data_7M4J # _model_server_result.job_id nbhyJEfvaNAUSFWCnT5tUQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 08:39:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7m4j # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":608}' # _entry.id 7M4J # _exptl.entry_id 7M4J _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 62.068 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-ETHANEDIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7M4J _cell.length_a 55.975 _cell.length_b 63.66 _cell.length_c 139.97 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7M4J _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 K N N ? 8 L N N ? 8 M N N ? 8 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O CYS 59 A CYS 300 1_555 H NA NA . A NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc2 A O ILE 61 A ILE 302 1_555 H NA NA . A NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc3 A O ILE 64 A ILE 305 1_555 H NA NA . A NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc4 A O SER 98 A SER 339 1_555 G NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc5 A O ILE 100 A ILE 341 1_555 G NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc6 A O ALA 103 A ALA 344 1_555 G NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 141 A ASP 382 1_555 F MN MN . A MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 186 A ASP 427 1_555 E MN MN . A MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 186 A ASP 427 1_555 I NA NA . A NA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.167 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 188 A ASP 429 1_555 E MN MN . A MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 188 A ASP 429 1_555 I NA NA . A NA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc12 A ND1 HIS 240 A HIS 486 1_555 F MN MN . A MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 244 A ASP 490 1_555 I NA NA . A NA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc14 E MN MN . A MN 601 1_555 J O3 PO4 . A PO4 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc15 E MN MN . A MN 601 1_555 C OP1 DC 7 P DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc16 F MN MN . A MN 602 1_555 O O HOH . A HOH 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc17 F MN MN . A MN 602 1_555 O O HOH . A HOH 728 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc18 G NA NA . A NA 603 1_555 O O HOH . A HOH 729 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc19 G NA NA . A NA 603 1_555 C OP1 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc20 G NA NA . A NA 603 1_555 Q O HOH . P HOH 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc21 H NA NA . A NA 604 1_555 D OP1 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.112 ? metalc ? metalc22 I NA NA . A NA 605 1_555 C O3' DC 6 P DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.014 ? metalc ? metalc23 I NA NA . A NA 605 1_555 C OP1 DC 7 P DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N3 DC 1 T DC 1 1_555 D N1 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N4 DC 1 T DC 1 1_555 D O6 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O2 DC 1 T DC 1 1_555 D N2 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 DG 2 T DG 2 1_555 D N3 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N2 DG 2 T DG 2 1_555 D O2 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B O6 DG 2 T DG 2 1_555 D N4 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N1 DG 3 T DG 3 1_555 D N3 DC 2 D DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N2 DG 3 T DG 3 1_555 D O2 DC 2 D DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B O6 DG 3 T DG 3 1_555 D N4 DC 2 D DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N3 DC 4 T DC 4 1_555 D N1 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B N4 DC 4 T DC 4 1_555 D O6 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B O2 DC 4 T DC 4 1_555 D N2 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DC MISPAIR' hydrog13 B N6 DA 5 T DA 5 1_555 C N3 DC 7 P DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N1 DG 6 T DG 6 1_555 C N3 DC 6 P DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N2 DG 6 T DG 6 1_555 C O2 DC 6 P DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B O6 DG 6 T DG 6 1_555 C N4 DC 6 P DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N3 DT 7 T DT 7 1_555 C N1 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B O4 DT 7 T DT 7 1_555 C N6 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N1 DA 8 T DA 8 1_555 C N3 DT 4 P DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N6 DA 8 T DA 8 1_555 C O4 DT 4 P DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N3 DC 9 T DC 9 1_555 C N1 DG 3 P DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B N4 DC 9 T DC 9 1_555 C O6 DG 3 P DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B O2 DC 9 T DC 9 1_555 C N2 DG 3 P DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N3 DT 10 T DT 10 1_555 C N1 DA 2 P DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O4 DT 10 T DT 10 1_555 C N6 DA 2 P DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N1 DG 11 T DG 11 1_555 C N3 DC 1 P DC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B N2 DG 11 T DG 11 1_555 C O2 DC 1 P DC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B O6 DG 11 T DG 11 1_555 C N4 DC 1 P DC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C2 H6 O2' _chem_comp.formula_weight 62.068 _chem_comp.id EDO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-ETHANEDIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'ETHYLENE GLYCOL' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 EDO sing 232 n n C1 C2 EDO sing 233 n n C1 H11 EDO sing 234 n n C1 H12 EDO sing 235 n n O1 HO1 EDO sing 236 n n C2 O2 EDO sing 237 n n C2 H21 EDO sing 238 n n C2 H22 EDO sing 239 n n O2 HO2 EDO sing 240 n n # _atom_sites.entry_id 7M4J _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.017865 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.015708 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007144 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 MN A 1 601 1 MN MN . F 5 MN A 1 602 3 MN MN . G 6 NA A 1 603 1 NA NA . H 6 NA A 1 604 2 NA NA . I 6 NA A 1 605 3 NA NA . J 7 PO4 A 1 606 1 PO4 PO4 . K 8 EDO A 1 607 1 EDO EDO . L 8 EDO A 1 608 2 EDO EDO . M 8 EDO A 1 609 3 EDO EDO . N 8 EDO A 1 610 4 EDO EDO . O 9 HOH A 1 701 80 HOH HOH . O 9 HOH A 2 702 4 HOH HOH . O 9 HOH A 3 703 21 HOH HOH . O 9 HOH A 4 704 64 HOH HOH . O 9 HOH A 5 705 16 HOH HOH . O 9 HOH A 6 706 18 HOH HOH . O 9 HOH A 7 707 55 HOH HOH . O 9 HOH A 8 708 57 HOH HOH . O 9 HOH A 9 709 86 HOH HOH . O 9 HOH A 10 710 31 HOH HOH . O 9 HOH A 11 711 69 HOH HOH . O 9 HOH A 12 712 9 HOH HOH . O 9 HOH A 13 713 61 HOH HOH . O 9 HOH A 14 714 82 HOH HOH . O 9 HOH A 15 715 35 HOH HOH . O 9 HOH A 16 716 25 HOH HOH . O 9 HOH A 17 717 29 HOH HOH . O 9 HOH A 18 718 1 HOH HOH . O 9 HOH A 19 719 50 HOH HOH . O 9 HOH A 20 720 17 HOH HOH . O 9 HOH A 21 721 7 HOH HOH . O 9 HOH A 22 722 46 HOH HOH . O 9 HOH A 23 723 41 HOH HOH . O 9 HOH A 24 724 10 HOH HOH . O 9 HOH A 25 725 19 HOH HOH . O 9 HOH A 26 726 26 HOH HOH . O 9 HOH A 27 727 33 HOH HOH . O 9 HOH A 28 728 15 HOH HOH . O 9 HOH A 29 729 85 HOH HOH . O 9 HOH A 30 730 42 HOH HOH . O 9 HOH A 31 731 12 HOH HOH . O 9 HOH A 32 732 14 HOH HOH . O 9 HOH A 33 733 78 HOH HOH . O 9 HOH A 34 734 8 HOH HOH . O 9 HOH A 35 735 3 HOH HOH . O 9 HOH A 36 736 49 HOH HOH . O 9 HOH A 37 737 37 HOH HOH . O 9 HOH A 38 738 6 HOH HOH . O 9 HOH A 39 739 48 HOH HOH . O 9 HOH A 40 740 22 HOH HOH . O 9 HOH A 41 741 34 HOH HOH . O 9 HOH A 42 742 75 HOH HOH . O 9 HOH A 43 743 84 HOH HOH . O 9 HOH A 44 744 73 HOH HOH . O 9 HOH A 45 745 71 HOH HOH . O 9 HOH A 46 746 43 HOH HOH . O 9 HOH A 47 747 81 HOH HOH . O 9 HOH A 48 748 52 HOH HOH . O 9 HOH A 49 749 11 HOH HOH . O 9 HOH A 50 750 59 HOH HOH . P 9 HOH T 1 101 5 HOH HOH . P 9 HOH T 2 102 23 HOH HOH . P 9 HOH T 3 103 72 HOH HOH . Q 9 HOH P 1 101 13 HOH HOH . Q 9 HOH P 2 102 77 HOH HOH . Q 9 HOH P 3 103 62 HOH HOH . Q 9 HOH P 4 104 2 HOH HOH . Q 9 HOH P 5 105 76 HOH HOH . Q 9 HOH P 6 106 67 HOH HOH . Q 9 HOH P 7 107 45 HOH HOH . Q 9 HOH P 8 108 24 HOH HOH . Q 9 HOH P 9 109 74 HOH HOH . Q 9 HOH P 10 110 30 HOH HOH . Q 9 HOH P 11 111 68 HOH HOH . Q 9 HOH P 12 112 83 HOH HOH . R 9 HOH D 1 101 70 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 EDO . . . L 8 -10.175 -14.341 5.65 0.76 39.89 ? C1 EDO 608 A 1 HETATM 2 O O1 EDO . . . L 8 -11.476 -13.974 5.281 0.76 39.36 ? O1 EDO 608 A 1 HETATM 3 C C2 EDO . . . L 8 -9.776 -13.581 6.912 0.76 41.06 ? C2 EDO 608 A 1 HETATM 4 O O2 EDO . . . L 8 -9.97 -12.208 6.706 0.76 41.48 ? O2 EDO 608 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 390 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 4 #