data_7RFI
#
_model_server_result.job_id            1yidlbrW0XwBqAGlwP2hwQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-27 02:29:49' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7rfi 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    7RFI 
#
_exptl.entry_id    7RFI 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    16 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7RFI 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7RFI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      8 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 Y N N 
? 2 Z N N 
? 2 CA N N 
? 2 DA N N 
? 2 GA N N 
? 2 HA N N 
? 2 KA N N 
? 2 LA N N 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 129 n n 
PG O2G GTP sing 130 n n 
PG O3G GTP sing 131 n n 
PG O3B GTP sing 132 n n 
O2G HOG2 GTP sing 133 n n 
O3G HOG3 GTP sing 134 n n 
O3B PB GTP sing 135 n n 
PB O1B GTP doub 136 n n 
PB O2B GTP sing 137 n n 
PB O3A GTP sing 138 n n 
O2B HOB2 GTP sing 139 n n 
O3A PA GTP sing 140 n n 
PA O1A GTP doub 141 n n 
PA O2A GTP sing 142 n n 
PA O5' GTP sing 143 n n 
O2A HOA2 GTP sing 144 n n 
O5' C5' GTP sing 145 n n 
C5' C4' GTP sing 146 n n 
C5' H5' GTP sing 147 n n 
C5' "H5''" GTP sing 148 n n 
C4' O4' GTP sing 149 n n 
C4' C3' GTP sing 150 n n 
C4' H4' GTP sing 151 n n 
O4' C1' GTP sing 152 n n 
C3' O3' GTP sing 153 n n 
C3' C2' GTP sing 154 n n 
C3' H3' GTP sing 155 n n 
O3' HO3' GTP sing 156 n n 
C2' O2' GTP sing 157 n n 
C2' C1' GTP sing 158 n n 
C2' H2' GTP sing 159 n n 
O2' HO2' GTP sing 160 n n 
C1' N9 GTP sing 161 n n 
C1' H1' GTP sing 162 n n 
N9 C8 GTP sing 163 n y 
N9 C4 GTP sing 164 n y 
C8 N7 GTP doub 165 n y 
C8 H8 GTP sing 166 n n 
N7 C5 GTP sing 167 n y 
C5 C6 GTP sing 168 n n 
C5 C4 GTP doub 169 n y 
C6 O6 GTP doub 170 n n 
C6 N1 GTP sing 171 n n 
N1 C2 GTP sing 172 n n 
N1 HN1 GTP sing 173 n n 
C2 N2 GTP sing 174 n n 
C2 N3 GTP doub 175 n n 
N2 HN21 GTP sing 176 n n 
N2 HN22 GTP sing 177 n n 
N3 C4 GTP sing 178 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7RFI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 2 GTP A 1 601 601 GTP GTP . 
J 2 GTP A 1 602 602 GTP GTP . 
K 3 IMP A 1 603 603 IMP IMP . 
L 4 NAD A 1 604 604 NAD NAD . 
M 2 GTP B 1 601 601 GTP GTP . 
N 2 GTP B 1 602 602 GTP GTP . 
O 3 IMP B 1 603 603 IMP IMP . 
P 4 NAD B 1 604 604 NAD NAD . 
Q 2 GTP C 1 601 601 GTP GTP . 
R 2 GTP C 1 602 602 GTP GTP . 
S 3 IMP C 1 603 603 IMP IMP . 
T 4 NAD C 1 604 604 NAD NAD . 
U 2 GTP D 1 601 601 GTP GTP . 
V 2 GTP D 1 602 602 GTP GTP . 
W 3 IMP D 1 603 603 IMP IMP . 
X 4 NAD D 1 604 604 NAD NAD . 
Y 2 GTP E 1 601 601 GTP GTP . 
Z 2 GTP E 1 602 602 GTP GTP . 
AA 3 IMP E 1 603 603 IMP IMP . 
BA 4 NAD E 1 604 604 NAD NAD . 
CA 2 GTP F 1 601 601 GTP GTP . 
DA 2 GTP F 1 602 602 GTP GTP . 
EA 3 IMP F 1 603 603 IMP IMP . 
FA 4 NAD F 1 604 604 NAD NAD . 
GA 2 GTP G 1 601 601 GTP GTP . 
HA 2 GTP G 1 602 602 GTP GTP . 
IA 3 IMP G 1 603 603 IMP IMP . 
JA 4 NAD G 1 604 604 NAD NAD . 
KA 2 GTP H 1 601 601 GTP GTP . 
LA 2 GTP H 1 602 602 GTP GTP . 
MA 3 IMP H 1 603 603 IMP IMP . 
NA 4 NAD H 1 604 604 NAD NAD . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . Q 2 220.317 194.89 214.074 1 84.66 ? PG GTP 601 C 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . Q 2 220.362 193.986 215.227 1 84.66 ? O1G GTP 601 C 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . Q 2 221.569 195.632 213.882 1 84.66 ? O2G GTP 601 C 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . Q 2 219.134 195.756 214.024 1 84.66 ? O3G GTP 601 C 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . Q 2 220.24 194.029 212.754 1 84.66 ? O3B GTP 601 C 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . Q 2 219.514 192.62 212.767 1 84.66 ? PB GTP 601 C 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . Q 2 218.171 192.72 213.389 1 84.66 ? O1B GTP 601 C 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . Q 2 220.477 191.592 213.232 1 84.66 ? O2B GTP 601 C 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . Q 2 219.304 192.482 211.206 1 84.66 ? O3A GTP 601 C 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . Q 2 219.072 191.029 210.632 1 84.66 ? PA GTP 601 C 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . Q 2 220.361 190.434 210.226 1 84.66 ? O1A GTP 601 C 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . Q 2 218.161 190.222 211.468 1 84.66 ? O2A GTP 601 C 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . Q 2 218.317 191.319 209.245 1 84.66 ? O5' GTP 601 C 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . Q 2 216.911 191.398 209.18 1 84.66 ? C5' GTP 601 C 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . Q 2 216.361 191.94 207.86 1 84.66 ? C4' GTP 601 C 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . Q 2 216.19 193.337 207.908 1 84.66 ? O4' GTP 601 C 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . Q 2 217.152 191.63 206.582 1 84.66 ? C3' GTP 601 C 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . Q 2 216.502 190.599 205.879 1 84.66 ? O3' GTP 601 C 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . Q 2 217.147 192.965 205.832 1 84.66 ? C2' GTP 601 C 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . Q 2 216.781 192.901 204.476 1 84.66 ? O2' GTP 601 C 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . Q 2 216.084 193.757 206.568 1 84.66 ? C1' GTP 601 C 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . Q 2 216.25 195.218 206.418 1 84.66 ? N9 GTP 601 C 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . Q 2 215.424 196.074 205.743 1 84.66 ? C8 GTP 601 C 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . Q 2 215.744 197.332 205.852 1 84.66 ? N7 GTP 601 C 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . Q 2 216.887 197.305 206.661 1 84.66 ? C5 GTP 601 C 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . Q 2 217.686 198.371 207.203 1 84.66 ? C6 GTP 601 C 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . Q 2 217.505 199.584 207.132 1 84.66 ? O6 GTP 601 C 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . Q 2 218.777 197.936 207.927 1 84.66 ? N1 GTP 601 C 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . Q 2 219.046 196.63 208.154 1 84.66 ? C2 GTP 601 C 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . Q 2 220.103 196.352 208.866 1 84.66 ? N2 GTP 601 C 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . Q 2 218.306 195.616 207.716 1 84.66 ? N3 GTP 601 C 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . Q 2 217.23 196.016 206.97 1 84.66 ? C4 GTP 601 C 1 
HETATM 33 H H5' GTP . . . Q 2 216.536 192.02 209.992 1 84.66 ? H5' GTP 601 C 1 
HETATM 34 H "H5''" GTP . . . Q 2 216.503 190.397 209.325 1 84.66 ? "H5''" GTP 601 C 1 
HETATM 35 H H4' GTP . . . Q 2 215.367 191.51 207.735 1 84.66 ? H4' GTP 601 C 1 
HETATM 36 H H3' GTP . . . Q 2 218.181 191.347 206.801 1 84.66 ? H3' GTP 601 C 1 
HETATM 37 H HO3' GTP . . . Q 2 216.622 190.727 204.935 1 84.66 ? HO3' GTP 601 C 1 
HETATM 38 H H2' GTP . . . Q 2 218.121 193.441 205.941 1 84.66 ? H2' GTP 601 C 1 
HETATM 39 H HO2' GTP . . . Q 2 217.42 192.365 204 1 84.66 ? HO2' GTP 601 C 1 
HETATM 40 H H1' GTP . . . Q 2 215.115 193.461 206.166 1 84.66 ? H1' GTP 601 C 1 
HETATM 41 H H8 GTP . . . Q 2 214.559 195.73 205.196 1 84.66 ? H8 GTP 601 C 1 
HETATM 42 H HN1 GTP . . . Q 2 219.371 198.637 208.345 1 84.66 ? HN1 GTP 601 C 1 
HETATM 43 H HN21 GTP . . . Q 2 220.292 195.38 209.063 1 84.66 ? HN21 GTP 601 C 1 
HETATM 44 H HN22 GTP . . . Q 2 220.697 197.081 209.233 1 84.66 ? HN22 GTP 601 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              20 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    64 
_model_server_stats.query_time_ms           297 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           44 
#