data_7P4V # _model_server_result.job_id Wn-ucN46tgJ-8tBtyWp9fA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-06 01:31:15' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7p4v # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":201}' # _entry.id 7P4V # _exptl.entry_id 7P4V _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 411.202 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 7P4V _cell.length_a 87.296 _cell.length_b 87.296 _cell.length_c 46.01 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7P4V _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 150 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 3 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_545 -y,x-y-1,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 43.648 -75.600554 0 3 'crystal symmetry operation' 3_655 -x+y+1,-x,z -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 87.296 0 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O9 P2' _chem_comp.formula_weight 411.202 _chem_comp.id DAT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms DADP # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B DAT doub 83 n n PB O2B DAT sing 84 n n PB O3B DAT sing 85 n n PB O3A DAT sing 86 n n O2B HOB2 DAT sing 87 n n O3B HOB3 DAT sing 88 n n PA O1A DAT doub 89 n n PA O2A DAT sing 90 n n PA O3A DAT sing 91 n n PA O5' DAT sing 92 n n O2A HOA2 DAT sing 93 n n O5' C5' DAT sing 94 n n C5' C4' DAT sing 95 n n C5' "H5'1" DAT sing 96 n n C5' "H5'2" DAT sing 97 n n C4' O4' DAT sing 98 n n C4' C3' DAT sing 99 n n C4' H4' DAT sing 100 n n O4' C1' DAT sing 101 n n C3' O3' DAT sing 102 n n C3' C2' DAT sing 103 n n C3' H3' DAT sing 104 n n O3' HO3' DAT sing 105 n n C2' C1' DAT sing 106 n n C2' "H2'1" DAT sing 107 n n C2' "H2'2" DAT sing 108 n n C1' N9 DAT sing 109 n n C1' H1' DAT sing 110 n n N9 C8 DAT sing 111 n y N9 C4 DAT sing 112 n y C8 N7 DAT doub 113 n y C8 H8 DAT sing 114 n n N7 C5 DAT sing 115 n y C5 C6 DAT sing 116 n y C5 C4 DAT doub 117 n y C6 N6 DAT sing 118 n n C6 N1 DAT doub 119 n y N6 HN61 DAT sing 120 n n N6 HN62 DAT sing 121 n n N1 C2 DAT sing 122 n y C2 N3 DAT doub 123 n y C2 H2 DAT sing 124 n n N3 C4 DAT sing 125 n y # _atom_sites.entry_id 7P4V _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011455 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006614 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013227 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.021734 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 DAT A 1 201 201 DAT DAT . C 3 CL A 1 202 3 CL CL . D 3 CL A 1 203 4 CL CL . E 4 HOH A 1 301 32 HOH HOH . E 4 HOH A 2 302 3 HOH HOH . E 4 HOH A 3 303 7 HOH HOH . E 4 HOH A 4 304 15 HOH HOH . E 4 HOH A 5 305 4 HOH HOH . E 4 HOH A 6 306 23 HOH HOH . E 4 HOH A 7 307 24 HOH HOH . E 4 HOH A 8 308 27 HOH HOH . E 4 HOH A 9 309 26 HOH HOH . E 4 HOH A 10 310 11 HOH HOH . E 4 HOH A 11 311 20 HOH HOH . E 4 HOH A 12 312 28 HOH HOH . E 4 HOH A 13 313 22 HOH HOH . E 4 HOH A 14 314 6 HOH HOH . E 4 HOH A 15 315 1 HOH HOH . E 4 HOH A 16 316 29 HOH HOH . E 4 HOH A 17 317 14 HOH HOH . E 4 HOH A 18 318 35 HOH HOH . E 4 HOH A 19 319 30 HOH HOH . E 4 HOH A 20 320 33 HOH HOH . E 4 HOH A 21 321 36 HOH HOH . E 4 HOH A 22 322 12 HOH HOH . E 4 HOH A 23 323 38 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB DAT . . . B 2 32.565 -9.352 8.069 1 61.3 ? PB DAT 201 A 1 HETATM 2 O O1B DAT . . . B 2 32.729 -8.237 7.071 1 62.59 ? O1B DAT 201 A 1 HETATM 3 O O2B DAT . . . B 2 31.14 -9.485 8.542 1 55.04 ? O2B DAT 201 A 1 HETATM 4 O O3B DAT . . . B 2 33.031 -10.641 7.427 1 65.28 ? O3B DAT 201 A 1 HETATM 5 P PA DAT . . . B 2 35.047 -9.04 9.585 1 56.21 ? PA DAT 201 A 1 HETATM 6 O O1A DAT . . . B 2 35.79 -8.225 8.557 1 57.12 ? O1A DAT 201 A 1 HETATM 7 O O2A DAT . . . B 2 35.321 -8.56 10.986 1 58.77 ? O2A DAT 201 A 1 HETATM 8 O O3A DAT . . . B 2 33.438 -9.034 9.395 1 58.54 ? O3A DAT 201 A 1 HETATM 9 O O5' DAT . . . B 2 35.614 -10.56 9.467 1 71.29 ? O5' DAT 201 A 1 HETATM 10 C C5' DAT . . . B 2 34.944 -11.694 10.004 1 54.53 ? C5' DAT 201 A 1 HETATM 11 C C4' DAT . . . B 2 35.981 -12.798 10.163 1 56.39 ? C4' DAT 201 A 1 HETATM 12 O O4' DAT . . . B 2 36.411 -13.289 8.872 1 49.42 ? O4' DAT 201 A 1 HETATM 13 C C3' DAT . . . B 2 37.259 -12.3 10.847 1 50.25 ? C3' DAT 201 A 1 HETATM 14 O O3' DAT . . . B 2 37.212 -12.427 12.268 1 54.41 ? O3' DAT 201 A 1 HETATM 15 C C2' DAT . . . B 2 38.348 -13.202 10.292 1 48.56 ? C2' DAT 201 A 1 HETATM 16 C C1' DAT . . . B 2 37.821 -13.578 8.907 1 51.92 ? C1' DAT 201 A 1 HETATM 17 N N9 DAT . . . B 2 38.509 -12.725 7.917 1 42.16 ? N9 DAT 201 A 1 HETATM 18 C C8 DAT . . . B 2 38.277 -11.411 7.642 1 52.35 ? C8 DAT 201 A 1 HETATM 19 N N7 DAT . . . B 2 39.011 -11.012 6.559 1 58.26 ? N7 DAT 201 A 1 HETATM 20 C C5 DAT . . . B 2 39.695 -12.083 6.098 1 41.9 ? C5 DAT 201 A 1 HETATM 21 C C6 DAT . . . B 2 40.713 -12.368 5.063 1 42.38 ? C6 DAT 201 A 1 HETATM 22 N N6 DAT . . . B 2 41.137 -11.45 4.158 1 48.06 ? N6 DAT 201 A 1 HETATM 23 N N1 DAT . . . B 2 41.244 -13.613 5.053 1 45.34 ? N1 DAT 201 A 1 HETATM 24 C C2 DAT . . . B 2 40.845 -14.587 5.888 1 44.3 ? C2 DAT 201 A 1 HETATM 25 N N3 DAT . . . B 2 39.939 -14.397 6.854 1 38.3 ? N3 DAT 201 A 1 HETATM 26 C C4 DAT . . . B 2 39.376 -13.195 7.026 1 49.1 ? C4 DAT 201 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 56 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 306 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 26 #