data_7RGA # _model_server_result.job_id oJMjPjomsWrnt2Ru5UBN5w _model_server_result.datetime_utc '2024-10-10 08:24:23' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7rga # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":302}' # _entry.id 7RGA # _exptl.entry_id 7RGA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 14 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 94.34 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7RGA _cell.length_a 173.2 _cell.length_b 143.969 _cell.length_c 181.814 _cell.Z_PDB 28 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7RGA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 U N N ? 3 V N N ? 3 X N N ? 3 Y N N ? 3 AA N N ? 3 BA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O ASN 27 A ASN 19 1_555 I NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 30 A ASP 22 1_555 I NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.002 ? metalc ? metalc3 A O ASP 32 A ASP 24 1_555 I NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? metalc ? metalc4 A O THR 35 A THR 27 1_555 I NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc5 A OG1 THR 35 A THR 27 1_555 I NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc6 A O SER 141 A SER 133 1_555 I NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 282 A ASP 274 1_555 J NA NA . A NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc8 A O GLY 292 A GLY 284 1_555 J NA NA . A NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc9 B O ASN 27 B ASN 19 1_555 L NA NA . B NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? metalc ? metalc10 B OD1 ASP 30 B ASP 22 1_555 L NA NA . B NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? metalc ? metalc11 B O ASP 32 B ASP 24 1_555 L NA NA . B NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc12 B O THR 35 B THR 27 1_555 L NA NA . B NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc13 B OG1 THR 35 B THR 27 1_555 L NA NA . B NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc14 B O SER 141 B SER 133 1_555 L NA NA . B NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc15 B O ARG 290 B ARG 282 1_555 M NA NA . B NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.141 ? metalc ? metalc16 B O PRO 293 B PRO 285 1_555 M NA NA . B NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? metalc ? metalc17 C O ASN 27 C ASN 19 1_555 O NA NA . C NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc18 C O ASP 32 C ASP 24 1_555 O NA NA . C NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc19 C O THR 35 C THR 27 1_555 O NA NA . C NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? metalc ? metalc20 C OG1 THR 35 C THR 27 1_555 O NA NA . C NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc21 C O SER 141 C SER 133 1_555 O NA NA . C NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc22 C OD1 ASP 281 C ASP 273 1_555 P NA NA . C NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 282 C ASP 274 1_555 P NA NA . C NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? metalc ? metalc24 C O GLY 292 C GLY 284 1_555 P NA NA . C NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? metalc ? metalc25 C OD1 ASP 294 C ASP 286 1_555 P NA NA . C NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.824 ? metalc ? metalc26 D O ASN 27 D ASN 19 1_555 R NA NA . D NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc27 D OD1 ASP 30 D ASP 22 1_555 R NA NA . D NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.852 ? metalc ? metalc28 D O ASP 32 D ASP 24 1_555 R NA NA . D NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc29 D O THR 35 D THR 27 1_555 R NA NA . D NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc30 D OG1 THR 35 D THR 27 1_555 R NA NA . D NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc31 D O SER 141 D SER 133 1_555 R NA NA . D NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc32 D OD2 ASP 282 D ASP 274 1_555 S NA NA . D NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.046 ? metalc ? metalc33 D O GLY 292 D GLY 284 1_555 S NA NA . D NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc34 E O ASN 27 E ASN 19 1_555 U NA NA . E NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc35 E OD1 ASP 30 E ASP 22 1_555 U NA NA . E NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc36 E O ASP 32 E ASP 24 1_555 U NA NA . E NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc37 E O THR 35 E THR 27 1_555 U NA NA . E NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.137 ? metalc ? metalc38 E OG1 THR 35 E THR 27 1_555 U NA NA . E NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc39 E O SER 141 E SER 133 1_555 U NA NA . E NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc40 E OD1 ASP 281 E ASP 273 1_555 V NA NA . E NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? metalc ? metalc41 E OD1 ASP 282 E ASP 274 1_555 V NA NA . E NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc42 E O GLY 292 E GLY 284 1_555 V NA NA . E NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc43 E OD1 ASP 294 E ASP 286 1_555 V NA NA . E NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? metalc ? metalc44 F O ASN 27 F ASN 19 1_555 X NA NA . F NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? metalc ? metalc45 F OD1 ASP 30 F ASP 22 1_555 X NA NA . F NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc46 F O ASP 32 F ASP 24 1_555 X NA NA . F NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? metalc ? metalc47 F O THR 35 F THR 27 1_555 X NA NA . F NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc48 F OG1 THR 35 F THR 27 1_555 X NA NA . F NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc49 F O SER 141 F SER 133 1_555 X NA NA . F NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.626 ? metalc ? metalc50 F OD1 ASP 282 F ASP 274 1_555 Y NA NA . F NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? metalc ? metalc51 F O GLY 292 F GLY 284 1_555 Y NA NA . F NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.971 ? metalc ? metalc52 G O ASN 27 G ASN 19 1_555 AA NA NA . G NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc53 G OD1 ASP 30 G ASP 22 1_555 AA NA NA . G NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? metalc ? metalc54 G O ASP 32 G ASP 24 1_555 AA NA NA . G NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? metalc ? metalc55 G O THR 35 G THR 27 1_555 AA NA NA . G NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? metalc ? metalc56 G OG1 THR 35 G THR 27 1_555 AA NA NA . G NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? metalc ? metalc57 G O SER 141 G SER 133 1_555 AA NA NA . G NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.718 ? metalc ? metalc58 G OD1 ASP 282 G ASP 274 1_555 BA NA NA . G NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.839 ? metalc ? metalc59 G O GLY 292 G GLY 284 1_555 BA NA NA . G NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? metalc ? metalc60 G OD2 ASP 294 G ASP 286 1_555 BA NA NA . G NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.952 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7RGA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005774 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000438 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006946 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005516 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 2 MTX A 1 301 1 MTX MTX . I 3 NA A 1 302 1 NA NA . J 3 NA A 1 303 8 NA NA . K 2 MTX B 1 301 2 MTX MTX . L 3 NA B 1 302 2 NA NA . M 3 NA B 1 303 9 NA NA . N 2 MTX C 1 301 3 MTX MTX . O 3 NA C 1 302 3 NA NA . P 3 NA C 1 303 10 NA NA . Q 2 MTX D 1 301 4 MTX MTX . R 3 NA D 1 302 4 NA NA . S 3 NA D 1 303 11 NA NA . T 2 MTX E 1 301 5 MTX MTX . U 3 NA E 1 302 5 NA NA . V 3 NA E 1 303 12 NA NA . W 2 MTX F 1 301 6 MTX MTX . X 3 NA F 1 302 6 NA NA . Y 3 NA F 1 303 13 NA NA . Z 2 MTX G 1 301 7 MTX MTX . AA 3 NA G 1 302 7 NA NA . BA 3 NA G 1 303 14 NA NA . CA 4 HOH A 1 401 2 HOH HOH . CA 4 HOH A 2 402 1 HOH HOH . CA 4 HOH A 3 403 3 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id O _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 64.286 _atom_site.Cartn_y 23.778 _atom_site.Cartn_z 11.434 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 63.88 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 302 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 35 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 262 _model_server_stats.encode_time_ms 13 _model_server_stats.element_count 1 #