data_7MPK
#
_model_server_result.job_id            oNGRGgnXZMuHPd-ys6hogg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 21:16:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7mpk 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":300}' 
#
_entry.id    7MPK 
#
_exptl.entry_id    7MPK 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              607.354 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               UD1 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            7MPK 
_cell.length_a            113.24 
_cell.length_b            113.24 
_cell.length_c            114.45 
_cell.Z_PDB               18 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7MPK 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        152 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 31 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,D,G 1 1 
B,E,H 2 1 
C,F 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
#
_chem_comp.formula           'C17 H27 N3 O17 P2' 
_chem_comp.formula_weight    607.354 
_chem_comp.id                UD1 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1' C2' UD1 sing 358 n n 
C1' O1' UD1 sing 359 n n 
C1' O5' UD1 sing 360 n n 
C1' H1' UD1 sing 361 n n 
C2' C3' UD1 sing 362 n n 
C2' N2' UD1 sing 363 n n 
C2' H2' UD1 sing 364 n n 
C3' C4' UD1 sing 365 n n 
C3' O3' UD1 sing 366 n n 
C3' H3' UD1 sing 367 n n 
C4' C5' UD1 sing 368 n n 
C4' O4' UD1 sing 369 n n 
C4' H4' UD1 sing 370 n n 
C5' C6' UD1 sing 371 n n 
C5' O5' UD1 sing 372 n n 
C5' H5' UD1 sing 373 n n 
C6' O6' UD1 sing 374 n n 
C6' "H6'1" UD1 sing 375 n n 
C6' "H6'2" UD1 sing 376 n n 
C7' C8' UD1 sing 377 n n 
C7' N2' UD1 sing 378 n n 
C7' O7' UD1 doub 379 n n 
C8' "H8'1" UD1 sing 380 n n 
C8' "H8'2" UD1 sing 381 n n 
C8' "H8'3" UD1 sing 382 n n 
N2' HN2' UD1 sing 383 n n 
O1' PB UD1 sing 384 n n 
O3' HO3' UD1 sing 385 n n 
O4' HO4' UD1 sing 386 n n 
O6' HO6' UD1 sing 387 n n 
N1 C2 UD1 sing 388 n n 
N1 C6 UD1 sing 389 n n 
N1 C1B UD1 sing 390 n n 
C2 N3 UD1 sing 391 n n 
C2 O2 UD1 doub 392 n n 
N3 C4 UD1 sing 393 n n 
N3 HN3 UD1 sing 394 n n 
C4 C5 UD1 sing 395 n n 
C4 O4 UD1 doub 396 n n 
C5 C6 UD1 doub 397 n n 
C5 H5 UD1 sing 398 n n 
C6 H6 UD1 sing 399 n n 
C1B C2B UD1 sing 400 n n 
C1B O4B UD1 sing 401 n n 
C1B H1B UD1 sing 402 n n 
C2B O2' UD1 sing 403 n n 
C2B C3B UD1 sing 404 n n 
C2B H2B UD1 sing 405 n n 
O2' HO2' UD1 sing 406 n n 
C3B C4B UD1 sing 407 n n 
C3B O3B UD1 sing 408 n n 
C3B H3B UD1 sing 409 n n 
C4B O4B UD1 sing 410 n n 
C4B C5B UD1 sing 411 n n 
C4B H4B UD1 sing 412 n n 
O3B HO3A UD1 sing 413 n n 
C5B O5B UD1 sing 414 n n 
C5B "H5'1" UD1 sing 415 n n 
C5B "H5'2" UD1 sing 416 n n 
O5B PA UD1 sing 417 n n 
PA O1A UD1 doub 418 n n 
PA O2A UD1 sing 419 n n 
PA O3A UD1 sing 420 n n 
O2A HOA2 UD1 sing 421 n n 
O3A PB UD1 sing 422 n n 
PB O1B UD1 doub 423 n n 
PB O2B UD1 sing 424 n n 
O2B HOB2 UD1 sing 425 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7MPK 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008831 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.005098 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010197 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008737 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 UD1 A 1 300 300 UD1 UD1 . 
E 2 UD1 B 1 300 300 UD1 UD1 . 
F 2 UD1 C 1 300 300 UD1 UD1 . 
G 3 HOH A 1 401 3 HOH HOH . 
H 3 HOH B 1 401 4 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1' UD1 . A . F 2 -3.632 -63.657 -2.743 0.42 72.36 ? C1' UD1 300 C 1 
HETATM 2 C C1' UD1 . B . F 2 -1.043 -59.078 1.264 0.58 82.89 ? C1' UD1 300 C 1 
HETATM 3 C C2' UD1 . A . F 2 -4.348 -64.403 -3.886 0.42 71.82 ? C2' UD1 300 C 1 
HETATM 4 C C2' UD1 . B . F 2 0.092 -58.992 0.225 0.58 82.31 ? C2' UD1 300 C 1 
HETATM 5 C C3' UD1 . A . F 2 -4.014 -65.899 -3.932 0.42 71.53 ? C3' UD1 300 C 1 
HETATM 6 C C3' UD1 . B . F 2 1.249 -58.081 0.667 0.58 82.51 ? C3' UD1 300 C 1 
HETATM 7 C C4' UD1 . A . F 2 -2.625 -66.228 -3.395 0.42 71.46 ? C4' UD1 300 C 1 
HETATM 8 C C4' UD1 . B . F 2 0.892 -57.042 1.733 0.58 82.72 ? C4' UD1 300 C 1 
HETATM 9 C C5' UD1 . A . F 2 -2.489 -65.713 -1.96 0.42 71.28 ? C5' UD1 300 C 1 
HETATM 10 C C5' UD1 . B . F 2 0.001 -57.591 2.855 0.58 82.78 ? C5' UD1 300 C 1 
HETATM 11 C C6' UD1 . A . F 2 -1.059 -65.579 -1.494 0.42 70.27 ? C6' UD1 300 C 1 
HETATM 12 C C6' UD1 . B . F 2 -1.151 -56.663 3.185 0.58 82.67 ? C6' UD1 300 C 1 
HETATM 13 C C7' UD1 . A . F 2 -6.651 -64.236 -4.821 0.42 70.98 ? C7' UD1 300 C 1 
HETATM 14 C C7' UD1 . B . F 2 0.938 -60.84 -1.183 0.58 80.54 ? C7' UD1 300 C 1 
HETATM 15 C C8' UD1 . A . F 2 -6.203 -63.543 -6.074 0.42 70.86 ? C8' UD1 300 C 1 
HETATM 16 C C8' UD1 . B . F 2 1.273 -62.299 -1.179 0.58 80.41 ? C8' UD1 300 C 1 
HETATM 17 N N2' UD1 . A . F 2 -5.789 -64.268 -3.801 0.42 71.4 ? N2' UD1 300 C 1 
HETATM 18 N N2' UD1 . B . F 2 0.648 -60.311 0.005 0.58 81.39 ? N2' UD1 300 C 1 
HETATM 19 O O1' UD1 . A . F 2 -4.473 -62.606 -2.303 0.42 73.37 ? O1' UD1 300 C 1 
HETATM 20 O O1' UD1 . B . F 2 -1.739 -60.299 1.091 0.58 83.31 ? O1' UD1 300 C 1 
HETATM 21 O O3' UD1 . A . F 2 -4.188 -66.403 -5.249 0.42 71.32 ? O3' UD1 300 C 1 
HETATM 22 O O3' UD1 . B . F 2 1.856 -57.468 -0.466 0.58 82.25 ? O3' UD1 300 C 1 
HETATM 23 O O4' UD1 . A . F 2 -2.441 -67.642 -3.41 0.42 71.48 ? O4' UD1 300 C 1 
HETATM 24 O O4' UD1 . B . F 2 2.089 -56.509 2.297 0.58 82.69 ? O4' UD1 300 C 1 
HETATM 25 O O5' UD1 . A . F 2 -3.194 -64.478 -1.661 0.42 71.98 ? O5' UD1 300 C 1 
HETATM 26 O O5' UD1 . B . F 2 -0.554 -58.901 2.588 0.58 82.86 ? O5' UD1 300 C 1 
HETATM 27 O O6' UD1 . A . F 2 -0.438 -66.856 -1.409 0.42 69.55 ? O6' UD1 300 C 1 
HETATM 28 O O6' UD1 . B . F 2 -1.968 -57.162 4.242 0.58 82.53 ? O6' UD1 300 C 1 
HETATM 29 O O7' UD1 . A . F 2 -7.745 -64.778 -4.74 0.42 70.79 ? O7' UD1 300 C 1 
HETATM 30 O O7' UD1 . B . F 2 0.945 -60.172 -2.208 0.58 80.16 ? O7' UD1 300 C 1 
HETATM 31 N N1 UD1 . A . F 2 -6.713 -63.414 7.347 0.42 70.74 ? N1 UD1 300 C 1 
HETATM 32 N N1 UD1 . B . F 2 -7.007 -63.696 7.519 0.58 78.11 ? N1 UD1 300 C 1 
HETATM 33 C C2 UD1 . A . F 2 -7.298 -64.342 8.192 0.42 70.38 ? C2 UD1 300 C 1 
HETATM 34 C C2 UD1 . B . F 2 -7.33 -64.649 8.468 0.58 77.5 ? C2 UD1 300 C 1 
HETATM 35 N N3 UD1 . A . F 2 -6.886 -64.272 9.499 0.42 70.13 ? N3 UD1 300 C 1 
HETATM 36 N N3 UD1 . B . F 2 -6.777 -64.441 9.706 0.58 77.18 ? N3 UD1 300 C 1 
HETATM 37 C C4 UD1 . A . F 2 -5.948 -63.41 10.031 0.42 69.93 ? C4 UD1 300 C 1 
HETATM 38 C C4 UD1 . B . F 2 -5.905 -63.434 10.068 0.58 77.04 ? C4 UD1 300 C 1 
HETATM 39 C C5 UD1 . A . F 2 -5.382 -62.485 9.093 0.42 69.99 ? C5 UD1 300 C 1 
HETATM 40 C C5 UD1 . B . F 2 -5.595 -62.503 9.023 0.58 77.17 ? C5 UD1 300 C 1 
HETATM 41 C C6 UD1 . A . F 2 -5.771 -62.524 7.81 0.42 70.31 ? C6 UD1 300 C 1 
HETATM 42 C C6 UD1 . B . F 2 -6.137 -62.669 7.807 0.58 77.62 ? C6 UD1 300 C 1 
HETATM 43 O O2 UD1 . A . F 2 -8.119 -65.167 7.813 0.42 70.24 ? O2 UD1 300 C 1 
HETATM 44 O O2 UD1 . B . F 2 -8.082 -65.587 8.237 0.58 77.18 ? O2 UD1 300 C 1 
HETATM 45 O O4 UD1 . A . F 2 -5.695 -63.464 11.234 0.42 69.94 ? O4 UD1 300 C 1 
HETATM 46 O O4 UD1 . B . F 2 -5.489 -63.387 11.225 0.58 77.02 ? O4 UD1 300 C 1 
HETATM 47 C C1B UD1 . A . F 2 -7.078 -63.471 5.915 0.42 71.29 ? C1B UD1 300 C 1 
HETATM 48 C C1B UD1 . B . F 2 -7.549 -63.89 6.158 0.58 78.94 ? C1B UD1 300 C 1 
HETATM 49 C C2B UD1 . A . F 2 -8.112 -62.433 5.493 0.42 71.45 ? C2B UD1 300 C 1 
HETATM 50 C C2B UD1 . B . F 2 -8.334 -62.687 5.636 0.58 79.24 ? C2B UD1 300 C 1 
HETATM 51 O O2' UD1 . A . F 2 -9.413 -62.814 5.888 0.42 71.34 ? O2' UD1 300 C 1 
HETATM 52 O O2' UD1 . B . F 2 -9.7 -62.779 5.983 0.58 79.16 ? O2' UD1 300 C 1 
HETATM 53 C C3B UD1 . A . F 2 -7.884 -62.406 3.973 0.42 71.97 ? C3B UD1 300 C 1 
HETATM 54 C C3B UD1 . B . F 2 -8.065 -62.796 4.13 0.58 79.89 ? C3B UD1 300 C 1 
HETATM 55 C C4B UD1 . A . F 2 -6.386 -62.73 3.824 0.42 72.08 ? C4B UD1 300 C 1 
HETATM 56 C C4B UD1 . B . F 2 -6.601 -63.266 4.094 0.58 80.07 ? C4B UD1 300 C 1 
HETATM 57 O O4B UD1 . A . F 2 -5.944 -63.17 5.135 0.42 71.71 ? O4B UD1 300 C 1 
HETATM 58 O O4B UD1 . B . F 2 -6.48 -64.12 5.262 0.58 79.42 ? O4B UD1 300 C 1 
HETATM 59 O O3B UD1 . A . F 2 -8.663 -63.392 3.305 0.42 72.22 ? O3B UD1 300 C 1 
HETATM 60 O O3B UD1 . B . F 2 -8.9 -63.792 3.548 0.58 80.19 ? O3B UD1 300 C 1 
HETATM 61 C C5B UD1 . A . F 2 -5.486 -61.623 3.323 0.42 72.54 ? C5B UD1 300 C 1 
HETATM 62 C C5B UD1 . B . F 2 -5.533 -62.195 4.136 0.58 80.93 ? C5B UD1 300 C 1 
HETATM 63 O O5B UD1 . A . F 2 -5.333 -61.719 1.88 0.42 73.07 ? O5B UD1 300 C 1 
HETATM 64 O O5B UD1 . B . F 2 -5.888 -61.115 3.233 0.58 81.7 ? O5B UD1 300 C 1 
HETATM 65 P PA UD1 . A . F 2 -6.05 -60.665 0.896 0.42 73.65 ? PA UD1 300 C 1 
HETATM 66 P PA UD1 . B . F 2 -5.114 -59.714 3.358 0.58 82.31 ? PA UD1 300 C 1 
HETATM 67 O O1A UD1 . A . F 2 -5.5 -59.297 1.136 0.42 73.69 ? O1A UD1 300 C 1 
HETATM 68 O O1A UD1 . B . F 2 -4.533 -59.593 4.731 0.58 82.07 ? O1A UD1 300 C 1 
HETATM 69 O O2A UD1 . A . F 2 -7.532 -60.842 0.974 0.42 73.55 ? O2A UD1 300 C 1 
HETATM 70 O O2A UD1 . B . F 2 -6.008 -58.617 2.871 0.58 81.81 ? O2A UD1 300 C 1 
HETATM 71 O O3A UD1 . A . F 2 -5.551 -61.199 -0.54 0.42 74.17 ? O3A UD1 300 C 1 
HETATM 72 O O3A UD1 . B . F 2 -3.919 -59.931 2.302 0.58 82.96 ? O3A UD1 300 C 1 
HETATM 73 P PB UD1 . A . F 2 -4.123 -61.427 -1.253 0.42 74.45 ? PB UD1 300 C 1 
HETATM 74 P PB UD1 . B . F 2 -2.727 -61.002 2.16 0.58 83.32 ? PB UD1 300 C 1 
HETATM 75 O O1B UD1 . A . F 2 -3.149 -61.91 -0.224 0.42 74.74 ? O1B UD1 300 C 1 
HETATM 76 O O1B UD1 . B . F 2 -3.248 -62.273 1.574 0.58 83.06 ? O1B UD1 300 C 1 
HETATM 77 O O2B UD1 . A . F 2 -3.76 -60.184 -2.001 0.42 74.46 ? O2B UD1 300 C 1 
HETATM 78 O O2B UD1 . B . F 2 -2.041 -61.128 3.481 0.58 83.44 ? O2B UD1 300 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              94 
_model_server_stats.parse_time_ms           25 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           347 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           78 
#