data_7P62
#
_model_server_result.job_id            reVd1OISwYpRbeiUbqigwg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 14:14:06' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7p62 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    7P62 
#
_exptl.entry_id    7P62 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          14 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7P62 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7P62 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tridecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      13 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 14 N N N 
? 14 Q N N 
? 14 R N N 
? 14 S N N 
? 14 V N N 
? 14 W N N 
? 14 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 351 F CYS 351 1_555 N FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 354 F CYS 354 1_555 N FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 357 F CYS 357 1_555 N FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 398 F CYS 398 1_555 N FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 82 E CYS 92 1_555 P FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 87 E CYS 97 1_555 P FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 123 E CYS 133 1_555 P FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 127 E CYS 137 1_555 P FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 33 G CYS 36 1_555 T FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 44 G CYS 47 1_555 T FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 47 G CYS 50 1_555 T FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 66 G CYS 69 1_555 T FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 98 G HIS 101 1_555 Q FE3 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 102 G CYS 105 1_555 Q FE2 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 105 G CYS 108 1_555 Q FE4 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 111 G CYS 114 1_555 Q FE1 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 150 G CYS 153 1_555 R FE2 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 153 G CYS 156 1_555 R FE1 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 156 G CYS 159 1_555 R FE3 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 200 G CYS 203 1_555 R FE4 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 227 G CYS 230 1_555 S FE1 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 230 G CYS 233 1_555 S FE4 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc23 C SG CYS 234 G CYS 237 1_555 S FE3 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc24 C SG CYS 262 G CYS 265 1_555 S FE2 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc25 C OD2 ASP 616 G ASP 619 1_555 U CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLN 631 G GLN 634 1_555 U CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 646 G GLU 649 1_555 U CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.572 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 730 G ASP 733 1_555 U CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 63 B CYS 63 1_555 V FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 64 B CYS 64 1_555 V FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc31 E SG CYS 129 B CYS 129 1_555 V FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc32 E SG CYS 158 B CYS 158 1_555 V FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc33 F SG CYS 24 I CYS 60 1_555 X FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc34 F SG CYS 27 I CYS 63 1_555 X FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc35 F SG CYS 30 I CYS 66 1_555 X FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc36 F SG CYS 34 I CYS 70 1_555 W FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc37 F SG CYS 63 I CYS 99 1_555 W FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc38 F SG CYS 66 I CYS 102 1_555 W FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc39 F SG CYS 69 I CYS 105 1_555 W FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc40 F SG CYS 73 I CYS 109 1_555 X FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 478 n n 
FE1 S3 SF4 sing 479 n n 
FE1 S4 SF4 sing 480 n n 
FE2 S1 SF4 sing 481 n n 
FE2 S3 SF4 sing 482 n n 
FE2 S4 SF4 sing 483 n n 
FE3 S1 SF4 sing 484 n n 
FE3 S2 SF4 sing 485 n n 
FE3 S4 SF4 sing 486 n n 
FE4 S1 SF4 sing 487 n n 
FE4 S2 SF4 sing 488 n n 
FE4 S3 SF4 sing 489 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7P62 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
N 14 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . 
O 15 FMN F 1 502 502 FMN FMN . 
P 16 FES E 1 201 201 FES FES . 
Q 14 SF4 G 1 1001 910 SF4 SF4 . 
R 14 SF4 G 1 1002 911 SF4 SF4 . 
S 14 SF4 G 1 1003 912 SF4 SF4 . 
T 16 FES G 1 1004 913 FES FES . 
U 17 CA G 1 1005 914 CA CA . 
V 14 SF4 B 1 301 231 SF4 SF4 . 
W 14 SF4 I 1 201 202 SF4 SF4 . 
X 14 SF4 I 1 202 201 SF4 SF4 . 
Y 18 3PE L 1 801 801 3PE 3PE . 
Z 18 3PE L 1 802 1001 3PE 3PE . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . N 14 70.769 57.686 195.233 1 85.99 ? FE1 SF4 501 F 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . N 14 72.321 57.629 197.373 1 103.57 ? FE2 SF4 501 F 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . N 14 69.883 56.385 197.48 1 98.26 ? FE3 SF4 501 F 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . N 14 71.853 55.291 196.072 1 76.35 ? FE4 SF4 501 F 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . N 14 71.868 55.595 198.354 1 106.71 ? S1 SF4 501 F 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . N 14 69.708 55.648 195.31 1 86.71 ? S2 SF4 501 F 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . N 14 72.994 57.107 195.233 1 141.88 ? S3 SF4 501 F 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . N 14 70.256 58.639 197.259 1 149.61 ? S4 SF4 501 F 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              17 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    51 
_model_server_stats.query_time_ms           244 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           8 
#