data_7PH3
#
_model_server_result.job_id            VjZ-b-YkTfk8zDpP2CT0Lg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 13:09:41' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7ph3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":200}' 
#
_entry.id    7PH3 
#
_exptl.entry_id    7PH3 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              524.524 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            (1~{R},4~{R},11~{S},14~{S},19~{Z})-19-[2-[2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-1-yl]ethylimino]-7,8,17,18-tetraoxa-1,4,11,14-tetrazatricyclo[12.6.2.2^{4,11}]tetracosane-6,9,16-trione 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            7PH3 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7PH3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 7 M N N 
? 7 O N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 C SG CYS 25 C CYS 22 1_555 C SG CYS 98 C CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf2 D SG CYS 25 D CYS 22 1_555 D SG CYS 98 D CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
covale ? covale1 C SG CYS 63 C CYS 60 1_555 M C4 88T . C 88T 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.835 ? 
covale ? covale2 D SG CYS 63 D CYS 60 1_555 O C4 88T . D 88T 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.824 ? 
metalc ? metalc1 A OG SER 394 A SER 383 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 435 A GLN 424 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc3 E O3G ANP . A ANP 601 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc4 E O2B ANP . A ANP 601 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 602 1_555 Q O HOH . A HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 602 1_555 Q O HOH . A HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc7 B OG SER 394 B SER 383 1_555 J MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc8 B OE1 GLN 435 B GLN 424 1_555 J MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? 
metalc ? metalc9 I O1G ANP . B ANP 601 1_555 J MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc10 I O2B ANP . B ANP 601 1_555 J MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc11 J MG MG . B MG 602 1_555 R O HOH . B HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc12 J MG MG . B MG 602 1_555 R O HOH . B HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc13 M N4 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? 
metalc ? metalc14 M O4 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc15 M N5 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? 
metalc ? metalc16 M O5 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? 
metalc ? metalc17 M N6 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? 
metalc ? metalc18 M O6 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc19 M N7 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? 
metalc ? metalc20 M O7 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.358 ? 
metalc ? metalc21 M O8 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc22 M O9 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc23 O N4 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? 
metalc ? metalc24 O O4 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc25 O N5 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc26 O O5 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? 
metalc ? metalc27 O N6 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? 
metalc ? metalc28 O O6 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc29 O N7 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? 
metalc ? metalc30 O O7 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.318 ? 
metalc ? metalc31 O O8 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc32 O O9 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
#
_chem_comp.formula           'C22 H32 N6 O9' 
_chem_comp.formula_weight    524.524 
_chem_comp.id                88T 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              (1~{R},4~{R},11~{S},14~{S},19~{Z})-19-[2-[2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-1-yl]ethylimino]-7,8,17,18-tetraoxa-1,4,11,14-tetrazatricyclo[12.6.2.2^{4,11}]tetracosane-6,9,16-trione 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O10 C25 88T doub 133 n n 
C25 C24 88T sing 134 n n 
C25 O9 88T sing 135 n n 
C24 N6 88T sing 136 n n 
O9 O6 88T sing 137 n n 
C17 N6 88T sing 138 n n 
C17 C16 88T sing 139 n n 
N6 C18 88T sing 140 n n 
C16 N5 88T sing 141 n n 
O6 C15 88T sing 142 n n 
C18 C19 88T sing 143 n n 
O7 C21 88T doub 144 n n 
C14 C15 88T sing 145 n n 
C14 N5 88T sing 146 n n 
O2 C5 88T doub 147 n n 
C4 C5 88T sing 148 n n 
C4 C6 88T sing 149 n n 
C15 O5 88T doub 150 n n 
N5 C13 88T sing 151 n n 
C5 N2 88T sing 152 n n 
C19 N7 88T sing 153 n n 
C21 O8 88T sing 154 n n 
C21 C20 88T sing 155 n n 
C6 C7 88T sing 156 n n 
C13 C12 88T sing 157 n n 
O8 O4 88T sing 158 n n 
C20 N7 88T sing 159 n n 
N2 C7 88T sing 160 n n 
N2 C8 88T sing 161 n n 
N7 C23 88T sing 162 n n 
C7 O3 88T doub 163 n n 
C8 C9 88T sing 164 n n 
O4 C10 88T sing 165 n n 
C12 N4 88T sing 166 n n 
N4 C22 88T sing 167 n n 
N4 C11 88T sing 168 n n 
C23 C22 88T sing 169 n n 
C10 C11 88T sing 170 n n 
C10 N3 88T doub 171 n n 
C9 N3 88T sing 172 n n 
C4 H1 88T sing 173 n n 
C4 H2 88T sing 174 n n 
C6 H5 88T sing 175 n n 
C6 H6 88T sing 176 n n 
C8 H9 88T sing 177 n n 
C8 H10 88T sing 178 n n 
C9 H11 88T sing 179 n n 
C9 H12 88T sing 180 n n 
C11 H13 88T sing 181 n n 
C11 H14 88T sing 182 n n 
C12 H15 88T sing 183 n n 
C12 H16 88T sing 184 n n 
C13 H17 88T sing 185 n n 
C13 H18 88T sing 186 n n 
C14 H19 88T sing 187 n n 
C14 H20 88T sing 188 n n 
C16 H21 88T sing 189 n n 
C16 H22 88T sing 190 n n 
C17 H23 88T sing 191 n n 
C17 H24 88T sing 192 n n 
C18 H25 88T sing 193 n n 
C18 H26 88T sing 194 n n 
C19 H27 88T sing 195 n n 
C19 H28 88T sing 196 n n 
C20 H29 88T sing 197 n n 
C20 H30 88T sing 198 n n 
C22 H31 88T sing 199 n n 
C22 H32 88T sing 200 n n 
C23 H33 88T sing 201 n n 
C23 H34 88T sing 202 n n 
C24 H35 88T sing 203 n n 
C24 H36 88T sing 204 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7PH3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 ANP A 1 601 601 ANP ANP . 
F 4 MG A 1 602 602 MG MG . 
G 5 LMT A 1 603 603 LMT LMT . 
H 6 3PE A 1 604 604 3PE 3PE . 
I 3 ANP B 1 601 601 ANP ANP . 
J 4 MG B 1 602 602 MG MG . 
K 6 3PE B 1 603 603 3PE 3PE . 
L 5 LMT B 1 604 604 LMT LMT . 
M 7 88T C 1 200 200 88T 8WI . 
N 8 GD C 1 201 201 GD GD . 
O 7 88T D 1 200 200 88T 8WI . 
P 8 GD D 1 201 201 GD GD . 
Q 9 HOH A 1 701 701 HOH HOH . 
Q 9 HOH A 2 702 702 HOH HOH . 
R 9 HOH B 1 701 701 HOH HOH . 
R 9 HOH B 2 702 702 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N2 88T . . . M 7 133.025 154.148 217.362 0.09 109.41 ? N2 88T 200 C 1 
HETATM 2 O O2 88T . . . M 7 133.666 152.541 215.758 0.09 109.41 ? O2 88T 200 C 1 
HETATM 3 N N3 88T . . . M 7 135.781 153.401 219.803 0.09 109.41 ? N3 88T 200 C 1 
HETATM 4 O O3 88T . . . M 7 131.61 155.75 218.37 0.09 109.41 ? O3 88T 200 C 1 
HETATM 5 C C4 88T . . . M 7 131.372 153.312 215.781 0.09 109.41 ? C4 88T 200 C 1 
HETATM 6 N N4 88T . . . M 7 139.164 151.97 218.548 0.09 109.41 ? N4 88T 200 C 1 
HETATM 7 O O4 88T . . . M 7 136.446 151.823 218.233 0.09 109.41 ? O4 88T 200 C 1 
HETATM 8 C C5 88T . . . M 7 132.824 153.236 216.242 0.09 109.41 ? C5 88T 200 C 1 
HETATM 9 N N5 88T . . . M 7 140.175 152.585 215.913 0.09 109.41 ? N5 88T 200 C 1 
HETATM 10 O O5 88T . . . M 7 137.775 154.495 216.989 0.09 109.41 ? O5 88T 200 C 1 
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HETATM 12 N N6 88T . . . M 7 139.019 150.359 214.677 0.09 109.41 ? N6 88T 200 C 1 
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HETATM 29 C C17 88T . . . M 7 140.491 150.528 214.575 0.09 109.41 ? C17 88T 200 C 1 
HETATM 30 C C18 88T . . . M 7 138.726 148.978 215.067 0.09 109.41 ? C18 88T 200 C 1 
HETATM 31 C C19 88T . . . M 7 139.083 148.766 216.553 0.09 109.41 ? C19 88T 200 C 1 
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