data_7M76 # _model_server_result.job_id lO-RYgnSKkhIXgqSKN2yug _model_server_result.datetime_utc '2024-11-13 05:56:16' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7m76 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":813}' # _entry.id 7M76 # _exptl.entry_id 7M76 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 893.489 _entity.id 14 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CHLOROPHYLL A' _entity.pdbx_number_of_molecules 95 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 7M76 _cell.length_a 284.269 _cell.length_b 284.269 _cell.length_c 165.746 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7M76 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 173 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 6c' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 63' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dodecameric 12 author_defined_assembly 1 PISA 33-meric 33 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE 1 1 A,B,C,D,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE 2 1,2,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_565 -y,x-y+1,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 -142.1345 246.184176 0 3 'crystal symmetry operation' 3_455 -x+y-1,-x,z -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 -284.269 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 14 N N N ? 14 O N N ? 14 P N N ? 14 Q N N ? 14 R N N ? 14 S N N ? 14 T N N ? 14 U N N ? 14 V N N ? 14 W N N ? 14 X N N ? 14 Y N N ? 14 Z N N ? 14 AA N N ? 14 BA N N ? 14 CA N N ? 14 DA N N ? 14 EA N N ? 14 FA N N ? 14 GA N N ? 14 HA N N ? 14 IA N N ? 14 JA N N ? 14 KA N N ? 14 LA N N ? 14 MA N N ? 14 NA N N ? 14 OA N N ? 14 PA N N ? 14 QA N N ? 14 RA N N ? 14 SA N N ? 14 TA N N ? 14 UA N N ? 14 VA N N ? 14 WA N N ? 14 XA N N ? 14 YA N N ? 14 ZA N N ? 14 AB N N ? 14 BB N N ? 14 CB N N ? 14 DB N N ? 14 EB N N ? 14 PB N N ? 14 SB N N ? 14 TB N N ? 14 UB N N ? 14 VB N N ? 14 WB N N ? 14 XB N N ? 14 YB N N ? 14 ZB N N ? 14 AC N N ? 14 BC N N ? 14 CC N N ? 14 DC N N ? 14 EC N N ? 14 FC N N ? 14 GC N N ? 14 HC N N ? 14 IC N N ? 14 JC N N ? 14 KC N N ? 14 LC N N ? 14 MC N N ? 14 NC N N ? 14 OC N N ? 14 PC N N ? 14 QC N N ? 14 RC N N ? 14 SC N N ? 14 TC N N ? 14 UC N N ? 14 VC N N ? 14 WC N N ? 14 XC N N ? 14 YC N N ? 14 ZC N N ? 14 AD N N ? 14 BD N N ? 14 CD N N ? 14 DD N N ? 14 ED N N ? 14 FD N N ? 14 SD N N ? 14 WD N N ? 14 XD N N ? 14 BE N N ? 14 DE N N ? 14 HE N N ? 14 IE N N ? 14 JE N N ? 14 OE N N ? 14 QE N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 F SG CYS 31 F CYS 8 1_555 F SG CYS 66 F CYS 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLN 115 A GLN 115 1_555 U MG CLA . A CLA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLN 123 A GLN 123 1_555 V MG CLA . A CLA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? metalc ? metalc3 A O THR 501 A THR 501 1_555 WA MG CLA . A CLA 837 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 578 A CYS 578 1_555 QB FE3 SF4 . B SF4 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 587 A CYS 587 1_555 QB FE2 SF4 . B SF4 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc6 N MG CLA . A CLA 802 1_555 RE O HOH . A HOH 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc7 Q O1A CLA . A CLA 805 1_555 X MG CLA . A CLA 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? metalc ? metalc8 CA MG CLA . A CLA 817 1_555 RE O HOH . A HOH 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc9 HA MG CLA . A CLA 822 1_555 RE O HOH . A HOH 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc10 MA MG CLA . A CLA 827 1_555 RE O HOH . A HOH 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc11 BB MG CLA . A CLA 842 1_555 RE O HOH . A HOH 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc12 DB MG CLA . A CLA 844 1_555 RE O HOH . A HOH 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc13 EB MG CLA . A CLA 845 1_555 NB O5 LHG . A LHG 854 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc14 PB MG CLA . A CLA 856 1_555 SE O HOH . B HOH 3101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc15 RE O HOH . A HOH 901 1_555 GE CA CA . L CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 92 B ASP 92 1_555 ZB MG CLA . B CLA 3010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc17 B OE1 GLN 94 B GLN 94 1_555 AC MG CLA . B CLA 3011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 133 B ASP 133 1_555 RB CA CA . B CA 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 200 B GLU 200 1_555 RB CA CA . B CA 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? metalc ? metalc20 B OH TYR 329 B TYR 329 1_555 OC MG CLA . B CLA 3025 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc21 B SG CYS 565 B CYS 565 1_555 QB FE4 SF4 . B SF4 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc22 B SG CYS 574 B CYS 574 1_555 QB FE1 SF4 . B SF4 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc23 RB CA CA . B CA 3002 1_555 SE O HOH . B HOH 3107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.77 ? metalc ? metalc24 JC MG CLA . B CLA 3020 1_555 SE O HOH . B HOH 3108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc25 MC MG CLA . B CLA 3023 1_555 SE O HOH . B HOH 3104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc26 PC MG CLA . B CLA 3026 1_555 SE O HOH . B HOH 3106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc27 ZC MG CLA . B CLA 3036 1_555 SE O HOH . B HOH 3102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc28 AD MG CLA . B CLA 3037 1_555 SE O HOH . B HOH 3105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc29 ED MG CLA . B CLA 3041 1_555 SE O HOH . B HOH 3103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.79 ? metalc ? metalc30 C SG CYS 10 C CYS 10 1_555 QD FE4 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc31 C SG CYS 13 C CYS 13 1_555 QD FE3 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc32 C SG CYS 16 C CYS 16 1_555 QD FE2 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc33 C SG CYS 20 C CYS 20 1_555 PD FE2 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc34 C SG CYS 47 C CYS 47 1_555 PD FE4 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc35 C SG CYS 50 C CYS 50 1_555 PD FE1 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc36 C SG CYS 53 C CYS 53 1_555 PD FE3 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc37 C SG CYS 57 C CYS 57 1_555 QD FE1 SF4 . 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NB CLA 813 A 1 HETATM 18 C C1B CLA . . . Y 14 -75.533 29.31 18.014 1 91.29 ? C1B CLA 813 A 1 HETATM 19 C C2B CLA . . . Y 14 -74.605 29.991 17.07 1 99.91 ? C2B CLA 813 A 1 HETATM 20 C C3B CLA . . . Y 14 -74.724 29.353 15.857 1 106.69 ? C3B CLA 813 A 1 HETATM 21 C C4B CLA . . . Y 14 -75.736 28.263 16.03 1 90.52 ? C4B CLA 813 A 1 HETATM 22 C CMB CLA . . . Y 14 -73.716 31.079 17.474 1 100.94 ? CMB CLA 813 A 1 HETATM 23 C CAB CLA . . . Y 14 -73.995 29.625 14.644 1 107.97 ? CAB CLA 813 A 1 HETATM 24 C CBB CLA . . . Y 14 -74.433 29.473 13.39 1 101.14 ? CBB CLA 813 A 1 HETATM 25 N NC CLA . . . Y 14 -77.531 25.855 16.48 1 95.59 ? NC CLA 813 A 1 HETATM 26 C C1C CLA . . . Y 14 -76.922 26.188 15.307 1 89.54 ? C1C CLA 813 A 1 HETATM 27 C C2C CLA . . . Y 14 -77.237 25.196 14.28 1 87.56 ? C2C CLA 813 A 1 HETATM 28 C C3C CLA . . . Y 14 -78.041 24.215 14.877 1 93 ? C3C CLA 813 A 1 HETATM 29 C C4C CLA . . . Y 14 -78.213 24.657 16.257 1 92.03 ? C4C CLA 813 A 1 HETATM 30 C CMC CLA . . . Y 14 -76.718 25.253 12.915 1 86.71 ? CMC CLA 813 A 1 HETATM 31 C CAC CLA . . . Y 14 -78.602 22.982 14.264 1 95.92 ? CAC CLA 813 A 1 HETATM 32 C CBC CLA . . . Y 14 -78.191 21.667 14.903 1 86.33 ? CBC CLA 813 A 1 HETATM 33 N ND CLA . . . Y 14 -78.477 25.488 19.088 1 95.04 ? ND CLA 813 A 1 HETATM 34 C C1D CLA . . . Y 14 -79.117 24.361 18.524 1 94.66 ? C1D CLA 813 A 1 HETATM 35 C C2D CLA . . . Y 14 -79.951 23.719 19.546 1 94.33 ? C2D CLA 813 A 1 HETATM 36 C C3D CLA . . . Y 14 -79.843 24.497 20.686 1 94.8 ? C3D CLA 813 A 1 HETATM 37 C C4D CLA . . . Y 14 -78.901 25.579 20.346 1 95.66 ? C4D CLA 813 A 1 HETATM 38 C CMD CLA . . . Y 14 -80.742 22.527 19.286 1 93.13 ? CMD CLA 813 A 1 HETATM 39 C CAD CLA . . . Y 14 -80.233 24.69 22.072 1 99.69 ? CAD CLA 813 A 1 HETATM 40 O OBD CLA . . . Y 14 -80.997 24.026 22.757 1 103.75 ? OBD CLA 813 A 1 HETATM 41 C CBD CLA . . . Y 14 -79.488 25.957 22.602 1 100.91 ? CBD CLA 813 A 1 HETATM 42 C CGD CLA . . . Y 14 -80.407 27.07 23.045 1 101.42 ? CGD CLA 813 A 1 HETATM 43 O O1D CLA . . . Y 14 -80.558 28.164 22.492 1 103.33 ? O1D CLA 813 A 1 HETATM 44 O O2D CLA . . . Y 14 -81.135 26.834 24.177 1 95 ? O2D CLA 813 A 1 HETATM 45 C CED CLA . . . Y 14 -81.383 27.954 25.018 1 93.56 ? CED CLA 813 A 1 HETATM 46 C C1 CLA . . . Y 14 -75.396 23.757 20.868 1 101.45 ? C1 CLA 813 A 1 HETATM 47 C C2 CLA . . . Y 14 -74.756 23.643 19.525 1 97.43 ? C2 CLA 813 A 1 HETATM 48 C C3 CLA . . . Y 14 -74.815 22.559 18.71 1 98.68 ? C3 CLA 813 A 1 HETATM 49 C C4 CLA . . . Y 14 -75.529 21.3 19.044 1 105.95 ? C4 CLA 813 A 1 HETATM 50 C C5 CLA . . . Y 14 -74.121 22.584 17.386 1 91.6 ? C5 CLA 813 A 1 HETATM 51 C C6 CLA . . . Y 14 -74.916 22.053 16.201 1 86.5 ? C6 CLA 813 A 1 HETATM 52 C C7 CLA . . . Y 14 -73.959 21.486 15.172 1 78.28 ? C7 CLA 813 A 1 HETATM 53 C C8 CLA . . . Y 14 -74.587 21.345 13.792 1 88.91 ? C8 CLA 813 A 1 HETATM 54 C C9 CLA . . . Y 14 -73.68 21.954 12.744 1 74.14 ? C9 CLA 813 A 1 HETATM 55 H HHB CLA . . . 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