data_7S67
#
_model_server_result.job_id            bCH-wWqETn53LVrDoviaTw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-13 17:53:21' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7s67 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    7S67 
#
_exptl.entry_id    7S67 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 K N N 
? 2 M N N 
? 2 Q N N 
? 2 U N N 
? 2 BA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 53 A THR 53 1_555 H MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 295 A THR 295 1_555 J MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? 
metalc ? metalc3 G O2G ATP . A ATP 601 1_555 H MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.917 ? 
metalc ? metalc4 G O1B ATP . A ATP 601 1_555 H MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? 
metalc ? metalc5 G O1A ATP . A ATP 601 1_555 H MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 
metalc ? metalc6 I O1B ADP . A ADP 603 1_555 J MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc7 K O2G ATP . A ATP 605 1_555 L MG MG . A MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? 
metalc ? metalc8 K O1B ATP . A ATP 605 1_555 L MG MG . A MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc9 L MG MG . A MG 606 1_555 F OG1 THR 53 F THR 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? 
metalc ? metalc10 B OG1 THR 53 B THR 53 1_555 N MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? 
metalc ? metalc11 B OG1 THR 295 B THR 295 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.797 ? 
metalc ? metalc12 M O2G ATP . B ATP 601 1_555 N MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? 
metalc ? metalc13 M O1B ATP . B ATP 601 1_555 N MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? 
metalc ? metalc14 M O1A ATP . B ATP 601 1_555 N MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? 
metalc ? metalc15 O O1B ADP . B ADP 603 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc16 C OG1 THR 53 C THR 53 1_555 R MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? 
metalc ? metalc17 C OG1 THR 295 C THR 295 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? 
metalc ? metalc18 Q O2G ATP . C ATP 601 1_555 R MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? 
metalc ? metalc19 Q O1B ATP . C ATP 601 1_555 R MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? 
metalc ? metalc20 Q O1A ATP . C ATP 601 1_555 R MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? 
metalc ? metalc21 S O1B ADP . C ADP 603 1_555 T MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc22 D OG1 THR 53 D THR 53 1_555 V MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? 
metalc ? metalc23 D OG1 THR 295 D THR 295 1_555 X MG MG . D MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? 
metalc ? metalc24 U O2G ATP . D ATP 601 1_555 V MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.919 ? 
metalc ? metalc25 U O1B ATP . D ATP 601 1_555 V MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc26 W O1B ADP . D ADP 603 1_555 X MG MG . D MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc27 E OG1 THR 53 E THR 53 1_555 Y MG MG . E MG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? 
metalc ? metalc28 E OG1 THR 295 E THR 295 1_555 AA MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.797 ? 
metalc ? metalc29 Y MG MG . E MG 901 1_555 BA O1A ATP . F ATP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? 
metalc ? metalc30 Y MG MG . E MG 901 1_555 BA O2G ATP . F ATP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? 
metalc ? metalc31 Y MG MG . E MG 901 1_555 BA O1B ATP . F ATP 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? 
metalc ? metalc32 Z O1B ADP . E ADP 902 1_555 AA MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc33 F OG1 THR 295 F THR 295 1_555 DA MG MG . F MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? 
metalc ? metalc34 CA O1B ADP . F ADP 602 1_555 DA MG MG . F MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                ATP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ATP doub 114 n n 
PG O2G ATP sing 115 n n 
PG O3G ATP sing 116 n n 
PG O3B ATP sing 117 n n 
O2G HOG2 ATP sing 118 n n 
O3G HOG3 ATP sing 119 n n 
PB O1B ATP doub 120 n n 
PB O2B ATP sing 121 n n 
PB O3B ATP sing 122 n n 
PB O3A ATP sing 123 n n 
O2B HOB2 ATP sing 124 n n 
PA O1A ATP doub 125 n n 
PA O2A ATP sing 126 n n 
PA O3A ATP sing 127 n n 
PA O5' ATP sing 128 n n 
O2A HOA2 ATP sing 129 n n 
O5' C5' ATP sing 130 n n 
C5' C4' ATP sing 131 n n 
C5' "H5'1" ATP sing 132 n n 
C5' "H5'2" ATP sing 133 n n 
C4' O4' ATP sing 134 n n 
C4' C3' ATP sing 135 n n 
C4' H4' ATP sing 136 n n 
O4' C1' ATP sing 137 n n 
C3' O3' ATP sing 138 n n 
C3' C2' ATP sing 139 n n 
C3' H3' ATP sing 140 n n 
O3' HO3' ATP sing 141 n n 
C2' O2' ATP sing 142 n n 
C2' C1' ATP sing 143 n n 
C2' H2' ATP sing 144 n n 
O2' HO2' ATP sing 145 n n 
C1' N9 ATP sing 146 n n 
C1' H1' ATP sing 147 n n 
N9 C8 ATP sing 148 n y 
N9 C4 ATP sing 149 n y 
C8 N7 ATP doub 150 n y 
C8 H8 ATP sing 151 n n 
N7 C5 ATP sing 152 n y 
C5 C6 ATP sing 153 n y 
C5 C4 ATP doub 154 n y 
C6 N6 ATP sing 155 n n 
C6 N1 ATP doub 156 n y 
N6 HN61 ATP sing 157 n n 
N6 HN62 ATP sing 158 n n 
N1 C2 ATP sing 159 n y 
C2 N3 ATP doub 160 n y 
C2 H2 ATP sing 161 n n 
N3 C4 ATP sing 162 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     7S67 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 ATP A 1 601 900 ATP ATP . 
H 3 MG A 1 602 901 MG MG . 
I 4 ADP A 1 603 1000 ADP ADP . 
J 3 MG A 1 604 1001 MG MG . 
K 2 ATP A 1 605 900 ATP ATP . 
L 3 MG A 1 606 901 MG MG . 
M 2 ATP B 1 601 900 ATP ATP . 
N 3 MG B 1 602 901 MG MG . 
O 4 ADP B 1 603 1000 ADP ADP . 
P 3 MG B 1 604 1001 MG MG . 
Q 2 ATP C 1 601 900 ATP ATP . 
R 3 MG C 1 602 901 MG MG . 
S 4 ADP C 1 603 1000 ADP ADP . 
T 3 MG C 1 604 1001 MG MG . 
U 2 ATP D 1 601 900 ATP ATP . 
V 3 MG D 1 602 901 MG MG . 
W 4 ADP D 1 603 1000 ADP ADP . 
X 3 MG D 1 604 1001 MG MG . 
Y 3 MG E 1 901 901 MG MG . 
Z 4 ADP E 1 902 1000 ADP ADP . 
AA 3 MG E 1 903 1001 MG MG . 
BA 2 ATP F 1 601 900 ATP ATP . 
CA 4 ADP F 1 602 1000 ADP ADP . 
DA 3 MG F 1 603 1001 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG ATP . . . U 2 123.642 133.542 87.08 1 68.15 ? PG ATP 601 D 1 
HETATM 2 O O1G ATP . . . U 2 123.24 132.145 86.942 1 66.79 ? O1G ATP 601 D 1 
HETATM 3 O O2G ATP . . . U 2 124.722 133.884 86.149 1 67.19 ? O2G ATP 601 D 1 
HETATM 4 O O3G ATP . . . U 2 122.563 134.443 86.706 1 66.14 ? O3G ATP 601 D 1 
HETATM 5 P PB ATP . . . U 2 125.301 133.37 89.14 1 59.75 ? PB ATP 601 D 1 
HETATM 6 O O1B ATP . . . U 2 126.419 133.456 88.176 1 59.37 ? O1B ATP 601 D 1 
HETATM 7 O O2B ATP . . . U 2 125.23 132.013 89.719 1 60.24 ? O2B ATP 601 D 1 
HETATM 8 O O3B ATP . . . U 2 123.989 133.851 88.523 1 62.55 ? O3B ATP 601 D 1 
HETATM 9 P PA ATP . . . U 2 126.035 135.764 89.883 1 59.2 ? PA ATP 601 D 1 
HETATM 10 O O1A ATP . . . U 2 125.735 136.141 88.473 1 58.61 ? O1A ATP 601 D 1 
HETATM 11 O O2A ATP . . . U 2 127.49 135.602 90.042 1 59.3 ? O2A ATP 601 D 1 
HETATM 12 O O3A ATP . . . U 2 125.362 134.434 90.254 1 59.36 ? O3A ATP 601 D 1 
HETATM 13 O O5' ATP . . . U 2 125.395 136.71 90.992 1 57.27 ? O5' ATP 601 D 1 
HETATM 14 C C5' ATP . . . U 2 125.992 136.683 92.299 1 57.8 ? C5' ATP 601 D 1 
HETATM 15 C C4' ATP . . . U 2 125.064 137.224 93.424 1 59.44 ? C4' ATP 601 D 1 
HETATM 16 O O4' ATP . . . U 2 125.754 138.246 94.153 1 59.71 ? O4' ATP 601 D 1 
HETATM 17 C C3' ATP . . . U 2 123.807 137.98 93.024 1 59.51 ? C3' ATP 601 D 1 
HETATM 18 O O3' ATP . . . U 2 122.751 137.122 92.642 1 61.58 ? O3' ATP 601 D 1 
HETATM 19 C C2' ATP . . . U 2 123.45 138.725 94.317 1 60.05 ? C2' ATP 601 D 1 
HETATM 20 O O2' ATP . . . U 2 122.605 137.9 95.131 1 57.58 ? O2' ATP 601 D 1 
HETATM 21 C C1' ATP . . . U 2 124.811 138.889 95.026 1 60.9 ? C1' ATP 601 D 1 
HETATM 22 N N9 ATP . . . U 2 125.222 140.271 95.242 1 63.1 ? N9 ATP 601 D 1 
HETATM 23 C C8 ATP . . . U 2 125.575 141.238 94.3 1 65.94 ? C8 ATP 601 D 1 
HETATM 24 N N7 ATP . . . U 2 126.012 142.382 94.857 1 66.66 ? N7 ATP 601 D 1 
HETATM 25 C C5 ATP . . . U 2 125.947 142.079 96.187 1 65.94 ? C5 ATP 601 D 1 
HETATM 26 C C6 ATP . . . U 2 126.323 142.839 97.293 1 66.58 ? C6 ATP 601 D 1 
HETATM 27 N N6 ATP . . . U 2 126.814 144.088 97.206 1 67.52 ? N6 ATP 601 D 1 
HETATM 28 N N1 ATP . . . U 2 126.211 142.391 98.531 1 67.23 ? N1 ATP 601 D 1 
HETATM 29 C C2 ATP . . . U 2 125.702 141.165 98.665 1 67.26 ? C2 ATP 601 D 1 
HETATM 30 N N3 ATP . . . U 2 125.311 140.353 97.677 1 66.43 ? N3 ATP 601 D 1 
HETATM 31 C C4 ATP . . . U 2 125.465 140.84 96.441 1 65.05 ? C4 ATP 601 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    28 
_model_server_stats.query_time_ms           276 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           31 
#