data_7P7K
#
_model_server_result.job_id            6_eHtYLhugQYUeFRRF_0TA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-03 11:57:37' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7p7k 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    7P7K 
#
_exptl.entry_id    7P7K 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              282.547 
_entity.id                          18 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            EICOSANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7P7K 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7P7K 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tridecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      13 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 18 Y N N 
? 18 CA N N 
? 18 IA N N 
? 18 JA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 348 F CYS 351 1_555 N FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 351 F CYS 354 1_555 N FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 354 F CYS 357 1_555 N FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 395 F CYS 398 1_555 N FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 82 E CYS 92 1_555 P FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 87 E CYS 97 1_555 P FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 123 E CYS 133 1_555 P FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 127 E CYS 137 1_555 P FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 33 G CYS 36 1_555 T FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 44 G CYS 47 1_555 T FE1 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 47 G CYS 50 1_555 T FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 66 G CYS 69 1_555 T FE2 FES . G FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 98 G HIS 101 1_555 Q FE3 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.802 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 102 G CYS 105 1_555 Q FE2 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 105 G CYS 108 1_555 Q FE4 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 111 G CYS 114 1_555 Q FE1 SF4 . G SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 150 G CYS 153 1_555 R FE2 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 153 G CYS 156 1_555 R FE1 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 156 G CYS 159 1_555 R FE3 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 200 G CYS 203 1_555 R FE4 SF4 . G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 227 G CYS 230 1_555 S FE1 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 230 G CYS 233 1_555 S FE4 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc23 C SG CYS 234 G CYS 237 1_555 S FE3 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc24 C SG CYS 262 G CYS 265 1_555 S FE2 SF4 . G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc25 C OD2 ASP 616 G ASP 619 1_555 U CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? 
metalc ? metalc26 C OE1 GLN 631 G GLN 634 1_555 U CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 646 G GLU 649 1_555 U CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 730 G ASP 733 1_555 U CA CA . G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 63 B CYS 63 1_555 V FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 64 B CYS 64 1_555 V FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc31 E SG CYS 129 B CYS 129 1_555 V FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc32 E SG CYS 158 B CYS 158 1_555 V FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc33 F SG CYS 29 I CYS 60 1_555 X FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc34 F SG CYS 32 I CYS 63 1_555 X FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc35 F SG CYS 35 I CYS 66 1_555 X FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc36 F SG CYS 39 I CYS 70 1_555 W FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc37 F SG CYS 68 I CYS 99 1_555 W FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc38 F SG CYS 71 I CYS 102 1_555 W FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc39 F SG CYS 74 I CYS 105 1_555 W FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc40 F SG CYS 78 I CYS 109 1_555 X FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
#
_chem_comp.formula           'C20 H42' 
_chem_comp.formula_weight    282.547 
_chem_comp.id                LFA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              EICOSANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'LIPID FRAGMENT' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 LFA sing 382 n n 
C1 H11 LFA sing 383 n n 
C1 H12 LFA sing 384 n n 
C1 H13 LFA sing 385 n n 
C2 C3 LFA sing 386 n n 
C2 H21 LFA sing 387 n n 
C2 H22 LFA sing 388 n n 
C3 C4 LFA sing 389 n n 
C3 H31 LFA sing 390 n n 
C3 H32 LFA sing 391 n n 
C4 C5 LFA sing 392 n n 
C4 H41 LFA sing 393 n n 
C4 H42 LFA sing 394 n n 
C5 C6 LFA sing 395 n n 
C5 H51 LFA sing 396 n n 
C5 H52 LFA sing 397 n n 
C6 C7 LFA sing 398 n n 
C6 H61 LFA sing 399 n n 
C6 H62 LFA sing 400 n n 
C7 C8 LFA sing 401 n n 
C7 H71 LFA sing 402 n n 
C7 H72 LFA sing 403 n n 
C8 C9 LFA sing 404 n n 
C8 H81 LFA sing 405 n n 
C8 H82 LFA sing 406 n n 
C9 C10 LFA sing 407 n n 
C9 H91 LFA sing 408 n n 
C9 H92 LFA sing 409 n n 
C10 C11 LFA sing 410 n n 
C10 H101 LFA sing 411 n n 
C10 H102 LFA sing 412 n n 
C11 C12 LFA sing 413 n n 
C11 H111 LFA sing 414 n n 
C11 H112 LFA sing 415 n n 
C12 C13 LFA sing 416 n n 
C12 H121 LFA sing 417 n n 
C12 H122 LFA sing 418 n n 
C13 C14 LFA sing 419 n n 
C13 H131 LFA sing 420 n n 
C13 H132 LFA sing 421 n n 
C14 C15 LFA sing 422 n n 
C14 H141 LFA sing 423 n n 
C14 H142 LFA sing 424 n n 
C15 C16 LFA sing 425 n n 
C15 H151 LFA sing 426 n n 
C15 H152 LFA sing 427 n n 
C16 C17 LFA sing 428 n n 
C16 H161 LFA sing 429 n n 
C16 H162 LFA sing 430 n n 
C17 C18 LFA sing 431 n n 
C17 H171 LFA sing 432 n n 
C17 H172 LFA sing 433 n n 
C18 C19 LFA sing 434 n n 
C18 H181 LFA sing 435 n n 
C18 H182 LFA sing 436 n n 
C19 C20 LFA sing 437 n n 
C19 H191 LFA sing 438 n n 
C19 H192 LFA sing 439 n n 
C20 H201 LFA sing 440 n n 
C20 H202 LFA sing 441 n n 
C20 H203 LFA sing 442 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7P7K 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
N 14 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . 
O 15 FMN F 1 502 502 FMN FMN . 
P 16 FES E 1 201 201 FES FES . 
Q 14 SF4 G 1 1001 910 SF4 SF4 . 
R 14 SF4 G 1 1002 911 SF4 SF4 . 
S 14 SF4 G 1 1003 912 SF4 SF4 . 
T 16 FES G 1 1004 913 FES FES . 
U 17 CA G 1 1005 914 CA CA . 
V 14 SF4 B 1 301 231 SF4 SF4 . 
W 14 SF4 I 1 201 202 SF4 SF4 . 
X 14 SF4 I 1 202 201 SF4 SF4 . 
Y 18 LFA H 1 601 601 LFA LFA . 
Z 19 3PE H 1 602 301 3PE 3PE . 
AA 19 3PE A 1 201 201 3PE 3PE . 
BA 19 3PE L 1 801 801 3PE 3PE . 
CA 18 LFA L 1 802 901 LFA LFA . 
DA 19 3PE L 1 803 1101 3PE 3PE . 
EA 19 3PE L 1 804 601 3PE 3PE . 
FA 19 3PE M 1 1001 1001 3PE 3PE . 
GA 19 3PE M 1 1002 701 3PE 3PE . 
HA 19 3PE M 1 1003 801 3PE 3PE . 
IA 18 LFA N 1 501 501 LFA LFA . 
JA 18 LFA N 1 502 601 LFA LFA . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 LFA . . . Y 18 120.702 128.675 145.712 1 115.21 ? C1 LFA 601 H 1 
HETATM 2 C C2 LFA . . . Y 18 121.969 129.274 145.155 1 117.21 ? C2 LFA 601 H 1 
HETATM 3 C C3 LFA . . . Y 18 122.143 129.034 143.669 1 110.58 ? C3 LFA 601 H 1 
HETATM 4 C C4 LFA . . . Y 18 123.468 129.533 143.124 1 107.04 ? C4 LFA 601 H 1 
HETATM 5 C C5 LFA . . . Y 18 123.699 129.2 141.662 1 109.82 ? C5 LFA 601 H 1 
HETATM 6 C C6 LFA . . . Y 18 125.05 129.652 141.139 1 117.02 ? C6 LFA 601 H 1 
HETATM 7 C C7 LFA . . . Y 18 126.233 129.115 141.926 1 117.18 ? C7 LFA 601 H 1 
HETATM 8 C C8 LFA . . . Y 18 127.554 129.763 141.552 1 115.9 ? C8 LFA 601 H 1 
HETATM 9 C C9 LFA . . . Y 18 128.679 129.474 142.527 1 113.11 ? C9 LFA 601 H 1 
HETATM 10 C C10 LFA . . . Y 18 129.873 130.399 142.379 1 116.55 ? C10 LFA 601 H 1 
HETATM 11 C C11 LFA . . . Y 18 130.878 130.276 143.51 1 122.2 ? C11 LFA 601 H 1 
HETATM 12 C C12 LFA . . . Y 18 132.067 131.213 143.392 1 127.16 ? C12 LFA 601 H 1 
HETATM 13 C C13 LFA . . . Y 18 131.694 132.684 143.326 1 128.86 ? C13 LFA 601 H 1 
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HETATM 15 C C15 LFA . . . Y 18 133.708 133.64 144.589 1 132.81 ? C15 LFA 601 H 1 
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