data_7MFM # _model_server_result.job_id kmv6xXtT6-r4oYaeghuKdw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 18:29:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7mfm # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":1601}' # _entry.id 7MFM # _exptl.entry_id 7MFM _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 456.344 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7MFM _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7MFM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 K N N ? 4 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 D SG CYS 54 I CYS 54 1_555 P S1 SF4 . I SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? covale ? covale2 E SG CYS 54 J CYS 54 1_555 S S1 SF4 . J SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 1113 G CYS 1113 1_555 L FE4 F3S . G F3S 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 1119 G CYS 1119 1_555 L FE3 F3S . G F3S 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 1124 G CYS 1124 1_555 L FE1 F3S . G F3S 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc4 C SG CYS 1113 H CYS 1113 1_555 N FE4 F3S . H F3S 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc5 C SG CYS 1119 H CYS 1119 1_555 N FE3 F3S . H F3S 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc6 C SG CYS 1124 H CYS 1124 1_555 N FE1 F3S . H F3S 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc7 D SG CYS 46 I CYS 46 1_555 P FE3 SF4 . I SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc8 D SG CYS 49 I CYS 49 1_555 P FE1 SF4 . I SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc9 D SG CYS 49 I CYS 49 1_555 P FE2 SF4 . I SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc10 D SG CYS 54 I CYS 54 1_555 P FE4 SF4 . I SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc11 D SG CYS 54 I CYS 54 1_555 P FE2 SF4 . I SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc12 D SG CYS 67 I CYS 67 1_555 Q FE2 SF4 . I SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc13 D SG CYS 106 I CYS 106 1_555 Q FE1 SF4 . I SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc14 D SG CYS 110 I CYS 110 1_555 Q FE3 SF4 . I SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc15 D SG CYS 114 I CYS 114 1_555 P FE1 SF4 . I SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc16 D SG CYS 114 I CYS 114 1_555 P FE4 SF4 . I SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc17 D OE1 GLU 129 I GLU 129 1_555 Q FE4 SF4 . I SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc ? metalc18 E SG CYS 46 J CYS 46 1_555 S FE3 SF4 . J SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc19 E SG CYS 49 J CYS 49 1_555 S FE2 SF4 . J SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc20 E SG CYS 49 J CYS 49 1_555 S FE1 SF4 . J SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc21 E SG CYS 54 J CYS 54 1_555 S FE2 SF4 . J SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc22 E SG CYS 54 J CYS 54 1_555 S FE4 SF4 . J SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc23 E SG CYS 67 J CYS 67 1_555 T FE2 SF4 . J SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc24 E SG CYS 106 J CYS 106 1_555 T FE1 SF4 . J SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc25 E SG CYS 110 J CYS 110 1_555 T FE3 SF4 . J SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc26 E SG CYS 114 J CYS 114 1_555 S FE1 SF4 . J SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc27 E SG CYS 114 J CYS 114 1_555 S FE4 SF4 . J SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc28 E OE1 GLU 129 J GLU 129 1_555 T FE4 SF4 . J SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? # _chem_comp.formula 'C17 H21 N4 O9 P' _chem_comp.formula_weight 456.344 _chem_comp.id FMN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' # _atom_sites.entry_id 7MFM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 4 FMN G 1 1601 1511 FMN FMN . L 5 F3S G 1 1602 1512 F3S F3S . M 4 FMN H 1 1601 1511 FMN FMN . N 5 F3S H 1 1602 1512 F3S F3S . O 6 FAD I 1 601 501 FAD FAD . P 7 SF4 I 1 602 502 SF4 SF4 . Q 7 SF4 I 1 603 503 SF4 SF4 . R 6 FAD J 1 601 501 FAD FAD . S 7 SF4 J 1 602 502 SF4 SF4 . T 7 SF4 J 1 603 503 SF4 SF4 . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 FMN . . . M 4 239.056 247.654 169.293 1 83.25 ? N1 FMN 1601 H 1 HETATM 2 C C2 FMN . . . M 4 238.585 248.877 169.716 1 83.25 ? C2 FMN 1601 H 1 HETATM 3 O O2 FMN . . . M 4 237.424 249.199 169.479 1 83.25 ? O2 FMN 1601 H 1 HETATM 4 N N3 FMN . . . M 4 239.414 249.739 170.401 1 83.25 ? N3 FMN 1601 H 1 HETATM 5 C C4 FMN . . . M 4 240.716 249.374 170.665 1 83.25 ? C4 FMN 1601 H 1 HETATM 6 O O4 FMN . . . M 4 241.459 250.139 171.276 1 83.25 ? O4 FMN 1601 H 1 HETATM 7 C C4A FMN . . . M 4 241.19 248.141 170.24 1 83.25 ? C4A FMN 1601 H 1 HETATM 8 N N5 FMN . . . M 4 242.49 247.784 170.507 1 83.25 ? N5 FMN 1601 H 1 HETATM 9 C C5A FMN . . . M 4 242.965 246.563 170.088 1 83.25 ? C5A FMN 1601 H 1 HETATM 10 C C6 FMN . . . M 4 244.28 246.221 170.366 1 83.25 ? C6 FMN 1601 H 1 HETATM 11 C C7 FMN . . . M 4 244.788 244.996 169.959 1 83.25 ? C7 FMN 1601 H 1 HETATM 12 C C7M FMN . . . M 4 246.218 244.669 170.279 1 83.25 ? C7M FMN 1601 H 1 HETATM 13 C C8 FMN . . . M 4 243.968 244.115 169.262 1 83.25 ? C8 FMN 1601 H 1 HETATM 14 C C8M FMN . . . M 4 244.468 242.78 168.8 1 83.25 ? C8M FMN 1601 H 1 HETATM 15 C C9 FMN . . . M 4 242.653 244.46 168.984 1 83.25 ? C9 FMN 1601 H 1 HETATM 16 C C9A FMN . . . M 4 242.138 245.686 169.395 1 83.25 ? C9A FMN 1601 H 1 HETATM 17 N N10 FMN . . . M 4 240.825 246.042 169.123 1 83.25 ? N10 FMN 1601 H 1 HETATM 18 C C10 FMN . . . M 4 240.356 247.272 169.55 1 83.25 ? C10 FMN 1601 H 1 HETATM 19 C C1' FMN . . . M 4 239.898 245.114 168.378 1 83.25 ? C1' FMN 1601 H 1 HETATM 20 C C2' FMN . . . M 4 240.092 245.264 166.875 1 83.25 ? C2' FMN 1601 H 1 HETATM 21 O O2' FMN . . . M 4 240.334 246.62 166.589 1 83.25 ? O2' FMN 1601 H 1 HETATM 22 C C3' FMN . . . M 4 238.871 244.81 166.074 1 83.25 ? C3' FMN 1601 H 1 HETATM 23 O O3' FMN . . . M 4 237.747 245.551 166.495 1 83.25 ? O3' FMN 1601 H 1 HETATM 24 C C4' FMN . . . M 4 238.548 243.32 166.193 1 83.25 ? C4' FMN 1601 H 1 HETATM 25 O O4' FMN . . . M 4 238.255 242.979 167.528 1 83.25 ? O4' FMN 1601 H 1 HETATM 26 C C5' FMN . . . M 4 239.689 242.448 165.688 1 83.25 ? C5' FMN 1601 H 1 HETATM 27 O O5' FMN . . . M 4 239.287 241.101 165.625 1 83.25 ? O5' FMN 1601 H 1 HETATM 28 P P FMN . . . M 4 240.372 239.971 165.261 1 83.25 ? P FMN 1601 H 1 HETATM 29 O O1P FMN . . . M 4 241.475 240.039 166.287 1 83.25 ? O1P FMN 1601 H 1 HETATM 30 O O2P FMN . . . M 4 239.733 238.608 165.313 1 83.25 ? O2P FMN 1601 H 1 HETATM 31 O O3P FMN . . . M 4 240.933 240.223 163.884 1 83.25 ? O3P FMN 1601 H 1 HETATM 32 H HN3 FMN . . . M 4 239.085 250.694 170.643 1 83.25 ? HN3 FMN 1601 H 1 HETATM 33 H H6 FMN . . . M 4 244.945 246.957 170.816 1 83.25 ? H6 FMN 1601 H 1 HETATM 34 H HM71 FMN . . . M 4 246.642 244.006 169.528 1 83.25 ? HM71 FMN 1601 H 1 HETATM 35 H HM72 FMN . . . M 4 246.262 244.181 171.252 1 83.25 ? HM72 FMN 1601 H 1 HETATM 36 H HM73 FMN . . . M 4 246.797 245.591 170.313 1 83.25 ? HM73 FMN 1601 H 1 HETATM 37 H HM81 FMN . . . M 4 243.649 242.228 168.34 1 83.25 ? HM81 FMN 1601 H 1 HETATM 38 H HM82 FMN . . . M 4 244.854 242.222 169.651 1 83.25 ? HM82 FMN 1601 H 1 HETATM 39 H HM83 FMN . . . M 4 245.261 242.924 168.068 1 83.25 ? HM83 FMN 1601 H 1 HETATM 40 H H9 FMN . . . M 4 242.108 243.874 168.246 1 83.25 ? H9 FMN 1601 H 1 HETATM 41 H "H1'1" FMN . . . M 4 238.862 245.329 168.629 1 83.25 ? "H1'1" FMN 1601 H 1 HETATM 42 H "H1'2" FMN . . . M 4 240.076 244.081 168.668 1 83.25 ? "H1'2" FMN 1601 H 1 HETATM 43 H H2' FMN . . . M 4 240.956 244.677 166.574 1 83.25 ? H2' FMN 1601 H 1 HETATM 44 H HO2' FMN . . . M 4 239.61 246.96 166.024 1 83.25 ? HO2' FMN 1601 H 1 HETATM 45 H H3' FMN . . . M 4 239.065 245.025 165.024 1 83.25 ? H3' FMN 1601 H 1 HETATM 46 H HO3' FMN . . . M 4 237.047 244.935 166.794 1 83.25 ? HO3' FMN 1601 H 1 HETATM 47 H H4' FMN . . . M 4 237.675 243.117 165.573 1 83.25 ? H4' FMN 1601 H 1 HETATM 48 H HO4' FMN . . . M 4 238.891 242.3 167.834 1 83.25 ? HO4' FMN 1601 H 1 HETATM 49 H "H5'1" FMN . . . M 4 240.542 242.533 166.359 1 83.25 ? "H5'1" FMN 1601 H 1 HETATM 50 H "H5'2" FMN . . . M 4 239.995 242.785 164.699 1 83.25 ? "H5'2" FMN 1601 H 1 # _model_server_stats.io_time_ms 67 _model_server_stats.parse_time_ms 33 _model_server_stats.create_model_time_ms 512 _model_server_stats.query_time_ms 301 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 50 #