data_7RPV
#
_model_server_result.job_id            GuebMOjCt70VZsbTf5vnPQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-01 16:25:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7rpv 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":1007}' 
#
_entry.id    7RPV 
#
_exptl.entry_id    7RPV 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              65.409 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ZINC ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          92.51 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7RPV 
_cell.length_a            132.666 
_cell.length_b            136.307 
_cell.length_c            132.673 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7RPV 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
? dimeric 2 author_defined_assembly 3 
? dimeric 2 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,I,J,K,L,M,N,O 1 1 
C,D,P,Q,R,S,T,U,V 2 1 
E,F,W,X,Y,Z,AA,BA,CA 3 1 
G,H,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 O N N 
? 4 V N N 
? 4 CA N N 
? 4 JA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 115 A CYS 133 1_555 A SG CYS 123 A CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 326 A CYS 344 1_555 A SG CYS 343 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 512 A CYS 530 1_555 A SG CYS 524 A CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 17 E CYS 336 1_555 B SG CYS 42 E CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 60 E CYS 379 1_555 B SG CYS 113 E CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 72 E CYS 391 1_555 B SG CYS 206 E CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf7 B SG CYS 161 E CYS 480 1_555 B SG CYS 169 E CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf8 C SG CYS 115 B CYS 133 1_555 C SG CYS 123 B CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf9 C SG CYS 326 B CYS 344 1_555 C SG CYS 343 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf10 D SG CYS 17 F CYS 336 1_555 D SG CYS 42 F CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf11 D SG CYS 60 F CYS 379 1_555 D SG CYS 113 F CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf12 D SG CYS 72 F CYS 391 1_555 D SG CYS 206 F CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf13 D SG CYS 161 F CYS 480 1_555 D SG CYS 169 F CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf14 E SG CYS 115 C CYS 133 1_555 E SG CYS 123 C CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf15 E SG CYS 326 C CYS 344 1_555 E SG CYS 343 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf16 E SG CYS 512 C CYS 530 1_555 E SG CYS 524 C CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
disulf ? disulf17 F SG CYS 17 G CYS 336 1_555 F SG CYS 42 G CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf18 F SG CYS 60 G CYS 379 1_555 F SG CYS 113 G CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf19 F SG CYS 72 G CYS 391 1_555 F SG CYS 206 G CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf20 F SG CYS 161 G CYS 480 1_555 F SG CYS 169 G CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf21 G SG CYS 115 D CYS 133 1_555 G SG CYS 123 D CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf22 G SG CYS 326 D CYS 344 1_555 G SG CYS 343 D CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf23 G SG CYS 512 D CYS 530 1_555 G SG CYS 524 D CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
disulf ? disulf24 H SG CYS 17 H CYS 336 1_555 H SG CYS 42 H CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
disulf ? disulf25 H SG CYS 60 H CYS 379 1_555 H SG CYS 113 H CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf26 H SG CYS 72 H CYS 391 1_555 H SG CYS 206 H CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
disulf ? disulf27 H SG CYS 161 H CYS 480 1_555 H SG CYS 169 H CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
covale ? covale1 A ND2 ASN 35 A ASN 53 1_555 I C1 NAG . A NAG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.483 ? 
covale ? covale2 A ND2 ASN 72 A ASN 90 1_555 J C1 NAG . A NAG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? 
covale ? covale3 A ND2 ASN 85 A ASN 103 1_555 K C1 NAG . A NAG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.585 ? 
covale ? covale4 A ND2 ASN 304 A ASN 322 1_555 L C1 NAG . A NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? 
covale ? covale5 A ND2 ASN 414 A ASN 432 1_555 M C1 NAG . A NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? 
covale ? covale6 A ND2 ASN 528 A ASN 546 1_555 N C1 NAG . A NAG 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? 
covale ? covale7 C ND2 ASN 35 B ASN 53 1_555 P C1 NAG . B NAG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? 
covale ? covale8 C ND2 ASN 72 B ASN 90 1_555 Q C1 NAG . B NAG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? 
covale ? covale9 C ND2 ASN 85 B ASN 103 1_555 R C1 NAG . B NAG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? 
covale ? covale10 C ND2 ASN 304 B ASN 322 1_555 S C1 NAG . B NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? 
covale ? covale11 C ND2 ASN 414 B ASN 432 1_555 T C1 NAG . B NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.49 ? 
covale ? covale12 C ND2 ASN 528 B ASN 546 1_555 U C1 NAG . B NAG 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? 
covale ? covale13 E ND2 ASN 35 C ASN 53 1_555 W C1 NAG . C NAG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? 
covale ? covale14 E ND2 ASN 72 C ASN 90 1_555 X C1 NAG . C NAG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? 
covale ? covale15 E ND2 ASN 85 C ASN 103 1_555 Y C1 NAG . C NAG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? 
covale ? covale16 E ND2 ASN 304 C ASN 322 1_555 Z C1 NAG . C NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? 
covale ? covale17 E ND2 ASN 414 C ASN 432 1_555 AA C1 NAG . C NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? 
covale ? covale18 E ND2 ASN 528 C ASN 546 1_555 BA C1 NAG . C NAG 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? 
covale ? covale19 G ND2 ASN 35 D ASN 53 1_555 DA C1 NAG . D NAG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? 
covale ? covale20 G ND2 ASN 72 D ASN 90 1_555 EA C1 NAG . D NAG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? 
covale ? covale21 G ND2 ASN 85 D ASN 103 1_555 FA C1 NAG . D NAG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.581 ? 
covale ? covale22 G ND2 ASN 304 D ASN 322 1_555 GA C1 NAG . D NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? 
covale ? covale23 G ND2 ASN 414 D ASN 432 1_555 HA C1 NAG . D NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? 
covale ? covale24 G ND2 ASN 528 D ASN 546 1_555 IA C1 NAG . D NAG 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? 
metalc ? metalc1 A OH TYR 497 A TYR 515 1_555 O ZN ZN . A ZN 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? 
metalc ? metalc2 C OH TYR 497 B TYR 515 1_555 V ZN ZN . B ZN 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
#
_chem_comp.formula           'Zn 2' 
_chem_comp.formula_weight    65.409 
_chem_comp.id                ZN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'ZINC ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7RPV 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007538 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00033 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007336 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007545 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 3 NAG A 1 1001 1001 NAG NAG . 
J 3 NAG A 1 1002 1002 NAG NAG . 
K 3 NAG A 1 1003 1003 NAG NAG . 
L 3 NAG A 1 1004 1004 NAG NAG . 
M 3 NAG A 1 1005 1005 NAG NAG . 
N 3 NAG A 1 1006 1006 NAG NAG . 
O 4 ZN A 1 1007 2001 ZN ZN . 
P 3 NAG B 1 1001 1001 NAG NAG . 
Q 3 NAG B 1 1002 1002 NAG NAG . 
R 3 NAG B 1 1003 1003 NAG NAG . 
S 3 NAG B 1 1004 1004 NAG NAG . 
T 3 NAG B 1 1005 1005 NAG NAG . 
U 3 NAG B 1 1006 1006 NAG NAG . 
V 4 ZN B 1 1007 2001 ZN ZN . 
W 3 NAG C 1 1001 1001 NAG NAG . 
X 3 NAG C 1 1002 1002 NAG NAG . 
Y 3 NAG C 1 1003 1003 NAG NAG . 
Z 3 NAG C 1 1004 1004 NAG NAG . 
AA 3 NAG C 1 1005 1005 NAG NAG . 
BA 3 NAG C 1 1006 1006 NAG NAG . 
CA 4 ZN C 1 1007 2001 ZN ZN . 
DA 3 NAG D 1 1001 1001 NAG NAG . 
EA 3 NAG D 1 1002 1002 NAG NAG . 
FA 3 NAG D 1 1003 1003 NAG NAG . 
GA 3 NAG D 1 1004 1004 NAG NAG . 
HA 3 NAG D 1 1005 1005 NAG NAG . 
IA 3 NAG D 1 1006 1006 NAG NAG . 
JA 4 ZN D 1 1007 2001 ZN ZN . 
KA 5 HOH D 1 1101 3 HOH HOH . 
KA 5 HOH D 2 1102 1 HOH HOH . 
KA 5 HOH D 3 1103 2 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           ZN 
_atom_site.label_atom_id         ZN 
_atom_site.label_comp_id         ZN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         V 
_atom_site.label_entity_id       4 
_atom_site.Cartn_x               67.533 
_atom_site.Cartn_y               19.966 
_atom_site.Cartn_z               35.569 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        103.23 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          ZN 
_atom_site.auth_comp_id          ZN 
_atom_site.auth_seq_id           1007 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              14 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    28 
_model_server_stats.query_time_ms           245 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#