data_7TGL # _model_server_result.job_id 1PRjXxr5EITJj4O5tmwMLQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-03 12:17:16' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7tgl # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":612}' # _entry.id 7TGL # _exptl.entry_id 7TGL _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7TGL _cell.length_a 126.501 _cell.length_b 236.745 _cell.length_c 330.81 _cell.Z_PDB 40 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7TGL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall 'C 2c 2' _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,VA 1 1 C,Y,Z,AA,BA,CA,DA,WA 2 1,2 D,E,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,XA 3 1 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 4_555 x,-y,-z 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 K N N ? 6 L N N ? 6 W N N ? 6 X N N ? 6 CA N N ? 6 DA N N ? 6 LA N N ? 6 MA N N ? 6 TA N N ? 6 UA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLU 462 A GLU 442 1_555 L MG MG . A MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 463 A ASN 443 1_555 L MG MG . A MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 480 A ASP 460 1_555 K MG MG . A MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 480 A ASP 460 1_555 L MG MG . A MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 483 A GLU 463 1_555 K MG MG . A MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.871 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 484 A GLU 464 1_555 K MG MG . A MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc7 H O32 PPV . A PPV 603 1_555 K MG MG . A MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? metalc ? metalc8 H O21 PPV . A PPV 603 1_555 L MG MG . A MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? metalc ? metalc9 H O12 PPV . A PPV 603 1_555 L MG MG . A MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? metalc ? metalc10 I O3P AMP . A AMP 604 1_555 K MG MG . A MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc11 I O1P AMP . A AMP 604 1_555 L MG MG . A MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.892 ? metalc ? metalc12 B OE1 GLU 462 B GLU 442 1_555 X MG MG . B MG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASN 463 B ASN 443 1_555 X MG MG . B MG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.781 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 480 B ASP 460 1_555 W MG MG . B MG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 480 B ASP 460 1_555 W MG MG . B MG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 480 B ASP 460 1_555 X MG MG . B MG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? metalc ? metalc17 B OE1 GLU 483 B GLU 463 1_555 W MG MG . B MG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? metalc ? metalc18 B OE2 GLU 484 B GLU 464 1_555 W MG MG . B MG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc19 R O22 PPV . B PPV 606 1_555 W MG MG . B MG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc20 R O11 PPV . B PPV 606 1_555 X MG MG . B MG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc21 R O12 PPV . B PPV 606 1_555 X MG MG . B MG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc22 S O3P AMP . B AMP 607 1_555 W MG MG . B MG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc23 S O1P AMP . B AMP 607 1_555 X MG MG . B MG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? metalc ? metalc24 C OE1 GLU 462 C GLU 442 1_555 CA MG MG . C MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc25 C OD1 ASN 463 C ASN 443 1_555 CA MG MG . C MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 480 C ASP 460 1_555 CA MG MG . C MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.672 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 480 C ASP 460 1_555 DA MG MG . C MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? metalc ? metalc28 C OE1 GLU 483 C GLU 463 1_555 DA MG MG . C MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? metalc ? metalc29 C OE2 GLU 484 C GLU 464 1_555 DA MG MG . C MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc30 AA O11 PPV . C PPV 603 1_555 CA MG MG . C MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc31 AA O32 PPV . C PPV 603 1_555 CA MG MG . C MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.894 ? metalc ? metalc32 AA O22 PPV . C PPV 603 1_555 DA MG MG . C MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc33 BA O3P AMP . C AMP 604 1_555 CA MG MG . C MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc34 BA O1P AMP . C AMP 604 1_555 DA MG MG . C MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc35 D OE1 GLU 462 D GLU 442 1_555 MA MG MG . D MG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc36 D OD1 ASN 463 D ASN 443 1_555 MA MG MG . D MG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.853 ? metalc ? metalc37 D OD2 ASP 480 D ASP 460 1_555 LA MG MG . D MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 480 D ASP 460 1_555 MA MG MG . D MG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc39 D OE1 GLU 483 D GLU 463 1_555 LA MG MG . D MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc40 D OE2 GLU 484 D GLU 464 1_555 LA MG MG . D MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? metalc ? metalc41 GA O22 PPV . D PPV 603 1_555 LA MG MG . D MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? metalc ? metalc42 GA O11 PPV . D PPV 603 1_555 MA MG MG . D MG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc43 GA O12 PPV . D PPV 603 1_555 MA MG MG . D MG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc ? metalc44 HA O3P AMP . D AMP 604 1_555 LA MG MG . D MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc45 HA O1P AMP . D AMP 604 1_555 MA MG MG . D MG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc46 E OE1 GLU 462 E GLU 442 1_555 UA MG MG . E MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc47 E OD1 ASN 463 E ASN 443 1_555 UA MG MG . E MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc48 E OD2 ASP 480 E ASP 460 1_555 TA MG MG . E MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc49 E OD2 ASP 480 E ASP 460 1_555 UA MG MG . E MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc50 E OE1 GLU 483 E GLU 463 1_555 TA MG MG . E MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc51 E OE2 GLU 484 E GLU 464 1_555 TA MG MG . E MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc52 QA O21 PPV . E PPV 604 1_555 TA MG MG . E MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc53 QA O11 PPV . E PPV 604 1_555 UA MG MG . E MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? metalc ? metalc54 QA O32 PPV . E PPV 604 1_555 UA MG MG . E MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc55 RA O3P AMP . E AMP 605 1_555 TA MG MG . E MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc56 RA O1P AMP . E AMP 605 1_555 UA MG MG . E MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc57 RA O3P AMP . E AMP 605 1_555 UA MG MG . E MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7TGL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007905 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004224 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003023 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 2 GOL A 1 601 681 GOL GOL . G 2 GOL A 1 602 682 GOL GOL . H 3 PPV A 1 603 683 PPV PPV . I 4 AMP A 1 604 684 AMP AMP . J 5 SO4 A 1 605 2 SO4 SO4 . K 6 MG A 1 606 1 MG MG . L 6 MG A 1 607 2 MG MG . M 2 GOL B 1 601 681 GOL GOL . N 2 GOL B 1 602 682 GOL GOL . O 2 GOL B 1 603 683 GOL GOL . P 2 GOL B 1 604 684 GOL GOL . Q 2 GOL B 1 605 685 GOL GOL . R 3 PPV B 1 606 686 PPV PPV . S 4 AMP B 1 607 687 AMP AMP . T 5 SO4 B 1 608 1 SO4 SO4 . U 5 SO4 B 1 609 3 SO4 SO4 . V 5 SO4 B 1 610 4 SO4 SO4 . W 6 MG B 1 611 3 MG MG . X 6 MG B 1 612 4 MG MG . Y 2 GOL C 1 601 681 GOL GOL . Z 2 GOL C 1 602 682 GOL GOL . AA 3 PPV C 1 603 683 PPV PPV . BA 4 AMP C 1 604 684 AMP AMP . CA 6 MG C 1 605 5 MG MG . DA 6 MG C 1 606 6 MG MG . EA 2 GOL D 1 601 681 GOL GOL . FA 2 GOL D 1 602 682 GOL GOL . GA 3 PPV D 1 603 683 PPV PPV . HA 4 AMP D 1 604 684 AMP AMP . IA 5 SO4 D 1 605 5 SO4 SO4 . JA 5 SO4 D 1 606 7 SO4 SO4 . KA 5 SO4 D 1 607 8 SO4 SO4 . LA 6 MG D 1 608 7 MG MG . MA 6 MG D 1 609 8 MG MG . NA 2 GOL E 1 601 681 GOL GOL . OA 2 GOL E 1 602 682 GOL GOL . PA 2 GOL E 1 603 683 GOL GOL . QA 3 PPV E 1 604 684 PPV PPV . RA 4 AMP E 1 605 685 AMP AMP . SA 5 SO4 E 1 606 6 SO4 SO4 . TA 6 MG E 1 607 9 MG MG . UA 6 MG E 1 608 10 MG MG . VA 7 HOH A 1 701 1 HOH HOH . WA 7 HOH C 1 701 2 HOH HOH . XA 7 HOH D 1 701 5 HOH HOH . XA 7 HOH D 2 702 3 HOH HOH . XA 7 HOH D 3 703 4 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id X _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 94.227 _atom_site.Cartn_y 10.617 _atom_site.Cartn_z -62.975 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 65.58 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 612 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 73 _model_server_stats.parse_time_ms 31 _model_server_stats.create_model_time_ms 30 _model_server_stats.query_time_ms 295 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #