data_7NJV
#
_model_server_result.job_id            hETfvYcjtrOfLL_mAuXn1w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 11:28:09' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7njv 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":101}' 
#
_entry.id    7NJV 
#
_exptl.entry_id    7NJV 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              555.505 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            Bedaquiline 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7NJV 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7NJV 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dodecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      12 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      5 
_struct_asym.id                             M 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
_chem_comp.formula           'C32 H31 Br N2 O2' 
_chem_comp.formula_weight    555.505 
_chem_comp.id                BQ1 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              Bedaquiline 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
BR C35 BQ1 sing 70 n n 
O02 C06 BQ1 sing 71 n n 
O03 C17 BQ1 sing 72 n n 
O03 C37 BQ1 sing 73 n n 
N04 C11 BQ1 sing 74 n n 
N04 C25 BQ1 sing 75 n n 
N04 C26 BQ1 sing 76 n n 
N05 C17 BQ1 doub 77 n y 
N05 C24 BQ1 sing 78 n y 
C06 C07 BQ1 sing 79 n n 
C06 C08 BQ1 sing 80 n n 
C06 C09 BQ1 sing 81 n n 
C07 C10 BQ1 sing 82 n n 
C07 C12 BQ1 sing 83 n n 
C08 C11 BQ1 sing 84 n n 
C09 C13 BQ1 sing 85 n y 
C09 C14 BQ1 doub 86 n y 
C10 C15 BQ1 doub 87 n y 
C10 C17 BQ1 sing 88 n y 
C12 C18 BQ1 sing 89 n y 
C12 C19 BQ1 doub 90 n y 
C13 C16 BQ1 doub 91 n y 
C13 C21 BQ1 sing 92 n y 
C14 C20 BQ1 sing 93 n y 
C15 C22 BQ1 sing 94 n y 
C16 C23 BQ1 sing 95 n y 
C16 C27 BQ1 sing 96 n y 
C18 C28 BQ1 doub 97 n y 
C19 C29 BQ1 sing 98 n y 
C20 C23 BQ1 doub 99 n y 
C21 C30 BQ1 doub 100 n y 
C22 C24 BQ1 sing 101 n y 
C22 C33 BQ1 doub 102 n y 
C24 C34 BQ1 doub 103 n y 
C27 C32 BQ1 doub 104 n y 
C28 C31 BQ1 sing 105 n y 
C29 C31 BQ1 doub 106 n y 
C30 C32 BQ1 sing 107 n y 
C33 C35 BQ1 sing 108 n y 
C34 C36 BQ1 sing 109 n y 
C35 C36 BQ1 doub 110 n y 
O02 H02 BQ1 sing 111 n n 
C37 H371 BQ1 sing 112 n n 
C37 H372 BQ1 sing 113 n n 
C37 H373 BQ1 sing 114 n n 
C11 H111 BQ1 sing 115 n n 
C11 H112 BQ1 sing 116 n n 
C25 H251 BQ1 sing 117 n n 
C25 H252 BQ1 sing 118 n n 
C25 H253 BQ1 sing 119 n n 
C26 H261 BQ1 sing 120 n n 
C26 H262 BQ1 sing 121 n n 
C26 H263 BQ1 sing 122 n n 
C07 H07 BQ1 sing 123 n n 
C08 H081 BQ1 sing 124 n n 
C08 H082 BQ1 sing 125 n n 
C14 H14 BQ1 sing 126 n n 
C15 H15 BQ1 sing 127 n n 
C18 H18 BQ1 sing 128 n n 
C19 H19 BQ1 sing 129 n n 
C21 H21 BQ1 sing 130 n n 
C20 H20 BQ1 sing 131 n n 
C23 H23 BQ1 sing 132 n n 
C27 H27 BQ1 sing 133 n n 
C28 H28 BQ1 sing 134 n n 
C29 H29 BQ1 sing 135 n n 
C30 H30 BQ1 sing 136 n n 
C33 H33 BQ1 sing 137 n n 
C34 H34 BQ1 sing 138 n n 
C32 H32 BQ1 sing 139 n n 
C31 H31 BQ1 sing 140 n n 
C36 H36 BQ1 sing 141 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7NJV 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id          M 
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id        5 
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id           BQ1 
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id    N 
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num      1 
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num      101 
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num     101 
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id       BQ1 
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id      BQ1 
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code     . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 BR BR BQ1 . . . M 5 214.344 233.364 131.714 0.75 53.99 ? BR BQ1 101 N 1 
HETATM 2 O O02 BQ1 . . . M 5 208.655 228.874 129.407 0.75 53.99 ? O02 BQ1 101 N 1 
HETATM 3 O O03 BQ1 . . . M 5 207.393 229.644 133.761 0.75 53.99 ? O03 BQ1 101 N 1 
HETATM 4 N N04 BQ1 . . . M 5 208.077 225.221 131.233 0.75 53.99 ? N04 BQ1 101 N 1 
HETATM 5 N N05 BQ1 . . . M 5 209.307 230.574 133.733 0.75 53.99 ? N05 BQ1 101 N 1 
HETATM 6 C C06 BQ1 . . . M 5 207.419 228.755 130.054 0.75 53.99 ? C06 BQ1 101 N 1 
HETATM 7 C C07 BQ1 . . . M 5 207.146 230.043 130.834 0.75 53.99 ? C07 BQ1 101 N 1 
HETATM 8 C C08 BQ1 . . . M 5 207.508 227.592 131.043 0.75 53.99 ? C08 BQ1 101 N 1 
HETATM 9 C C09 BQ1 . . . M 5 206.268 228.496 129.072 0.75 53.99 ? C09 BQ1 101 N 1 
HETATM 10 C C10 BQ1 . . . M 5 208.417 230.529 131.527 0.75 53.99 ? C10 BQ1 101 N 1 
HETATM 11 C C11 BQ1 . . . M 5 207.715 226.273 130.295 0.75 53.99 ? C11 BQ1 101 N 1 
HETATM 12 C C12 BQ1 . . . M 5 206.682 231.156 129.894 0.75 53.99 ? C12 BQ1 101 N 1 
HETATM 13 C C13 BQ1 . . . M 5 204.88 228.296 129.213 0.75 53.99 ? C13 BQ1 101 N 1 
HETATM 14 C C14 BQ1 . . . M 5 206.831 228.468 127.796 0.75 53.99 ? C14 BQ1 101 N 1 
HETATM 15 C C15 BQ1 . . . M 5 209.526 231.153 131.056 0.75 53.99 ? C15 BQ1 101 N 1 
HETATM 16 C C16 BQ1 . . . M 5 204.089 228.081 128.109 0.75 53.99 ? C16 BQ1 101 N 1 
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HETATM 33 C C33 BQ1 . . . M 5 211.695 232.134 131.429 0.75 53.99 ? C33 BQ1 101 N 1 
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HETATM 38 H H02 BQ1 . . . M 5 209.241 228.426 129.83 0.75 53.99 ? H02 BQ1 101 N 1 
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HETATM 42 H H111 BQ1 . . . M 5 208.425 226.383 129.644 0.75 53.99 ? H111 BQ1 101 N 1 
HETATM 43 H H112 BQ1 . . . M 5 206.897 226.021 129.84 0.75 53.99 ? H112 BQ1 101 N 1 
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HETATM 46 H H253 BQ1 . . . M 5 208.817 224.19 129.691 0.75 53.99 ? H253 BQ1 101 N 1 
HETATM 47 H H261 BQ1 . . . M 5 207.128 224.119 132.601 0.75 53.99 ? H261 BQ1 101 N 1 
HETATM 48 H H262 BQ1 . . . M 5 206.147 224.963 131.688 0.75 53.99 ? H262 BQ1 101 N 1 
HETATM 49 H H263 BQ1 . . . M 5 206.972 225.674 132.838 0.75 53.99 ? H263 BQ1 101 N 1 
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HETATM 54 H H15 BQ1 . . . M 5 209.6 231.348 130.15 0.75 53.99 ? H15 BQ1 101 N 1 
HETATM 55 H H18 BQ1 . . . M 5 205.198 231.463 131.231 0.75 53.99 ? H18 BQ1 101 N 1 
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HETATM 57 H H21 BQ1 . . . M 5 204.824 228.465 131.242 0.75 53.99 ? H21 BQ1 101 N 1 
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HETATM 60 H H27 BQ1 . . . M 5 202.174 227.738 127.508 0.75 53.99 ? H27 BQ1 101 N 1 
HETATM 61 H H28 BQ1 . . . M 5 204.187 233.21 130.104 0.75 53.99 ? H28 BQ1 101 N 1 
HETATM 62 H H29 BQ1 . . . M 5 206.952 232.953 127.213 0.75 53.99 ? H29 BQ1 101 N 1 
HETATM 63 H H30 BQ1 . . . M 5 202.546 228.141 131.484 0.75 53.99 ? H30 BQ1 101 N 1 
HETATM 64 H H33 BQ1 . . . M 5 211.768 232.33 130.522 0.75 53.99 ? H33 BQ1 101 N 1 
HETATM 65 H H34 BQ1 . . . M 5 211.402 231.355 135.042 0.75 53.99 ? H34 BQ1 101 N 1 
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