data_7PKG # _model_server_result.job_id UHec_v0wQd-6er_L4GN54w _model_server_result.datetime_utc '2025-09-14 13:27:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7pkg # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":301}' # _entry.id 7PKG # _exptl.entry_id 7PKG _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7PKG _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7PKG _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 O N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 36 E CYS 36 1_555 A SG CYS 97 E CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 36 D CYS 36 1_555 B SG CYS 97 D CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 C SG CYS 36 C CYS 36 1_555 C SG CYS 97 C CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf4 D SG CYS 36 B CYS 36 1_555 D SG CYS 97 B CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf5 E SG CYS 36 A CYS 36 1_555 E SG CYS 97 A CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 60 E ASP 60 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 61 E ASN 61 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 138 E GLU 138 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.137 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 138 E GLU 138 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 138 E GLU 138 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 140 E ASP 140 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 140 E ASP 140 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 140 E ASP 140 1_555 G CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc9 A OE1 GLU 147 E GLU 147 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? metalc ? metalc10 A OE1 GLN 150 E GLN 150 1_555 F CA CA . E CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 60 D ASP 60 1_555 I CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASN 61 D ASN 61 1_555 I CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc13 B OE1 GLU 138 D GLU 138 1_555 I CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc14 B OE2 GLU 138 D GLU 138 1_555 I CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 140 D ASP 140 1_555 H CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 140 D ASP 140 1_555 H CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.836 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 140 D ASP 140 1_555 I CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc18 B OE1 GLU 147 D GLU 147 1_555 H CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLN 150 D GLN 150 1_555 H CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc20 C OD2 ASP 60 C ASP 60 1_555 K CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.716 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASN 61 C ASN 61 1_555 K CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? metalc ? metalc22 C OE1 GLU 138 C GLU 138 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? metalc ? metalc23 C OE2 GLU 138 C GLU 138 1_555 K CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc24 C OD1 ASP 140 C ASP 140 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc25 C OD2 ASP 140 C ASP 140 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.18 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 140 C ASP 140 1_555 K CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? metalc ? metalc27 C OE1 GLN 150 C GLN 150 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? metalc ? metalc28 D OD2 ASP 60 B ASP 60 1_555 M CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? metalc ? metalc29 D OD1 ASN 61 B ASN 61 1_555 M CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.817 ? metalc ? metalc30 D OE1 GLU 138 B GLU 138 1_555 L CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? metalc ? metalc31 D OE2 GLU 138 B GLU 138 1_555 M CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc32 D OD1 ASP 140 B ASP 140 1_555 L CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.128 ? metalc ? metalc33 D OD2 ASP 140 B ASP 140 1_555 L CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc34 D OD1 ASP 140 B ASP 140 1_555 M CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc35 D OE1 GLU 147 B GLU 147 1_555 L CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? metalc ? metalc36 D OE1 GLN 150 B GLN 150 1_555 L CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? metalc ? metalc37 E OD2 ASP 60 A ASP 60 1_555 O CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc38 E OD1 ASN 61 A ASN 61 1_555 O CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.798 ? metalc ? metalc39 E OE1 GLU 138 A GLU 138 1_555 N CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc40 E OE2 GLU 138 A GLU 138 1_555 O CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc41 E OD1 ASP 140 A ASP 140 1_555 N CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc42 E OD2 ASP 140 A ASP 140 1_555 O CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc43 E OE1 GLN 150 A GLN 150 1_555 N CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7PKG _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 2 CA E 1 301 301 CA CA . G 2 CA E 1 302 302 CA CA . H 2 CA D 1 301 301 CA CA . I 2 CA D 1 302 302 CA CA . J 2 CA C 1 301 301 CA CA . K 2 CA C 1 302 302 CA CA . L 2 CA B 1 301 301 CA CA . M 2 CA B 1 302 302 CA CA . N 2 CA A 1 301 301 CA CA . O 2 CA A 1 302 302 CA CA . P 3 HOH E 1 401 303 HOH HOH . Q 3 HOH D 1 401 303 HOH HOH . R 3 HOH C 1 401 303 HOH HOH . S 3 HOH B 1 401 303 HOH HOH . T 3 HOH A 1 401 303 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id N _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 113.566 _atom_site.Cartn_y 147.574 _atom_site.Cartn_z 167.463 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 94.34 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 301 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 16 _model_server_stats.query_time_ms 298 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #