data_7TU8
#
_model_server_result.job_id            Sl8tRF4oC3p0TZ-JQGimXw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-15 11:28:52' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7tu8 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    7TU8 
#
_exptl.entry_id    7TU8 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              491.182 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7TU8 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7TU8 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 M N N 
? 3 P N N 
? 3 U N N 
? 3 X N N 
? 3 CA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 139 A ASP 117 1_555 I MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 275 A ASP 253 1_555 I MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc3 H O1G DTP . A DTP 502 1_555 J MG MG . A MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc4 H O2B DTP . A DTP 502 1_555 J MG MG . A MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc5 H O2A DTP . A DTP 502 1_555 J MG MG . A MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? 
metalc ? metalc6 K MG MG . A MG 505 1_555 M O2B DTP . B DTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc7 K MG MG . A MG 505 1_555 M O2A DTP . B DTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.845 ? 
metalc ? metalc8 K MG MG . A MG 505 1_555 M O1G DTP . B DTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc9 B OD1 ASP 139 B ASP 117 1_555 N MG MG . B MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc10 B OD1 ASP 275 B ASP 253 1_555 N MG MG . B MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASP 139 C ASP 117 1_555 Q MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc12 C OD1 ASP 275 C ASP 253 1_555 Q MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc13 P O1G DTP . C DTP 502 1_555 R MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc14 P O2B DTP . C DTP 502 1_555 R MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? 
metalc ? metalc15 P O2A DTP . C DTP 502 1_555 R MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? 
metalc ? metalc16 S MG MG . C MG 505 1_555 U O2A DTP . D DTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? 
metalc ? metalc17 S MG MG . C MG 505 1_555 U O1G DTP . D DTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc18 S MG MG . C MG 505 1_555 U O2B DTP . D DTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc19 D OD1 ASP 139 D ASP 117 1_555 V MG MG . D MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc20 D OD1 ASP 275 D ASP 253 1_555 V MG MG . D MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc21 E OD1 ASP 139 E ASP 117 1_555 Y MG MG . E MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc22 E OD1 ASP 275 E ASP 253 1_555 Y MG MG . E MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc23 X O1G DTP . E DTP 502 1_555 Z MG MG . E MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc24 X O2B DTP . E DTP 502 1_555 Z MG MG . E MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc25 X O2A DTP . E DTP 502 1_555 Z MG MG . E MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? 
metalc ? metalc26 AA MG MG . E MG 505 1_555 CA O1G DTP . F DTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc27 AA MG MG . E MG 505 1_555 CA O2B DTP . F DTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc28 AA MG MG . E MG 505 1_555 CA O2A DTP . F DTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.845 ? 
metalc ? metalc29 F OD1 ASP 139 F ASP 117 1_555 DA MG MG . F MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc30 F OD1 ASP 275 F ASP 253 1_555 DA MG MG . F MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    491.182 
_chem_comp.id                DTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G DTP doub 132 n n 
PG O2G DTP sing 133 n n 
PG O3G DTP sing 134 n n 
PG O3B DTP sing 135 n n 
O2G HOG2 DTP sing 136 n n 
O3G HOG3 DTP sing 137 n n 
PB O1B DTP doub 138 n n 
PB O2B DTP sing 139 n n 
PB O3B DTP sing 140 n n 
PB O3A DTP sing 141 n n 
O2B HOB2 DTP sing 142 n n 
PA O1A DTP doub 143 n n 
PA O2A DTP sing 144 n n 
PA O3A DTP sing 145 n n 
PA O5' DTP sing 146 n n 
O2A HOA2 DTP sing 147 n n 
O5' C5' DTP sing 148 n n 
C5' C4' DTP sing 149 n n 
C5' "H5'1" DTP sing 150 n n 
C5' "H5'2" DTP sing 151 n n 
C4' O4' DTP sing 152 n n 
C4' C3' DTP sing 153 n n 
C4' H4' DTP sing 154 n n 
O4' C1' DTP sing 155 n n 
C3' O3' DTP sing 156 n n 
C3' C2' DTP sing 157 n n 
C3' H3' DTP sing 158 n n 
O3' HO3' DTP sing 159 n n 
C2' C1' DTP sing 160 n n 
C2' "H2'1" DTP sing 161 n n 
C2' "H2'2" DTP sing 162 n n 
C1' N9 DTP sing 163 n n 
C1' H1' DTP sing 164 n n 
N9 C8 DTP sing 165 n y 
N9 C4 DTP sing 166 n y 
C8 N7 DTP doub 167 n y 
C8 H8 DTP sing 168 n n 
N7 C5 DTP sing 169 n y 
C5 C6 DTP sing 170 n y 
C5 C4 DTP doub 171 n y 
C6 N6 DTP sing 172 n n 
C6 N1 DTP doub 173 n y 
N6 HN61 DTP sing 174 n n 
N6 HN62 DTP sing 175 n n 
N1 C2 DTP sing 176 n y 
C2 N3 DTP doub 177 n y 
C2 H2 DTP sing 178 n n 
N3 C4 DTP sing 179 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     7TU8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 DGT A 1 501 501 DGT DGT . 
H 3 DTP A 1 502 502 DTP DTP . 
I 4 MG A 1 503 601 MG MG . 
J 4 MG A 1 504 602 MG MG . 
K 4 MG A 1 505 602 MG MG . 
L 2 DGT B 1 501 501 DGT DGT . 
M 3 DTP B 1 502 502 DTP DTP . 
N 4 MG B 1 503 601 MG MG . 
O 2 DGT C 1 501 501 DGT DGT . 
P 3 DTP C 1 502 502 DTP DTP . 
Q 4 MG C 1 503 601 MG MG . 
R 4 MG C 1 504 602 MG MG . 
S 4 MG C 1 505 602 MG MG . 
T 2 DGT D 1 501 501 DGT DGT . 
U 3 DTP D 1 502 502 DTP DTP . 
V 4 MG D 1 503 601 MG MG . 
W 2 DGT E 1 501 501 DGT DGT . 
X 3 DTP E 1 502 502 DTP DTP . 
Y 4 MG E 1 503 601 MG MG . 
Z 4 MG E 1 504 602 MG MG . 
AA 4 MG E 1 505 602 MG MG . 
BA 2 DGT F 1 501 501 DGT DGT . 
CA 3 DTP F 1 502 502 DTP DTP . 
DA 4 MG F 1 503 601 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG DTP . . . U 3 146.47 78.267 99.451 1 42.48 ? PG DTP 502 D 1 
HETATM 2 O O1G DTP . . . U 3 147.129 77.816 100.702 1 42.48 ? O1G DTP 502 D 1 
HETATM 3 O O2G DTP . . . U 3 146.123 77.138 98.526 1 42.48 ? O2G DTP 502 D 1 
HETATM 4 O O3G DTP . . . U 3 147.26 79.313 98.684 1 42.48 ? O3G DTP 502 D 1 
HETATM 5 P PB DTP . . . U 3 144.517 80.198 100.561 1 42.48 ? PB DTP 502 D 1 
HETATM 6 O O1B DTP . . . U 3 143.91 81.192 99.667 1 42.48 ? O1B DTP 502 D 1 
HETATM 7 O O2B DTP . . . U 3 145.639 80.713 101.45 1 42.48 ? O2B DTP 502 D 1 
HETATM 8 O O3B DTP . . . U 3 145.088 78.968 99.762 1 42.48 ? O3B DTP 502 D 1 
HETATM 9 P PA DTP . . . U 3 142.548 78.233 101.485 1 42.48 ? PA DTP 502 D 1 
HETATM 10 O O1A DTP . . . U 3 141.908 78.071 100.166 1 42.48 ? O1A DTP 502 D 1 
HETATM 11 O O2A DTP . . . U 3 143.422 77.069 101.897 1 42.48 ? O2A DTP 502 D 1 
HETATM 12 O O3A DTP . . . U 3 143.453 79.504 101.518 1 42.48 ? O3A DTP 502 D 1 
HETATM 13 O O5' DTP . . . U 3 141.463 78.508 102.599 1 42.48 ? O5' DTP 502 D 1 
HETATM 14 C C5' DTP . . . U 3 140.169 79.059 102.271 1 42.48 ? C5' DTP 502 D 1 
HETATM 15 C C4' DTP . . . U 3 139.6 79.792 103.46 1 42.48 ? C4' DTP 502 D 1 
HETATM 16 O O4' DTP . . . U 3 139.403 78.871 104.555 1 42.48 ? O4' DTP 502 D 1 
HETATM 17 C C3' DTP . . . U 3 140.481 80.915 103.998 1 42.48 ? C3' DTP 502 D 1 
HETATM 18 O O3' DTP . . . U 3 140.02 82.158 103.474 1 42.48 ? O3' DTP 502 D 1 
HETATM 19 C C2' DTP . . . U 3 140.242 80.854 105.498 1 42.48 ? C2' DTP 502 D 1 
HETATM 20 C C1' DTP . . . U 3 139.982 79.379 105.746 1 42.48 ? C1' DTP 502 D 1 
HETATM 21 N N9 DTP . . . U 3 141.159 78.581 106.049 1 42.48 ? N9 DTP 502 D 1 
HETATM 22 C C8 DTP . . . U 3 142.464 78.885 105.78 1 42.48 ? C8 DTP 502 D 1 
HETATM 23 N N7 DTP . . . U 3 143.316 77.961 106.144 1 42.48 ? N7 DTP 502 D 1 
HETATM 24 C C5 DTP . . . U 3 142.514 76.975 106.691 1 42.48 ? C5 DTP 502 D 1 
HETATM 25 C C6 DTP . . . U 3 142.804 75.724 107.264 1 42.48 ? C6 DTP 502 D 1 
HETATM 26 N N6 DTP . . . U 3 144.039 75.233 107.391 1 42.48 ? N6 DTP 502 D 1 
HETATM 27 N N1 DTP . . . U 3 141.772 74.986 107.717 1 42.48 ? N1 DTP 502 D 1 
HETATM 28 C C2 DTP . . . U 3 140.535 75.471 107.597 1 42.48 ? C2 DTP 502 D 1 
HETATM 29 N N3 DTP . . . U 3 140.14 76.631 107.075 1 42.48 ? N3 DTP 502 D 1 
HETATM 30 C C4 DTP . . . U 3 141.182 77.34 106.634 1 42.48 ? C4 DTP 502 D 1 
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