data_7UMZ
#
_model_server_result.job_id            qSmS7jK6iF7arffovdLaog 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-27 16:47:43' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7umz 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":5101}' 
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_entry.id    7UMZ 
#
_exptl.entry_id    7UMZ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              505.208 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            7UMZ 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7UMZ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 M N N 
? 2 T N N 
? 2 AA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 4876 A CYS 4876 1_555 A SG CYS 4882 A CYS 4882 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 4876 B CYS 4876 1_555 B SG CYS 4882 B CYS 4882 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 4876 C CYS 4876 1_555 C SG CYS 4882 C CYS 4882 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf4 D SG CYS 4876 D CYS 4876 1_555 D SG CYS 4882 D CYS 4882 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 3967 A GLU 3967 1_555 G MG MG . A MG 5103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 3970 A GLN 3970 1_555 G MG MG . A MG 5103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 4958 A CYS 4958 1_555 F ZN ZN . A ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 4961 A CYS 4961 1_555 F ZN ZN . A ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? 
metalc ? metalc5 A NE2 HIS 4978 A HIS 4978 1_555 F ZN ZN . A ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? 
metalc ? metalc6 A NE2 HIS 4983 A HIS 4983 1_555 F ZN ZN . A ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.71 ? 
metalc ? metalc7 E O1G ACP . A ACP 5101 1_555 I MG MG . A MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? 
metalc ? metalc8 E O2B ACP . A ACP 5101 1_555 I MG MG . A MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc9 E O2A ACP . A ACP 5101 1_555 I MG MG . A MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc10 E O3A ACP . A ACP 5101 1_555 J MG MG . A MG 5106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? 
metalc ? metalc11 E O5' ACP . A ACP 5101 1_555 J MG MG . A MG 5106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc12 G MG MG . A MG 5103 1_555 HA O HOH . A HOH 5202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.669 ? 
metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 5104 1_555 HA O HOH . A HOH 5201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc14 H MG MG . A MG 5104 1_555 IA O HOH . B HOH 5201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc15 H MG MG . A MG 5104 1_555 JA O HOH . C HOH 5201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc16 H MG MG . A MG 5104 1_555 KA O HOH . D HOH 5201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc17 B OE2 GLU 3967 B GLU 3967 1_555 O MG MG . B MG 5103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc18 B OE1 GLN 3970 B GLN 3970 1_555 O MG MG . B MG 5103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc19 B SG CYS 4958 B CYS 4958 1_555 N ZN ZN . B ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc20 B SG CYS 4961 B CYS 4961 1_555 N ZN ZN . B ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.873 ? 
metalc ? metalc21 B NE2 HIS 4978 B HIS 4978 1_555 N ZN ZN . B ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
metalc ? metalc22 B NE2 HIS 4983 B HIS 4983 1_555 N ZN ZN . B ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.709 ? 
metalc ? metalc23 M O3A ACP . B ACP 5101 1_555 P MG MG . B MG 5104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc24 M O5' ACP . B ACP 5101 1_555 P MG MG . B MG 5104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? 
metalc ? metalc25 M O1G ACP . B ACP 5101 1_555 Q MG MG . B MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc26 M O2B ACP . B ACP 5101 1_555 Q MG MG . B MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? 
metalc ? metalc27 M O2A ACP . B ACP 5101 1_555 Q MG MG . B MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc28 O MG MG . B MG 5103 1_555 IA O HOH . B HOH 5202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? 
metalc ? metalc29 C OE2 GLU 3967 C GLU 3967 1_555 V MG MG . C MG 5103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc30 C OE1 GLN 3970 C GLN 3970 1_555 V MG MG . C MG 5103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc31 C SG CYS 4958 C CYS 4958 1_555 U ZN ZN . C ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc32 C SG CYS 4961 C CYS 4961 1_555 U ZN ZN . C ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.875 ? 
metalc ? metalc33 C NE2 HIS 4978 C HIS 4978 1_555 U ZN ZN . C ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
metalc ? metalc34 C NE2 HIS 4983 C HIS 4983 1_555 U ZN ZN . C ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.771 ? 
metalc ? metalc35 T O1G ACP . C ACP 5101 1_555 W MG MG . C MG 5104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc36 T O3G ACP . C ACP 5101 1_555 W MG MG . C MG 5104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? 
metalc ? metalc37 T O2B ACP . C ACP 5101 1_555 W MG MG . C MG 5104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? 
metalc ? metalc38 T O2A ACP . C ACP 5101 1_555 W MG MG . C MG 5104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc39 T O1G ACP . C ACP 5101 1_555 X MG MG . C MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? 
metalc ? metalc40 T O3A ACP . C ACP 5101 1_555 X MG MG . C MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? 
metalc ? metalc41 T O5' ACP . C ACP 5101 1_555 X MG MG . C MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc42 V MG MG . C MG 5103 1_555 JA O HOH . C HOH 5202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? 
metalc ? metalc43 D OE2 GLU 3967 D GLU 3967 1_555 CA MG MG . D MG 5103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc44 D OE1 GLN 3970 D GLN 3970 1_555 CA MG MG . D MG 5103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc45 D SG CYS 4958 D CYS 4958 1_555 BA ZN ZN . D ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc46 D SG CYS 4961 D CYS 4961 1_555 BA ZN ZN . D ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.907 ? 
metalc ? metalc47 D NE2 HIS 4978 D HIS 4978 1_555 BA ZN ZN . D ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? 
metalc ? metalc48 D NE2 HIS 4983 D HIS 4983 1_555 BA ZN ZN . D ZN 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.71 ? 
metalc ? metalc49 AA O1G ACP . D ACP 5101 1_555 DA MG MG . D MG 5104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? 
metalc ? metalc50 AA O3A ACP . D ACP 5101 1_555 DA MG MG . D MG 5104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc51 AA O5' ACP . D ACP 5101 1_555 DA MG MG . D MG 5104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc52 AA O2B ACP . D ACP 5101 1_555 EA MG MG . D MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc53 AA O2A ACP . D ACP 5101 1_555 EA MG MG . D MG 5105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc54 CA MG MG . D MG 5103 1_555 KA O HOH . D HOH 5202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? 
#
_chem_comp.formula           'C11 H18 N5 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    505.208 
_chem_comp.id                ACP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     "ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE" 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ACP doub 1 n n 
PG O2G ACP sing 2 n n 
PG O3G ACP sing 3 n n 
PG C3B ACP sing 4 n n 
O2G HOG2 ACP sing 5 n n 
O3G HOG3 ACP sing 6 n n 
PB O1B ACP doub 7 n n 
PB O2B ACP sing 8 n n 
PB C3B ACP sing 9 n n 
PB O3A ACP sing 10 n n 
O2B HOB2 ACP sing 11 n n 
C3B H3B1 ACP sing 12 n n 
C3B H3B2 ACP sing 13 n n 
PA O1A ACP doub 14 n n 
PA O2A ACP sing 15 n n 
PA O3A ACP sing 16 n n 
PA O5' ACP sing 17 n n 
O2A HOA2 ACP sing 18 n n 
O5' C5' ACP sing 19 n n 
C5' C4' ACP sing 20 n n 
C5' "H5'1" ACP sing 21 n n 
C5' "H5'2" ACP sing 22 n n 
C4' O4' ACP sing 23 n n 
C4' C3' ACP sing 24 n n 
C4' H4' ACP sing 25 n n 
O4' C1' ACP sing 26 n n 
C3' O3' ACP sing 27 n n 
C3' C2' ACP sing 28 n n 
C3' H3' ACP sing 29 n n 
O3' HO3' ACP sing 30 n n 
C2' O2' ACP sing 31 n n 
C2' C1' ACP sing 32 n n 
C2' H2' ACP sing 33 n n 
O2' HO2' ACP sing 34 n n 
C1' N9 ACP sing 35 n n 
C1' H1' ACP sing 36 n n 
N9 C8 ACP sing 37 n y 
N9 C4 ACP sing 38 n y 
C8 N7 ACP doub 39 n y 
C8 H8 ACP sing 40 n n 
N7 C5 ACP sing 41 n y 
C5 C6 ACP sing 42 n y 
C5 C4 ACP doub 43 n y 
C6 N6 ACP sing 44 n n 
C6 N1 ACP doub 45 n y 
N6 HN61 ACP sing 46 n n 
N6 HN62 ACP sing 47 n n 
N1 C2 ACP sing 48 n y 
C2 N3 ACP doub 49 n y 
C2 H2 ACP sing 50 n n 
N3 C4 ACP sing 51 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     7UMZ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 ACP A 1 5101 5038 ACP ACP . 
F 3 ZN A 1 5102 5039 ZN ZN . 
G 4 MG A 1 5103 1 MG MG . 
H 4 MG A 1 5104 5 MG MG . 
I 4 MG A 1 5105 6 MG MG . 
J 4 MG A 1 5106 7 MG MG . 
K 5 LBN A 1 5107 6 LBN LBN . 
L 5 LBN A 1 5108 7 LBN LBN . 
M 2 ACP B 1 5101 5038 ACP ACP . 
N 3 ZN B 1 5102 5039 ZN ZN . 
O 4 MG B 1 5103 2 MG MG . 
P 4 MG B 1 5104 8 MG MG . 
Q 4 MG B 1 5105 9 MG MG . 
R 5 LBN B 1 5106 1 LBN LBN . 
S 5 LBN B 1 5107 8 LBN LBN . 
T 2 ACP C 1 5101 5038 ACP ACP . 
U 3 ZN C 1 5102 5039 ZN ZN . 
V 4 MG C 1 5103 3 MG MG . 
W 4 MG C 1 5104 10 MG MG . 
X 4 MG C 1 5105 11 MG MG . 
Y 5 LBN C 1 5106 2 LBN LBN . 
Z 5 LBN C 1 5107 3 LBN LBN . 
AA 2 ACP D 1 5101 5038 ACP ACP . 
BA 3 ZN D 1 5102 5039 ZN ZN . 
CA 4 MG D 1 5103 4 MG MG . 
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IA 6 HOH B 1 5201 6 HOH HOH . 
IA 6 HOH B 2 5202 3 HOH HOH . 
JA 6 HOH C 1 5201 5 HOH HOH . 
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