data_7MH1
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_model_server_result.job_id            Z9K65isT59L2WlbAhEiUsg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-18 15:25:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7mh1 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":602}' 
#
_entry.id    7MH1 
#
_exptl.entry_id    7MH1 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              483.156 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 J N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 O N N 
? 2 R N N 
? 2 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 70 H ASP 70 1_555 F MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
metalc ? metalc2 E O2A CTP . H CTP 601 1_555 F MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? 
metalc ? metalc3 E O1G CTP . H CTP 601 1_555 F MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc4 G O2A CTP . H CTP 603 1_555 I MG MG . J MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc5 G O1B CTP . H CTP 603 1_555 I MG MG . J MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc6 G O1G CTP . H CTP 603 1_555 I MG MG . J MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc7 H MG MG . H MG 604 1_555 L O1A CTP . J CTP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc8 H MG MG . H MG 604 1_555 L O2B CTP . J CTP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc9 H MG MG . H MG 604 1_555 L O3G CTP . J CTP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc10 B OD1 ASP 70 J ASP 70 1_555 K MG MG . J MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
metalc ? metalc11 J O1A CTP . J CTP 602 1_555 K MG MG . J MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc12 J O2G CTP . J CTP 602 1_555 K MG MG . J MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASP 70 K ASP 70 1_555 N MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
metalc ? metalc14 M O1A CTP . K CTP 601 1_555 N MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc15 M O2G CTP . K CTP 601 1_555 N MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc16 O O1A CTP . K CTP 603 1_555 Q MG MG . L MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc17 O O2B CTP . K CTP 603 1_555 Q MG MG . L MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc18 O O3G CTP . K CTP 603 1_555 Q MG MG . L MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc19 P MG MG . K MG 604 1_555 T O1G CTP . L CTP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc20 P MG MG . K MG 604 1_555 T O2A CTP . L CTP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc21 P MG MG . K MG 604 1_555 T O1B CTP . L CTP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc22 D OD1 ASP 70 L ASP 70 1_555 S MG MG . L MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
metalc ? metalc23 R O2A CTP . L CTP 602 1_555 S MG MG . L MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? 
metalc ? metalc24 R O1G CTP . L CTP 602 1_555 S MG MG . L MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H16 N3 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    483.156 
_chem_comp.id                CTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 CTP sing 70 n n 
N1 C6 CTP sing 71 n n 
N1 C1' CTP sing 72 n n 
C2 N3 CTP sing 73 n n 
C2 O2 CTP doub 74 n n 
N3 C4 CTP doub 75 n n 
C4 C5 CTP sing 76 n n 
C4 N4 CTP sing 77 n n 
C5 C6 CTP doub 78 n n 
C5 H5 CTP sing 79 n n 
C6 H6 CTP sing 80 n n 
N4 HN41 CTP sing 81 n n 
N4 HN42 CTP sing 82 n n 
C1' C2' CTP sing 83 n n 
C1' O4' CTP sing 84 n n 
C1' H1' CTP sing 85 n n 
C2' O2' CTP sing 86 n n 
C2' C3' CTP sing 87 n n 
C2' H2' CTP sing 88 n n 
O2' HO2' CTP sing 89 n n 
C3' C4' CTP sing 90 n n 
C3' O3' CTP sing 91 n n 
C3' H3' CTP sing 92 n n 
C4' O4' CTP sing 93 n n 
C4' C5' CTP sing 94 n n 
C4' H4' CTP sing 95 n n 
O3' HO3' CTP sing 96 n n 
C5' O5' CTP sing 97 n n 
C5' "H5'1" CTP sing 98 n n 
C5' "H5'2" CTP sing 99 n n 
O5' PA CTP sing 100 n n 
PA O1A CTP doub 101 n n 
PA O2A CTP sing 102 n n 
PA O3A CTP sing 103 n n 
O2A HOA2 CTP sing 104 n n 
O3A PB CTP sing 105 n n 
PB O1B CTP doub 106 n n 
PB O2B CTP sing 107 n n 
PB O3B CTP sing 108 n n 
O2B HOB2 CTP sing 109 n n 
O3B PG CTP sing 110 n n 
PG O1G CTP doub 111 n n 
PG O2G CTP sing 112 n n 
PG O3G CTP sing 113 n n 
O2G HOG2 CTP sing 114 n n 
O3G HOG3 CTP sing 115 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7MH1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 CTP H 1 601 602 CTP CTP . 
F 3 MG H 1 602 2 MG MG . 
G 2 CTP H 1 603 601 CTP CTP . 
H 3 MG H 1 604 3 MG MG . 
I 3 MG J 1 601 3 MG MG . 
J 2 CTP J 1 602 602 CTP CTP . 
K 3 MG J 1 603 2 MG MG . 
L 2 CTP J 1 604 601 CTP CTP . 
M 2 CTP K 1 601 602 CTP CTP . 
N 3 MG K 1 602 2 MG MG . 
O 2 CTP K 1 603 601 CTP CTP . 
P 3 MG K 1 604 3 MG MG . 
Q 3 MG L 1 601 3 MG MG . 
R 2 CTP L 1 602 602 CTP CTP . 
S 3 MG L 1 603 2 MG MG . 
T 2 CTP L 1 604 601 CTP CTP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 CTP . . . R 2 131.584 140.294 146.762 1 35.99 ? N1 CTP 602 L 1 
HETATM 2 C C2 CTP . . . R 2 131.053 139.528 145.703 1 35.99 ? C2 CTP 602 L 1 
HETATM 3 N N3 CTP . . . R 2 131.79 139.306 144.591 1 35.99 ? N3 CTP 602 L 1 
HETATM 4 C C4 CTP . . . R 2 133.037 139.814 144.487 1 35.99 ? C4 CTP 602 L 1 
HETATM 5 C C5 CTP . . . R 2 133.57 140.569 145.525 1 35.99 ? C5 CTP 602 L 1 
HETATM 6 C C6 CTP . . . R 2 132.817 140.801 146.669 1 35.99 ? C6 CTP 602 L 1 
HETATM 7 O O2 CTP . . . R 2 129.9 139.056 145.791 1 35.99 ? O2 CTP 602 L 1 
HETATM 8 N N4 CTP . . . R 2 133.768 139.587 143.37 1 35.99 ? N4 CTP 602 L 1 
HETATM 9 C C1' CTP . . . R 2 130.782 140.532 147.966 1 35.99 ? C1' CTP 602 L 1 
HETATM 10 C C2' CTP . . . R 2 130.764 139.279 148.827 1 35.99 ? C2' CTP 602 L 1 
HETATM 11 O O2' CTP . . . R 2 129.426 138.771 148.915 1 35.99 ? O2' CTP 602 L 1 
HETATM 12 C C3' CTP . . . R 2 131.332 139.685 150.179 1 35.99 ? C3' CTP 602 L 1 
HETATM 13 C C4' CTP . . . R 2 131.708 141.155 150.055 1 35.99 ? C4' CTP 602 L 1 
HETATM 14 O O4' CTP . . . R 2 131.369 141.586 148.735 1 35.99 ? O4' CTP 602 L 1 
HETATM 15 O O3' CTP . . . R 2 130.391 139.518 151.249 1 35.99 ? O3' CTP 602 L 1 
HETATM 16 C C5' CTP . . . R 2 133.198 141.363 150.298 1 35.99 ? C5' CTP 602 L 1 
HETATM 17 O O5' CTP . . . R 2 133.61 142.592 149.701 1 35.99 ? O5' CTP 602 L 1 
HETATM 18 P PA CTP . . . R 2 135.118 142.775 149.167 1 35.99 ? PA CTP 602 L 1 
HETATM 19 O O1A CTP . . . R 2 135.06 143.399 147.793 1 35.99 ? O1A CTP 602 L 1 
HETATM 20 O O2A CTP . . . R 2 135.852 141.472 149.373 1 35.99 ? O2A CTP 602 L 1 
HETATM 21 O O3A CTP . . . R 2 135.725 143.863 150.189 1 35.99 ? O3A CTP 602 L 1 
HETATM 22 P PB CTP . . . R 2 135.772 143.564 151.77 1 35.99 ? PB CTP 602 L 1 
HETATM 23 O O1B CTP . . . R 2 135.809 142.067 151.967 1 35.99 ? O1B CTP 602 L 1 
HETATM 24 O O2B CTP . . . R 2 134.695 144.386 152.437 1 35.99 ? O2B CTP 602 L 1 
HETATM 25 O O3B CTP . . . R 2 137.203 144.164 152.201 1 35.99 ? O3B CTP 602 L 1 
HETATM 26 P PG CTP . . . R 2 138.523 143.85 151.334 1 35.99 ? PG CTP 602 L 1 
HETATM 27 O O1G CTP . . . R 2 138.063 142.831 150.321 1 35.99 ? O1G CTP 602 L 1 
HETATM 28 O O2G CTP . . . R 2 138.896 145.191 150.745 1 35.99 ? O2G CTP 602 L 1 
HETATM 29 O O3G CTP . . . R 2 139.507 143.32 152.349 1 35.99 ? O3G CTP 602 L 1 
HETATM 30 H H5 CTP . . . R 2 134.567 140.974 145.442 1 35.99 ? H5 CTP 602 L 1 
HETATM 31 H H6 CTP . . . R 2 133.224 141.388 147.479 1 35.99 ? H6 CTP 602 L 1 
HETATM 32 H HN41 CTP . . . R 2 134.7 139.966 143.292 1 35.99 ? HN41 CTP 602 L 1 
HETATM 33 H HN42 CTP . . . R 2 133.381 139.038 142.616 1 35.99 ? HN42 CTP 602 L 1 
HETATM 34 H H1' CTP . . . R 2 129.764 140.803 147.684 1 35.99 ? H1' CTP 602 L 1 
HETATM 35 H H2' CTP . . . R 2 131.407 138.523 148.377 1 35.99 ? H2' CTP 602 L 1 
HETATM 36 H HO2' CTP . . . R 2 128.984 138.882 148.07 1 35.99 ? HO2' CTP 602 L 1 
HETATM 37 H H3' CTP . . . R 2 132.226 139.098 150.388 1 35.99 ? H3' CTP 602 L 1 
HETATM 38 H H4' CTP . . . R 2 131.139 141.736 150.781 1 35.99 ? H4' CTP 602 L 1 
HETATM 39 H HO3' CTP . . . R 2 130.155 138.59 151.326 1 35.99 ? HO3' CTP 602 L 1 
HETATM 40 H "H5'1" CTP . . . R 2 133.389 141.398 151.371 1 35.99 ? "H5'1" CTP 602 L 1 
HETATM 41 H "H5'2" CTP . . . R 2 133.757 140.538 149.856 1 35.99 ? "H5'2" CTP 602 L 1 
#
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