data_7RLJ
#
_model_server_result.job_id            FzImMgAMcnqqfvOzVcK8lg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 17:36:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7rlj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":803}' 
#
_entry.id    7RLJ 
#
_exptl.entry_id    7RLJ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              413.472 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1-[4-(benzylamino)-7,8-dihydro-5H-pyrano[4,3-d]pyrimidin-2-yl]-2-methyl-1H-indole-4-carboxamide 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7RLJ 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7RLJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dodecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      12 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 O N N 
? 4 R N N 
? 4 U N N 
? 4 X N N 
? 4 AA N N 
? 4 DA N N 
? 4 GA N N 
? 4 JA N N 
? 4 MA N N 
? 4 PA N N 
? 4 SA N N 
? 4 VA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 232 A THR 252 1_555 N MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc2 M O3G AGS . A AGS 801 1_555 N MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc3 M O1B AGS . A AGS 801 1_555 N MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.936 ? 
metalc ? metalc4 M O2A AGS . A AGS 801 1_555 N MG MG . A MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc5 B OG1 THR 232 B THR 252 1_555 Q MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc6 P O3G AGS . B AGS 801 1_555 Q MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc7 P O1B AGS . B AGS 801 1_555 Q MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.933 ? 
metalc ? metalc8 P O2A AGS . B AGS 801 1_555 Q MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc9 C OG1 THR 232 C THR 252 1_555 T MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc10 S O3G AGS . C AGS 801 1_555 T MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc11 S O1B AGS . C AGS 801 1_555 T MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
metalc ? metalc12 S O2A AGS . C AGS 801 1_555 T MG MG . C MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc13 D OG1 THR 232 D THR 252 1_555 W MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc14 V O3G AGS . D AGS 801 1_555 W MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc15 V O1B AGS . D AGS 801 1_555 W MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? 
metalc ? metalc16 V O2A AGS . D AGS 801 1_555 W MG MG . D MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc17 E OG1 THR 232 E THR 252 1_555 Z MG MG . E MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc18 Y O3G AGS . E AGS 801 1_555 Z MG MG . E MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc19 Y O1B AGS . E AGS 801 1_555 Z MG MG . E MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? 
metalc ? metalc20 Y O2A AGS . E AGS 801 1_555 Z MG MG . E MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc21 F OG1 THR 232 F THR 252 1_555 CA MG MG . F MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc22 BA O3G AGS . F AGS 801 1_555 CA MG MG . F MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc23 BA O1B AGS . F AGS 801 1_555 CA MG MG . F MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
metalc ? metalc24 BA O2A AGS . F AGS 801 1_555 CA MG MG . F MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc25 G OG1 THR 232 L THR 252 1_555 FA MG MG . L MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc26 EA O3G AGS . L AGS 801 1_555 FA MG MG . L MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc27 EA O1B AGS . L AGS 801 1_555 FA MG MG . L MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
metalc ? metalc28 EA O2A AGS . L AGS 801 1_555 FA MG MG . L MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc29 H OG1 THR 232 G THR 252 1_555 IA MG MG . G MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc30 HA O3G AGS . G AGS 801 1_555 IA MG MG . G MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc31 HA O1B AGS . G AGS 801 1_555 IA MG MG . G MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? 
metalc ? metalc32 HA O2A AGS . G AGS 801 1_555 IA MG MG . G MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc33 I OG1 THR 232 H THR 252 1_555 LA MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc34 KA O3G AGS . H AGS 801 1_555 LA MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc35 KA O1B AGS . H AGS 801 1_555 LA MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? 
metalc ? metalc36 KA O2A AGS . H AGS 801 1_555 LA MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc37 J OG1 THR 232 I THR 252 1_555 OA MG MG . I MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc38 NA O3G AGS . I AGS 801 1_555 OA MG MG . I MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc39 NA O1B AGS . I AGS 801 1_555 OA MG MG . I MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
metalc ? metalc40 NA O2A AGS . I AGS 801 1_555 OA MG MG . I MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc41 K OG1 THR 232 J THR 252 1_555 RA MG MG . J MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc42 QA O3G AGS . J AGS 801 1_555 RA MG MG . J MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc43 QA O1B AGS . J AGS 801 1_555 RA MG MG . J MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? 
metalc ? metalc44 QA O2A AGS . J AGS 801 1_555 RA MG MG . J MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc45 L OG1 THR 232 K THR 252 1_555 UA MG MG . K MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc46 TA O3G AGS . K AGS 801 1_555 UA MG MG . K MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc47 TA O1B AGS . K AGS 801 1_555 UA MG MG . K MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
metalc ? metalc48 TA O2A AGS . K AGS 801 1_555 UA MG MG . K MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? 
#
_chem_comp.formula           'C24 H23 N5 O2' 
_chem_comp.formula_weight    413.472 
_chem_comp.id                JDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1-[4-(benzylamino)-7,8-dihydro-5H-pyrano[4,3-d]pyrimidin-2-yl]-2-methyl-1H-indole-4-carboxamide 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O01 C02 JDP doub 220 n n 
N31 C02 JDP sing 221 n n 
C02 C03 JDP sing 222 n n 
C09 C08 JDP sing 223 n y 
C09 C10 JDP doub 224 n y 
C03 C08 JDP doub 225 n y 
C03 C04 JDP sing 226 n y 
C08 C07 JDP sing 227 n y 
C11 C10 JDP sing 228 n n 
C04 C05 JDP doub 229 n y 
C10 N12 JDP sing 230 n y 
C07 N12 JDP sing 231 n y 
C07 C06 JDP doub 232 n y 
N12 C13 JDP sing 233 n n 
C05 C06 JDP sing 234 n y 
C13 N30 JDP doub 235 n y 
C13 N14 JDP sing 236 n y 
N30 C29 JDP sing 237 n y 
N14 C15 JDP doub 238 n y 
C29 C28 JDP sing 239 n n 
C29 C24 JDP doub 240 n y 
C28 C27 JDP sing 241 n n 
C15 C24 JDP sing 242 n y 
C15 N16 JDP sing 243 n n 
C22 C21 JDP doub 244 n y 
C22 C23 JDP sing 245 n y 
C24 C25 JDP sing 246 n n 
C21 C20 JDP sing 247 n y 
C23 C18 JDP doub 248 n y 
N16 C17 JDP sing 249 n n 
C27 O26 JDP sing 250 n n 
C20 C19 JDP doub 251 n y 
C18 C19 JDP sing 252 n y 
C18 C17 JDP sing 253 n n 
C25 O26 JDP sing 254 n n 
C22 H1 JDP sing 255 n n 
C21 H2 JDP sing 256 n n 
C04 H3 JDP sing 257 n n 
C05 H4 JDP sing 258 n n 
C06 H5 JDP sing 259 n n 
C09 H6 JDP sing 260 n n 
C11 H7 JDP sing 261 n n 
C11 H8 JDP sing 262 n n 
C11 H9 JDP sing 263 n n 
N16 H10 JDP sing 264 n n 
C17 H11 JDP sing 265 n n 
C17 H12 JDP sing 266 n n 
C19 H13 JDP sing 267 n n 
C20 H14 JDP sing 268 n n 
C23 H15 JDP sing 269 n n 
C25 H16 JDP sing 270 n n 
C25 H17 JDP sing 271 n n 
C27 H18 JDP sing 272 n n 
C27 H19 JDP sing 273 n n 
C28 H20 JDP sing 274 n n 
C28 H21 JDP sing 275 n n 
N31 H22 JDP sing 276 n n 
N31 H23 JDP sing 277 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7RLJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 2 AGS A 1 801 902 AGS AGS . 
N 3 MG A 1 802 904 MG MG . 
O 4 JDP A 1 803 900 JDP JDP . 
P 2 AGS B 1 801 902 AGS AGS . 
Q 3 MG B 1 802 904 MG MG . 
R 4 JDP B 1 803 900 JDP JDP . 
S 2 AGS C 1 801 902 AGS AGS . 
T 3 MG C 1 802 904 MG MG . 
U 4 JDP C 1 803 900 JDP JDP . 
V 2 AGS D 1 801 902 AGS AGS . 
W 3 MG D 1 802 904 MG MG . 
X 4 JDP D 1 803 900 JDP JDP . 
Y 2 AGS E 1 801 902 AGS AGS . 
Z 3 MG E 1 802 904 MG MG . 
AA 4 JDP E 1 803 900 JDP JDP . 
BA 2 AGS F 1 801 902 AGS AGS . 
CA 3 MG F 1 802 904 MG MG . 
DA 4 JDP F 1 803 900 JDP JDP . 
EA 2 AGS L 1 801 902 AGS AGS . 
FA 3 MG L 1 802 904 MG MG . 
GA 4 JDP L 1 803 900 JDP JDP . 
HA 2 AGS G 1 801 902 AGS AGS . 
IA 3 MG G 1 802 904 MG MG . 
JA 4 JDP G 1 803 900 JDP JDP . 
KA 2 AGS H 1 801 902 AGS AGS . 
LA 3 MG H 1 802 904 MG MG . 
MA 4 JDP H 1 803 900 JDP JDP . 
NA 2 AGS I 1 801 902 AGS AGS . 
OA 3 MG I 1 802 904 MG MG . 
PA 4 JDP I 1 803 900 JDP JDP . 
QA 2 AGS J 1 801 902 AGS AGS . 
RA 3 MG J 1 802 904 MG MG . 
SA 4 JDP J 1 803 900 JDP JDP . 
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