data_7PBJ # _model_server_result.job_id PRcbEn5K7FOPbUFE8TGJBg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 08:40:58' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7pbj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":602}' # _entry.id 7PBJ # _exptl.entry_id 7PBJ _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 14 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7PBJ _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7PBJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 21-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 21 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 W N N ? 4 Y N N ? 4 AA N N ? 4 CA N N ? 4 EA N N ? 4 GA N N ? 4 IA N N ? 4 KA N N ? 4 MA N N ? 4 OA N N ? 4 QA N N ? 4 SA N N ? 4 UA N N ? 4 WA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 86 Ad ASP 87 1_555 W MG MG . Ad MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc2 V O2B ADP . Ad ADP 601 1_555 W MG MG . Ad MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc3 V O3B ADP . Ad ADP 601 1_555 W MG MG . Ad MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? metalc ? metalc4 V O2A ADP . Ad ADP 601 1_555 W MG MG . Ad MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc5 W MG MG . Ad MG 602 1_555 XA O HOH . Ad HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc6 W MG MG . Ad MG 602 1_555 XA O HOH . Ad HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASP 86 Ae ASP 87 1_555 Y MG MG . Ae MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc8 B OD2 ASP 86 Ae ASP 87 1_555 Y MG MG . Ae MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? metalc ? metalc9 X O3B ADP . Ae ADP 601 1_555 Y MG MG . Ae MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.917 ? metalc ? metalc10 X O1A ADP . Ae ADP 601 1_555 Y MG MG . Ae MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc11 D OD2 ASP 86 Ak ASP 87 1_555 AA MG MG . Ak MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc12 Z O2B ADP . Ak ADP 601 1_555 AA MG MG . Ak MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc13 Z O3B ADP . Ak ADP 601 1_555 AA MG MG . Ak MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? metalc ? metalc14 Z O2A ADP . Ak ADP 601 1_555 AA MG MG . Ak MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc15 AA MG MG . Ak MG 602 1_555 YA O HOH . Ak HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc16 AA MG MG . Ak MG 602 1_555 YA O HOH . Ak HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc17 E OD1 ASP 86 Al ASP 87 1_555 CA MG MG . Al MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc18 E OD2 ASP 86 Al ASP 87 1_555 CA MG MG . Al MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc19 BA O3B ADP . Al ADP 601 1_555 CA MG MG . Al MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc20 BA O1A ADP . Al ADP 601 1_555 CA MG MG . Al MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc21 G OD2 ASP 86 Ar ASP 87 1_555 EA MG MG . Ar MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc22 DA O2B ADP . Ar ADP 601 1_555 EA MG MG . Ar MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc23 DA O3B ADP . Ar ADP 601 1_555 EA MG MG . Ar MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? metalc ? metalc24 DA O2A ADP . Ar ADP 601 1_555 EA MG MG . Ar MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc25 EA MG MG . Ar MG 602 1_555 ZA O HOH . Ar HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc26 EA MG MG . Ar MG 602 1_555 ZA O HOH . Ar HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc27 H OD1 ASP 86 As ASP 87 1_555 GA MG MG . As MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc28 H OD2 ASP 86 As ASP 87 1_555 GA MG MG . As MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? metalc ? metalc29 FA O3B ADP . As ADP 601 1_555 GA MG MG . As MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.917 ? metalc ? metalc30 FA O1A ADP . As ADP 601 1_555 GA MG MG . As MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? metalc ? metalc31 J OD2 ASP 86 Ay ASP 87 1_555 IA MG MG . Ay MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc32 HA O2B ADP . Ay ADP 601 1_555 IA MG MG . Ay MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc33 HA O3B ADP . Ay ADP 601 1_555 IA MG MG . Ay MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.985 ? metalc ? metalc34 HA O2A ADP . Ay ADP 601 1_555 IA MG MG . Ay MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc35 IA MG MG . Ay MG 602 1_555 AB O HOH . Ay HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc36 IA MG MG . Ay MG 602 1_555 AB O HOH . Ay HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc37 K OD1 ASP 86 Az ASP 87 1_555 KA MG MG . Az MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc38 K OD2 ASP 86 Az ASP 87 1_555 KA MG MG . Az MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc39 JA O3B ADP . Az ADP 601 1_555 KA MG MG . Az MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.917 ? metalc ? metalc40 JA O1A ADP . Az ADP 601 1_555 KA MG MG . Az MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? metalc ? metalc41 M OD2 ASP 86 Bf ASP 87 1_555 MA MG MG . Bf MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc42 LA O2B ADP . Bf ADP 601 1_555 MA MG MG . Bf MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc43 LA O3B ADP . Bf ADP 601 1_555 MA MG MG . Bf MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? metalc ? metalc44 LA O2A ADP . Bf ADP 601 1_555 MA MG MG . Bf MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc45 MA MG MG . Bf MG 602 1_555 BB O HOH . Bf HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc46 MA MG MG . Bf MG 602 1_555 BB O HOH . Bf HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc47 N OD1 ASP 86 Bg ASP 87 1_555 OA MG MG . Bg MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc48 N OD2 ASP 86 Bg ASP 87 1_555 OA MG MG . Bg MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc49 NA O3B ADP . Bg ADP 601 1_555 OA MG MG . Bg MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.918 ? metalc ? metalc50 NA O1A ADP . Bg ADP 601 1_555 OA MG MG . Bg MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc51 P OD2 ASP 86 Bm ASP 87 1_555 QA MG MG . Bm MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc52 PA O2B ADP . Bm ADP 601 1_555 QA MG MG . Bm MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc53 PA O3B ADP . Bm ADP 601 1_555 QA MG MG . Bm MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.985 ? metalc ? metalc54 PA O2A ADP . Bm ADP 601 1_555 QA MG MG . Bm MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc55 QA MG MG . Bm MG 602 1_555 CB O HOH . Bm HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc56 QA MG MG . Bm MG 602 1_555 CB O HOH . Bm HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc57 Q OD1 ASP 86 Bn ASP 87 1_555 SA MG MG . Bn MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc58 Q OD2 ASP 86 Bn ASP 87 1_555 SA MG MG . Bn MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc59 RA O3B ADP . Bn ADP 601 1_555 SA MG MG . Bn MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc60 RA O1A ADP . Bn ADP 601 1_555 SA MG MG . Bn MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc61 S OD2 ASP 86 Bt ASP 87 1_555 UA MG MG . Bt MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc62 TA O2B ADP . Bt ADP 601 1_555 UA MG MG . Bt MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc63 TA O3B ADP . Bt ADP 601 1_555 UA MG MG . Bt MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? metalc ? metalc64 TA O2A ADP . Bt ADP 601 1_555 UA MG MG . Bt MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc65 UA MG MG . Bt MG 602 1_555 DB O HOH . Bt HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc66 UA MG MG . Bt MG 602 1_555 DB O HOH . Bt HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc67 T OD1 ASP 86 Bu ASP 87 1_555 WA MG MG . Bu MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc68 T OD2 ASP 86 Bu ASP 87 1_555 WA MG MG . Bu MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? metalc ? metalc69 VA O3B ADP . Bu ADP 601 1_555 WA MG MG . Bu MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc70 VA O1A ADP . Bu ADP 601 1_555 WA MG MG . Bu MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7PBJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code V 3 ADP Ad 1 601 601 ADP ADP . W 4 MG Ad 1 602 5 MG MG . X 3 ADP Ae 1 601 601 ADP ADP . Y 4 MG Ae 1 602 6 MG MG . Z 3 ADP Ak 1 601 601 ADP ADP . AA 4 MG Ak 1 602 5 MG MG . BA 3 ADP Al 1 601 601 ADP ADP . CA 4 MG Al 1 602 6 MG MG . DA 3 ADP Ar 1 601 601 ADP ADP . EA 4 MG Ar 1 602 5 MG MG . FA 3 ADP As 1 601 601 ADP ADP . GA 4 MG As 1 602 6 MG MG . HA 3 ADP Ay 1 601 601 ADP ADP . IA 4 MG Ay 1 602 5 MG MG . JA 3 ADP Az 1 601 601 ADP ADP . KA 4 MG Az 1 602 6 MG MG . LA 3 ADP Bf 1 601 601 ADP ADP . MA 4 MG Bf 1 602 5 MG MG . NA 3 ADP Bg 1 601 601 ADP ADP . OA 4 MG Bg 1 602 6 MG MG . PA 3 ADP Bm 1 601 601 ADP ADP . QA 4 MG Bm 1 602 5 MG MG . RA 3 ADP Bn 1 601 601 ADP ADP . SA 4 MG Bn 1 602 6 MG MG . TA 3 ADP Bt 1 601 601 ADP ADP . UA 4 MG Bt 1 602 5 MG MG . VA 3 ADP Bu 1 601 601 ADP ADP . WA 4 MG Bu 1 602 6 MG MG . XA 5 HOH Ad 1 701 2 HOH HOH . XA 5 HOH Ad 2 702 1 HOH HOH . YA 5 HOH Ak 1 701 2 HOH HOH . YA 5 HOH Ak 2 702 1 HOH HOH . ZA 5 HOH Ar 1 701 2 HOH HOH . ZA 5 HOH Ar 2 702 1 HOH HOH . AB 5 HOH Ay 1 701 2 HOH HOH . AB 5 HOH Ay 2 702 1 HOH HOH . BB 5 HOH Bf 1 701 2 HOH HOH . BB 5 HOH Bf 2 702 1 HOH HOH . CB 5 HOH Bm 1 701 2 HOH HOH . CB 5 HOH Bm 2 702 1 HOH HOH . DB 5 HOH Bt 1 701 2 HOH HOH . DB 5 HOH Bt 2 702 1 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id AA _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 164.803 _atom_site.Cartn_y 202.422 _atom_site.Cartn_z 233.397 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 50 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 602 _atom_site.auth_asym_id Ak _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 87 _model_server_stats.query_time_ms 310 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #