data_7MBS # _model_server_result.job_id uuf-jk-shhmZtStXmBtbRg _model_server_result.datetime_utc '2025-07-19 13:36:53' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7mbs # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":1501}' # _entry.id 7MBS # _exptl.entry_id 7MBS _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7MBS _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7MBS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 J N N ? 2 O N N ? 2 U N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A ND2 ASN 921 A ASN 921 1_555 E C1 NAG . A NAG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale2 B ND2 ASN 921 B ASN 921 1_555 J C1 NAG . B NAG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale3 C ND2 ASN 921 C ASN 921 1_555 O C1 NAG . C NAG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale4 D ND2 ASN 921 D ASN 921 1_555 U C1 NAG . D NAG 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 212 A GLU 212 1_555 G CA CA . A CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc2 A O ASP 333 A ASP 333 1_555 G CA CA . A CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 336 A ASP 336 1_555 G CA CA . A CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 336 A ASP 336 1_555 G CA CA . A CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.983 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 337 A GLU 337 1_555 G CA CA . A CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 337 A GLU 337 1_555 G CA CA . A CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 768 A GLU 768 1_555 F CA CA . A CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLN 771 A GLN 771 1_555 F CA CA . A CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 794 A ASN 794 1_555 F CA CA . A CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 797 A ASP 797 1_555 F CA CA . A CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.626 ? metalc ? metalc11 F CA CA . A CA 1502 1_555 Y O HOH . A HOH 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc12 F CA CA . A CA 1502 1_555 Y O HOH . A HOH 1604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc13 B OE1 GLU 212 B GLU 212 1_555 L CA CA . B CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc14 B O ASP 333 B ASP 333 1_555 L CA CA . B CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 336 B ASP 336 1_555 L CA CA . B CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 336 B ASP 336 1_555 L CA CA . B CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.983 ? metalc ? metalc17 B OE1 GLU 337 B GLU 337 1_555 L CA CA . B CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc18 B OE2 GLU 337 B GLU 337 1_555 L CA CA . B CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLU 768 B GLU 768 1_555 K CA CA . B CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc20 B OE1 GLN 771 B GLN 771 1_555 K CA CA . B CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASN 794 B ASN 794 1_555 K CA CA . B CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc22 B OD2 ASP 797 B ASP 797 1_555 K CA CA . B CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? metalc ? metalc23 K CA CA . B CA 1502 1_555 Z O HOH . B HOH 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc24 K CA CA . B CA 1502 1_555 Z O HOH . B HOH 1604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc25 C OE1 GLU 212 C GLU 212 1_555 Q CA CA . C CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc26 C O ASP 333 C ASP 333 1_555 Q CA CA . C CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 336 C ASP 336 1_555 Q CA CA . C CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 336 C ASP 336 1_555 Q CA CA . C CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.984 ? metalc ? metalc29 C OE1 GLU 337 C GLU 337 1_555 Q CA CA . C CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc30 C OE2 GLU 337 C GLU 337 1_555 Q CA CA . C CA 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc31 C OE1 GLU 768 C GLU 768 1_555 P CA CA . C CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc32 C OE1 GLN 771 C GLN 771 1_555 P CA CA . C CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc33 C OD1 ASN 794 C ASN 794 1_555 P CA CA . C CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc34 C OD2 ASP 797 C ASP 797 1_555 P CA CA . C CA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? metalc ? metalc35 P CA CA . C CA 1502 1_555 AA O HOH . C HOH 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc36 P CA CA . C CA 1502 1_555 AA O HOH . C HOH 1604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc37 D OE1 GLU 212 D GLU 212 1_555 W CA CA . D CA 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? metalc ? metalc38 D O ASP 333 D ASP 333 1_555 W CA CA . D CA 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASP 336 D ASP 336 1_555 W CA CA . D CA 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? metalc ? metalc40 D OD2 ASP 336 D ASP 336 1_555 W CA CA . D CA 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.984 ? metalc ? metalc41 D OE1 GLU 337 D GLU 337 1_555 W CA CA . D CA 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc42 D OE2 GLU 337 D GLU 337 1_555 W CA CA . D CA 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc43 D OE1 GLU 768 D GLU 768 1_555 V CA CA . D CA 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? metalc ? metalc44 D OE1 GLN 771 D GLN 771 1_555 V CA CA . D CA 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc45 D OD1 ASN 794 D ASN 794 1_555 V CA CA . D CA 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc46 D OD2 ASP 797 D ASP 797 1_555 V CA CA . D CA 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? metalc ? metalc47 V CA CA . D CA 3003 1_555 BA O HOH . D HOH 3103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc48 V CA CA . D CA 3003 1_555 BA O HOH . D HOH 3104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 237 n n C1 O1 NAG sing 238 n n C1 O5 NAG sing 239 n n C1 H1 NAG sing 240 n n C2 C3 NAG sing 241 n n C2 N2 NAG sing 242 n n C2 H2 NAG sing 243 n n C3 C4 NAG sing 244 n n C3 O3 NAG sing 245 n n C3 H3 NAG sing 246 n n C4 C5 NAG sing 247 n n C4 O4 NAG sing 248 n n C4 H4 NAG sing 249 n n C5 C6 NAG sing 250 n n C5 O5 NAG sing 251 n n C5 H5 NAG sing 252 n n C6 O6 NAG sing 253 n n C6 H61 NAG sing 254 n n C6 H62 NAG sing 255 n n C7 C8 NAG sing 256 n n C7 N2 NAG sing 257 n n C7 O7 NAG doub 258 n n C8 H81 NAG sing 259 n n C8 H82 NAG sing 260 n n C8 H83 NAG sing 261 n n N2 HN2 NAG sing 262 n n O1 HO1 NAG sing 263 n n O3 HO3 NAG sing 264 n n O4 HO4 NAG sing 265 n n O6 HO6 NAG sing 266 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 7MBS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 NAG A 1 1501 1501 NAG NAG . F 3 CA A 1 1502 2001 CA CA . G 3 CA A 1 1503 2002 CA CA . H 4 YUV A 1 1504 3002 YUV DIO . I 5 YUY A 1 1505 3001 YUY GDP . J 2 NAG B 1 1501 1501 NAG NAG . K 3 CA B 1 1502 2001 CA CA . L 3 CA B 1 1503 2002 CA CA . M 4 YUV B 1 1504 3002 YUV DIO . N 5 YUY B 1 1505 3001 YUY GDP . O 2 NAG C 1 1501 1501 NAG NAG . P 3 CA C 1 1502 2001 CA CA . Q 3 CA C 1 1503 2002 CA CA . R 4 YUV C 1 1504 3002 YUV DIO . S 5 YUY C 1 1505 3001 YUY GDP . T 5 YUY D 1 3001 3001 YUY GDP . U 2 NAG D 1 3002 1501 NAG NAG . V 3 CA D 1 3003 2001 CA CA . W 3 CA D 1 3004 2002 CA CA . X 4 YUV D 1 3005 3002 YUV DIO . Y 6 HOH A 1 1601 2005 HOH HOH . Y 6 HOH A 2 1602 2006 HOH HOH . Y 6 HOH A 3 1603 2003 HOH HOH . Y 6 HOH A 4 1604 2004 HOH HOH . Z 6 HOH B 1 1601 2005 HOH HOH . Z 6 HOH B 2 1602 2006 HOH HOH . Z 6 HOH B 3 1603 2003 HOH HOH . Z 6 HOH B 4 1604 2004 HOH HOH . AA 6 HOH C 1 1601 2005 HOH HOH . AA 6 HOH C 2 1602 2006 HOH HOH . AA 6 HOH C 3 1603 2003 HOH HOH . AA 6 HOH C 4 1604 2004 HOH HOH . BA 6 HOH D 1 3101 2005 HOH HOH . BA 6 HOH D 2 3102 2006 HOH HOH . BA 6 HOH D 3 3103 2003 HOH HOH . BA 6 HOH D 4 3104 2004 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . J 2 146.696 167.832 220.263 1 71.76 ? C1 NAG 1501 B 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . J 2 147.294 166.605 220.957 1 71.76 ? C2 NAG 1501 B 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . J 2 146.656 166.38 222.32 1 71.76 ? C3 NAG 1501 B 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . J 2 146.797 167.648 223.144 1 71.76 ? C4 NAG 1501 B 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . J 2 146.217 168.834 222.381 1 71.76 ? C5 NAG 1501 B 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . J 2 146.376 170.117 223.186 1 71.76 ? C6 NAG 1501 B 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . J 2 148.115 165.027 219.305 1 71.76 ? C7 NAG 1501 B 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . J 2 147.782 163.867 218.415 1 71.76 ? C8 NAG 1501 B 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . J 2 147.15 165.419 220.132 1 71.76 ? N2 NAG 1501 B 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . J 2 147.312 165.295 222.985 1 71.76 ? O3 NAG 1501 B 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . J 2 146.11 167.489 224.39 1 71.76 ? O4 NAG 1501 B 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . J 2 146.843 168.983 221.102 1 71.76 ? O5 NAG 1501 B 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . J 2 145.894 169.903 224.517 1 71.76 ? O6 NAG 1501 B 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . J 2 149.205 165.579 219.27 1 71.76 ? O7 NAG 1501 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 45 _model_server_stats.query_time_ms 327 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 14 #