data_7M4P # _model_server_result.job_id puTPhtge2d4OWnux6RCqaw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 18:20:26' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7m4p # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1101}' # _entry.id 7M4P # _exptl.entry_id 7M4P _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 748.065 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7M4P _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7M4P _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N # _chem_comp.formula 'C41 H82 N O8 P' _chem_comp.formula_weight 748.065 _chem_comp.id 3PE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE;1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag P O11 3PE sing 1 n n P O12 3PE sing 2 n n P O13 3PE sing 3 n n P O14 3PE doub 4 n n N C12 3PE sing 5 n n N HN1 3PE sing 6 n n N HN2 3PE sing 7 n n O11 C1 3PE sing 8 n n O13 C11 3PE sing 9 n n C11 C12 3PE sing 10 n n C11 H111 3PE sing 11 n n C11 H112 3PE sing 12 n n C12 H121 3PE sing 13 n n C12 H122 3PE sing 14 n n C1 C2 3PE sing 15 n n C1 H11 3PE sing 16 n n C1 H12 3PE sing 17 n n C2 C3 3PE sing 18 n n C2 O21 3PE sing 19 n n C2 H2 3PE sing 20 n n C3 O31 3PE sing 21 n n C3 H31 3PE sing 22 n n C3 H32 3PE sing 23 n n O31 C31 3PE sing 24 n n O32 C31 3PE doub 25 n n C31 C32 3PE sing 26 n n C32 C33 3PE sing 27 n n C32 H321 3PE sing 28 n n C32 H322 3PE sing 29 n n C33 C34 3PE sing 30 n n C33 H331 3PE sing 31 n n C33 H332 3PE sing 32 n n C34 C35 3PE sing 33 n n C34 H341 3PE sing 34 n n C34 H342 3PE sing 35 n n C35 C36 3PE sing 36 n n C35 H351 3PE sing 37 n n C35 H352 3PE sing 38 n n C36 C37 3PE sing 39 n n C36 H361 3PE sing 40 n n C36 H362 3PE sing 41 n n C37 C38 3PE sing 42 n n C37 H371 3PE sing 43 n n C37 H372 3PE sing 44 n n C38 C39 3PE sing 45 n n C38 H381 3PE sing 46 n n C38 H382 3PE sing 47 n n C39 C3A 3PE sing 48 n n C39 H391 3PE sing 49 n n C39 H392 3PE sing 50 n n C3A C3B 3PE sing 51 n n C3A H3A1 3PE sing 52 n n C3A H3A2 3PE sing 53 n n C3B C3C 3PE sing 54 n n C3B H3B1 3PE sing 55 n n C3B H3B2 3PE sing 56 n n C3C C3D 3PE sing 57 n n C3C H3C1 3PE sing 58 n n C3C H3C2 3PE sing 59 n n C3D C3E 3PE sing 60 n n C3D H3D1 3PE sing 61 n n C3D H3D2 3PE sing 62 n n C3E C3F 3PE sing 63 n n C3E H3E1 3PE sing 64 n n C3E H3E2 3PE sing 65 n n C3F C3G 3PE sing 66 n n C3F H3F1 3PE sing 67 n n C3F H3F2 3PE sing 68 n n C3G C3H 3PE sing 69 n n C3G H3G1 3PE sing 70 n n C3G H3G2 3PE sing 71 n n C3H C3I 3PE sing 72 n n C3H H3H1 3PE sing 73 n n C3H H3H2 3PE sing 74 n n C3I H3I1 3PE sing 75 n n C3I H3I2 3PE sing 76 n n C3I H3I3 3PE sing 77 n n O21 C21 3PE sing 78 n n O22 C21 3PE doub 79 n n C21 C22 3PE sing 80 n n C22 C23 3PE sing 81 n n C22 H221 3PE sing 82 n n C22 H222 3PE sing 83 n n C23 C24 3PE sing 84 n n C23 H231 3PE sing 85 n n C23 H232 3PE sing 86 n n C24 C25 3PE sing 87 n n C24 H241 3PE sing 88 n n C24 H242 3PE sing 89 n n C25 C26 3PE sing 90 n n C25 H251 3PE sing 91 n n C25 H252 3PE sing 92 n n C26 C27 3PE sing 93 n n C26 H261 3PE sing 94 n n C26 H262 3PE sing 95 n n C27 C28 3PE sing 96 n n C27 H271 3PE sing 97 n n C27 H272 3PE sing 98 n n C28 C29 3PE sing 99 n n C28 H281 3PE sing 100 n n C28 H282 3PE sing 101 n n C29 C2A 3PE sing 102 n n C29 H291 3PE sing 103 n n C29 H292 3PE sing 104 n n C2A C2B 3PE sing 105 n n C2A H2A1 3PE sing 106 n n C2A H2A2 3PE sing 107 n n C2B C2C 3PE sing 108 n n C2B H2B1 3PE sing 109 n n C2B H2B2 3PE sing 110 n n C2C C2D 3PE sing 111 n n C2C H2C1 3PE sing 112 n n C2C H2C2 3PE sing 113 n n C2D C2E 3PE sing 114 n n C2D H2D1 3PE sing 115 n n C2D H2D2 3PE sing 116 n n C2E C2F 3PE sing 117 n n C2E H2E1 3PE sing 118 n n C2E H2E2 3PE sing 119 n n C2F C2G 3PE sing 120 n n C2F H2F1 3PE sing 121 n n C2F H2F2 3PE sing 122 n n C2G C2H 3PE sing 123 n n C2G H2G1 3PE sing 124 n n C2G H2G2 3PE sing 125 n n C2H C2I 3PE sing 126 n n C2H H2H1 3PE sing 127 n n C2H H2H2 3PE sing 128 n n C2I H2I1 3PE sing 129 n n C2I H2I2 3PE sing 130 n n C2I H2I3 3PE sing 131 n n O12 H1 3PE sing 132 n n # _atom_sites.entry_id 7M4P _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 3PE A 1 1101 5 3PE 3PE . E 2 3PE B 1 1101 1 3PE 3PE . F 2 3PE B 1 1102 2 3PE 3PE . G 2 3PE B 1 1103 3 3PE 3PE . H 2 3PE B 1 1104 7 3PE 3PE . I 3 YQM B 1 1105 1 YQM ERA . J 2 3PE C 1 1101 4 3PE 3PE . K 2 3PE C 1 1102 6 3PE 3PE . L 2 3PE C 1 1103 8 3PE 3PE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P P 3PE . . . D 2 181.014 183.621 150.944 1 20 ? P 3PE 1101 A 1 HETATM 2 N N 3PE . . . D 2 185.472 182.385 148.971 1 20 ? N 3PE 1101 A 1 HETATM 3 O O11 3PE . . . D 2 181.465 183.676 152.528 1 20 ? O11 3PE 1101 A 1 HETATM 4 O O12 3PE . . . D 2 179.975 184.68 150.676 1 20 ? O12 3PE 1101 A 1 HETATM 5 O O13 3PE . . . D 2 182.329 183.893 149.995 1 20 ? O13 3PE 1101 A 1 HETATM 6 O O14 3PE . . . D 2 180.438 182.266 150.616 1 20 ? O14 3PE 1101 A 1 HETATM 7 C C11 3PE . . . D 2 183.237 182.845 149.812 1 20 ? C11 3PE 1101 A 1 HETATM 8 C C12 3PE . . . D 2 184.355 183.306 148.881 1 20 ? C12 3PE 1101 A 1 HETATM 9 C C1 3PE . . . D 2 180.95 184.706 153.319 1 20 ? C1 3PE 1101 A 1 HETATM 10 C C2 3PE . . . D 2 181.307 184.461 154.78 1 20 ? C2 3PE 1101 A 1 HETATM 11 C C3 3PE . . . D 2 182.794 184.142 154.877 1 20 ? C3 3PE 1101 A 1 HETATM 12 O O31 3PE . . . D 2 183.269 184.545 156.129 1 20 ? O31 3PE 1101 A 1 HETATM 13 O O32 3PE . . . D 2 185.206 183.6 155.542 1 20 ? O32 3PE 1101 A 1 HETATM 14 C C31 3PE . . . D 2 184.566 184.104 156.402 1 20 ? C31 3PE 1101 A 1 HETATM 15 C C32 3PE . . . D 2 185.165 184.266 157.799 1 20 ? C32 3PE 1101 A 1 HETATM 16 C C33 3PE . . . D 2 184.509 185.434 158.533 1 20 ? C33 3PE 1101 A 1 HETATM 17 C C34 3PE . . . D 2 183.588 184.902 159.629 1 20 ? C34 3PE 1101 A 1 HETATM 18 C C35 3PE . . . D 2 183.082 186.066 160.479 1 20 ? C35 3PE 1101 A 1 HETATM 19 C C36 3PE . . . D 2 183.584 185.917 161.913 1 20 ? C36 3PE 1101 A 1 HETATM 20 O O21 3PE . . . D 2 181.027 185.615 155.525 1 20 ? O21 3PE 1101 A 1 HETATM 21 O O22 3PE . . . D 2 179.002 184.783 155.965 1 20 ? O22 3PE 1101 A 1 HETATM 22 C C21 3PE . . . D 2 179.742 185.692 156.068 1 20 ? C21 3PE 1101 A 1 HETATM 23 C C22 3PE . . . D 2 179.283 186.95 156.796 1 20 ? C22 3PE 1101 A 1 HETATM 24 C C23 3PE . . . D 2 179.088 186.659 158.279 1 20 ? C23 3PE 1101 A 1 HETATM 25 C C24 3PE . . . D 2 178.682 187.952 158.979 1 20 ? C24 3PE 1101 A 1 HETATM 26 C C25 3PE . . . D 2 179.28 188 160.381 1 20 ? C25 3PE 1101 A 1 HETATM 27 C C26 3PE . . . D 2 179.294 189.441 160.866 1 20 ? C26 3PE 1101 A 1 HETATM 28 C C27 3PE . . . D 2 180.118 189.56 162.147 1 20 ? C27 3PE 1101 A 1 HETATM 29 C C28 3PE . . . D 2 180.892 190.877 162.138 1 20 ? C28 3PE 1101 A 1 HETATM 30 C C29 3PE . . . D 2 181.413 191.16 163.544 1 20 ? C29 3PE 1101 A 1 HETATM 31 C C2A 3PE . . . D 2 182.847 191.678 163.471 1 20 ? C2A 3PE 1101 A 1 HETATM 32 C C2B 3PE . . . D 2 183.305 192.15 164.852 1 20 ? C2B 3PE 1101 A 1 HETATM 33 C C2C 3PE . . . D 2 183.468 190.955 165.794 1 20 ? C2C 3PE 1101 A 1 HETATM 34 C C2D 3PE . . . D 2 184.11 191.394 167.112 1 20 ? C2D 3PE 1101 A 1 HETATM 35 C C2E 3PE . . . D 2 183.154 192.302 167.886 1 20 ? C2E 3PE 1101 A 1 HETATM 36 C C2F 3PE . . . D 2 183.567 192.387 169.356 1 20 ? C2F 3PE 1101 A 1 HETATM 37 C C2G 3PE . . . D 2 184.835 193.228 169.507 1 20 ? C2G 3PE 1101 A 1 HETATM 38 C C2H 3PE . . . D 2 184.853 193.904 170.879 1 20 ? C2H 3PE 1101 A 1 HETATM 39 C C2I 3PE . . . D 2 184.797 192.853 171.986 1 20 ? C2I 3PE 1101 A 1 HETATM 40 H HN1 3PE . . . D 2 185.214 181.598 148.739 1 20 ? HN1 3PE 1101 A 1 HETATM 41 H HN2 3PE . . . D 2 185.763 182.365 149.78 1 20 ? HN2 3PE 1101 A 1 HETATM 42 H H111 3PE . . . D 2 182.78 182.085 149.42 1 20 ? H111 3PE 1101 A 1 HETATM 43 H H112 3PE . . . D 2 183.613 182.59 150.669 1 20 ? H112 3PE 1101 A 1 HETATM 44 H H121 3PE . . . D 2 184.028 183.33 147.968 1 20 ? H121 3PE 1101 A 1 HETATM 45 H H122 3PE . . . D 2 184.647 184.193 149.143 1 20 ? H122 3PE 1101 A 1 HETATM 46 H H11 3PE . . . D 2 181.328 185.552 153.032 1 20 ? H11 3PE 1101 A 1 HETATM 47 H H12 3PE . . . D 2 179.985 184.736 153.223 1 20 ? H12 3PE 1101 A 1 HETATM 48 H H2 3PE . . . D 2 180.8 183.707 155.118 1 20 ? H2 3PE 1101 A 1 HETATM 49 H H31 3PE . . . D 2 183.27 184.621 154.181 1 20 ? H31 3PE 1101 A 1 HETATM 50 H H32 3PE . . . D 2 182.929 183.188 154.768 1 20 ? H32 3PE 1101 A 1 HETATM 51 H H321 3PE . . . D 2 186.117 184.433 157.721 1 20 ? H321 3PE 1101 A 1 HETATM 52 H H322 3PE . . . D 2 185.024 183.449 158.303 1 20 ? H322 3PE 1101 A 1 HETATM 53 H H331 3PE . . . D 2 185.198 185.987 158.934 1 20 ? H331 3PE 1101 A 1 HETATM 54 H H332 3PE . . . D 2 183.994 185.967 157.907 1 20 ? H332 3PE 1101 A 1 HETATM 55 H H341 3PE . . . D 2 184.075 184.279 160.19 1 20 ? H341 3PE 1101 A 1 HETATM 56 H H342 3PE . . . D 2 182.833 184.447 159.223 1 20 ? H342 3PE 1101 A 1 HETATM 57 H H351 3PE . . . D 2 183.407 186.901 160.108 1 20 ? H351 3PE 1101 A 1 HETATM 58 H H352 3PE . . . D 2 182.112 186.069 160.475 1 20 ? H352 3PE 1101 A 1 HETATM 59 H H362 3PE . . . D 2 183.409 186.737 162.401 1 20 ? H362 3PE 1101 A 1 HETATM 60 H H221 3PE . . . D 2 179.952 187.644 156.689 1 20 ? H221 3PE 1101 A 1 HETATM 61 H H222 3PE . . . D 2 178.443 187.252 156.417 1 20 ? H222 3PE 1101 A 1 HETATM 62 H H231 3PE . . . D 2 179.917 186.324 158.655 1 20 ? H231 3PE 1101 A 1 HETATM 63 H H232 3PE . . . D 2 178.388 185.997 158.391 1 20 ? H232 3PE 1101 A 1 HETATM 64 H H241 3PE . . . D 2 177.715 187.994 159.041 1 20 ? H241 3PE 1101 A 1 HETATM 65 H H242 3PE . . . D 2 179.004 188.71 158.466 1 20 ? H242 3PE 1101 A 1 HETATM 66 H H251 3PE . . . D 2 180.187 187.656 160.364 1 20 ? H251 3PE 1101 A 1 HETATM 67 H H252 3PE . . . D 2 178.739 187.463 160.982 1 20 ? H252 3PE 1101 A 1 HETATM 68 H H261 3PE . . . D 2 178.385 189.732 161.04 1 20 ? H261 3PE 1101 A 1 HETATM 69 H H262 3PE . . . D 2 179.686 190.006 160.182 1 20 ? H262 3PE 1101 A 1 HETATM 70 H H271 3PE . . . D 2 180.741 188.819 162.203 1 20 ? H271 3PE 1101 A 1 HETATM 71 H H272 3PE . . . D 2 179.524 189.54 162.913 1 20 ? H272 3PE 1101 A 1 HETATM 72 H H281 3PE . . . D 2 180.306 191.597 161.858 1 20 ? H281 3PE 1101 A 1 HETATM 73 H H282 3PE . . . D 2 181.64 190.809 161.524 1 20 ? H282 3PE 1101 A 1 HETATM 74 H H291 3PE . . . D 2 181.392 190.34 164.062 1 20 ? H291 3PE 1101 A 1 HETATM 75 H H292 3PE . . . D 2 180.849 191.825 163.968 1 20 ? H292 3PE 1101 A 1 HETATM 76 H H2A1 3PE . . . D 2 182.89 192.42 162.847 1 20 ? H2A1 3PE 1101 A 1 HETATM 77 H H2A2 3PE . . . D 2 183.43 190.966 163.165 1 20 ? H2A2 3PE 1101 A 1 HETATM 78 H H2B1 3PE . . . D 2 182.646 192.76 165.217 1 20 ? H2B1 3PE 1101 A 1 HETATM 79 H H2B2 3PE . . . D 2 184.156 192.609 164.768 1 20 ? H2B2 3PE 1101 A 1 HETATM 80 H H2C1 3PE . . . D 2 184.03 190.288 165.371 1 20 ? H2C1 3PE 1101 A 1 HETATM 81 H H2C2 3PE . . . D 2 182.597 190.57 165.978 1 20 ? H2C2 3PE 1101 A 1 HETATM 82 H H2D1 3PE . . . D 2 184.313 190.611 167.647 1 20 ? H2D1 3PE 1101 A 1 HETATM 83 H H2D2 3PE . . . D 2 184.93 191.877 166.925 1 20 ? H2D2 3PE 1101 A 1 HETATM 84 H H2E1 3PE . . . D 2 183.169 193.19 167.496 1 20 ? H2E1 3PE 1101 A 1 HETATM 85 H H2E2 3PE . . . D 2 182.254 191.944 167.827 1 20 ? H2E2 3PE 1101 A 1 HETATM 86 H H2F1 3PE . . . D 2 183.732 191.494 169.697 1 20 ? H2F1 3PE 1101 A 1 HETATM 87 H H2F2 3PE . . . D 2 182.851 192.797 169.866 1 20 ? H2F2 3PE 1101 A 1 HETATM 88 H H2G1 3PE . . . D 2 184.857 193.908 168.816 1 20 ? H2G1 3PE 1101 A 1 HETATM 89 H H2G2 3PE . . . D 2 185.613 192.656 169.421 1 20 ? H2G2 3PE 1101 A 1 HETATM 90 H H2H1 3PE . . . D 2 184.087 194.494 170.957 1 20 ? H2H1 3PE 1101 A 1 HETATM 91 H H2H2 3PE . . . D 2 185.667 194.423 170.97 1 20 ? H2H2 3PE 1101 A 1 HETATM 92 H H2I1 3PE . . . D 2 183.9 192.49 172.046 1 20 ? H2I1 3PE 1101 A 1 HETATM 93 H H2I2 3PE . . . D 2 185.422 192.139 171.784 1 20 ? H2I2 3PE 1101 A 1 HETATM 94 H H2I3 3PE . . . D 2 185.037 193.263 172.832 1 20 ? H2I3 3PE 1101 A 1 HETATM 95 H HN3 3PE . . . D 2 186.102 182.645 148.446 1 20 ? HN3 3PE 1101 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 42 _model_server_stats.parse_time_ms 23 _model_server_stats.create_model_time_ms 54 _model_server_stats.query_time_ms 293 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 95 #