data_7T0V
#
_model_server_result.job_id            LgxZUJSiuHOvaTzwB0buNg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-20 00:41:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7t0v 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":901}' 
#
_entry.id    7T0V 
#
_exptl.entry_id    7T0V 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    9 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7T0V 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7T0V 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    heptameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      7 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 P N N 
? 3 Q N N 
? 3 T N N 
? 3 U N N 
? 3 Y N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 250 A THR 250 1_555 K MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 549 A THR 549 1_555 J MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc3 H O2G ATP . A ATP 901 1_555 J MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
metalc ? metalc4 H O1B ATP . A ATP 901 1_555 J MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc5 H O1A ATP . A ATP 901 1_555 J MG MG . A MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? 
metalc ? metalc6 I O2G ATP . A ATP 902 1_555 K MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.917 ? 
metalc ? metalc7 I O3G ATP . A ATP 902 1_555 K MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? 
metalc ? metalc8 I O1B ATP . A ATP 902 1_555 K MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.857 ? 
metalc ? metalc9 I O3B ATP . A ATP 902 1_555 K MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.718 ? 
metalc ? metalc10 I O1A ATP . A ATP 902 1_555 K MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc11 I O3A ATP . A ATP 902 1_555 K MG MG . A MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc12 B OG1 THR 250 B THR 250 1_555 O MG MG . B MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? 
metalc ? metalc13 B OG1 THR 549 B THR 549 1_555 N MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? 
metalc ? metalc14 L O1G ATP . B ATP 901 1_555 N MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc15 L O2G ATP . B ATP 901 1_555 N MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.946 ? 
metalc ? metalc16 L O1B ATP . B ATP 901 1_555 N MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.89 ? 
metalc ? metalc17 L O3B ATP . B ATP 901 1_555 N MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? 
metalc ? metalc18 L O1A ATP . B ATP 901 1_555 N MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? 
metalc ? metalc19 L O3A ATP . B ATP 901 1_555 N MG MG . B MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.852 ? 
metalc ? metalc20 M O2G ATP . B ATP 902 1_555 O MG MG . B MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.932 ? 
metalc ? metalc21 M O1B ATP . B ATP 902 1_555 O MG MG . B MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.912 ? 
metalc ? metalc22 M O1A ATP . B ATP 902 1_555 O MG MG . B MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
metalc ? metalc23 C OG1 THR 250 C THR 250 1_555 S MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? 
metalc ? metalc24 P O2G ATP . C ATP 901 1_555 R MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? 
metalc ? metalc25 P O1B ATP . C ATP 901 1_555 R MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? 
metalc ? metalc26 P O3B ATP . C ATP 901 1_555 R MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.678 ? 
metalc ? metalc27 P O1A ATP . C ATP 901 1_555 R MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? 
metalc ? metalc28 P O3A ATP . C ATP 901 1_555 R MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc29 Q O2G ATP . C ATP 902 1_555 S MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.892 ? 
metalc ? metalc30 Q O1B ATP . C ATP 902 1_555 S MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? 
metalc ? metalc31 Q O3B ATP . C ATP 902 1_555 S MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? 
metalc ? metalc32 Q O1A ATP . C ATP 902 1_555 S MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc33 Q O3A ATP . C ATP 902 1_555 S MG MG . C MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
metalc ? metalc34 D OG1 THR 250 D THR 250 1_555 W MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? 
metalc ? metalc35 D OG1 THR 549 D THR 549 1_555 V MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc36 T O2G ATP . D ATP 901 1_555 V MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.929 ? 
metalc ? metalc37 T O1B ATP . D ATP 901 1_555 V MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.919 ? 
metalc ? metalc38 T O1A ATP . D ATP 901 1_555 V MG MG . D MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc39 U O2G ATP . D ATP 902 1_555 W MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? 
metalc ? metalc40 U O1B ATP . D ATP 902 1_555 W MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.907 ? 
metalc ? metalc41 U O3B ATP . D ATP 902 1_555 W MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? 
metalc ? metalc42 U O1A ATP . D ATP 902 1_555 W MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc43 U O3A ATP . D ATP 902 1_555 W MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
metalc ? metalc44 E OG1 THR 250 E THR 250 1_555 Z MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? 
metalc ? metalc45 Y O2G ATP . E ATP 902 1_555 Z MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc46 Y O1B ATP . E ATP 902 1_555 Z MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? 
metalc ? metalc47 Y O1A ATP . E ATP 902 1_555 Z MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc48 Y O3A ATP . E ATP 902 1_555 Z MG MG . E MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.927 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                ATP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ATP doub 114 n n 
PG O2G ATP sing 115 n n 
PG O3G ATP sing 116 n n 
PG O3B ATP sing 117 n n 
O2G HOG2 ATP sing 118 n n 
O3G HOG3 ATP sing 119 n n 
PB O1B ATP doub 120 n n 
PB O2B ATP sing 121 n n 
PB O3B ATP sing 122 n n 
PB O3A ATP sing 123 n n 
O2B HOB2 ATP sing 124 n n 
PA O1A ATP doub 125 n n 
PA O2A ATP sing 126 n n 
PA O3A ATP sing 127 n n 
PA O5' ATP sing 128 n n 
O2A HOA2 ATP sing 129 n n 
O5' C5' ATP sing 130 n n 
C5' C4' ATP sing 131 n n 
C5' "H5'1" ATP sing 132 n n 
C5' "H5'2" ATP sing 133 n n 
C4' O4' ATP sing 134 n n 
C4' C3' ATP sing 135 n n 
C4' H4' ATP sing 136 n n 
O4' C1' ATP sing 137 n n 
C3' O3' ATP sing 138 n n 
C3' C2' ATP sing 139 n n 
C3' H3' ATP sing 140 n n 
O3' HO3' ATP sing 141 n n 
C2' O2' ATP sing 142 n n 
C2' C1' ATP sing 143 n n 
C2' H2' ATP sing 144 n n 
O2' HO2' ATP sing 145 n n 
C1' N9 ATP sing 146 n n 
C1' H1' ATP sing 147 n n 
N9 C8 ATP sing 148 n y 
N9 C4 ATP sing 149 n y 
C8 N7 ATP doub 150 n y 
C8 H8 ATP sing 151 n n 
N7 C5 ATP sing 152 n y 
C5 C6 ATP sing 153 n y 
C5 C4 ATP doub 154 n y 
C6 N6 ATP sing 155 n n 
C6 N1 ATP doub 156 n y 
N6 HN61 ATP sing 157 n n 
N6 HN62 ATP sing 158 n n 
N1 C2 ATP sing 159 n y 
C2 N3 ATP doub 160 n y 
C2 H2 ATP sing 161 n n 
N3 C4 ATP sing 162 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     7T0V 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
H 3 ATP A 1 901 901 ATP ATP . 
I 3 ATP A 1 902 902 ATP ATP . 
J 4 MG A 1 903 903 MG MG . 
K 4 MG A 1 904 904 MG MG . 
L 3 ATP B 1 901 901 ATP ATP . 
M 3 ATP B 1 902 902 ATP ATP . 
N 4 MG B 1 903 903 MG MG . 
O 4 MG B 1 904 904 MG MG . 
P 3 ATP C 1 901 901 ATP ATP . 
Q 3 ATP C 1 902 902 ATP ATP . 
R 4 MG C 1 903 903 MG MG . 
S 4 MG C 1 904 904 MG MG . 
T 3 ATP D 1 901 901 ATP ATP . 
U 3 ATP D 1 902 902 ATP ATP . 
V 4 MG D 1 903 903 MG MG . 
W 4 MG D 1 904 904 MG MG . 
X 5 ADP E 1 901 901 ADP ADP . 
Y 3 ATP E 1 902 902 ATP ATP . 
Z 4 MG E 1 903 904 MG MG . 
AA 5 ADP F 1 901 902 ADP ADP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG ATP . . . L 3 187.314 137.454 163.727 1 80.1 ? PG ATP 901 B 1 
HETATM 2 O O1G ATP . . . L 3 187.385 138.095 165.087 1 80.1 ? O1G ATP 901 B 1 
HETATM 3 O O2G ATP . . . L 3 185.889 137.197 163.345 1 80.1 ? O2G ATP 901 B 1 
HETATM 4 O O3G ATP . . . L 3 188.108 138.203 162.695 1 80.1 ? O3G ATP 901 B 1 
HETATM 5 P PB ATP . . . L 3 187.765 134.897 165.019 1 80.1 ? PB ATP 901 B 1 
HETATM 6 O O1B ATP . . . L 3 187.1 135.598 166.135 1 80.1 ? O1B ATP 901 B 1 
HETATM 7 O O2B ATP . . . L 3 188.972 134.086 165.295 1 80.1 ? O2B ATP 901 B 1 
HETATM 8 O O3B ATP . . . L 3 187.998 135.986 163.866 1 80.1 ? O3B ATP 901 B 1 
HETATM 9 P PA ATP . . . L 3 185.632 133.266 165.576 1 80.1 ? PA ATP 901 B 1 
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HETATM 11 O O2A ATP . . . L 3 186.455 133.032 166.779 1 80.1 ? O2A ATP 901 B 1 
HETATM 12 O O3A ATP . . . L 3 186.665 133.838 164.521 1 80.1 ? O3A ATP 901 B 1 
HETATM 13 O O5' ATP . . . L 3 185.201 131.842 164.964 1 80.1 ? O5' ATP 901 B 1 
HETATM 14 C C5' ATP . . . L 3 186.117 131.174 164.099 1 80.1 ? C5' ATP 901 B 1 
HETATM 15 C C4' ATP . . . L 3 185.862 129.694 164.126 1 80.1 ? C4' ATP 901 B 1 
HETATM 16 O O4' ATP . . . L 3 187.088 128.99 163.817 1 80.1 ? O4' ATP 901 B 1 
HETATM 17 C C3' ATP . . . L 3 185.428 129.136 165.47 1 80.1 ? C3' ATP 901 B 1 
HETATM 18 O O3' ATP . . . L 3 184.033 129.265 165.658 1 80.1 ? O3' ATP 901 B 1 
HETATM 19 C C2' ATP . . . L 3 185.892 127.687 165.394 1 80.1 ? C2' ATP 901 B 1 
HETATM 20 O O2' ATP . . . L 3 184.972 126.956 164.598 1 80.1 ? O2' ATP 901 B 1 
HETATM 21 C C1' ATP . . . L 3 187.188 127.821 164.598 1 80.1 ? C1' ATP 901 B 1 
HETATM 22 N N9 ATP . . . L 3 188.387 127.933 165.453 1 80.1 ? N9 ATP 901 B 1 
HETATM 23 C C8 ATP . . . L 3 189.262 128.987 165.524 1 80.1 ? C8 ATP 901 B 1 
HETATM 24 N N7 ATP . . . L 3 190.249 128.8 166.365 1 80.1 ? N7 ATP 901 B 1 
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