data_7PKE
#
_model_server_result.job_id            JDr4u4SYuCfPQ4_apuzQHw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 20:05:03' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7pke 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":303}' 
#
_entry.id    7PKE 
#
_exptl.entry_id    7PKE 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              184.151 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            PHOSPHOCHOLINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7PKE 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7PKE 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      5 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 K N N 
? 3 N N N 
? 3 Q N N 
? 3 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 36 E CYS 36 1_555 A SG CYS 97 E CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 36 D CYS 36 1_555 B SG CYS 97 D CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 36 C CYS 36 1_555 C SG CYS 97 C CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf4 D SG CYS 36 B CYS 36 1_555 D SG CYS 97 B CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf5 E SG CYS 36 A CYS 36 1_555 E SG CYS 97 A CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 60 E ASP 60 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASN 61 E ASN 61 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 138 E GLU 138 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc4 A OE2 GLU 138 E GLU 138 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 140 E ASP 140 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 140 E ASP 140 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.783 ? 
metalc ? metalc7 A OE1 GLN 150 E GLN 150 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? 
metalc ? metalc8 F CA CA . E CA 301 1_555 H O3 PC . E PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? 
metalc ? metalc9 F CA CA . E CA 301 1_555 H O4 PC . E PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? 
metalc ? metalc10 G CA CA . E CA 302 1_555 H O3 PC . E PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc11 G CA CA . E CA 302 1_555 H O2 PC . E PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.035 ? 
metalc ? metalc12 B OD2 ASP 60 D ASP 60 1_555 J CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? 
metalc ? metalc13 B OD1 ASN 61 D ASN 61 1_555 J CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
metalc ? metalc14 B OE2 GLU 138 D GLU 138 1_555 J CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? 
metalc ? metalc15 B O GLN 139 D GLN 139 1_555 J CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASP 140 D ASP 140 1_555 I CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc17 B OD2 ASP 140 D ASP 140 1_555 I CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? 
metalc ? metalc18 B OD2 ASP 140 D ASP 140 1_555 J CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? 
metalc ? metalc19 B OE1 GLN 150 D GLN 150 1_555 I CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc20 I CA CA . D CA 301 1_555 K O3 PC . D PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc21 J CA CA . D CA 302 1_555 K O4 PC . D PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc22 C OD2 ASP 60 C ASP 60 1_555 M CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? 
metalc ? metalc23 C OD1 ASN 61 C ASN 61 1_555 M CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc24 C OE1 GLU 138 C GLU 138 1_555 L CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? 
metalc ? metalc25 C OE1 GLU 138 C GLU 138 1_555 M CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? 
metalc ? metalc26 C OE2 GLU 138 C GLU 138 1_555 M CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? 
metalc ? metalc27 C OD1 ASP 140 C ASP 140 1_555 L CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 140 C ASP 140 1_555 L CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc29 C OD1 ASP 140 C ASP 140 1_555 M CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc30 C OE1 GLU 147 C GLU 147 1_555 L CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
metalc ? metalc31 C OE1 GLN 150 C GLN 150 1_555 L CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc32 L CA CA . C CA 301 1_555 N O3 PC . C PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.112 ? 
metalc ? metalc33 L CA CA . C CA 301 1_555 N O4 PC . C PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? 
metalc ? metalc34 M CA CA . C CA 302 1_555 N O4 PC . C PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc35 M CA CA . C CA 302 1_555 N O2 PC . C PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.043 ? 
metalc ? metalc36 D OD2 ASP 60 B ASP 60 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc37 D OD1 ASN 61 B ASN 61 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc38 D OE1 GLU 138 B GLU 138 1_555 O CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 
metalc ? metalc39 D OE1 GLU 138 B GLU 138 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc40 D OE2 GLU 138 B GLU 138 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc41 D O GLN 139 B GLN 139 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? 
metalc ? metalc42 D OD1 ASP 140 B ASP 140 1_555 O CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? 
metalc ? metalc43 D OD2 ASP 140 B ASP 140 1_555 O CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc44 D OD1 ASP 140 B ASP 140 1_555 P CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc45 D OE1 GLN 150 B GLN 150 1_555 O CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc46 O CA CA . B CA 301 1_555 Q O1 PC . B PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc47 O CA CA . B CA 301 1_555 Q O4 PC . B PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.178 ? 
metalc ? metalc48 P CA CA . B CA 302 1_555 Q O3 PC . B PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc49 P CA CA . B CA 302 1_555 Q O4 PC . B PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.177 ? 
metalc ? metalc50 E OD2 ASP 60 A ASP 60 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? 
metalc ? metalc51 E OD1 ASN 61 A ASN 61 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc52 E OE1 GLU 138 A GLU 138 1_555 R CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? 
metalc ? metalc53 E OE1 GLU 138 A GLU 138 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc54 E OE2 GLU 138 A GLU 138 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? 
metalc ? metalc55 E O GLN 139 A GLN 139 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc56 E OD1 ASP 140 A ASP 140 1_555 R CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc57 E OD2 ASP 140 A ASP 140 1_555 R CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc58 E OD2 ASP 140 A ASP 140 1_555 S CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc59 E OE1 GLU 147 A GLU 147 1_555 R CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? 
metalc ? metalc60 E OE1 GLN 150 A GLN 150 1_555 R CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc61 R CA CA . A CA 301 1_555 T O1 PC . A PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc62 R CA CA . A CA 301 1_555 T O4 PC . A PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? 
metalc ? metalc63 S CA CA . A CA 302 1_555 T O3 PC . A PC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
#
_chem_comp.formula           'C5 H15 N O4 P 1' 
_chem_comp.formula_weight    184.151 
_chem_comp.id                PC 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              PHOSPHOCHOLINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
P1 O1 PC doub 237 n n 
P1 O3 PC sing 238 n n 
P1 O4 PC sing 239 n n 
P1 O2 PC sing 240 n n 
O3 HO3 PC sing 241 n n 
O4 HO4 PC sing 242 n n 
O2 C1 PC sing 243 n n 
C1 C2 PC sing 244 n n 
C1 H11 PC sing 245 n n 
C1 H12 PC sing 246 n n 
C2 N1 PC sing 247 n n 
C2 H21 PC sing 248 n n 
C2 H22 PC sing 249 n n 
N1 C3 PC sing 250 n n 
N1 C4 PC sing 251 n n 
N1 C5 PC sing 252 n n 
C3 H31 PC sing 253 n n 
C3 H32 PC sing 254 n n 
C3 H33 PC sing 255 n n 
C4 H41 PC sing 256 n n 
C4 H42 PC sing 257 n n 
C4 H43 PC sing 258 n n 
C5 H51 PC sing 259 n n 
C5 H52 PC sing 260 n n 
C5 H53 PC sing 261 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7PKE 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 2 CA E 1 301 301 CA CA . 
G 2 CA E 1 302 302 CA CA . 
H 3 PC E 1 303 303 PC PC . 
I 2 CA D 1 301 301 CA CA . 
J 2 CA D 1 302 302 CA CA . 
K 3 PC D 1 303 303 PC PC . 
L 2 CA C 1 301 301 CA CA . 
M 2 CA C 1 302 302 CA CA . 
N 3 PC C 1 303 303 PC PC . 
O 2 CA B 1 301 301 CA CA . 
P 2 CA B 1 302 302 CA CA . 
Q 3 PC B 1 303 303 PC PC . 
R 2 CA A 1 301 301 CA CA . 
S 2 CA A 1 302 302 CA CA . 
T 3 PC A 1 303 303 PC PC . 
U 4 HOH E 1 401 304 HOH HOH . 
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