data_7P61
#
_model_server_result.job_id            '_kt38cWopygTVF-a0uqXNQ' 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-27 01:20:35' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7p61 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":503}' 
#
_entry.id    7P61 
#
_exptl.entry_id    7P61 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              665.441 
_entity.id                          16 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7P61 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7P61 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tridecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      13 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      16 
_struct_asym.id                             P 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 351 F CYS 351 1_555 N FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 354 F CYS 354 1_555 N FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 357 F CYS 357 1_555 N FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 398 F CYS 398 1_555 N FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 82 E CYS 92 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 87 E CYS 97 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 127 E CYS 137 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc8 C SG CYS 33 G CYS 36 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 44 G CYS 47 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 47 G CYS 50 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 66 G CYS 69 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc12 C NE2 HIS 98 G HIS 101 1_555 R FE3 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 102 G CYS 105 1_555 R FE2 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 105 G CYS 108 1_555 R FE4 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 111 G CYS 114 1_555 R FE1 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 150 G CYS 153 1_555 S FE2 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 156 G CYS 159 1_555 S FE3 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 200 G CYS 203 1_555 S FE4 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 227 G CYS 230 1_555 T FE1 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 230 G CYS 233 1_555 T FE4 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 234 G CYS 237 1_555 T FE3 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 262 G CYS 265 1_555 T FE2 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc23 C OD2 ASP 616 G ASP 619 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? 
metalc ? metalc24 C OE1 GLN 631 G GLN 634 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc25 C OE2 GLU 646 G GLU 649 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc26 C OD2 ASP 730 G ASP 733 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? 
metalc ? metalc27 E SG CYS 63 B CYS 63 1_555 W FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc28 E SG CYS 64 B CYS 64 1_555 W FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 129 B CYS 129 1_555 W FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 158 B CYS 158 1_555 W FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc31 F SG CYS 27 I CYS 60 1_555 Y FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc32 F SG CYS 30 I CYS 63 1_555 Y FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc33 F SG CYS 33 I CYS 66 1_555 Y FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc34 F SG CYS 37 I CYS 70 1_555 X FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc35 F SG CYS 66 I CYS 99 1_555 X FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc36 F SG CYS 72 I CYS 105 1_555 X FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc37 F SG CYS 76 I CYS 109 1_555 Y FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
#
_chem_comp.formula           'C21 H29 N7 O14 P2' 
_chem_comp.formula_weight    665.441 
_chem_comp.id                NAI 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     NADH 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A NAI doub 425 n n 
PA O2A NAI sing 426 n n 
PA O5B NAI sing 427 n n 
PA O3 NAI sing 428 n n 
O2A HOA2 NAI sing 429 n n 
O5B C5B NAI sing 430 n n 
C5B C4B NAI sing 431 n n 
C5B H51A NAI sing 432 n n 
C5B H52A NAI sing 433 n n 
C4B O4B NAI sing 434 n n 
C4B C3B NAI sing 435 n n 
C4B H4B NAI sing 436 n n 
O4B C1B NAI sing 437 n n 
C3B O3B NAI sing 438 n n 
C3B C2B NAI sing 439 n n 
C3B H3B NAI sing 440 n n 
O3B HO3A NAI sing 441 n n 
C2B O2B NAI sing 442 n n 
C2B C1B NAI sing 443 n n 
C2B H2B NAI sing 444 n n 
O2B HO2A NAI sing 445 n n 
C1B N9A NAI sing 446 n n 
C1B H1B NAI sing 447 n n 
N9A C8A NAI sing 448 n y 
N9A C4A NAI sing 449 n y 
C8A N7A NAI doub 450 n y 
C8A H8A NAI sing 451 n n 
N7A C5A NAI sing 452 n y 
C5A C6A NAI sing 453 n y 
C5A C4A NAI doub 454 n y 
C6A N6A NAI sing 455 n n 
C6A N1A NAI doub 456 n y 
N6A H61A NAI sing 457 n n 
N6A H62A NAI sing 458 n n 
N1A C2A NAI sing 459 n y 
C2A N3A NAI doub 460 n y 
C2A H2A NAI sing 461 n n 
N3A C4A NAI sing 462 n y 
O3 PN NAI sing 463 n n 
PN O1N NAI sing 464 n n 
PN O2N NAI doub 465 n n 
PN O5D NAI sing 466 n n 
O1N HO1N NAI sing 467 n n 
O5D C5D NAI sing 468 n n 
C5D C4D NAI sing 469 n n 
C5D H51N NAI sing 470 n n 
C5D H52N NAI sing 471 n n 
C4D O4D NAI sing 472 n n 
C4D C3D NAI sing 473 n n 
C4D H4D NAI sing 474 n n 
O4D C1D NAI sing 475 n n 
C3D O3D NAI sing 476 n n 
C3D C2D NAI sing 477 n n 
C3D H3D NAI sing 478 n n 
O3D HO3N NAI sing 479 n n 
C2D O2D NAI sing 480 n n 
C2D C1D NAI sing 481 n n 
C2D H2D NAI sing 482 n n 
O2D HO2N NAI sing 483 n n 
C1D N1N NAI sing 484 n n 
C1D H1D NAI sing 485 n n 
N1N C2N NAI sing 486 n n 
N1N C6N NAI sing 487 n n 
C2N C3N NAI doub 488 n n 
C2N H2N NAI sing 489 n n 
C3N C7N NAI sing 490 n n 
C3N C4N NAI sing 491 n n 
C7N O7N NAI doub 492 n n 
C7N N7N NAI sing 493 n n 
N7N H71N NAI sing 494 n n 
N7N H72N NAI sing 495 n n 
C4N C5N NAI sing 496 n n 
C4N H4N NAI sing 497 n n 
C4N H42N NAI sing 498 n n 
C5N C6N NAI doub 499 n n 
C5N H5N NAI sing 500 n n 
C6N H6N NAI sing 501 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7P61 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
N 14 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . 
O 15 FMN F 1 502 502 FMN FMN . 
P 16 NAI F 1 503 503 NAI NAI . 
Q 17 FES E 1 201 201 FES FES . 
R 14 SF4 G 1 1001 910 SF4 SF4 . 
S 14 SF4 G 1 1002 911 SF4 SF4 . 
T 14 SF4 G 1 1003 912 SF4 SF4 . 
U 17 FES G 1 1004 913 FES FES . 
V 18 CA G 1 1005 914 CA CA . 
W 14 SF4 B 1 301 231 SF4 SF4 . 
X 14 SF4 I 1 201 202 SF4 SF4 . 
Y 14 SF4 I 1 202 201 SF4 SF4 . 
Z 19 3PE L 1 801 801 3PE 3PE . 
AA 19 3PE L 1 802 1001 3PE 3PE . 
BA 20 UQ8 H 1 401 401 UQ8 UQ8 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA NAI . . . P 16 44.418 52.918 192.055 1 151.08 ? PA NAI 503 F 1 
HETATM 2 O O1A NAI . . . P 16 43.639 53.636 193.083 1 119.08 ? O1A NAI 503 F 1 
HETATM 3 O O2A NAI . . . P 16 44.276 53.473 190.638 1 142.7 ? O2A NAI 503 F 1 
HETATM 4 O O5B NAI . . . P 16 43.98 51.369 191.983 1 111.29 ? O5B NAI 503 F 1 
HETATM 5 C C5B NAI . . . P 16 43.712 50.577 193.158 1 94.88 ? C5B NAI 503 F 1 
HETATM 6 C C4B NAI . . . P 16 42.712 49.5 192.822 1 94.58 ? C4B NAI 503 F 1 
HETATM 7 O O4B NAI . . . P 16 41.489 50.104 192.345 1 94.88 ? O4B NAI 503 F 1 
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