data_7P63
#
_model_server_result.job_id            cie6x6608Fgq8gDdE2PGQQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 22:35:15' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7p63 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    7P63 
#
_exptl.entry_id    7P63 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              282.547 
_entity.id                          20 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            EICOSANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7P63 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7P63 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tridecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      13 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 20 AA N N 
? 20 DA N N 
? 20 IA N N 
? 20 JA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 351 F CYS 351 1_555 N FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 354 F CYS 354 1_555 N FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 357 F CYS 357 1_555 N FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 398 F CYS 398 1_555 N FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 92 E CYS 92 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 97 E CYS 97 1_555 Q FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 133 E CYS 133 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 137 E CYS 137 1_555 Q FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 34 G CYS 36 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 45 G CYS 47 1_555 U FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 48 G CYS 50 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 67 G CYS 69 1_555 U FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 99 G HIS 101 1_555 R FE3 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 103 G CYS 105 1_555 R FE2 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 106 G CYS 108 1_555 R FE4 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 112 G CYS 114 1_555 R FE1 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 151 G CYS 153 1_555 S FE2 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 154 G CYS 156 1_555 S FE1 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 157 G CYS 159 1_555 S FE3 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 201 G CYS 203 1_555 S FE4 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 228 G CYS 230 1_555 T FE1 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 231 G CYS 233 1_555 T FE4 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc23 C SG CYS 235 G CYS 237 1_555 T FE3 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc24 C SG CYS 263 G CYS 265 1_555 T FE2 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc25 C OD2 ASP 617 G ASP 619 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLN 632 G GLN 634 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 647 G GLU 649 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 731 G ASP 733 1_555 V CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 63 B CYS 63 1_555 X FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 64 B CYS 64 1_555 X FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc31 E SG CYS 129 B CYS 129 1_555 X FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc32 E SG CYS 158 B CYS 158 1_555 X FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc33 F SG CYS 60 I CYS 60 1_555 Z FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc34 F SG CYS 63 I CYS 63 1_555 Z FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc35 F SG CYS 66 I CYS 66 1_555 Z FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc36 F SG CYS 70 I CYS 70 1_555 Y FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc37 F SG CYS 99 I CYS 99 1_555 Y FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc38 F SG CYS 102 I CYS 102 1_555 Y FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc39 F SG CYS 105 I CYS 105 1_555 Y FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc40 F SG CYS 109 I CYS 109 1_555 Z FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
#
_chem_comp.formula           'C20 H42' 
_chem_comp.formula_weight    282.547 
_chem_comp.id                LFA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              EICOSANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'LIPID FRAGMENT' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 LFA sing 435 n n 
C1 H11 LFA sing 436 n n 
C1 H12 LFA sing 437 n n 
C1 H13 LFA sing 438 n n 
C2 C3 LFA sing 439 n n 
C2 H21 LFA sing 440 n n 
C2 H22 LFA sing 441 n n 
C3 C4 LFA sing 442 n n 
C3 H31 LFA sing 443 n n 
C3 H32 LFA sing 444 n n 
C4 C5 LFA sing 445 n n 
C4 H41 LFA sing 446 n n 
C4 H42 LFA sing 447 n n 
C5 C6 LFA sing 448 n n 
C5 H51 LFA sing 449 n n 
C5 H52 LFA sing 450 n n 
C6 C7 LFA sing 451 n n 
C6 H61 LFA sing 452 n n 
C6 H62 LFA sing 453 n n 
C7 C8 LFA sing 454 n n 
C7 H71 LFA sing 455 n n 
C7 H72 LFA sing 456 n n 
C8 C9 LFA sing 457 n n 
C8 H81 LFA sing 458 n n 
C8 H82 LFA sing 459 n n 
C9 C10 LFA sing 460 n n 
C9 H91 LFA sing 461 n n 
C9 H92 LFA sing 462 n n 
C10 C11 LFA sing 463 n n 
C10 H101 LFA sing 464 n n 
C10 H102 LFA sing 465 n n 
C11 C12 LFA sing 466 n n 
C11 H111 LFA sing 467 n n 
C11 H112 LFA sing 468 n n 
C12 C13 LFA sing 469 n n 
C12 H121 LFA sing 470 n n 
C12 H122 LFA sing 471 n n 
C13 C14 LFA sing 472 n n 
C13 H131 LFA sing 473 n n 
C13 H132 LFA sing 474 n n 
C14 C15 LFA sing 475 n n 
C14 H141 LFA sing 476 n n 
C14 H142 LFA sing 477 n n 
C15 C16 LFA sing 478 n n 
C15 H151 LFA sing 479 n n 
C15 H152 LFA sing 480 n n 
C16 C17 LFA sing 481 n n 
C16 H161 LFA sing 482 n n 
C16 H162 LFA sing 483 n n 
C17 C18 LFA sing 484 n n 
C17 H171 LFA sing 485 n n 
C17 H172 LFA sing 486 n n 
C18 C19 LFA sing 487 n n 
C18 H181 LFA sing 488 n n 
C18 H182 LFA sing 489 n n 
C19 C20 LFA sing 490 n n 
C19 H191 LFA sing 491 n n 
C19 H192 LFA sing 492 n n 
C20 H201 LFA sing 493 n n 
C20 H202 LFA sing 494 n n 
C20 H203 LFA sing 495 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7P63 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
N 14 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . 
O 15 FMN F 1 502 502 FMN FMN . 
P 16 NAI F 1 503 503 NAI NAI . 
Q 17 FES E 1 201 201 FES FES . 
R 14 SF4 G 1 1001 910 SF4 SF4 . 
S 14 SF4 G 1 1002 911 SF4 SF4 . 
T 14 SF4 G 1 1003 912 SF4 SF4 . 
U 17 FES G 1 1004 913 FES FES . 
V 18 CA G 1 1005 914 CA CA . 
W 19 DCQ C 1 701 501 DCQ DCQ . 
X 14 SF4 B 1 301 231 SF4 SF4 . 
Y 14 SF4 I 1 201 202 SF4 SF4 . 
Z 14 SF4 I 1 202 201 SF4 SF4 . 
AA 20 LFA H 1 601 601 LFA LFA . 
BA 21 3PE A 1 201 402 3PE 3PE . 
CA 21 3PE L 1 801 801 3PE 3PE . 
DA 20 LFA L 1 802 901 LFA LFA . 
EA 21 3PE L 1 803 1101 3PE 3PE . 
FA 21 3PE L 1 804 601 3PE 3PE . 
GA 21 3PE M 1 1001 1001 3PE 3PE . 
HA 21 3PE M 1 1002 801 3PE 3PE . 
IA 20 LFA N 1 501 501 LFA LFA . 
JA 20 LFA N 1 502 601 LFA LFA . 
KA 21 3PE J 1 201 201 3PE 3PE . 
LA 21 3PE J 1 202 301 3PE 3PE . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 LFA . . . AA 20 130.172 127.463 137.871 1 76.19 ? C1 LFA 601 H 1 
HETATM 2 C C2 LFA . . . AA 20 130.835 128.364 136.856 1 104.1 ? C2 LFA 601 H 1 
HETATM 3 C C3 LFA . . . AA 20 130.18 128.311 135.49 1 108.67 ? C3 LFA 601 H 1 
HETATM 4 C C4 LFA . . . AA 20 130.882 129.146 134.431 1 89.76 ? C4 LFA 601 H 1 
HETATM 5 C C5 LFA . . . AA 20 130.282 128.996 133.042 1 86.62 ? C5 LFA 601 H 1 
HETATM 6 C C6 LFA . . . AA 20 131.07 129.69 131.944 1 90.06 ? C6 LFA 601 H 1 
HETATM 7 C C7 LFA . . . AA 20 132.548 129.337 131.938 1 86.25 ? C7 LFA 601 H 1 
HETATM 8 C C8 LFA . . . AA 20 133.213 129.48 130.58 1 73.09 ? C8 LFA 601 H 1 
HETATM 9 C C9 LFA . . . AA 20 134.672 129.055 130.557 1 70.14 ? C9 LFA 601 H 1 
HETATM 10 C C10 LFA . . . AA 20 135.618 130.041 131.22 1 71.23 ? C10 LFA 601 H 1 
HETATM 11 C C11 LFA . . . AA 20 137.079 129.63 131.153 1 68.26 ? C11 LFA 601 H 1 
HETATM 12 C C12 LFA . . . AA 20 138.05 130.766 131.429 1 67.21 ? C12 LFA 601 H 1 
HETATM 13 C C13 LFA . . . AA 20 137.996 131.306 132.841 1 71.49 ? C13 LFA 601 H 1 
HETATM 14 C C14 LFA . . . AA 20 138.776 132.596 133.039 1 76.78 ? C14 LFA 601 H 1 
HETATM 15 C C15 LFA . . . AA 20 140.235 132.513 132.629 1 69.84 ? C15 LFA 601 H 1 
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