data_7P63
#
_model_server_result.job_id            f0MP4PktN5KYVT-0-54wAA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 22:38:19' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7p63 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    7P63 
#
_exptl.entry_id    7P63 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              456.344 
_entity.id                          15 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7P63 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7P63 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tridecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      13 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      15 
_struct_asym.id                             O 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 351 F CYS 351 1_555 N FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 354 F CYS 354 1_555 N FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 357 F CYS 357 1_555 N FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 398 F CYS 398 1_555 N FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 92 E CYS 92 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 97 E CYS 97 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 133 E CYS 133 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 137 E CYS 137 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 34 G CYS 36 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 45 G CYS 47 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 48 G CYS 50 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 67 G CYS 69 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 99 G HIS 101 1_555 R FE3 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 103 G CYS 105 1_555 R FE2 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 106 G CYS 108 1_555 R FE4 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 112 G CYS 114 1_555 R FE1 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 151 G CYS 153 1_555 S FE2 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 154 G CYS 156 1_555 S FE1 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 157 G CYS 159 1_555 S FE3 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 201 G CYS 203 1_555 S FE4 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 228 G CYS 230 1_555 T FE1 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 231 G CYS 233 1_555 T FE4 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc23 C SG CYS 235 G CYS 237 1_555 T FE3 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc24 C SG CYS 263 G CYS 265 1_555 T FE2 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc25 C OD2 ASP 617 G ASP 619 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLN 632 G GLN 634 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 647 G GLU 649 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 731 G ASP 733 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 63 B CYS 63 1_555 X FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 64 B CYS 64 1_555 X FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc31 E SG CYS 129 B CYS 129 1_555 X FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc32 E SG CYS 158 B CYS 158 1_555 X FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc33 F SG CYS 60 I CYS 60 1_555 Z FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc34 F SG CYS 63 I CYS 63 1_555 Z FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc35 F SG CYS 66 I CYS 66 1_555 Z FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc36 F SG CYS 70 I CYS 70 1_555 Y FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc37 F SG CYS 99 I CYS 99 1_555 Y FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc38 F SG CYS 102 I CYS 102 1_555 Y FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc39 F SG CYS 105 I CYS 105 1_555 Y FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc40 F SG CYS 109 I CYS 109 1_555 Z FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
#
_chem_comp.formula           'C17 H21 N4 O9 P' 
_chem_comp.formula_weight    456.344 
_chem_comp.id                FMN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 FMN sing 272 n n 
N1 C10 FMN doub 273 n n 
C2 O2 FMN doub 274 n n 
C2 N3 FMN sing 275 n n 
N3 C4 FMN sing 276 n n 
N3 HN3 FMN sing 277 n n 
C4 O4 FMN doub 278 n n 
C4 C4A FMN sing 279 n n 
C4A N5 FMN doub 280 n n 
C4A C10 FMN sing 281 n n 
N5 C5A FMN sing 282 n n 
C5A C6 FMN doub 283 n y 
C5A C9A FMN sing 284 n y 
C6 C7 FMN sing 285 n y 
C6 H6 FMN sing 286 n n 
C7 C7M FMN sing 287 n n 
C7 C8 FMN doub 288 n y 
C7M HM71 FMN sing 289 n n 
C7M HM72 FMN sing 290 n n 
C7M HM73 FMN sing 291 n n 
C8 C8M FMN sing 292 n n 
C8 C9 FMN sing 293 n y 
C8M HM81 FMN sing 294 n n 
C8M HM82 FMN sing 295 n n 
C8M HM83 FMN sing 296 n n 
C9 C9A FMN doub 297 n y 
C9 H9 FMN sing 298 n n 
C9A N10 FMN sing 299 n n 
N10 C10 FMN sing 300 n n 
N10 C1' FMN sing 301 n n 
C1' C2' FMN sing 302 n n 
C1' "H1'1" FMN sing 303 n n 
C1' "H1'2" FMN sing 304 n n 
C2' O2' FMN sing 305 n n 
C2' C3' FMN sing 306 n n 
C2' H2' FMN sing 307 n n 
O2' HO2' FMN sing 308 n n 
C3' O3' FMN sing 309 n n 
C3' C4' FMN sing 310 n n 
C3' H3' FMN sing 311 n n 
O3' HO3' FMN sing 312 n n 
C4' O4' FMN sing 313 n n 
C4' C5' FMN sing 314 n n 
C4' H4' FMN sing 315 n n 
O4' HO4' FMN sing 316 n n 
C5' O5' FMN sing 317 n n 
C5' "H5'1" FMN sing 318 n n 
C5' "H5'2" FMN sing 319 n n 
O5' P FMN sing 320 n n 
P O1P FMN doub 321 n n 
P O2P FMN sing 322 n n 
P O3P FMN sing 323 n n 
O2P HOP2 FMN sing 324 n n 
O3P HOP3 FMN sing 325 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7P63 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
N 14 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . 
O 15 FMN F 1 502 502 FMN FMN . 
P 16 NAI F 1 503 503 NAI NAI . 
Q 17 FES E 1 201 201 FES FES . 
R 14 SF4 G 1 1001 910 SF4 SF4 . 
S 14 SF4 G 1 1002 911 SF4 SF4 . 
T 14 SF4 G 1 1003 912 SF4 SF4 . 
U 17 FES G 1 1004 913 FES FES . 
V 18 CA G 1 1005 914 CA CA . 
W 19 DCQ C 1 701 501 DCQ DCQ . 
X 14 SF4 B 1 301 231 SF4 SF4 . 
Y 14 SF4 I 1 201 202 SF4 SF4 . 
Z 14 SF4 I 1 202 201 SF4 SF4 . 
AA 20 LFA H 1 601 601 LFA LFA . 
BA 21 3PE A 1 201 402 3PE 3PE . 
CA 21 3PE L 1 801 801 3PE 3PE . 
DA 20 LFA L 1 802 901 LFA LFA . 
EA 21 3PE L 1 803 1101 3PE 3PE . 
FA 21 3PE L 1 804 601 3PE 3PE . 
GA 21 3PE M 1 1001 1001 3PE 3PE . 
HA 21 3PE M 1 1002 801 3PE 3PE . 
IA 20 LFA N 1 501 501 LFA LFA . 
JA 20 LFA N 1 502 601 LFA LFA . 
KA 21 3PE J 1 201 201 3PE 3PE . 
LA 21 3PE J 1 202 301 3PE 3PE . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 FMN . . . O 15 71.551 49.049 202.911 1 29.78 ? N1 FMN 502 F 1 
HETATM 2 C C2 FMN . . . O 15 71.943 48.056 203.778 1 32.55 ? C2 FMN 502 F 1 
HETATM 3 O O2 FMN . . . O 15 71.094 47.44 204.415 1 34.97 ? O2 FMN 502 F 1 
HETATM 4 N N3 FMN . . . O 15 73.279 47.752 203.928 1 30.87 ? N3 FMN 502 F 1 
HETATM 5 C C4 FMN . . . O 15 74.225 48.448 203.208 1 32.34 ? C4 FMN 502 F 1 
HETATM 6 O O4 FMN . . . O 15 75.418 48.183 203.338 1 36.49 ? O4 FMN 502 F 1 
HETATM 7 C C4A FMN . . . O 15 73.83 49.449 202.334 1 30.61 ? C4A FMN 502 F 1 
HETATM 8 N N5 FMN . . . O 15 74.773 50.146 201.614 1 34.69 ? N5 FMN 502 F 1 
HETATM 9 C C5A FMN . . . O 15 74.379 51.136 200.743 1 34.29 ? C5A FMN 502 F 1 
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HETATM 11 C C7 FMN . . . O 15 74.962 52.835 199.149 1 38.61 ? C7 FMN 502 F 1 
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