data_7PH4
#
_model_server_result.job_id            IRlO6Tow-NaaUPMBfZFZCQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 14:05:11' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7ph4 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":601}' 
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_entry.id    7PH4 
#
_exptl.entry_id    7PH4 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              506.196 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7PH4 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7PH4 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 H N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 C SG CYS 25 C CYS 22 1_555 C SG CYS 98 C CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf2 D SG CYS 25 D CYS 22 1_555 D SG CYS 98 D CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
covale ? covale1 C SG CYS 71 C CYS 68 1_555 K C4 88T . C 88T 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.85 ? 
covale ? covale2 D SG CYS 71 D CYS 68 1_555 M C4 88T . D 88T 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.863 ? 
metalc ? metalc1 A OG SER 394 A SER 383 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 435 A GLN 424 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc3 E O2G ANP . A ANP 601 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc4 E O2B ANP . A ANP 601 1_555 F MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc5 F MG MG . A MG 602 1_555 O O HOH . A HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 602 1_555 O O HOH . A HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc7 B OG SER 394 B SER 383 1_555 I MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc8 B OE1 GLN 435 B GLN 424 1_555 I MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc9 H O2G ANP . B ANP 601 1_555 I MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc10 H O3G ANP . B ANP 601 1_555 I MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.8 ? 
metalc ? metalc11 H O2B ANP . B ANP 601 1_555 I MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc12 I MG MG . B MG 602 1_555 P O HOH . B HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc13 I MG MG . B MG 602 1_555 P O HOH . B HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc14 K N3 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.491 ? 
metalc ? metalc15 K N4 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc16 K O4 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc17 K N5 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? 
metalc ? metalc18 K O5 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc19 K N6 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? 
metalc ? metalc20 K O6 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.323 ? 
metalc ? metalc21 K N7 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc22 K O8 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc23 K O9 88T . C 88T 200 1_555 L GD GD . C GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc24 M N3 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.49 ? 
metalc ? metalc25 M N4 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc26 M O4 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc27 M N5 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc28 M O5 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc29 M N6 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? 
metalc ? metalc30 M O6 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.323 ? 
metalc ? metalc31 M N7 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc32 M O8 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc33 M O9 88T . D 88T 200 1_555 N GD GD . D GD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N6 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    506.196 
_chem_comp.id                ANP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ANP doub 85 n n 
PG O2G ANP sing 86 n n 
PG O3G ANP sing 87 n n 
PG N3B ANP sing 88 n n 
O2G HOG2 ANP sing 89 n n 
O3G HOG3 ANP sing 90 n n 
PB O1B ANP doub 91 n n 
PB O2B ANP sing 92 n n 
PB N3B ANP sing 93 n n 
PB O3A ANP sing 94 n n 
O2B HOB2 ANP sing 95 n n 
N3B HNB1 ANP sing 96 n n 
PA O1A ANP doub 97 n n 
PA O2A ANP sing 98 n n 
PA O3A ANP sing 99 n n 
PA O5' ANP sing 100 n n 
O2A HOA2 ANP sing 101 n n 
O5' C5' ANP sing 102 n n 
C5' C4' ANP sing 103 n n 
C5' "H5'1" ANP sing 104 n n 
C5' "H5'2" ANP sing 105 n n 
C4' O4' ANP sing 106 n n 
C4' C3' ANP sing 107 n n 
C4' H4' ANP sing 108 n n 
O4' C1' ANP sing 109 n n 
C3' O3' ANP sing 110 n n 
C3' C2' ANP sing 111 n n 
C3' H3' ANP sing 112 n n 
O3' HO3' ANP sing 113 n n 
C2' O2' ANP sing 114 n n 
C2' C1' ANP sing 115 n n 
C2' H2' ANP sing 116 n n 
O2' HO2' ANP sing 117 n n 
C1' N9 ANP sing 118 n n 
C1' H1' ANP sing 119 n n 
N9 C8 ANP sing 120 n y 
N9 C4 ANP sing 121 n y 
C8 N7 ANP doub 122 n y 
C8 H8 ANP sing 123 n n 
N7 C5 ANP sing 124 n y 
C5 C6 ANP sing 125 n y 
C5 C4 ANP doub 126 n y 
C6 N6 ANP sing 127 n n 
C6 N1 ANP doub 128 n y 
N6 HN61 ANP sing 129 n n 
N6 HN62 ANP sing 130 n n 
N1 C2 ANP sing 131 n y 
C2 N3 ANP doub 132 n y 
C2 H2 ANP sing 133 n n 
N3 C4 ANP sing 134 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     7PH4 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 ANP A 1 601 601 ANP ANP . 
F 4 MG A 1 602 602 MG MG . 
G 5 LMT A 1 603 701 LMT LMT . 
H 3 ANP B 1 601 601 ANP ANP . 
I 4 MG B 1 602 602 MG MG . 
J 5 LMT B 1 603 801 LMT LMT . 
K 6 88T C 1 200 200 88T UKN . 
L 7 GD C 1 201 201 GD GD . 
M 6 88T D 1 200 200 88T UKN . 
N 7 GD D 1 201 201 GD GD . 
O 8 HOH A 1 701 604 HOH HOH . 
O 8 HOH A 2 702 603 HOH HOH . 
P 8 HOH B 1 701 604 HOH HOH . 
P 8 HOH B 2 702 603 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG ANP . . . H 3 129.896 143.089 183.793 1 16.07 ? PG ANP 601 B 1 
HETATM 2 O O1G ANP . . . H 3 128.815 142.205 184.004 1 16.07 ? O1G ANP 601 B 1 
HETATM 3 O O2G ANP . . . H 3 130.446 142.991 182.342 1 16.07 ? O2G ANP 601 B 1 
HETATM 4 O O3G ANP . . . H 3 131.02 142.944 184.82 1 16.07 ? O3G ANP 601 B 1 
HETATM 5 P PB ANP . . . H 3 130.147 145.925 183.414 1 16.07 ? PB ANP 601 B 1 
HETATM 6 O O1B ANP . . . H 3 129.9 146.907 184.451 1 16.07 ? O1B ANP 601 B 1 
HETATM 7 O O2B ANP . . . H 3 131.537 145.628 183.062 1 16.07 ? O2B ANP 601 B 1 
HETATM 8 N N3B ANP . . . H 3 129.361 144.598 183.827 1 16.07 ? N3B ANP 601 B 1 
HETATM 9 P PA ANP . . . H 3 129.605 147.332 180.815 1 16.07 ? PA ANP 601 B 1 
HETATM 10 O O1A ANP . . . H 3 130.555 148.441 180.889 1 16.07 ? O1A ANP 601 B 1 
HETATM 11 O O2A ANP . . . H 3 129.753 146.38 179.713 1 16.07 ? O2A ANP 601 B 1 
HETATM 12 O O3A ANP . . . H 3 129.494 146.469 182.124 1 16.07 ? O3A ANP 601 B 1 
HETATM 13 O O5' ANP . . . H 3 128.12 147.863 180.835 1 16.07 ? O5' ANP 601 B 1 
HETATM 14 C C5' ANP . . . H 3 127.639 149.225 180.836 1 16.07 ? C5' ANP 601 B 1 
HETATM 15 C C4' ANP . . . H 3 126.322 149.285 180.108 1 16.07 ? C4' ANP 601 B 1 
HETATM 16 O O4' ANP . . . H 3 126.574 149.431 178.69 1 16.07 ? O4' ANP 601 B 1 
HETATM 17 C C3' ANP . . . H 3 125.426 148.05 180.207 1 16.07 ? C3' ANP 601 B 1 
HETATM 18 O O3' ANP . . . H 3 124.083 148.438 180.032 1 16.07 ? O3' ANP 601 B 1 
HETATM 19 C C2' ANP . . . H 3 125.772 147.27 178.946 1 16.07 ? C2' ANP 601 B 1 
HETATM 20 O O2' ANP . . . H 3 124.753 146.394 178.539 1 16.07 ? O2' ANP 601 B 1 
HETATM 21 C C1' ANP . . . H 3 125.959 148.403 177.956 1 16.07 ? C1' ANP 601 B 1 
HETATM 22 N N9 ANP . . . H 3 126.872 148.085 176.911 1 16.07 ? N9 ANP 601 B 1 
HETATM 23 C C8 ANP . . . H 3 128.015 147.422 177.046 1 16.07 ? C8 ANP 601 B 1 
HETATM 24 N N7 ANP . . . H 3 128.67 147.302 175.928 1 16.07 ? N7 ANP 601 B 1 
HETATM 25 C C5 ANP . . . H 3 127.883 147.946 175.002 1 16.07 ? C5 ANP 601 B 1 
HETATM 26 C C6 ANP . . . H 3 128.031 148.174 173.637 1 16.07 ? C6 ANP 601 B 1 
HETATM 27 N N6 ANP . . . H 3 129.104 147.81 172.957 1 16.07 ? N6 ANP 601 B 1 
HETATM 28 N N1 ANP . . . H 3 127.052 148.863 173.021 1 16.07 ? N1 ANP 601 B 1 
HETATM 29 C C2 ANP . . . H 3 125.992 149.246 173.728 1 16.07 ? C2 ANP 601 B 1 
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