B MN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc14 B OE1 GLU 61 B GLU 80 1_555 M MN MN . B MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc15 B OD1 ASP 89 B ASP 108 1_555 M MN MN . B MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? 
metalc ? metalc16 B OD2 ASP 89 B ASP 108 1_555 N MN MN . B MN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc17 B OE2 GLU 100 B GLU 119 1_555 N MN MN . B MN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? 
metalc ? metalc18 B O ILE 101 B ILE 120 1_555 N MN MN . B MN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc19 J OAE RLT . B RLT 301 1_555 M MN MN . B MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc20 J OAH RLT . B RLT 301 1_555 M MN MN . B MN 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc21 J OAG RLT . B RLT 301 1_555 N MN MN . B MN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? 
metalc ? metalc22 J OAH RLT . B RLT 301 1_555 N MN MN . B MN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc23 M MN MN . B MN 304 1_555 EA O HOH . B HOH 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc24 M MN MN . B MN 304 1_555 EA O HOH . B HOH 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? 
metalc ? metalc25 C NE2 HIS 41 C HIS 41 1_555 R MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLU 61 C GLU 80 1_555 S MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? 
metalc ? metalc27 C OD2 ASP 89 C ASP 108 1_555 R MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc28 C OD1 ASP 89 C ASP 108 1_555 S MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc29 C OE2 GLU 100 C GLU 119 1_555 R MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? 
metalc ? metalc30 C O ILE 101 C ILE 120 1_555 R MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc31 Q OAG RLT . C RLT 301 1_555 R MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc32 Q OAH RLT . C RLT 301 1_555 R MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc33 Q OAE RLT . C RLT 301 1_555 S MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? 
metalc ? metalc34 Q OAH RLT . C RLT 301 1_555 S MN MN . C MN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc35 S MN MN . C MN 303 1_555 FA O HOH . C HOH 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
metalc ? metalc36 S MN MN . C MN 303 1_555 FA O HOH . C HOH 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc37 D NE2 HIS 41 D HIS 41 1_555 AA MN MN . D MN 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc38 D OE1 GLU 61 D GLU 80 1_555 Z MN MN . D MN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? 
metalc ? metalc39 D OD1 ASP 89 D ASP 108 1_555 Z MN MN . D MN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? 
metalc ? metalc40 D OD2 ASP 89 D ASP 108 1_555 AA MN MN . D MN 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc41 D OE2 GLU 100 D GLU 119 1_555 AA MN MN . D MN 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc42 D O ILE 101 D ILE 120 1_555 AA MN MN . D MN 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc43 V OAE RLT . D RLT 301 1_555 Z MN MN . D MN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc44 V OAH RLT . D RLT 301 1_555 Z MN MN . D MN 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc45 V OAG RLT . D RLT 301 1_555 AA MN MN . D MN 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? 
metalc ? metalc46 V OAH RLT . D RLT 301 1_555 AA MN MN . D MN 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc47 Z MN MN . D MN 305 1_555 GA O HOH . D HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.678 ? 
metalc ? metalc48 Z MN MN . D MN 305 1_555 GA O HOH . D HOH 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 129 n n 
C1 C2 GOL sing 130 n n 
C1 H11 GOL sing 131 n n 
C1 H12 GOL sing 132 n n 
O1 HO1 GOL sing 133 n n 
C2 O2 GOL sing 134 n n 
C2 C3 GOL sing 135 n n 
C2 H2 GOL sing 136 n n 
O2 HO2 GOL sing 137 n n 
C3 O3 GOL sing 138 n n 
C3 H31 GOL sing 139 n n 
C3 H32 GOL sing 140 n n 
O3 HO3 GOL sing 141 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7M0N 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007893 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007401 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007889 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 RLT A 1 301 301 RLT RLT . 
F 3 MN A 1 302 1 MN MN . 
G 3 MN A 1 303 2 MN MN . 
H 4 SO4 A 1 304 2 SO4 SO4 . 
I 4 SO4 A 1 305 8 SO4 SO4 . 
J 2 RLT B 1 301 301 RLT RLT . 
K 5 GOL B 1 302 302 GOL GOL . 
L 5 GOL B 1 303 303 GOL GOL . 
M 3 MN B 1 304 3 MN MN . 
N 3 MN B 1 305 4 MN MN . 
O 4 SO4 B 1 306 3 SO4 SO4 . 
P 4 SO4 B 1 307 5 SO4 SO4 . 
Q 2 RLT C 1 301 301 RLT RLT . 
R 3 MN C 1 302 5 MN MN . 
S 3 MN C 1 303 6 MN MN . 
T 4 SO4 C 1 304 4 SO4 SO4 . 
U 4 SO4 C 1 305 6 SO4 SO4 . 
V 2 RLT D 1 301 301 RLT RLT . 
W 5 GOL D 1 302 302 GOL GOL . 
X 5 GOL D 1 303 303 GOL GOL . 
Y 5 GOL D 1 304 304 GOL GOL . 
Z 3 MN D 1 305 7 MN MN . 
AA 3 MN D 1 306 8 MN MN . 
BA 4 SO4 D 1 307 1 SO4 SO4 . 
CA 4 SO4 D 1 308 7 SO4 SO4 . 
DA 6 HOH A 1 401 54 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 2 402 182 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 3 403 84 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 4 404 120 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 5 405 53 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 6 406 50 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 7 407 44 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 8 408 144 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 9 409 48 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 10 410 49 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 11 411 51 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 12 412 211 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 13 413 147 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 14 414 199 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 15 415 193 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 16 416 164 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 17 417 125 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 18 418 148 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 19 419 5 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 20 420 146 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 21 421 161 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 22 422 38 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 23 423 39 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 24 424 52 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 25 425 194 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 26 426 149 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 27 427 64 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 28 428 190 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 29 429 82 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 30 430 209 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 31 431 71 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 32 432 92 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 33 433 150 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 34 434 93 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 35 435 68 HOH HOH . 
DA 6 HOH A 36 436 72 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 1 401 198 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 2 402 192 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 3 403 55 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 4 404 34 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 5 405 33 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 6 406 56 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 7 407 168 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 8 408 32 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 9 409 115 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 10 410 37 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 11 411 156 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 12 412 113 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 13 413 215 HOH HOH . 
EA 6 HOH B 14 414 95 HOH HOH . 
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