data_7PKE # _model_server_result.job_id xMUXmCbfRzdLCbLzJixUMQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 19:49:02' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7pke # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":301}' # _entry.id 7PKE # _exptl.entry_id 7PKE _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7PKE _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7PKE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 L N N ? 2 M N N ? 2 O N N ? 2 P N N ? 2 R N N ? 2 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 36 E CYS 36 1_555 A SG CYS 97 E CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 36 D CYS 36 1_555 B SG CYS 97 D CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf3 C SG CYS 36 C CYS 36 1_555 C SG CYS 97 C CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 D SG CYS 36 B CYS 36 1_555 D SG CYS 97 B CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 E SG CYS 36 A CYS 36 1_555 E SG CYS 97 A CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 60 E ASP 60 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 61 E ASN 61 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 138 E GLU 138 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 138 E GLU 138 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 140 E ASP 140 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 140 E ASP 140 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.783 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLN 150 E GLN 150 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? metalc ? metalc8 F CA CA . E CA 301 1_555 H O3 PC . E PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? metalc ? metalc9 F CA CA . E CA 301 1_555 H O4 PC . E PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc10 G CA CA . E CA 302 1_555 H O3 PC . E PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc11 G CA CA . E CA 302 1_555 H O2 PC . E PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.035 ? metalc ? metalc12 B OD2 ASP 60 D ASP 60 1_555 J CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASN 61 D ASN 61 1_555 J CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc14 B OE2 GLU 138 D GLU 138 1_555 J CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc15 B O GLN 139 D GLN 139 1_555 J CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 140 D ASP 140 1_555 I CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 140 D ASP 140 1_555 I CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 140 D ASP 140 1_555 J CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLN 150 D GLN 150 1_555 I CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc20 I CA CA . D CA 301 1_555 K O3 PC . D PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? metalc ? metalc21 J CA CA . D CA 302 1_555 K O4 PC . D PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc22 C OD2 ASP 60 C ASP 60 1_555 M CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASN 61 C ASN 61 1_555 M CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc24 C OE1 GLU 138 C GLU 138 1_555 L CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc25 C OE1 GLU 138 C GLU 138 1_555 M CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc26 C OE2 GLU 138 C GLU 138 1_555 M CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 140 C ASP 140 1_555 L CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 140 C ASP 140 1_555 L CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASP 140 C ASP 140 1_555 M CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc30 C OE1 GLU 147 C GLU 147 1_555 L CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? metalc ? metalc31 C OE1 GLN 150 C GLN 150 1_555 L CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc32 L CA CA . C CA 301 1_555 N O3 PC . C PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.112 ? metalc ? metalc33 L CA CA . C CA 301 1_555 N O4 PC . C PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc34 M CA CA . C CA 302 1_555 N O4 PC . C PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc35 M CA CA . C CA 302 1_555 N O2 PC . C PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.043 ? metalc ? metalc36 D OD2 ASP 60 B ASP 60 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASN 61 B ASN 61 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc38 D OE1 GLU 138 B GLU 138 1_555 O CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? metalc ? metalc39 D OE1 GLU 138 B GLU 138 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc40 D OE2 GLU 138 B GLU 138 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc41 D O GLN 139 B GLN 139 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc42 D OD1 ASP 140 B ASP 140 1_555 O CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? metalc ? metalc43 D OD2 ASP 140 B ASP 140 1_555 O CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc44 D OD1 ASP 140 B ASP 140 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc45 D OE1 GLN 150 B GLN 150 1_555 O CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc46 O CA CA . B CA 301 1_555 Q O1 PC . B PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc47 O CA CA . B CA 301 1_555 Q O4 PC . B PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.178 ? metalc ? metalc48 P CA CA . B CA 302 1_555 Q O3 PC . B PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc49 P CA CA . B CA 302 1_555 Q O4 PC . B PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.177 ? metalc ? metalc50 E OD2 ASP 60 A ASP 60 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc51 E OD1 ASN 61 A ASN 61 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc52 E OE1 GLU 138 A GLU 138 1_555 R CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc53 E OE1 GLU 138 A GLU 138 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc54 E OE2 GLU 138 A GLU 138 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc55 E O GLN 139 A GLN 139 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc56 E OD1 ASP 140 A ASP 140 1_555 R CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc57 E OD2 ASP 140 A ASP 140 1_555 R CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc58 E OD2 ASP 140 A ASP 140 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc59 E OE1 GLU 147 A GLU 147 1_555 R CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? metalc ? metalc60 E OE1 GLN 150 A GLN 150 1_555 R CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc61 R CA CA . A CA 301 1_555 T O1 PC . A PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc62 R CA CA . A CA 301 1_555 T O4 PC . A PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc63 S CA CA . A CA 302 1_555 T O3 PC . A PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7PKE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 2 CA E 1 301 301 CA CA . G 2 CA E 1 302 302 CA CA . H 3 PC E 1 303 303 PC PC . I 2 CA D 1 301 301 CA CA . J 2 CA D 1 302 302 CA CA . K 3 PC D 1 303 303 PC PC . L 2 CA C 1 301 301 CA CA . M 2 CA C 1 302 302 CA CA . N 3 PC C 1 303 303 PC PC . O 2 CA B 1 301 301 CA CA . P 2 CA B 1 302 302 CA CA . Q 3 PC B 1 303 303 PC PC . R 2 CA A 1 301 301 CA CA . S 2 CA A 1 302 302 CA CA . T 3 PC A 1 303 303 PC PC . U 4 HOH E 1 401 304 HOH HOH . V 4 HOH D 1 401 304 HOH HOH . W 4 HOH C 1 401 304 HOH HOH . X 4 HOH B 1 401 304 HOH HOH . Y 4 HOH A 1 401 304 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id O _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 185.061 _atom_site.Cartn_y 136.119 _atom_site.Cartn_z 136.345 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 62.97 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 301 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 31 _model_server_stats.query_time_ms 293 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #