data_7MI5 # _model_server_result.job_id 3fs2a4pb2qX4spNhzc1qMQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 23:05:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7mi5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":601}' # _entry.id 7MI5 # _exptl.entry_id 7MI5 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id I _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 22 A CYS 22 1_555 I S3 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? covale ? covale2 A SG CYS 187 A CYS 187 1_555 I S1 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 22 A CYS 22 1_555 I FE1 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? metalc ? metalc2 A NE2 HIS 48 A HIS 48 1_555 O MN MN . H MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.916 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 100 A ASP 100 1_555 O MN MN . H MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? metalc ? metalc4 A O TYR 101 A TYR 101 1_555 O MN MN . H MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 187 A CYS 187 1_555 I FE4 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 190 A CYS 190 1_555 I FE3 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 196 A CYS 196 1_555 I FE2 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 380 A GLU 380 1_555 J MN MN . A MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 466 A GLU 466 1_555 J MN MN . A MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc10 B OE1 GLU 466 B GLU 466 1_555 K MN MN . B MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc11 B OE2 GLU 466 B GLU 466 1_555 K MN MN . B MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? metalc ? metalc12 D OE1 GLU 466 D GLU 466 1_555 L MN MN . D MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc13 D OE2 GLU 466 D GLU 466 1_555 L MN MN . D MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc14 E O TYR 9 E TYR 9 1_555 M MN MN . E MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? metalc ? metalc15 E OD1 ASP 10 E ASP 10 1_555 M MN MN . E MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.973 ? metalc ? metalc16 E OG SER 34 E SER 34 1_555 M MN MN . E MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc17 M MN MN . E MN 101 1_555 H OP1 DC 15 H DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.941 ? metalc ? metalc18 F O TYR 9 F TYR 9 1_555 N MN MN . F MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc19 F OD1 ASP 10 F ASP 10 1_555 N MN MN . F MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.973 ? metalc ? metalc20 F OG SER 34 F SER 34 1_555 N MN MN . F MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc21 N MN MN . F MN 101 1_555 G OP1 DC 15 G DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? metalc ? metalc22 H OP1 DG 32 H DG 32 1_555 O MN MN . H MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.716 ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog1 G N4 DC 3 G DC 3 1_555 H O6 DG 23 H DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog2 G O2 DC 3 G DC 3 1_555 H N2 DG 24 H DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog3 G N3 DC 4 G DC 4 1_555 H N2 DG 23 H DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog4 G O4 DT 6 G DT 6 1_555 H N6 DA 21 H DA 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 G N3 DC 7 G DC 7 1_555 H N1 DG 20 H DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 G N4 DC 7 G DC 7 1_555 H O6 DG 20 H DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 G O2 DC 7 G DC 7 1_555 H N2 DG 20 H DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 G N1 DG 8 G DG 8 1_555 H N3 DC 19 H DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 G N2 DG 8 G DG 8 1_555 H O2 DC 19 H DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 G O6 DG 8 G DG 8 1_555 H N4 DC 19 H DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 G N3 DT 9 G DT 9 1_555 H N1 DA 18 H DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 G O4 DT 9 G DT 9 1_555 H N6 DA 18 H DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 G N1 DG 10 G DG 10 1_555 H N3 DC 17 H DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 G N2 DG 10 G DG 10 1_555 H O2 DC 17 H DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 G O6 DG 10 G DG 10 1_555 H N4 DC 17 H DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 G N1 DA 11 G DA 11 1_555 H N3 DT 16 H DT 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 G N6 DA 11 G DA 11 1_555 H O4 DT 16 H DT 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 G N1 DG 12 G DG 12 1_555 H N3 DC 15 H DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 G N2 DG 12 G DG 12 1_555 H O2 DC 15 H DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 G O6 DG 12 G DG 12 1_555 H N4 DC 15 H DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog21 G N1 DG 13 G DG 13 1_555 H O2 DC 14 H DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog22 G N2 DG 13 G DG 13 1_555 H N3 DC 14 H DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog23 G N3 DC 14 G DC 14 1_555 H N2 DG 13 H DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog24 G O2 DC 14 G DC 14 1_555 H N1 DG 13 H DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 G N3 DC 15 G DC 15 1_555 H N1 DG 12 H DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 G N4 DC 15 G DC 15 1_555 H O6 DG 12 H DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 G O2 DC 15 G DC 15 1_555 H N2 DG 12 H DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 G N3 DT 16 G DT 16 1_555 H N1 DA 11 H DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 G O4 DT 16 G DT 16 1_555 H N6 DA 11 H DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 G N3 DC 17 G DC 17 1_555 H N1 DG 10 H DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 G N4 DC 17 G DC 17 1_555 H O6 DG 10 H DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 G O2 DC 17 G DC 17 1_555 H N2 DG 10 H DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog33 G N1 DA 18 G DA 18 1_555 H N3 DT 9 H DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog34 G N1 DG 19 G DG 19 1_555 H O2 DC 8 H DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog35 G N2 DG 19 G DG 19 1_555 H N3 DC 8 H DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog36 G N3 DC 20 G DC 20 1_555 H N2 DG 7 H DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog37 G O2 DC 20 G DC 20 1_555 H N1 DG 7 H DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 G N3 DT 21 G DT 21 1_555 H N1 DA 6 H DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 G O4 DT 21 G DT 21 1_555 H N6 DA 6 H DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog40 G N6 DA 22 G DA 22 1_555 H O4 DT 5 H DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 G N3 DC 23 G DC 23 1_555 H N1 DG 4 H DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 G N4 DC 23 G DC 23 1_555 H O6 DG 4 H DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 G O2 DC 23 G DC 23 1_555 H N2 DG 4 H DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 G N1 DG 24 G DG 24 1_555 H N3 DC 3 H DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 G N2 DG 24 G DG 24 1_555 H O2 DC 3 H DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 G O6 DG 24 G DG 24 1_555 H N4 DC 3 H DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7MI5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 SF4 A 1 601 601 SF4 SF4 . J 6 MN A 1 602 701 MN MN . K 6 MN B 1 701 701 MN MN . L 6 MN D 1 701 701 MN MN . M 6 MN E 1 101 101 MN MN . N 6 MN F 1 101 101 MN MN . O 6 MN H 1 801 801 MN MN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . I 5 150.374 120.667 157.728 1 130.73 ? FE1 SF4 601 A 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . I 5 152.027 122.805 158.058 1 130.73 ? FE2 SF4 601 A 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . I 5 150.334 122.72 155.927 1 130.73 ? FE3 SF4 601 A 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . I 5 152.467 121.032 156.041 1 130.73 ? FE4 SF4 601 A 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . I 5 152.523 123.297 155.901 1 130.73 ? S1 SF4 601 A 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . I 5 150.343 120.502 155.458 1 130.73 ? S2 SF4 601 A 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . I 5 152.576 120.613 158.273 1 130.73 ? S3 SF4 601 A 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . I 5 149.762 122.817 158.123 1 130.73 ? S4 SF4 601 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 29 _model_server_stats.query_time_ms 300 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 8 #