data_7PH4
#
_model_server_result.job_id            aM8rBX86TfQ5L29B8WoT1Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 14:17:24' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7ph4 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":200}' 
#
_entry.id    7PH4 
#
_exptl.entry_id    7PH4 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              524.524 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            (1~{R},4~{R},11~{S},14~{S},19~{Z})-19-[2-[2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-1-yl]ethylimino]-7,8,17,18-tetraoxa-1,4,11,14-tetrazatricyclo[12.6.2.2^{4,11}]tetracosane-6,9,16-trione 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7PH4 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7PH4 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 K N N 
? 6 M N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 C SG CYS 25 C CYS 22 1_555 C SG CYS 98 C CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf2 D SG CYS 25 D CYS 22 1_555 D SG CYS 98 D CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
covale ? covale1 C SG CYS 71 C CYS 68 1_555 K C4 88T . C 88T 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.85 ? 
covale ? covale2 D SG CYS 71 D CYS 68 1_555 M C4 88T . D 88T 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.863 ? 
metalc ? metalc1 A OG SER 394 A SER 383 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 435 A GLN 424 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc3 E O2G ANP . A ANP 601 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc4 E O2B ANP . A ANP 601 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 602 1_555 O O HOH . A HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 602 1_555 O O HOH . A HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc7 B OG SER 394 B SER 383 1_555 I MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc8 B OE1 GLN 435 B GLN 424 1_555 I MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc9 H O2G ANP . B ANP 601 1_555 I MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc10 H O3G ANP . B ANP 601 1_555 I MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.8 ? 
metalc ? metalc11 H O2B ANP . B ANP 601 1_555 I MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc12 I MG MG . B MG 602 1_555 P O HOH . B HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc13 I MG MG . B MG 602 1_555 P O HOH . B HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc14 K N3 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.491 ? 
metalc ? metalc15 K N4 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc16 K O4 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc17 K N5 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? 
metalc ? metalc18 K O5 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc19 K N6 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? 
metalc ? metalc20 K O6 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.323 ? 
metalc ? metalc21 K N7 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc22 K O8 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc23 K O9 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc24 M N3 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.49 ? 
metalc ? metalc25 M N4 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc26 M O4 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc27 M N5 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc28 M O5 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc29 M N6 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? 
metalc ? metalc30 M O6 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.323 ? 
metalc ? metalc31 M N7 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc32 M O8 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc33 M O9 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
#
_chem_comp.formula           'C22 H32 N6 O9' 
_chem_comp.formula_weight    524.524 
_chem_comp.id                88T 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              (1~{R},4~{R},11~{S},14~{S},19~{Z})-19-[2-[2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-1-yl]ethylimino]-7,8,17,18-tetraoxa-1,4,11,14-tetrazatricyclo[12.6.2.2^{4,11}]tetracosane-6,9,16-trione 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O10 C25 88T doub 1 n n 
C25 C24 88T sing 2 n n 
C25 O9 88T sing 3 n n 
C24 N6 88T sing 4 n n 
O9 O6 88T sing 5 n n 
C17 N6 88T sing 6 n n 
C17 C16 88T sing 7 n n 
N6 C18 88T sing 8 n n 
C16 N5 88T sing 9 n n 
O6 C15 88T sing 10 n n 
C18 C19 88T sing 11 n n 
O7 C21 88T doub 12 n n 
C14 C15 88T sing 13 n n 
C14 N5 88T sing 14 n n 
O2 C5 88T doub 15 n n 
C4 C5 88T sing 16 n n 
C4 C6 88T sing 17 n n 
C15 O5 88T doub 18 n n 
N5 C13 88T sing 19 n n 
C5 N2 88T sing 20 n n 
C19 N7 88T sing 21 n n 
C21 O8 88T sing 22 n n 
C21 C20 88T sing 23 n n 
C6 C7 88T sing 24 n n 
C13 C12 88T sing 25 n n 
O8 O4 88T sing 26 n n 
C20 N7 88T sing 27 n n 
N2 C7 88T sing 28 n n 
N2 C8 88T sing 29 n n 
N7 C23 88T sing 30 n n 
C7 O3 88T doub 31 n n 
C8 C9 88T sing 32 n n 
O4 C10 88T sing 33 n n 
C12 N4 88T sing 34 n n 
N4 C22 88T sing 35 n n 
N4 C11 88T sing 36 n n 
C23 C22 88T sing 37 n n 
C10 C11 88T sing 38 n n 
C10 N3 88T doub 39 n n 
C9 N3 88T sing 40 n n 
C4 H1 88T sing 41 n n 
C4 H2 88T sing 42 n n 
C6 H5 88T sing 43 n n 
C6 H6 88T sing 44 n n 
C8 H9 88T sing 45 n n 
C8 H10 88T sing 46 n n 
C9 H11 88T sing 47 n n 
C9 H12 88T sing 48 n n 
C11 H13 88T sing 49 n n 
C11 H14 88T sing 50 n n 
C12 H15 88T sing 51 n n 
C12 H16 88T sing 52 n n 
C13 H17 88T sing 53 n n 
C13 H18 88T sing 54 n n 
C14 H19 88T sing 55 n n 
C14 H20 88T sing 56 n n 
C16 H21 88T sing 57 n n 
C16 H22 88T sing 58 n n 
C17 H23 88T sing 59 n n 
C17 H24 88T sing 60 n n 
C18 H25 88T sing 61 n n 
C18 H26 88T sing 62 n n 
C19 H27 88T sing 63 n n 
C19 H28 88T sing 64 n n 
C20 H29 88T sing 65 n n 
C20 H30 88T sing 66 n n 
C22 H31 88T sing 67 n n 
C22 H32 88T sing 68 n n 
C23 H33 88T sing 69 n n 
C23 H34 88T sing 70 n n 
C24 H35 88T sing 71 n n 
C24 H36 88T sing 72 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7PH4 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 ANP A 1 601 601 ANP ANP . 
F 4 MG A 1 602 602 MG MG . 
G 5 LMT A 1 603 701 LMT LMT . 
H 3 ANP B 1 601 601 ANP ANP . 
I 4 MG B 1 602 602 MG MG . 
J 5 LMT B 1 603 801 LMT LMT . 
K 6 88T C 1 200 200 88T UKN . 
L 7 GD C 1 201 201 GD GD . 
M 6 88T D 1 200 200 88T UKN . 
N 7 GD D 1 201 201 GD GD . 
O 8 HOH A 1 701 604 HOH HOH . 
O 8 HOH A 2 702 603 HOH HOH . 
P 8 HOH B 1 701 604 HOH HOH . 
P 8 HOH B 2 702 603 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N2 88T . . . K 6 116.396 155.219 212.261 0.09 115.67 ? N2 88T 200 C 1 
HETATM 2 O O2 88T . . . K 6 115.548 156.939 213.663 0.09 115.67 ? O2 88T 200 C 1 
HETATM 3 N N3 88T . . . K 6 114.432 152.716 214.259 0.09 115.67 ? N3 88T 200 C 1 
HETATM 4 O O3 88T . . . K 6 117.329 154.249 210.256 0.09 115.67 ? O3 88T 200 C 1 
HETATM 5 C C4 88T . . . K 6 116.255 157.517 211.416 0.09 115.67 ? C4 88T 200 C 1 
HETATM 6 N N4 88T . . . K 6 111.032 151.013 213.97 0.09 115.67 ? N4 88T 200 C 1 
HETATM 7 O O4 88T . . . K 6 112.256 153.514 214.379 0.09 115.67 ? O4 88T 200 C 1 
HETATM 8 C C5 88T . . . K 6 116 156.591 212.609 0.09 115.67 ? C5 88T 200 C 1 
HETATM 9 N N5 88T . . . K 6 110.883 150.704 211.061 0.09 115.67 ? N5 88T 200 C 1 
HETATM 10 O O5 88T . . . K 6 113.272 152.38 210.81 0.09 115.67 ? O5 88T 200 C 1 
HETATM 11 C C6 88T . . . K 6 116.511 156.578 210.239 0.09 115.67 ? C6 88T 200 C 1 
HETATM 12 N N6 88T . . . K 6 109.455 153.061 210.744 0.09 115.67 ? N6 88T 200 C 1 
HETATM 13 O O6 88T . . . K 6 114.151 150.818 212.058 0.09 115.67 ? O6 88T 200 C 1 
HETATM 14 C C7 88T . . . K 6 116.904 155.191 210.856 0.09 115.67 ? C7 88T 200 C 1 
HETATM 15 N N7 88T . . . K 6 109.5 153.31 213.763 0.09 115.67 ? N7 88T 200 C 1 
HETATM 16 O O7 88T . . . K 6 110.913 156.569 213.241 0.09 115.67 ? O7 88T 200 C 1 
HETATM 17 C C8 88T . . . K 6 116.287 154.032 213.17 0.09 115.67 ? C8 88T 200 C 1 
HETATM 18 O O8 88T . . . K 6 111.866 154.664 213.724 0.09 115.67 ? O8 88T 200 C 1 
HETATM 19 C C9 88T . . . K 6 114.968 154.072 213.992 0.09 115.67 ? C9 88T 200 C 1 
HETATM 20 O O9 88T . . . K 6 112.136 154.123 210.399 0.09 115.67 ? O9 88T 200 C 1 
HETATM 21 C C10 88T . . . K 6 112.955 152.559 214.449 0.09 115.67 ? C10 88T 200 C 1 
HETATM 22 O O10 88T . . . K 6 111.735 153.849 208.272 0.09 115.67 ? O10 88T 200 C 1 
HETATM 23 C C11 88T . . . K 6 112.324 151.153 214.735 0.09 115.67 ? C11 88T 200 C 1 
HETATM 24 C C12 88T . . . K 6 110.985 149.667 213.323 0.09 115.67 ? C12 88T 200 C 1 
HETATM 25 C C13 88T . . . K 6 110.202 149.758 211.968 0.09 115.67 ? C13 88T 200 C 1 
HETATM 26 C C14 88T . . . K 6 112.221 150.199 210.731 0.09 115.67 ? C14 88T 200 C 1 
HETATM 27 C C15 88T . . . K 6 113.277 151.192 211.23 0.09 115.67 ? C15 88T 200 C 1 
HETATM 28 C C16 88T . . . K 6 110.086 150.85 209.808 0.09 115.67 ? C16 88T 200 C 1 
HETATM 29 C C17 88T . . . K 6 108.93 151.852 210.062 0.09 115.67 ? C17 88T 200 C 1 
HETATM 30 C C18 88T . . . K 6 108.389 153.618 211.579 0.09 115.67 ? C18 88T 200 C 1 
HETATM 31 C C19 88T . . . K 6 108.343 152.887 212.937 0.09 115.67 ? C19 88T 200 C 1 
HETATM 32 C C20 88T . . . K 6 109.457 154.77 213.978 0.09 115.67 ? C20 88T 200 C 1 
HETATM 33 C C21 88T . . . K 6 110.827 155.374 213.627 0.09 115.67 ? C21 88T 200 C 1 
HETATM 34 C C22 88T . . . K 6 109.867 151.129 214.895 0.09 115.67 ? C22 88T 200 C 1 
HETATM 35 C C23 88T . . . K 6 109.464 152.616 215.077 0.09 115.67 ? C23 88T 200 C 1 
HETATM 36 C C24 88T . . . K 6 109.815 154.056 209.728 0.09 115.67 ? C24 88T 200 C 1 
HETATM 37 C C25 88T . . . K 6 111.318 154.007 209.45 0.09 115.67 ? C25 88T 200 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              68 
_model_server_stats.parse_time_ms           47 
_model_server_stats.create_model_time_ms    46 
_model_server_stats.query_time_ms           1122 
_model_server_stats.encode_time_ms          8 
_model_server_stats.element_count           37 
#