data_7PH3 # _model_server_result.job_id 7mqvLlAj5NPaeUuDDrgZDw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 12:45:25' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7ph3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":601}' # _entry.id 7PH3 # _exptl.entry_id 7PH3 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 506.196 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7PH3 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7PH3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 C SG CYS 25 C CYS 22 1_555 C SG CYS 98 C CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf2 D SG CYS 25 D CYS 22 1_555 D SG CYS 98 D CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? covale ? covale1 C SG CYS 63 C CYS 60 1_555 M C4 88T . C 88T 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.835 ? covale ? covale2 D SG CYS 63 D CYS 60 1_555 O C4 88T . D 88T 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.824 ? metalc ? metalc1 A OG SER 394 A SER 383 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLN 435 A GLN 424 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? metalc ? metalc3 E O3G ANP . A ANP 601 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? metalc ? metalc4 E O2B ANP . A ANP 601 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 602 1_555 Q O HOH . A HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 602 1_555 Q O HOH . A HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? metalc ? metalc7 B OG SER 394 B SER 383 1_555 J MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc8 B OE1 GLN 435 B GLN 424 1_555 J MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc9 I O1G ANP . B ANP 601 1_555 J MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc10 I O2B ANP . B ANP 601 1_555 J MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? metalc ? metalc11 J MG MG . B MG 602 1_555 R O HOH . B HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? metalc ? metalc12 J MG MG . B MG 602 1_555 R O HOH . B HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc13 M N4 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? metalc ? metalc14 M O4 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc15 M N5 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? metalc ? metalc16 M O5 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? metalc ? metalc17 M N6 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? metalc ? metalc18 M O6 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc19 M N7 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? metalc ? metalc20 M O7 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.358 ? metalc ? metalc21 M O8 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc22 M O9 88T . C 88T 200 1_555 N GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc23 O N4 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc24 O O4 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc25 O N5 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? metalc ? metalc26 O O5 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? metalc ? metalc27 O N6 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc28 O O6 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc29 O N7 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? metalc ? metalc30 O O7 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.318 ? metalc ? metalc31 O O8 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc32 O O9 88T . D 88T 200 1_555 P GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N6 O12 P3' _chem_comp.formula_weight 506.196 _chem_comp.id ANP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G ANP doub 217 n n PG O2G ANP sing 218 n n PG O3G ANP sing 219 n n PG N3B ANP sing 220 n n O2G HOG2 ANP sing 221 n n O3G HOG3 ANP sing 222 n n PB O1B ANP doub 223 n n PB O2B ANP sing 224 n n PB N3B ANP sing 225 n n PB O3A ANP sing 226 n n O2B HOB2 ANP sing 227 n n N3B HNB1 ANP sing 228 n n PA O1A ANP doub 229 n n PA O2A ANP sing 230 n n PA O3A ANP sing 231 n n PA O5' ANP sing 232 n n O2A HOA2 ANP sing 233 n n O5' C5' ANP sing 234 n n C5' C4' ANP sing 235 n n C5' "H5'1" ANP sing 236 n n C5' "H5'2" ANP sing 237 n n C4' O4' ANP sing 238 n n C4' C3' ANP sing 239 n n C4' H4' ANP sing 240 n n O4' C1' ANP sing 241 n n C3' O3' ANP sing 242 n n C3' C2' ANP sing 243 n n C3' H3' ANP sing 244 n n O3' HO3' ANP sing 245 n n C2' O2' ANP sing 246 n n C2' C1' ANP sing 247 n n C2' H2' ANP sing 248 n n O2' HO2' ANP sing 249 n n C1' N9 ANP sing 250 n n C1' H1' ANP sing 251 n n N9 C8 ANP sing 252 n y N9 C4 ANP sing 253 n y C8 N7 ANP doub 254 n y C8 H8 ANP sing 255 n n N7 C5 ANP sing 256 n y C5 C6 ANP sing 257 n y C5 C4 ANP doub 258 n y C6 N6 ANP sing 259 n n C6 N1 ANP doub 260 n y N6 HN61 ANP sing 261 n n N6 HN62 ANP sing 262 n n N1 C2 ANP sing 263 n y C2 N3 ANP doub 264 n y C2 H2 ANP sing 265 n n N3 C4 ANP sing 266 n y # _atom_sites.entry_id 7PH3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 ANP A 1 601 601 ANP ANP . F 4 MG A 1 602 602 MG MG . G 5 LMT A 1 603 603 LMT LMT . H 6 3PE A 1 604 604 3PE 3PE . I 3 ANP B 1 601 601 ANP ANP . J 4 MG B 1 602 602 MG MG . K 6 3PE B 1 603 603 3PE 3PE . L 5 LMT B 1 604 604 LMT LMT . M 7 88T C 1 200 200 88T 8WI . N 8 GD C 1 201 201 GD GD . O 7 88T D 1 200 200 88T 8WI . P 8 GD D 1 201 201 GD GD . Q 9 HOH A 1 701 701 HOH HOH . Q 9 HOH A 2 702 702 HOH HOH . R 9 HOH B 1 701 701 HOH HOH . R 9 HOH B 2 702 702 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG ANP . . . I 3 129.191 142.645 184.308 1 16.07 ? PG ANP 601 B 1 HETATM 2 O O1G ANP . . . I 3 130.293 142.261 183.362 1 16.07 ? O1G ANP 601 B 1 HETATM 3 O O2G ANP . . . I 3 129.829 142.84 185.65 1 16.07 ? O2G ANP 601 B 1 HETATM 4 O O3G ANP . . . I 3 128.216 141.507 184.381 1 16.07 ? O3G ANP 601 B 1 HETATM 5 P PB ANP . . . I 3 129.13 145.426 183.528 1 16.07 ? PB ANP 601 B 1 HETATM 6 O O1B ANP . . . I 3 129.137 146.323 184.733 1 16.07 ? O1B ANP 601 B 1 HETATM 7 O O2B ANP . . . I 3 130.443 145.161 182.822 1 16.07 ? O2B ANP 601 B 1 HETATM 8 N N3B ANP . . . I 3 128.403 144.005 183.874 1 16.07 ? N3B ANP 601 B 1 HETATM 9 P PA ANP . . . I 3 128.507 146.908 181.152 1 16.07 ? PA ANP 601 B 1 HETATM 10 O O1A ANP . . . I 3 129.313 148.113 181.383 1 16.07 -1 O1A ANP 601 B 1 HETATM 11 O O2A ANP . . . I 3 129.079 145.917 180.203 1 16.07 ? O2A ANP 601 B 1 HETATM 12 O O3A ANP . . . I 3 128.116 146.171 182.518 1 16.07 ? O3A ANP 601 B 1 HETATM 13 O O5' ANP . . . I 3 127.118 147.435 180.621 1 16.07 ? O5' ANP 601 B 1 HETATM 14 C C5' ANP . . . I 3 126.329 148.463 181.267 1 16.07 ? C5' ANP 601 B 1 HETATM 15 C C4' ANP . . . I 3 124.996 148.575 180.564 1 16.07 ? C4' ANP 601 B 1 HETATM 16 O O4' ANP . . . I 3 125.217 148.864 179.16 1 16.07 ? O4' ANP 601 B 1 HETATM 17 C C3' ANP . . . I 3 124.108 147.325 180.607 1 16.07 ? C3' ANP 601 B 1 HETATM 18 O O3' ANP . . . I 3 122.739 147.686 180.742 1 16.07 ? O3' ANP 601 B 1 HETATM 19 C C2' ANP . . . I 3 124.409 146.657 179.263 1 16.07 ? C2' ANP 601 B 1 HETATM 20 O O2' ANP . . . I 3 123.316 145.892 178.78 1 16.07 ? O2' ANP 601 B 1 HETATM 21 C C1' ANP . . . I 3 124.64 147.861 178.358 1 16.07 ? C1' ANP 601 B 1 HETATM 22 N N9 ANP . . . I 3 125.56 147.611 177.251 1 16.07 ? N9 ANP 601 B 1 HETATM 23 C C8 ANP . . . I 3 126.767 146.975 177.315 1 16.07 ? C8 ANP 601 B 1 HETATM 24 N N7 ANP . . . I 3 127.386 146.897 176.165 1 16.07 ? N7 ANP 601 B 1 HETATM 25 C C5 ANP . . . I 3 126.522 147.526 175.284 1 16.07 ? C5 ANP 601 B 1 HETATM 26 C C6 ANP . . . I 3 126.597 147.769 173.901 1 16.07 ? C6 ANP 601 B 1 HETATM 27 N N6 ANP . . . I 3 127.625 147.405 173.14 1 16.07 ? N6 ANP 601 B 1 HETATM 28 N N1 ANP . . . I 3 125.561 148.426 173.329 1 16.07 ? N1 ANP 601 B 1 HETATM 29 C C2 ANP . . . I 3 124.528 148.791 174.091 1 16.07 ? C2 ANP 601 B 1 HETATM 30 N N3 ANP . . . I 3 124.344 148.616 175.399 1 16.07 ? N3 ANP 601 B 1 HETATM 31 C C4 ANP . . . I 3 125.387 147.966 175.941 1 16.07 ? C4 ANP 601 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 12 _model_server_stats.query_time_ms 287 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 31 #