data_7NYR # _model_server_result.job_id zwAKSyKc2FeO5fgz4MtCzg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 22:37:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7nyr # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":502}' # _entry.id 7NYR # _exptl.entry_id 7NYR _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 456.344 _entity.id 16 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7NYR _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7NYR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tridecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 13 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 16 _struct_asym.id Q _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C THR 101 B THR 101 1_555 A N CSX 102 B CSX 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale2 A C CSX 102 B CSX 102 1_555 A N PHE 103 B PHE 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale3 C C THR 131 E THR 131 1_555 C N CSX 132 E CSX 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale4 C C CSX 132 E CSX 132 1_555 C N CYS 133 E CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale5 D C THR 214 F THR 214 1_555 D N CSX 215 F CSX 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale6 D C CSX 215 F CSX 215 1_555 D N VAL 216 F VAL 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 63 B CYS 63 1_555 N FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 64 B CYS 64 1_555 N FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 129 B CYS 129 1_555 N FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 158 B CYS 158 1_555 N FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc5 C SG CYS 92 E CYS 92 1_555 O FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc6 C SG CYS 97 E CYS 97 1_555 O FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc7 C SG CYS 133 E CYS 133 1_555 O FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc8 C SG CYS 137 E CYS 137 1_555 O FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc9 D SG CYS 351 F CYS 351 1_555 P FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc10 D SG CYS 354 F CYS 354 1_555 P FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc11 D SG CYS 357 F CYS 357 1_555 P FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc12 D SG CYS 398 F CYS 398 1_555 P FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc13 E SG CYS 34 G CYS 34 1_555 R FE2 FES . G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc14 E SG CYS 45 G CYS 45 1_555 R FE2 FES . G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc15 E SG CYS 48 G CYS 48 1_555 R FE1 FES . G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc16 E SG CYS 67 G CYS 67 1_555 R FE1 FES . G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc17 E NE2 HIS 99 G HIS 99 1_555 T FE3 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? metalc ? metalc18 E SG CYS 103 G CYS 103 1_555 T FE2 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc19 E SG CYS 106 G CYS 106 1_555 T FE1 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc20 E SG CYS 112 G CYS 112 1_555 T FE4 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc21 E SG CYS 151 G CYS 151 1_555 S FE2 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc22 E SG CYS 154 G CYS 154 1_555 S FE3 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc23 E SG CYS 157 G CYS 157 1_555 S FE1 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc24 E SG CYS 201 G CYS 201 1_555 S FE4 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc25 E SG CYS 228 G CYS 228 1_555 U FE3 SF4 . G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc26 E SG CYS 231 G CYS 231 1_555 U FE1 SF4 . G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc27 E SG CYS 235 G CYS 235 1_555 U FE2 SF4 . G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc28 E SG CYS 263 G CYS 263 1_555 U FE4 SF4 . G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc29 E OD2 ASP 617 G ASP 617 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc30 E OE1 GLN 632 G GLN 632 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc31 E OE2 GLU 647 G GLU 647 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc32 E OD2 ASP 731 G ASP 731 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc33 F SG CYS 60 I CYS 60 1_555 W FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc34 F SG CYS 63 I CYS 63 1_555 W FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc35 F SG CYS 66 I CYS 66 1_555 W FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc36 F SG CYS 70 I CYS 70 1_555 X FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc37 F SG CYS 99 I CYS 99 1_555 X FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc38 F SG CYS 102 I CYS 102 1_555 X FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc39 F SG CYS 105 I CYS 105 1_555 X FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc40 F SG CYS 109 I CYS 109 1_555 W FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? # _chem_comp.formula 'C17 H21 N4 O9 P' _chem_comp.formula_weight 456.344 _chem_comp.id FMN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' # _atom_sites.entry_id 7NYR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code N 14 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . O 15 FES E 1 201 201 FES FES . P 14 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . Q 16 FMN F 1 502 502 FMN FMN . R 15 FES G 1 1001 1001 FES FES . S 14 SF4 G 1 1002 1002 SF4 SF4 . T 14 SF4 G 1 1003 1003 SF4 SF4 . U 14 SF4 G 1 1004 1004 SF4 SF4 . V 17 CA G 1 1005 1005 CA CA . W 14 SF4 I 1 201 201 SF4 SF4 . X 14 SF4 I 1 202 202 SF4 SF4 . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 FMN . . . Q 16 270.037 260.669 187.171 1 16.28 ? N1 FMN 502 F 1 HETATM 2 C C2 FMN . . . Q 16 271.164 261.338 187.588 1 16.28 ? C2 FMN 502 F 1 HETATM 3 O O2 FMN . . . Q 16 271.288 262.532 187.338 1 16.28 ? O2 FMN 502 F 1 HETATM 4 N N3 FMN . . . Q 16 272.149 260.677 188.284 1 16.28 ? N3 FMN 502 F 1 HETATM 5 C C4 FMN . . . Q 16 272.001 259.339 188.558 1 16.28 ? C4 FMN 502 F 1 HETATM 6 O O4 FMN . . . Q 16 272.876 258.74 189.178 1 16.28 ? O4 FMN 502 F 1 HETATM 7 C C4A FMN . . . Q 16 270.865 258.664 188.136 1 16.28 ? C4A FMN 502 F 1 HETATM 8 N N5 FMN . . . Q 16 270.733 257.328 188.418 1 16.28 ? N5 FMN 502 F 1 HETATM 9 C C5A FMN . . . Q 16 269.613 256.649 188.006 1 16.28 ? C5A FMN 502 F 1 HETATM 10 C C6 FMN . . . Q 16 269.514 255.299 188.31 1 16.28 ? C6 FMN 502 F 1 HETATM 11 C C7 FMN . . . Q 16 268.409 254.562 187.92 1 16.28 ? C7 FMN 502 F 1 HETATM 12 C C7M FMN . . . Q 16 268.389 253.105 188.297 1 16.28 ? C7M FMN 502 F 1 HETATM 13 C C8 FMN . . . Q 16 267.393 255.204 187.216 1 16.28 ? C8 FMN 502 F 1 HETATM 14 C C8M FMN . . . Q 16 266.158 254.496 186.752 1 16.28 ? C8M FMN 502 F 1 HETATM 15 C C9 FMN . . . Q 16 267.497 256.556 186.917 1 16.28 ? C9 FMN 502 F 1 HETATM 16 C C9A FMN . . . Q 16 268.608 257.3 187.303 1 16.28 ? C9A FMN 502 F 1 HETATM 17 N N10 FMN . . . Q 16 268.736 258.656 187.006 1 16.28 ? N10 FMN 502 F 1 HETATM 18 C C10 FMN . . . Q 16 269.87 259.328 187.435 1 16.28 ? C10 FMN 502 F 1 HETATM 19 C C1' FMN . . . Q 16 267.687 259.438 186.247 1 16.28 ? C1' FMN 502 F 1 HETATM 20 C C2' FMN . . . Q 16 266.723 260.073 187.239 1 16.28 ? C2' FMN 502 F 1 HETATM 21 O O2' FMN . . . Q 16 265.749 259.12 187.593 1 16.28 ? O2' FMN 502 F 1 HETATM 22 C C3' FMN . . . Q 16 266.018 261.309 186.688 1 16.28 ? C3' FMN 502 F 1 HETATM 23 O O3' FMN . . . Q 16 265.509 261.006 185.409 1 16.28 ? O3' FMN 502 F 1 HETATM 24 C C4' FMN . . . Q 16 266.931 262.524 186.575 1 16.28 ? C4' FMN 502 F 1 HETATM 25 O O4' FMN . . . Q 16 267.542 262.775 187.819 1 16.28 ? O4' FMN 502 F 1 HETATM 26 C C5' FMN . . . Q 16 266.141 263.753 186.155 1 16.28 ? C5' FMN 502 F 1 HETATM 27 O O5' FMN . . . Q 16 266.974 264.885 186.232 1 16.28 ? O5' FMN 502 F 1 HETATM 28 P P FMN . . . Q 16 267.368 265.67 184.889 1 16.28 ? P FMN 502 F 1 HETATM 29 O O1P FMN . . . Q 16 266.114 266.26 184.294 1 16.28 ? O1P FMN 502 F 1 HETATM 30 O O2P FMN . . . Q 16 268.349 266.767 185.216 1 16.28 ? O2P FMN 502 F 1 HETATM 31 O O3P FMN . . . Q 16 267.991 264.706 183.911 1 16.28 ? O3P FMN 502 F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 46 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 40 _model_server_stats.query_time_ms 330 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 31 #