data_7NIT
#
_model_server_result.job_id            UbbnNHDqIqgF5sQSF1x2lg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-06-15 16:01:37' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7nit 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":2304}' 
#
_entry.id    7NIT 
#
_exptl.entry_id    7NIT 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         86.991 
_cell.angle_beta          84.83 
_cell.angle_gamma         83.788 
_cell.entry_id            7NIT 
_cell.length_a            116.947 
_cell.length_b            130.042 
_cell.length_c            200.58 
_cell.Z_PDB               6 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7NIT 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 5 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,G,H,I,J,Y 1 1 
B,K,L,Z 2 1 
C,M,N,O,AA 3 1 
D,P,Q,R,S,BA 4 1 
E,T,U,CA 5 1 
F,V,W,X,DA 6 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 J N N 
? 4 L N N 
? 4 O N N 
? 4 S N N 
? 4 U N N 
? 4 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ALA 1070 A ALA 1070 1_555 J CA CA . A CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 1073 A ASP 1073 1_555 J CA CA . A CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc3 A O SER 1075 A SER 1075 1_555 J CA CA . A CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc4 A O THR 1203 A THR 1203 1_555 J CA CA . A CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 1204 A GLU 1204 1_555 J CA CA . A CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc6 J CA CA . A CA 2304 1_555 Y O HOH . A HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc7 B O ALA 1070 B ALA 1070 1_555 L CA CA . B CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc8 B OD1 ASP 1073 B ASP 1073 1_555 L CA CA . B CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc9 B O SER 1075 B SER 1075 1_555 L CA CA . B CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc10 B O THR 1203 B THR 1203 1_555 L CA CA . B CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc11 B OE1 GLU 1204 B GLU 1204 1_555 L CA CA . B CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc12 L CA CA . B CA 2304 1_555 Z O HOH . B HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc13 C O ALA 1070 C ALA 1070 1_555 O CA CA . C CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc14 C OD1 ASP 1073 C ASP 1073 1_555 O CA CA . C CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc15 C O SER 1075 C SER 1075 1_555 O CA CA . C CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc16 C O THR 1203 C THR 1203 1_555 O CA CA . C CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? 
metalc ? metalc17 C OE1 GLU 1204 C GLU 1204 1_555 O CA CA . C CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc18 O CA CA . C CA 2304 1_555 AA O HOH . C HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc19 D O ALA 1070 D ALA 1070 1_555 S CA CA . D CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc20 D OD1 ASP 1073 D ASP 1073 1_555 S CA CA . D CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc21 D O SER 1075 D SER 1075 1_555 S CA CA . D CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc22 D O THR 1203 D THR 1203 1_555 S CA CA . D CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc23 D OE1 GLU 1204 D GLU 1204 1_555 S CA CA . D CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
metalc ? metalc24 S CA CA . D CA 2304 1_555 BA O HOH . D HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc25 E O ALA 1070 E ALA 1070 1_555 U CA CA . E CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc26 E OD1 ASP 1073 E ASP 1073 1_555 U CA CA . E CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc27 E O SER 1075 E SER 1075 1_555 U CA CA . E CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc28 E O THR 1203 E THR 1203 1_555 U CA CA . E CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc29 E OE1 GLU 1204 E GLU 1204 1_555 U CA CA . E CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc30 U CA CA . E CA 2304 1_555 CA O HOH . E HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc31 F O ALA 1070 F ALA 1070 1_555 X CA CA . F CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc32 F OD1 ASP 1073 F ASP 1073 1_555 X CA CA . F CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc33 F O SER 1075 F SER 1075 1_555 X CA CA . F CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc34 F O THR 1203 F THR 1203 1_555 X CA CA . F CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc35 F OE1 GLU 1204 F GLU 1204 1_555 X CA CA . F CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc36 X CA CA . F CA 2304 1_555 DA O HOH . F HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7NIT 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008551 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.000931 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.000734 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007735 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.000334 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005011 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 SO4 A 1 2301 2301 SO4 SO4 . 
H 3 GOL A 1 2302 2401 GOL GOL . 
I 3 GOL A 1 2303 2501 GOL GOL . 
J 4 CA A 1 2304 3001 CA CA . 
K 3 GOL B 1 2302 2401 GOL GOL . 
L 4 CA B 1 2304 3001 CA CA . 
M 2 SO4 C 1 2301 2301 SO4 SO4 . 
N 3 GOL C 1 2302 2401 GOL GOL . 
O 4 CA C 1 2304 3001 CA CA . 
P 2 SO4 D 1 2301 2301 SO4 SO4 . 
Q 3 GOL D 1 2302 2401 GOL GOL . 
R 3 GOL D 1 2303 2501 GOL GOL . 
S 4 CA D 1 2304 3001 CA CA . 
T 3 GOL E 1 2302 2401 GOL GOL . 
U 4 CA E 1 2304 3001 CA CA . 
V 2 SO4 F 1 2301 2301 SO4 SO4 . 
W 3 GOL F 1 2302 2401 GOL GOL . 
X 4 CA F 1 2304 3001 CA CA . 
Y 5 HOH A 1 2401 3003 HOH HOH . 
Z 5 HOH B 1 2401 3003 HOH HOH . 
AA 5 HOH C 1 2401 3003 HOH HOH . 
BA 5 HOH D 1 2401 3003 HOH HOH . 
CA 5 HOH E 1 2401 3003 HOH HOH . 
DA 5 HOH F 1 2401 3003 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         U 
_atom_site.label_entity_id       4 
_atom_site.Cartn_x               32.474 
_atom_site.Cartn_y               34.001 
_atom_site.Cartn_z               137.741 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        279.06 
_atom_site.pdbx_formal_charge    0 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           2304 
_atom_site.auth_asym_id          E 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              29 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    85 
_model_server_stats.query_time_ms           325 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           1 
#