data_7MID # _model_server_result.job_id GKAi8itgYx4ErmK7bFMXag _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 23:15:09' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7mid # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":601}' # _entry.id 7MID # _exptl.entry_id 7MID _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id G _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 22 A CYS 22 1_555 G S3 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? covale ? covale2 A SG CYS 187 A CYS 187 1_555 G S1 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 22 A CYS 22 1_555 G FE1 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc2 A NE2 HIS 48 A HIS 48 1_555 L MN MN . F MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.827 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 87 A ASP 87 1_555 L MN MN . F MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.848 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 100 A ASP 100 1_555 L MN MN . F MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc5 A O TYR 101 A TYR 101 1_555 L MN MN . F MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 187 A CYS 187 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 190 A CYS 190 1_555 G FE3 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 196 A CYS 196 1_555 G FE2 SF4 . A SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 380 A GLU 380 1_555 H MN MN . A MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc10 A OE2 GLU 466 A GLU 466 1_555 H MN MN . A MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc11 B OE2 GLU 380 B GLU 380 1_555 I MN MN . B MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.841 ? metalc ? metalc12 B OE1 GLU 466 B GLU 466 1_555 I MN MN . B MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc13 C O TYR 9 C TYR 9 1_555 J MN MN . C MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.753 ? metalc ? metalc14 C OD1 ASP 10 C ASP 10 1_555 J MN MN . C MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc15 C OG SER 34 C SER 34 1_555 J MN MN . C MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.833 ? metalc ? metalc16 J MN MN . C MN 101 1_555 F OP1 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc17 D O TYR 9 D TYR 9 1_555 K MN MN . D MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc18 D OD1 ASP 10 D ASP 10 1_555 K MN MN . D MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? metalc ? metalc19 D OG SER 34 D SER 34 1_555 K MN MN . D MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? metalc ? metalc20 K MN MN . D MN 101 1_555 E OP1 DC 15 E DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 E N3 DC 3 E DC 3 1_555 F N1 DG 24 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 E N4 DC 3 E DC 3 1_555 F O6 DG 24 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 E O2 DC 3 E DC 3 1_555 F N2 DG 24 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 E N3 DC 4 E DC 4 1_555 F N1 DG 23 F DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 E N4 DC 4 E DC 4 1_555 F O6 DG 23 F DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 E O2 DC 4 E DC 4 1_555 F N2 DG 23 F DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DA MISPAIR' hydrog7 E N1 DA 5 E DA 5 1_555 F N6 DA 21 F DA 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 E N3 DC 7 E DC 7 1_555 F N1 DG 20 F DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 E N4 DC 7 E DC 7 1_555 F O6 DG 20 F DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 E O2 DC 7 E DC 7 1_555 F N2 DG 20 F DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog11 E N2 DG 8 E DG 8 1_555 F N3 DC 19 F DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 E N1 DG 10 E DG 10 1_555 F N3 DC 17 F DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 E N2 DG 10 E DG 10 1_555 F O2 DC 17 F DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 E O6 DG 10 E DG 10 1_555 F N4 DC 17 F DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 E N1 DA 11 E DA 11 1_555 F N3 DT 16 F DT 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 E N6 DA 11 E DA 11 1_555 F O4 DT 16 F DT 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 E N1 DG 12 E DG 12 1_555 F N3 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 E N2 DG 12 E DG 12 1_555 F O2 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 E O6 DG 12 E DG 12 1_555 F N4 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 E N1 DG 13 E DG 13 1_555 F N3 DC 14 F DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 E N2 DG 13 E DG 13 1_555 F O2 DC 14 F DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E O6 DG 13 E DG 13 1_555 F N4 DC 14 F DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E N3 DC 14 E DC 14 1_555 F N1 DG 13 F DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E N4 DC 14 E DC 14 1_555 F O6 DG 13 F DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E O2 DC 14 E DC 14 1_555 F N2 DG 13 F DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E N3 DC 15 E DC 15 1_555 F N1 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E N4 DC 15 E DC 15 1_555 F O6 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E O2 DC 15 E DC 15 1_555 F N2 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E N3 DT 16 E DT 16 1_555 F N1 DA 11 F DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E O4 DT 16 E DT 16 1_555 F N6 DA 11 F DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E N3 DC 17 E DC 17 1_555 F N1 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E N4 DC 17 E DC 17 1_555 F O6 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E O2 DC 17 E DC 17 1_555 F N2 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E N1 DA 18 E DA 18 1_555 F N3 DT 9 F DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E N6 DA 18 E DA 18 1_555 F O4 DT 9 F DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E N1 DG 19 E DG 19 1_555 F N3 DC 8 F DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E N2 DG 19 E DG 19 1_555 F O2 DC 8 F DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 E O6 DG 19 E DG 19 1_555 F N4 DC 8 F DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 E N3 DC 20 E DC 20 1_555 F N1 DG 7 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 E N4 DC 20 E DC 20 1_555 F O6 DG 7 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 E O2 DC 20 E DC 20 1_555 F N2 DG 7 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 E N3 DT 21 E DT 21 1_555 F N1 DA 6 F DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 E O4 DT 21 E DT 21 1_555 F N6 DA 6 F DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog44 E O2 DC 23 E DC 23 1_555 F N2 DG 4 F DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7MID _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 SF4 A 1 601 601 SF4 SF4 . H 6 MN A 1 602 2 MN MN . I 6 MN B 1 601 1 MN MN . J 6 MN C 1 101 5 MN MN . K 6 MN D 1 101 6 MN MN . L 6 MN F 1 801 801 MN MN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . G 5 202.608 188.571 191.818 1 56.52 ? FE1 SF4 601 A 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . G 5 202.607 191.295 191.764 1 56.52 ? FE2 SF4 601 A 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . G 5 201.483 189.895 189.723 1 56.52 ? FE3 SF4 601 A 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . G 5 204.184 189.894 190.036 1 56.52 ? FE4 SF4 601 A 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . G 5 202.87 191.677 189.541 1 56.52 ? S1 SF4 601 A 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . G 5 202.867 188.102 189.611 1 56.52 ? S2 SF4 601 A 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . G 5 204.347 189.927 192.306 1 56.52 ? S3 SF4 601 A 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . G 5 200.801 189.949 191.883 1 56.52 ? S4 SF4 601 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 278 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 8 #