data_7SJ7 # _model_server_result.job_id MxlV1kJ8K96jM0XlRCfLnw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-02 17:36:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7sj7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":502}' # _entry.id 7SJ7 # _exptl.entry_id 7SJ7 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7SJ7 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7SJ7 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 N N N ? 4 P N N ? 4 R N N ? 4 T N N ? 4 V N N ? 4 X N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 77 A GLU 71 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? metalc ? metalc2 M O2G GTP . A GTP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.976 ? metalc ? metalc3 M O3G GTP . A GTP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? metalc ? metalc4 M O3B GTP . A GTP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? metalc ? metalc5 M O1B GTP . A GTP 501 1_555 N MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? metalc ? metalc6 B OE2 GLU 77 C GLU 71 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? metalc ? metalc7 O O2G GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.976 ? metalc ? metalc8 O O3G GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? metalc ? metalc9 O O3B GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc10 O O1B GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? metalc ? metalc11 C OE2 GLU 77 E GLU 71 1_555 R MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc12 Q O2G GTP . E GTP 501 1_555 R MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.976 ? metalc ? metalc13 Q O3G GTP . E GTP 501 1_555 R MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? metalc ? metalc14 Q O3B GTP . E GTP 501 1_555 R MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? metalc ? metalc15 Q O1B GTP . E GTP 501 1_555 R MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? metalc ? metalc16 D OE2 GLU 77 J GLU 71 1_555 T MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc17 S O2G GTP . J GTP 501 1_555 T MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.976 ? metalc ? metalc18 S O3G GTP . J GTP 501 1_555 T MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? metalc ? metalc19 S O3B GTP . J GTP 501 1_555 T MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? metalc ? metalc20 S O1B GTP . J GTP 501 1_555 T MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? metalc ? metalc21 E OE2 GLU 77 K GLU 71 1_555 V MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc22 U O2G GTP . K GTP 501 1_555 V MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.976 ? metalc ? metalc23 U O3G GTP . K GTP 501 1_555 V MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? metalc ? metalc24 U O3B GTP . K GTP 501 1_555 V MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? metalc ? metalc25 U O1B GTP . K GTP 501 1_555 V MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.96 ? metalc ? metalc26 F OE2 GLU 77 L GLU 71 1_555 X MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc27 W O2G GTP . L GTP 501 1_555 X MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.977 ? metalc ? metalc28 W O3G GTP . L GTP 501 1_555 X MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? metalc ? metalc29 W O3B GTP . L GTP 501 1_555 X MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc30 W O1B GTP . L GTP 501 1_555 X MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7SJ7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 GTP A 1 501 501 GTP GTP . N 4 MG A 1 502 502 MG MG . O 3 GTP C 1 501 501 GTP GTP . P 4 MG C 1 502 502 MG MG . Q 3 GTP E 1 501 501 GTP GTP . R 4 MG E 1 502 502 MG MG . S 3 GTP J 1 501 501 GTP GTP . T 4 MG J 1 502 502 MG MG . U 3 GTP K 1 501 501 GTP GTP . V 4 MG K 1 502 502 MG MG . W 3 GTP L 1 501 501 GTP GTP . X 4 MG L 1 502 502 MG MG . Y 5 GDP F 1 501 501 GDP GDP . Z 5 GDP D 1 501 501 GDP GDP . AA 5 GDP G 1 501 501 GDP GDP . BA 5 GDP H 1 501 501 GDP GDP . CA 5 GDP I 1 501 501 GDP GDP . DA 5 GDP B 1 501 501 GDP GDP . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id R _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 160.795 _atom_site.Cartn_y 317.543 _atom_site.Cartn_z 197.768 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 99.05 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 19 _model_server_stats.parse_time_ms 20 _model_server_stats.create_model_time_ms 114 _model_server_stats.query_time_ms 273 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #