data_7N61
#
_model_server_result.job_id            JTRLyrlGyF2JgGuFQsomXQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-08-03 10:34:20' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7n61 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"HF","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    7N61 
#
_exptl.entry_id    7N61 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              443.201 
_entity.id                          20 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    52 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7N61 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7N61 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    139-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      139 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF,YF,ZF,AG,BG,CG,DG,EG,FG,GG,HG,IG,JG,KG,LG,MG,NG,OG,PG,QG,RG,SG,TG,UG,VG,WG,XG,YG,ZG,AH,BH,CH,DH,EH,FH,GH,HH,IH,JH,KH,LH,MH,NH,OH,PH,QH,RH,SH,TH,UH,VH,WH,XH,YH,ZH,AI,BI,CI,DI,EI,FI,GI,HI,II,JI,KI,LI,MI 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 20 NE N N 
? 20 PE N N 
? 20 RE N N 
? 20 TE N N 
? 20 VE N N 
? 20 XE N N 
? 20 ZE N N 
? 20 BF N N 
? 20 DF N N 
? 20 FF N N 
? 20 HF N N 
? 20 JF N N 
? 20 LF N N 
? 20 NF N N 
? 20 PF N N 
? 20 RF N N 
? 20 TF N N 
? 20 VF N N 
? 20 XF N N 
? 20 ZF N N 
? 20 BG N N 
? 20 DG N N 
? 20 FG N N 
? 20 HG N N 
? 20 JG N N 
? 20 LG N N 
? 20 NG N N 
? 20 PG N N 
? 20 RG N N 
? 20 TG N N 
? 20 VG N N 
? 20 XG N N 
? 20 ZG N N 
? 20 BH N N 
? 20 DH N N 
? 20 FH N N 
? 20 HH N N 
? 20 JH N N 
? 20 LH N N 
? 20 NH N N 
? 20 PH N N 
? 20 RH N N 
? 20 TH N N 
? 20 VH N N 
? 20 XH N N 
? 20 ZH N N 
? 20 BI N N 
? 20 DI N N 
? 20 FI N N 
? 20 HI N N 
? 20 JI N N 
? 20 LI N N 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O11 P2' 
_chem_comp.formula_weight    443.201 
_chem_comp.id                GDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              'rna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B GDP doub 127 n n 
PB O2B GDP sing 128 n n 
PB O3B GDP sing 129 n n 
PB O3A GDP sing 130 n n 
O2B HOB2 GDP sing 131 n n 
O3B HOB3 GDP sing 132 n n 
O3A PA GDP sing 133 n n 
PA O1A GDP doub 134 n n 
PA O2A GDP sing 135 n n 
PA O5' GDP sing 136 n n 
O2A HOA2 GDP sing 137 n n 
O5' C5' GDP sing 138 n n 
C5' C4' GDP sing 139 n n 
C5' H5' GDP sing 140 n n 
C5' "H5''" GDP sing 141 n n 
C4' O4' GDP sing 142 n n 
C4' C3' GDP sing 143 n n 
C4' H4' GDP sing 144 n n 
O4' C1' GDP sing 145 n n 
C3' O3' GDP sing 146 n n 
C3' C2' GDP sing 147 n n 
C3' H3' GDP sing 148 n n 
O3' HO3' GDP sing 149 n n 
C2' O2' GDP sing 150 n n 
C2' C1' GDP sing 151 n n 
C2' H2' GDP sing 152 n n 
O2' HO2' GDP sing 153 n n 
C1' N9 GDP sing 154 n n 
C1' H1' GDP sing 155 n n 
N9 C8 GDP sing 156 n y 
N9 C4 GDP sing 157 n y 
C8 N7 GDP doub 158 n y 
C8 H8 GDP sing 159 n n 
N7 C5 GDP sing 160 n y 
C5 C6 GDP sing 161 n n 
C5 C4 GDP doub 162 n y 
C6 O6 GDP doub 163 n n 
C6 N1 GDP sing 164 n n 
N1 C2 GDP sing 165 n n 
N1 HN1 GDP sing 166 n n 
C2 N2 GDP sing 167 n n 
C2 N3 GDP doub 168 n n 
N2 HN21 GDP sing 169 n n 
N2 HN22 GDP sing 170 n n 
N3 C4 GDP sing 171 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7N61 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
JE 19 ADP 0X 1 801 501 ADP ADP . 
KE 19 ADP 0Y 1 801 501 ADP ADP . 
LE 19 ADP 0Z 1 801 501 ADP ADP . 
ME 19 ADP 1A 1 801 501 ADP ADP . 
NE 20 GDP 1a 1 501 501 GDP GDP . 
OE 21 GTP 1b 1 501 501 GTP GTP . 
PE 20 GDP 1c 1 501 501 GDP GDP . 
QE 21 GTP 1d 1 501 501 GTP GTP . 
RE 20 GDP 1e 1 501 501 GDP GDP . 
SE 21 GTP 1f 1 501 501 GTP GTP . 
TE 20 GDP 1g 1 501 501 GDP GDP . 
UE 21 GTP 1h 1 501 501 GTP GTP . 
VE 20 GDP 2a 1 501 501 GDP GDP . 
WE 21 GTP 2b 1 501 501 GTP GTP . 
XE 20 GDP 2c 1 501 501 GDP GDP . 
YE 21 GTP 2d 1 501 501 GTP GTP . 
ZE 20 GDP 2e 1 501 501 GDP GDP . 
AF 21 GTP 2f 1 501 501 GTP GTP . 
BF 20 GDP 2g 1 501 501 GDP GDP . 
CF 21 GTP 2h 1 501 501 GTP GTP . 
DF 20 GDP 3a 1 501 501 GDP GDP . 
EF 21 GTP 3b 1 501 501 GTP GTP . 
FF 20 GDP 3c 1 501 501 GDP GDP . 
GF 21 GTP 3d 1 501 501 GTP GTP . 
HF 20 GDP 3e 1 501 501 GDP GDP . 
IF 21 GTP 3f 1 501 501 GTP GTP . 
JF 20 GDP 3g 1 501 501 GDP GDP . 
KF 21 GTP 3h 1 501 501 GTP GTP . 
LF 20 GDP 4a 1 501 501 GDP GDP . 
MF 21 GTP 4b 1 501 501 GTP GTP . 
NF 20 GDP 4c 1 501 501 GDP GDP . 
OF 21 GTP 4d 1 501 501 GTP GTP . 
PF 20 GDP 4e 1 501 501 GDP GDP . 
QF 21 GTP 4f 1 501 501 GTP GTP . 
RF 20 GDP 4g 1 501 501 GDP GDP . 
SF 21 GTP 4h 1 501 501 GTP GTP . 
TF 20 GDP 5a 1 501 501 GDP GDP . 
UF 21 GTP 5b 1 501 501 GTP GTP . 
VF 20 GDP 5c 1 501 501 GDP GDP . 
WF 21 GTP 5d 1 501 501 GTP GTP . 
XF 20 GDP 5e 1 501 501 GDP GDP . 
YF 21 GTP 5f 1 501 501 GTP GTP . 
ZF 20 GDP 5g 1 501 501 GDP GDP . 
AG 21 GTP 5h 1 501 501 GTP GTP . 
BG 20 GDP 6a 1 501 501 GDP GDP . 
CG 21 GTP 6b 1 501 501 GTP GTP . 
DG 20 GDP 6c 1 501 501 GDP GDP . 
EG 21 GTP 6d 1 501 501 GTP GTP . 
FG 20 GDP 6e 1 501 501 GDP GDP . 
GG 21 GTP 6f 1 501 501 GTP GTP . 
HG 20 GDP 6g 1 501 501 GDP GDP . 
IG 21 GTP 6h 1 501 501 GTP GTP . 
JG 20 GDP 7a 1 501 501 GDP GDP . 
KG 21 GTP 7b 1 501 501 GTP GTP . 
LG 20 GDP 7c 1 501 501 GDP GDP . 
MG 21 GTP 7d 1 501 501 GTP GTP . 
NG 20 GDP 7e 1 501 501 GDP GDP . 
OG 21 GTP 7f 1 501 501 GTP GTP . 
PG 20 GDP 7g 1 501 501 GDP GDP . 
QG 21 GTP 7h 1 501 501 GTP GTP . 
RG 20 GDP 8a 1 501 501 GDP GDP . 
SG 21 GTP 8b 1 501 501 GTP GTP . 
TG 20 GDP 8c 1 501 501 GDP GDP . 
UG 21 GTP 8d 1 501 501 GTP GTP . 
VG 20 GDP 8e 1 501 501 GDP GDP . 
WG 21 GTP 8f 1 501 501 GTP GTP . 
XG 20 GDP 8g 1 501 501 GDP GDP . 
YG 21 GTP 8h 1 501 501 GTP GTP . 
ZG 20 GDP 9a 1 501 501 GDP GDP . 
AH 21 GTP 9b 1 501 501 GTP GTP . 
BH 20 GDP 9c 1 501 501 GDP GDP . 
CH 21 GTP 9d 1 501 501 GTP GTP . 
DH 20 GDP 9e 1 501 501 GDP GDP . 
EH 21 GTP 9f 1 501 501 GTP GTP . 
FH 20 GDP 9g 1 501 501 GDP GDP . 
GH 21 GTP 9h 1 501 501 GTP GTP . 
HH 20 GDP Aa 1 501 501 GDP GDP . 
IH 21 GTP Ab 1 501 501 GTP GTP . 
JH 20 GDP Ac 1 501 501 GDP GDP . 
KH 21 GTP Ad 1 501 501 GTP GTP . 
LH 20 GDP Ae 1 501 501 GDP GDP . 
MH 21 GTP Af 1 501 501 GTP GTP . 
NH 20 GDP Ag 1 501 501 GDP GDP . 
OH 21 GTP Ah 1 501 501 GTP GTP . 
PH 20 GDP Ba 1 501 501 GDP GDP . 
QH 21 GTP Bb 1 501 501 GTP GTP . 
RH 20 GDP Bc 1 501 501 GDP GDP . 
SH 21 GTP Bd 1 501 501 GTP GTP . 
TH 20 GDP Be 1 501 501 GDP GDP . 
UH 21 GTP Bf 1 501 501 GTP GTP . 
VH 20 GDP Bg 1 501 501 GDP GDP . 
WH 21 GTP Bh 1 501 501 GTP GTP . 
XH 20 GDP Ca 1 501 501 GDP GDP . 
YH 21 GTP Cb 1 501 501 GTP GTP . 
ZH 20 GDP Cc 1 501 501 GDP GDP . 
AI 21 GTP Cd 1 501 501 GTP GTP . 
BI 20 GDP Ce 1 501 501 GDP GDP . 
CI 21 GTP Cf 1 501 501 GTP GTP . 
DI 20 GDP Cg 1 501 501 GDP GDP . 
EI 21 GTP Ch 1 501 501 GTP GTP . 
FI 20 GDP Da 1 501 501 GDP GDP . 
GI 21 GTP Db 1 501 501 GTP GTP . 
HI 20 GDP Dc 1 501 501 GDP GDP . 
II 21 GTP Dd 1 501 501 GTP GTP . 
JI 20 GDP De 1 501 501 GDP GDP . 
KI 21 GTP Df 1 501 501 GTP GTP . 
LI 20 GDP Dg 1 501 501 GDP GDP . 
MI 21 GTP Dh 1 501 501 GTP GTP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PB GDP . . . HF 20 303.43 414.619 304.909 1 131.24 ? PB GDP 501 3e 1 
HETATM 2 O O1B GDP . . . HF 20 302.006 415.026 304.626 1 131.24 ? O1B GDP 501 3e 1 
HETATM 3 O O2B GDP . . . HF 20 303.462 413.176 305.354 1 131.24 ? O2B GDP 501 3e 1 
HETATM 4 O O3B GDP . . . HF 20 303.994 415.506 305.99 1 131.24 ? O3B GDP 501 3e 1 
HETATM 5 O O3A GDP . . . HF 20 304.312 414.795 303.579 1 131.24 ? O3A GDP 501 3e 1 
HETATM 6 P PA GDP . . . HF 20 304.575 416.281 303.036 1 131.24 ? PA GDP 501 3e 1 
HETATM 7 O O1A GDP . . . HF 20 303.294 417.078 303.038 1 131.24 ? O1A GDP 501 3e 1 
HETATM 8 O O2A GDP . . . HF 20 305.62 416.954 303.889 1 131.24 ? O2A GDP 501 3e 1 
HETATM 9 O O5' GDP . . . HF 20 305.115 416.068 301.536 1 131.24 ? O5' GDP 501 3e 1 
HETATM 10 C C5' GDP . . . HF 20 304.489 416.776 300.469 1 131.24 ? C5' GDP 501 3e 1 
HETATM 11 C C4' GDP . . . HF 20 305.532 417.284 299.484 1 131.24 ? C4' GDP 501 3e 1 
HETATM 12 O O4' GDP . . . HF 20 306.475 418.108 300.165 1 131.24 ? O4' GDP 501 3e 1 
HETATM 13 C C3' GDP . . . HF 20 306.322 416.155 298.851 1 131.24 ? C3' GDP 501 3e 1 
HETATM 14 O O3' GDP . . . HF 20 305.91 415.994 297.493 1 131.24 ? O3' GDP 501 3e 1 
HETATM 15 C C2' GDP . . . HF 20 307.771 416.593 298.906 1 131.24 ? C2' GDP 501 3e 1 
HETATM 16 O O2' GDP . . . HF 20 308.294 416.709 297.581 1 131.24 ? O2' GDP 501 3e 1 
HETATM 17 C C1' GDP . . . HF 20 307.767 417.953 299.582 1 131.24 ? C1' GDP 501 3e 1 
HETATM 18 N N9 GDP . . . HF 20 308.804 417.999 300.638 1 131.24 ? N9 GDP 501 3e 1 
HETATM 19 C C8 GDP . . . HF 20 309.023 417.051 301.564 1 131.24 ? C8 GDP 501 3e 1 
HETATM 20 N N7 GDP . . . HF 20 310.04 417.401 302.39 1 131.24 ? N7 GDP 501 3e 1 
HETATM 21 C C5 GDP . . . HF 20 310.481 418.608 301.997 1 131.24 ? C5 GDP 501 3e 1 
HETATM 22 C C6 GDP . . . HF 20 311.531 419.553 302.437 1 131.24 ? C6 GDP 501 3e 1 
HETATM 23 O O6 GDP . . . HF 20 312.268 419.288 303.411 1 131.24 ? O6 GDP 501 3e 1 
HETATM 24 N N1 GDP . . . HF 20 311.666 420.699 301.762 1 131.24 ? N1 GDP 501 3e 1 
HETATM 25 C C2 GDP . . . HF 20 310.886 421.009 300.711 1 131.24 ? C2 GDP 501 3e 1 
HETATM 26 N N2 GDP . . . HF 20 311.091 422.191 300.083 1 131.24 ? N2 GDP 501 3e 1 
HETATM 27 N N3 GDP . . . HF 20 309.905 420.19 300.253 1 131.24 ? N3 GDP 501 3e 1 
HETATM 28 C C4 GDP . . . HF 20 309.662 418.999 300.844 1 131.24 ? C4 GDP 501 3e 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              155 
_model_server_stats.parse_time_ms           24 
_model_server_stats.create_model_time_ms    1067 
_model_server_stats.query_time_ms           350 
_model_server_stats.encode_time_ms          20 
_model_server_stats.element_count           28 
#