data_7NYR
#
_model_server_result.job_id            4Kg5dmDUIFVo0j38iGMxIw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 22:37:55' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7nyr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":202}' 
#
_entry.id    7NYR 
#
_exptl.entry_id    7NYR 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          14 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            7NYR 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7NYR 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tridecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      13 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 14 N N N 
? 14 P N N 
? 14 S N N 
? 14 T N N 
? 14 U N N 
? 14 W N N 
? 14 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C THR 101 B THR 101 1_555 A N CSX 102 B CSX 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale2 A C CSX 102 B CSX 102 1_555 A N PHE 103 B PHE 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale3 C C THR 131 E THR 131 1_555 C N CSX 132 E CSX 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale4 C C CSX 132 E CSX 132 1_555 C N CYS 133 E CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale5 D C THR 214 F THR 214 1_555 D N CSX 215 F CSX 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale6 D C CSX 215 F CSX 215 1_555 D N VAL 216 F VAL 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 63 B CYS 63 1_555 N FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 64 B CYS 64 1_555 N FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 129 B CYS 129 1_555 N FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 158 B CYS 158 1_555 N FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc5 C SG CYS 92 E CYS 92 1_555 O FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc6 C SG CYS 97 E CYS 97 1_555 O FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc7 C SG CYS 133 E CYS 133 1_555 O FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc8 C SG CYS 137 E CYS 137 1_555 O FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc9 D SG CYS 351 F CYS 351 1_555 P FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc10 D SG CYS 354 F CYS 354 1_555 P FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc11 D SG CYS 357 F CYS 357 1_555 P FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc12 D SG CYS 398 F CYS 398 1_555 P FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc13 E SG CYS 34 G CYS 34 1_555 R FE2 FES . G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc14 E SG CYS 45 G CYS 45 1_555 R FE2 FES . G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc15 E SG CYS 48 G CYS 48 1_555 R FE1 FES . G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc16 E SG CYS 67 G CYS 67 1_555 R FE1 FES . G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc17 E NE2 HIS 99 G HIS 99 1_555 T FE3 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc18 E SG CYS 103 G CYS 103 1_555 T FE2 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc19 E SG CYS 106 G CYS 106 1_555 T FE1 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc20 E SG CYS 112 G CYS 112 1_555 T FE4 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc21 E SG CYS 151 G CYS 151 1_555 S FE2 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc22 E SG CYS 154 G CYS 154 1_555 S FE3 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc23 E SG CYS 157 G CYS 157 1_555 S FE1 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc24 E SG CYS 201 G CYS 201 1_555 S FE4 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc25 E SG CYS 228 G CYS 228 1_555 U FE3 SF4 . G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc26 E SG CYS 231 G CYS 231 1_555 U FE1 SF4 . G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc27 E SG CYS 235 G CYS 235 1_555 U FE2 SF4 . G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc28 E SG CYS 263 G CYS 263 1_555 U FE4 SF4 . G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc29 E OD2 ASP 617 G ASP 617 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc30 E OE1 GLN 632 G GLN 632 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc31 E OE2 GLU 647 G GLU 647 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc32 E OD2 ASP 731 G ASP 731 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc33 F SG CYS 60 I CYS 60 1_555 W FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc34 F SG CYS 63 I CYS 63 1_555 W FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc35 F SG CYS 66 I CYS 66 1_555 W FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc36 F SG CYS 70 I CYS 70 1_555 X FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc37 F SG CYS 99 I CYS 99 1_555 X FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc38 F SG CYS 102 I CYS 102 1_555 X FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc39 F SG CYS 105 I CYS 105 1_555 X FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc40 F SG CYS 109 I CYS 109 1_555 W FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7NYR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
N 14 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . 
O 15 FES E 1 201 201 FES FES . 
P 14 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . 
Q 16 FMN F 1 502 502 FMN FMN . 
R 15 FES G 1 1001 1001 FES FES . 
S 14 SF4 G 1 1002 1002 SF4 SF4 . 
T 14 SF4 G 1 1003 1003 SF4 SF4 . 
U 14 SF4 G 1 1004 1004 SF4 SF4 . 
V 17 CA G 1 1005 1005 CA CA . 
W 14 SF4 I 1 201 201 SF4 SF4 . 
X 14 SF4 I 1 202 202 SF4 SF4 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . X 14 243.619 202.962 199.784 1 42.19 ? FE1 SF4 202 I 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . X 14 244.154 201.669 197.437 1 42.19 ? FE2 SF4 202 I 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . X 14 244.588 200.409 199.818 1 42.19 ? FE3 SF4 202 I 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . X 14 246.207 202.47 199.051 1 42.19 ? FE4 SF4 202 I 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . X 14 245.986 200.455 198.024 1 42.19 ? S1 SF4 202 I 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . X 14 245.283 202.15 201.109 1 42.19 ? S2 SF4 202 I 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . X 14 244.715 203.808 197.972 1 42.19 ? S3 SF4 202 I 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . X 14 242.586 201.101 198.985 1 42.19 ? S4 SF4 202 I 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              40 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    416 
_model_server_stats.query_time_ms           275 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           8 
#