data_7S2Y
#
_model_server_result.job_id            qYZDLYRYrzd8OsQNjC0ZOA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-01 09:10:01' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7s2y 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":704}' 
#
_entry.id    7S2Y 
#
_exptl.entry_id    7S2Y 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              492.166 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            4-amino-1-{2-cyano-2-deoxy-5-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            7S2Y 
_cell.length_a            85.84 
_cell.length_b            146.167 
_cell.length_c            99.587 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7S2Y 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 J N N 
? 2 P N N 
? 2 W N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 233 A ASP 309 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? 
metalc ? metalc2 E O1B 85T . A 85T 701 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? 
metalc ? metalc3 E O3G 85T . A 85T 701 1_555 H MG MG . A MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc4 F O1G DTP . A DTP 702 1_555 M MG MG . B MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.917 ? 
metalc ? metalc5 F O1B DTP . A DTP 702 1_555 M MG MG . B MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 703 1_555 K O1B DTP . B DTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc7 G MG MG . A MG 703 1_555 K O1G DTP . B DTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.746 ? 
metalc ? metalc8 G MG MG . A MG 703 1_555 V O2A GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc9 G MG MG . A MG 703 1_555 V O1G GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? 
metalc ? metalc10 G MG MG . A MG 703 1_555 V O3B GTP . D GTP 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 704 1_555 Y O HOH . A HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 704 1_555 Y O HOH . A HOH 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc13 B OG SER 226 B SER 302 1_555 L MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? 
metalc ? metalc14 I O2G GTP . B GTP 701 1_555 Q MG MG . C MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
metalc ? metalc15 I O3B GTP . B GTP 701 1_555 Q MG MG . C MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.66 ? 
metalc ? metalc16 I O2A GTP . B GTP 701 1_555 Q MG MG . C MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc17 J O1B 85T . B 85T 702 1_555 L MG MG . B MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? 
metalc ? metalc18 L MG MG . B MG 704 1_555 Z O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc19 L MG MG . B MG 704 1_555 Z O HOH . B HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.788 ? 
metalc ? metalc20 L MG MG . B MG 704 1_555 Z O HOH . B HOH 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? 
metalc ? metalc21 M MG MG . B MG 705 1_555 O O3B GTP . C GTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc22 M MG MG . B MG 705 1_555 O O1B GTP . C GTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? 
metalc ? metalc23 M MG MG . B MG 705 1_555 O O2A GTP . C GTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc24 N O1G DTP . C DTP 701 1_555 R MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.857 ? 
metalc ? metalc25 N O1B DTP . C DTP 701 1_555 R MG MG . C MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc26 P O1B 85T . C 85T 703 1_555 S MG MG . C MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc27 P O2G 85T . C 85T 703 1_555 S MG MG . C MG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? 
metalc ? metalc28 Q MG MG . C MG 704 1_555 U O1B DTP . D DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc29 Q MG MG . C MG 704 1_555 U O1G DTP . D DTP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc30 R MG MG . C MG 705 1_555 AA O HOH . C HOH 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc31 R MG MG . C MG 705 1_555 T O3B GTP . D GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.911 ? 
metalc ? metalc32 R MG MG . C MG 705 1_555 T O1B GTP . D GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? 
metalc ? metalc33 R MG MG . C MG 705 1_555 T O2A GTP . D GTP 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc34 S MG MG . C MG 706 1_555 AA O HOH . C HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc35 W O2B 85T . D 85T 704 1_555 X MG MG . D MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc36 W O3G 85T . D 85T 704 1_555 X MG MG . D MG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc37 X MG MG . D MG 705 1_555 BA O HOH . D HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.988 ? 
metalc ? metalc38 X MG MG . D MG 705 1_555 BA O HOH . D HOH 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N4 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    492.166 
_chem_comp.id                85T 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              4-amino-1-{2-cyano-2-deoxy-5-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-arabinofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A 85T doub 1 n n 
PA O2A 85T sing 2 n n 
PA O5' 85T sing 3 n n 
PA O3A 85T sing 4 n n 
O3B PB 85T sing 5 n n 
O3B PG 85T sing 6 n n 
O2B PB 85T doub 7 n n 
N01 C02 85T trip 8 n n 
C02 C2' 85T sing 9 n n 
C2' C3' 85T sing 10 n n 
C2' C1' 85T sing 11 n n 
C3' O3' 85T sing 12 n n 
C3' C4' 85T sing 13 n n 
C4' C5' 85T sing 14 n n 
C5' O5' 85T sing 15 n n 
O3A PB 85T sing 16 n n 
PB O1B 85T sing 17 n n 
PG O1G 85T doub 18 n n 
PG O2G 85T sing 19 n n 
PG O3G 85T sing 20 n n 
O4' C1' 85T sing 21 n n 
C1' N1 85T sing 22 n n 
N1 C6 85T sing 23 n n 
N1 C2 85T sing 24 n n 
C6 C5 85T doub 25 n n 
C5 C4 85T sing 26 n n 
C4 N4 85T sing 27 n n 
C4 N3 85T doub 28 n n 
N3 C2 85T sing 29 n n 
C2 O2 85T doub 30 n n 
O2A H1 85T sing 31 n n 
C2' H2 85T sing 32 n n 
C3' H3 85T sing 33 n n 
O3' H4 85T sing 34 n n 
C4' H5 85T sing 35 n n 
C5' H7 85T sing 36 n n 
C5' H8 85T sing 37 n n 
O1B H9 85T sing 38 n n 
O2G H10 85T sing 39 n n 
O3G H11 85T sing 40 n n 
C1' H13 85T sing 41 n n 
C6 H14 85T sing 42 n n 
C5 H15 85T sing 43 n n 
N4 H16 85T sing 44 n n 
N4 H17 85T sing 45 n n 
C4' O4' 85T sing 46 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7S2Y 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.01165 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005253 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006841 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011015 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 85T A 1 701 703 85T NAC . 
F 3 DTP A 1 702 701 DTP DTP . 
G 4 MG A 1 703 4 MG MG . 
H 4 MG A 1 704 8 MG MG . 
I 5 GTP B 1 701 702 GTP GTP . 
J 2 85T B 1 702 703 85T NAC . 
K 3 DTP B 1 703 701 DTP DTP . 
L 4 MG B 1 704 2 MG MG . 
M 4 MG B 1 705 5 MG MG . 
N 3 DTP C 1 701 701 DTP DTP . 
O 5 GTP C 1 702 702 GTP GTP . 
P 2 85T C 1 703 703 85T NAC . 
Q 4 MG C 1 704 1 MG MG . 
R 4 MG C 1 705 3 MG MG . 
S 4 MG C 1 706 7 MG MG . 
T 5 GTP D 1 701 702 GTP GTP . 
U 3 DTP D 1 702 701 DTP DTP . 
V 5 GTP D 1 703 702 GTP GTP . 
W 2 85T D 1 704 703 85T NAC . 
X 4 MG D 1 705 6 MG MG . 
Y 6 HOH A 1 801 56 HOH HOH . 
Y 6 HOH A 2 802 43 HOH HOH . 
Y 6 HOH A 3 803 23 HOH HOH . 
Y 6 HOH A 4 804 20 HOH HOH . 
Y 6 HOH A 5 805 42 HOH HOH . 
Y 6 HOH A 6 806 7 HOH HOH . 
Y 6 HOH A 7 807 19 HOH HOH . 
Y 6 HOH A 8 808 21 HOH HOH . 
Y 6 HOH A 9 809 3 HOH HOH . 
Y 6 HOH A 10 810 24 HOH HOH . 
Z 6 HOH B 1 801 39 HOH HOH . 
Z 6 HOH B 2 802 38 HOH HOH . 
Z 6 HOH B 3 803 26 HOH HOH . 
Z 6 HOH B 4 804 40 HOH HOH . 
Z 6 HOH B 5 805 55 HOH HOH . 
Z 6 HOH B 6 806 41 HOH HOH . 
Z 6 HOH B 7 807 25 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 1 801 60 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 2 802 28 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 3 803 46 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 4 804 31 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 5 805 32 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 6 806 47 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 7 807 48 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 8 808 11 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 9 809 61 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 10 810 53 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 11 811 29 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 12 812 30 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 13 813 49 HOH HOH . 
AA 6 HOH C 14 814 57 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 1 801 59 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 2 802 6 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 3 803 10 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 4 804 14 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 5 805 58 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 6 806 1 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 7 807 18 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 8 808 34 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 9 809 35 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 10 810 16 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 11 811 2 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 12 812 5 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 13 813 33 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 14 814 15 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 15 815 8 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 16 816 54 HOH HOH . 
BA 6 HOH D 17 817 9 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
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