data_7NBA
#
_model_server_result.job_id            Qei81ruXoNR8Wrfx3XBFGQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-16 03:56:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7nba 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":500}' 
#
_entry.id    7NBA 
#
_exptl.entry_id    7NBA 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             D 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 71 A GLU 71 1_555 E MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 71 A GLU 71 1_555 E MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
metalc ? metalc3 D O1G GTP . A GTP 500 1_555 E MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc4 D O1B GTP . A GTP 500 1_555 E MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.868 ? 
metalc ? metalc5 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 G MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc6 B OE1 GLU 69 B GLU 69 1_555 G MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? 
metalc ? metalc7 B OE2 GLU 69 B GLU 69 1_555 G MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? 
metalc ? metalc8 F O2G G2P . B G2P 600 1_555 G MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? 
metalc ? metalc9 F O2B G2P . B G2P 600 1_555 G MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc10 C OG1 THR 113 K THR 113 1_555 I MG MG . K MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.937 ? 
metalc ? metalc11 C O LYS 264 K LYS 264 1_555 I MG MG . K MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc12 C OG SER 266 K SER 266 1_555 I MG MG . K MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc13 H O3G ANP . K ANP 700 1_555 I MG MG . K MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? 
metalc ? metalc14 H O2B ANP . K ANP 700 1_555 I MG MG . K MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 231 n n 
PG O2G GTP sing 232 n n 
PG O3G GTP sing 233 n n 
PG O3B GTP sing 234 n n 
O2G HOG2 GTP sing 235 n n 
O3G HOG3 GTP sing 236 n n 
O3B PB GTP sing 237 n n 
PB O1B GTP doub 238 n n 
PB O2B GTP sing 239 n n 
PB O3A GTP sing 240 n n 
O2B HOB2 GTP sing 241 n n 
O3A PA GTP sing 242 n n 
PA O1A GTP doub 243 n n 
PA O2A GTP sing 244 n n 
PA O5' GTP sing 245 n n 
O2A HOA2 GTP sing 246 n n 
O5' C5' GTP sing 247 n n 
C5' C4' GTP sing 248 n n 
C5' H5' GTP sing 249 n n 
C5' "H5''" GTP sing 250 n n 
C4' O4' GTP sing 251 n n 
C4' C3' GTP sing 252 n n 
C4' H4' GTP sing 253 n n 
O4' C1' GTP sing 254 n n 
C3' O3' GTP sing 255 n n 
C3' C2' GTP sing 256 n n 
C3' H3' GTP sing 257 n n 
O3' HO3' GTP sing 258 n n 
C2' O2' GTP sing 259 n n 
C2' C1' GTP sing 260 n n 
C2' H2' GTP sing 261 n n 
O2' HO2' GTP sing 262 n n 
C1' N9 GTP sing 263 n n 
C1' H1' GTP sing 264 n n 
N9 C8 GTP sing 265 n y 
N9 C4 GTP sing 266 n y 
C8 N7 GTP doub 267 n y 
C8 H8 GTP sing 268 n n 
N7 C5 GTP sing 269 n y 
C5 C6 GTP sing 270 n n 
C5 C4 GTP doub 271 n y 
C6 O6 GTP doub 272 n n 
C6 N1 GTP sing 273 n n 
N1 C2 GTP sing 274 n n 
N1 HN1 GTP sing 275 n n 
C2 N2 GTP sing 276 n n 
C2 N3 GTP doub 277 n n 
N2 HN21 GTP sing 278 n n 
N2 HN22 GTP sing 279 n n 
N3 C4 GTP sing 280 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7NBA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 4 GTP A 1 500 500 GTP GTP . 
E 5 MG A 1 501 501 MG MG . 
F 6 G2P B 1 600 600 G2P G2P . 
G 5 MG B 1 601 601 MG MG . 
H 7 ANP K 1 700 700 ANP ANP . 
I 5 MG K 1 701 701 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . D 4 205.807 224.452 306.744 1 20 ? PG GTP 500 A 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . D 4 206.528 225.667 306.21 1 20 ? O1G GTP 500 A 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . D 4 206.701 223.239 306.733 1 20 ? O2G GTP 500 A 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . D 4 204.443 224.194 306.169 1 20 ? O3G GTP 500 A 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . D 4 205.479 224.664 308.292 1 20 ? O3B GTP 500 A 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . D 4 206.126 225.845 309.155 1 20 ? PB GTP 500 A 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . D 4 207.513 226.276 308.73 1 20 ? O1B GTP 500 A 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . D 4 206.041 225.386 310.593 1 20 ? O2B GTP 500 A 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . D 4 205.125 227.062 308.865 1 20 ? O3A GTP 500 A 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . D 4 205.059 228.407 309.732 1 20 ? PA GTP 500 A 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . D 4 205.604 229.491 308.835 1 20 ? O1A GTP 500 A 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . D 4 205.728 228.228 311.076 1 20 ? O2A GTP 500 A 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . D 4 203.47 228.532 309.896 1 20 ? O5' GTP 500 A 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . D 4 202.676 229.645 309.492 1 20 ? C5' GTP 500 A 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . D 4 202.043 230.208 310.75 1 20 ? C4' GTP 500 A 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . D 4 203.07 230.701 311.614 1 20 ? O4' GTP 500 A 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . D 4 201.168 231.406 310.457 1 20 ? C3' GTP 500 A 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . D 4 200.105 231.434 311.416 1 20 ? O3' GTP 500 A 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . D 4 202.103 232.587 310.615 1 20 ? C2' GTP 500 A 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . D 4 201.421 233.803 310.926 1 20 ? O2' GTP 500 A 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . D 4 202.943 232.118 311.782 1 20 ? C1' GTP 500 A 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . D 4 204.285 232.729 311.782 1 20 ? N9 GTP 500 A 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . D 4 205.277 232.589 310.897 1 20 ? C8 GTP 500 A 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . D 4 206.377 233.274 311.312 1 20 ? N7 GTP 500 A 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . D 4 206.097 233.835 312.497 1 20 ? C5 GTP 500 A 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . D 4 206.788 234.68 313.5 1 20 ? C6 GTP 500 A 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . D 4 207.957 235.061 313.327 1 20 ? O6 GTP 500 A 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . D 4 206.117 235.026 314.603 1 20 ? N1 GTP 500 A 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . D 4 204.842 234.643 314.821 1 20 ? C2 GTP 500 A 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . D 4 204.206 235.018 315.955 1 20 ? N2 GTP 500 A 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . D 4 204.158 233.871 313.949 1 20 ? N3 GTP 500 A 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . D 4 204.723 233.447 312.802 1 20 ? C4 GTP 500 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              70 
_model_server_stats.parse_time_ms           21 
_model_server_stats.create_model_time_ms    25 
_model_server_stats.query_time_ms           323 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           32 
#