data_7RGD
#
_model_server_result.job_id            eLFjJbyxSILegSO00nXzNg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 12:43:47' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7rgd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    7RGD 
#
_exptl.entry_id    7RGD 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    16 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7RGD 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7RGD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      8 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 X N N 
? 2 Y N N 
? 2 CA N N 
? 2 DA N N 
? 2 HA N N 
? 2 IA N N 
? 2 MA N N 
? 2 NA N N 
? 2 RA N N 
? 2 SA N N 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 178 n n 
PG O2G GTP sing 179 n n 
PG O3G GTP sing 180 n n 
PG O3B GTP sing 181 n n 
O2G HOG2 GTP sing 182 n n 
O3G HOG3 GTP sing 183 n n 
O3B PB GTP sing 184 n n 
PB O1B GTP doub 185 n n 
PB O2B GTP sing 186 n n 
PB O3A GTP sing 187 n n 
O2B HOB2 GTP sing 188 n n 
O3A PA GTP sing 189 n n 
PA O1A GTP doub 190 n n 
PA O2A GTP sing 191 n n 
PA O5' GTP sing 192 n n 
O2A HOA2 GTP sing 193 n n 
O5' C5' GTP sing 194 n n 
C5' C4' GTP sing 195 n n 
C5' H5' GTP sing 196 n n 
C5' "H5''" GTP sing 197 n n 
C4' O4' GTP sing 198 n n 
C4' C3' GTP sing 199 n n 
C4' H4' GTP sing 200 n n 
O4' C1' GTP sing 201 n n 
C3' O3' GTP sing 202 n n 
C3' C2' GTP sing 203 n n 
C3' H3' GTP sing 204 n n 
O3' HO3' GTP sing 205 n n 
C2' O2' GTP sing 206 n n 
C2' C1' GTP sing 207 n n 
C2' H2' GTP sing 208 n n 
O2' HO2' GTP sing 209 n n 
C1' N9 GTP sing 210 n n 
C1' H1' GTP sing 211 n n 
N9 C8 GTP sing 212 n y 
N9 C4 GTP sing 213 n y 
C8 N7 GTP doub 214 n y 
C8 H8 GTP sing 215 n n 
N7 C5 GTP sing 216 n y 
C5 C6 GTP sing 217 n n 
C5 C4 GTP doub 218 n y 
C6 O6 GTP doub 219 n n 
C6 N1 GTP sing 220 n n 
N1 C2 GTP sing 221 n n 
N1 HN1 GTP sing 222 n n 
C2 N2 GTP sing 223 n n 
C2 N3 GTP doub 224 n n 
N2 HN21 GTP sing 225 n n 
N2 HN22 GTP sing 226 n n 
N3 C4 GTP sing 227 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7RGD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 2 GTP A 1 601 601 GTP GTP . 
J 2 GTP A 1 602 602 GTP GTP . 
K 3 ATP A 1 603 603 ATP ATP . 
L 4 IMP A 1 604 604 IMP IMP . 
M 5 NAD A 1 605 605 NAD NAD . 
N 2 GTP B 1 601 601 GTP GTP . 
O 2 GTP B 1 602 602 GTP GTP . 
P 3 ATP B 1 603 603 ATP ATP . 
Q 4 IMP B 1 604 604 IMP IMP . 
R 5 NAD B 1 605 605 NAD NAD . 
S 2 GTP C 1 601 601 GTP GTP . 
T 2 GTP C 1 602 602 GTP GTP . 
U 3 ATP C 1 603 603 ATP ATP . 
V 4 IMP C 1 604 604 IMP IMP . 
W 5 NAD C 1 605 605 NAD NAD . 
X 2 GTP D 1 601 601 GTP GTP . 
Y 2 GTP D 1 602 602 GTP GTP . 
Z 3 ATP D 1 603 603 ATP ATP . 
AA 4 IMP D 1 604 604 IMP IMP . 
BA 5 NAD D 1 605 605 NAD NAD . 
CA 2 GTP E 1 601 601 GTP GTP . 
DA 2 GTP E 1 602 602 GTP GTP . 
EA 3 ATP E 1 603 603 ATP ATP . 
FA 4 IMP E 1 604 604 IMP IMP . 
GA 5 NAD E 1 605 605 NAD NAD . 
HA 2 GTP F 1 601 601 GTP GTP . 
IA 2 GTP F 1 602 602 GTP GTP . 
JA 3 ATP F 1 603 603 ATP ATP . 
KA 4 IMP F 1 604 604 IMP IMP . 
LA 5 NAD F 1 605 605 NAD NAD . 
MA 2 GTP G 1 601 601 GTP GTP . 
NA 2 GTP G 1 602 602 GTP GTP . 
OA 3 ATP G 1 603 603 ATP ATP . 
PA 4 IMP G 1 604 604 IMP IMP . 
QA 5 NAD G 1 605 605 NAD NAD . 
RA 2 GTP H 1 601 601 GTP GTP . 
SA 2 GTP H 1 602 602 GTP GTP . 
TA 3 ATP H 1 603 603 ATP ATP . 
UA 4 IMP H 1 604 604 IMP IMP . 
VA 5 NAD H 1 605 605 NAD NAD . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . I 2 116.301 163.408 166.31 1 61.26 ? PG GTP 601 A 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . I 2 116.3 162.762 167.626 1 61.26 ? O1G GTP 601 A 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . I 2 117.642 163.422 165.71 1 61.26 ? O2G GTP 601 A 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . I 2 115.682 164.736 166.298 1 61.26 ? O3G GTP 601 A 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . I 2 115.512 162.434 165.349 1 61.26 ? O3B GTP 601 A 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . I 2 113.934 162.591 165.244 1 61.26 ? PB GTP 601 A 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . I 2 113.659 163.694 164.281 1 61.26 ? O1B GTP 601 A 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . I 2 113.305 162.683 166.58 1 61.26 ? O2B GTP 601 A 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . I 2 113.212 161.382 164.52 1 61.26 ? O3A GTP 601 A 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . I 2 113.643 159.884 164.791 1 61.26 ? PA GTP 601 A 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . I 2 114.441 159.639 166.017 1 61.26 ? O1A GTP 601 A 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . I 2 112.369 159.129 164.653 1 61.26 ? O2A GTP 601 A 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . I 2 114.473 159.549 163.449 1 61.26 ? O5' GTP 601 A 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . I 2 115.634 160.26 163.068 1 61.26 ? C5' GTP 601 A 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . I 2 116.206 159.907 161.679 1 61.26 ? C4' GTP 601 A 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . I 2 116.285 158.512 161.449 1 61.26 ? O4' GTP 601 A 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . I 2 115.482 160.545 160.485 1 61.26 ? C3' GTP 601 A 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . I 2 116.388 161.357 159.748 1 61.26 ? O3' GTP 601 A 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . I 2 115.03 159.351 159.642 1 61.26 ? C2' GTP 601 A 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . I 2 115.199 159.485 158.246 1 61.26 ? O2' GTP 601 A 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . I 2 115.966 158.245 160.095 1 61.26 ? C1' GTP 601 A 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . I 2 115.334 156.915 159.931 1 61.26 ? N9 GTP 601 A 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . I 2 115.721 155.888 159.115 1 61.26 ? C8 GTP 601 A 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . I 2 115.032 154.789 159.272 1 61.26 ? N7 GTP 601 A 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . I 2 114.092 155.131 160.255 1 61.26 ? C5 GTP 601 A 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . I 2 113.05 154.374 160.898 1 61.26 ? C6 GTP 601 A 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . I 2 112.748 153.193 160.773 1 61.26 ? O6 GTP 601 A 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . I 2 112.282 155.107 161.778 1 61.26 ? N1 GTP 601 A 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . I 2 112.519 156.402 162.065 1 61.26 ? C2 GTP 601 A 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . I 2 111.796 156.953 162.997 1 61.26 ? N2 GTP 601 A 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . I 2 113.473 157.126 161.513 1 61.26 ? N3 GTP 601 A 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . I 2 114.237 156.438 160.615 1 61.26 ? C4 GTP 601 A 1 
HETATM 33 H H5' GTP . . . I 2 116.404 160.083 163.818 1 61.26 ? H5' GTP 601 A 1 
HETATM 34 H "H5''" GTP . . . I 2 115.406 161.326 163.056 1 61.26 ? "H5''" GTP 601 A 1 
HETATM 35 H H4' GTP . . . I 2 117.228 160.286 161.673 1 61.26 ? H4' GTP 601 A 1 
HETATM 36 H H3' GTP . . . I 2 114.617 161.121 160.813 1 61.26 ? H3' GTP 601 A 1 
HETATM 37 H HO3' GTP . . . I 2 116.124 161.28 158.829 1 61.26 ? HO3' GTP 601 A 1 
HETATM 38 H H2' GTP . . . I 2 113.996 159.113 159.89 1 61.26 ? H2' GTP 601 A 1 
HETATM 39 H HO2' GTP . . . I 2 114.688 160.216 157.889 1 61.26 ? HO2' GTP 601 A 1 
HETATM 40 H H1' GTP . . . I 2 116.873 158.302 159.494 1 61.26 ? H1' GTP 601 A 1 
HETATM 41 H H8 GTP . . . I 2 116.55 155.979 158.429 1 61.26 ? H8 GTP 601 A 1 
HETATM 42 H HN1 GTP . . . I 2 111.539 154.624 162.264 1 61.26 ? HN1 GTP 601 A 1 
HETATM 43 H HN21 GTP . . . I 2 111.059 156.442 163.461 1 61.26 ? HN21 GTP 601 A 1 
HETATM 44 H HN22 GTP . . . I 2 112.153 157.812 163.39 1 61.26 ? HN22 GTP 601 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              25 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    80 
_model_server_stats.query_time_ms           370 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           44 
#