data_7QBD # _model_server_result.job_id 8QsXgzKXvHorCp7FwQhv-g _model_server_result.datetime_utc '2025-08-30 00:01:49' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7qbd # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":201}' # _entry.id 7QBD # _exptl.entry_id 7QBD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7QBD _cell.length_a 102.129 _cell.length_b 102.129 _cell.length_c 360.998 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7QBD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 4nw 2abw' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 ? trimeric 3 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,F,G,J,K 1 1 B,D,E,H,I,L,M 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 G N N ? 5 I N N ? 5 J N N ? 5 K N N ? 5 L N N ? 5 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 3 A CYS 3 1_555 A SG CYS 249 A CYS 249 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 65 A CYS 65 1_555 A SG CYS 78 A CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 98 A CYS 98 1_555 A SG CYS 291 A CYS 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 147 A CYS 147 1_555 A SG CYS 187 A CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 3 B CYS 3 1_555 B SG CYS 249 B CYS 249 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 65 B CYS 65 1_555 B SG CYS 78 B CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 98 B CYS 98 1_555 B SG CYS 291 B CYS 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 147 B CYS 147 1_555 B SG CYS 187 B CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? disulf ? disulf9 C SG CYS 3 C CYS 54 1_555 C SG CYS 16 C CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf10 C SG CYS 10 C CYS 61 1_555 C SG CYS 29 C CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 23 C CYS 74 1_555 C SG CYS 38 C CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf12 C SG CYS 81 C CYS 132 1_555 C SG CYS 94 C CYS 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf13 C SG CYS 88 C CYS 139 1_555 C SG CYS 107 C CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf14 C SG CYS 101 C CYS 152 1_555 C SG CYS 116 C CYS 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf15 D SG CYS 3 D CYS 54 1_555 D SG CYS 16 D CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf16 D SG CYS 10 D CYS 61 1_555 D SG CYS 29 D CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf17 D SG CYS 23 D CYS 74 1_555 D SG CYS 38 D CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf18 D SG CYS 81 D CYS 132 1_555 D SG CYS 94 D CYS 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf19 D SG CYS 88 D CYS 139 1_555 D SG CYS 107 D CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf20 D SG CYS 101 D CYS 152 1_555 D SG CYS 116 D CYS 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? disulf ? disulf21 E SG CYS 22 E CYS 22 1_555 E SG CYS 93 E CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc1 C O TRP 21 C TRP 72 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc2 C OD1 ASP 24 C ASP 75 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc3 C O ASP 26 C ASP 77 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc4 C OD2 ASP 28 C ASP 79 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc5 C OD2 ASP 34 C ASP 85 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc6 C OE2 GLU 35 C GLU 86 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc7 C O TRP 99 C TRP 150 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc8 C OD1 ASP 102 C ASP 153 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc9 C O HIS 104 C HIS 155 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc10 C OD2 ASP 106 C ASP 157 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc11 C OD2 ASP 112 C ASP 163 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc12 C OE2 GLU 113 C GLU 164 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? metalc ? metalc13 D O TRP 21 D TRP 72 1_555 M CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc14 D OD1 ASP 24 D ASP 75 1_555 M CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc15 D O ASP 26 D ASP 77 1_555 M CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc16 D OD2 ASP 28 D ASP 79 1_555 M CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc17 D OD2 ASP 34 D ASP 85 1_555 M CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc18 D OE2 GLU 35 D GLU 86 1_555 M CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc19 D O TRP 99 D TRP 150 1_555 L CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc20 D OD1 ASP 102 D ASP 153 1_555 L CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc21 D O HIS 104 D HIS 155 1_555 L CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc22 D OD2 ASP 106 D ASP 157 1_555 L CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc23 D OD2 ASP 112 D ASP 163 1_555 L CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc24 D OE2 GLU 113 D GLU 164 1_555 L CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7QBD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009792 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009792 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00277 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 4 CNC A 1 501 501 CNC CNC . G 5 CA A 1 502 502 CA CA . H 4 CNC B 1 501 501 CNC CNC . I 5 CA B 1 502 502 CA CA . J 5 CA C 1 201 201 CA CA . K 5 CA C 1 202 202 CA CA . L 5 CA D 1 201 201 CA CA . M 5 CA D 1 202 202 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 9.181 _atom_site.Cartn_y 63.813 _atom_site.Cartn_z 57.874 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 218.9 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 201 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 27 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 310 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #