data_7UT8
#
_model_server_result.job_id            onyLivzxs3J23wM5czgr5Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-12 11:00:50' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7ut8 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    7UT8 
#
_exptl.entry_id    7UT8 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              671.215 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'FE(8)-S(7) CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7UT8 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7UT8 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 I N N 
? 6 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 62 A CYS 62 1_555 I FE3 CLF . B CLF 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 88 A CYS 88 1_555 I FE4 CLF . B CLF 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 88 A CYS 88 1_555 I FE5 CLF . B CLF 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 154 A CYS 154 1_555 I FE1 CLF . B CLF 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 275 A CYS 275 1_555 H FE1 ICS . A ICS 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 70 B CYS 70 1_555 I FE7 CLF . B CLF 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 95 B CYS 95 1_555 I FE2 CLF . B CLF 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 95 B CYS 95 1_555 I FE8 CLF . B CLF 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc9 B O ARG 108 B ARG 108 1_555 M FE FE . D FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc10 B OE2 GLU 109 B GLU 109 1_555 M FE FE . D FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 153 B CYS 153 1_555 I FE6 CLF . B CLF 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc12 B OD2 ASP 353 B ASP 353 1_555 J FE FE . B FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? 
metalc ? metalc13 B OD2 ASP 357 B ASP 357 1_555 J FE FE . B FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc14 J FE FE . B FE 602 1_555 D O ARG 108 D ARG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc15 J FE FE . B FE 602 1_555 D OE2 GLU 109 D GLU 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 62 C CYS 62 1_555 N FE3 CLF . D CLF 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 88 C CYS 88 1_555 N FE4 CLF . D CLF 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 88 C CYS 88 1_555 N FE5 CLF . D CLF 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 154 C CYS 154 1_555 N FE1 CLF . D CLF 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 275 C CYS 275 1_555 L FE1 ICS . C ICS 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc21 D SG CYS 70 D CYS 70 1_555 N FE7 CLF . D CLF 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc22 D SG CYS 95 D CYS 95 1_555 N FE8 CLF . D CLF 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc23 D SG CYS 95 D CYS 95 1_555 N FE2 CLF . D CLF 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc24 D SG CYS 153 D CYS 153 1_555 N FE6 CLF . D CLF 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc25 D OD2 ASP 357 D ASP 357 1_555 M FE FE . D FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc26 E OG SER 17 E SER 16 1_555 P MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc27 E SG CYS 98 E CYS 97 1_555 O FE1 SF4 . E SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc28 E SG CYS 133 E CYS 132 1_555 O FE2 SF4 . E SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc29 O FE3 SF4 . E SF4 301 1_555 F SG CYS 98 F CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc30 O FE4 SF4 . E SF4 301 1_555 F SG CYS 133 F CYS 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc31 P MG MG . E MG 302 1_555 Q O1G ATP . E ATP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? 
metalc ? metalc32 P MG MG . E MG 302 1_555 Q O3B ATP . E ATP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.817 ? 
metalc ? metalc33 P MG MG . E MG 302 1_555 Q O2B ATP . E ATP 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc34 F OG SER 17 F SER 16 1_555 R MG MG . F MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc35 R MG MG . F MG 301 1_555 S O1B ATP . F ATP 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc36 R MG MG . F MG 301 1_555 S O3G ATP . F ATP 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe8 S7' 
_chem_comp.formula_weight    671.215 
_chem_comp.id                CLF 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'FE(8)-S(7) CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S1 CLF sing 119 n n 
FE1 S2A CLF sing 120 n n 
FE1 S3A CLF sing 121 n n 
FE2 S1 CLF sing 122 n n 
FE2 S2A CLF sing 123 n n 
FE2 S4A CLF sing 124 n n 
FE3 S2A CLF sing 125 n n 
FE3 S4A CLF sing 126 n n 
FE3 S3A CLF sing 127 n n 
FE4 S1 CLF sing 128 n n 
FE4 S4A CLF sing 129 n n 
FE4 S3A CLF sing 130 n n 
S1 FE5 CLF sing 131 n n 
S1 FE6 CLF sing 132 n n 
S1 FE8 CLF sing 133 n n 
FE5 S2B CLF sing 134 n n 
FE5 S4B CLF sing 135 n n 
FE6 S2B CLF sing 136 n n 
FE6 S3B CLF sing 137 n n 
FE7 S2B CLF sing 138 n n 
FE7 S3B CLF sing 139 n n 
FE7 S4B CLF sing 140 n n 
FE8 S3B CLF sing 141 n n 
FE8 S4B CLF sing 142 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7UT8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 HCA A 1 501 1494 HCA HCA . 
H 5 ICS A 1 502 1496 ICS ICS . 
I 6 CLF B 1 601 1498 CLF CLF . 
J 7 FE B 1 602 1492 FE FE . 
K 4 HCA C 1 501 1494 HCA HCA . 
L 5 ICS C 1 502 1496 ICS ICS . 
M 7 FE D 1 601 1492 FE FE . 
N 6 CLF D 1 602 1498 CLF CLF . 
O 8 SF4 E 1 301 1290 SF4 SF4 . 
P 9 MG E 1 302 1291 MG MG . 
Q 10 ATP E 1 303 1292 ATP ATP . 
R 9 MG F 1 301 1291 MG MG . 
S 10 ATP F 1 302 1292 ATP ATP . 
T 11 HOH A 1 601 25 HOH HOH . 
T 11 HOH A 2 602 13 HOH HOH . 
T 11 HOH A 3 603 23 HOH HOH . 
T 11 HOH A 4 604 11 HOH HOH . 
T 11 HOH A 5 605 6 HOH HOH . 
T 11 HOH A 6 606 1 HOH HOH . 
U 11 HOH B 1 701 19 HOH HOH . 
U 11 HOH B 2 702 15 HOH HOH . 
U 11 HOH B 3 703 16 HOH HOH . 
U 11 HOH B 4 704 29 HOH HOH . 
U 11 HOH B 5 705 21 HOH HOH . 
U 11 HOH B 6 706 27 HOH HOH . 
U 11 HOH B 7 707 9 HOH HOH . 
U 11 HOH B 8 708 14 HOH HOH . 
U 11 HOH B 9 709 4 HOH HOH . 
U 11 HOH B 10 710 5 HOH HOH . 
V 11 HOH C 1 601 7 HOH HOH . 
V 11 HOH C 2 602 12 HOH HOH . 
V 11 HOH C 3 603 20 HOH HOH . 
V 11 HOH C 4 604 28 HOH HOH . 
W 11 HOH D 1 701 26 HOH HOH . 
W 11 HOH D 2 702 17 HOH HOH . 
W 11 HOH D 3 703 10 HOH HOH . 
W 11 HOH D 4 704 8 HOH HOH . 
W 11 HOH D 5 705 24 HOH HOH . 
W 11 HOH D 6 706 3 HOH HOH . 
X 11 HOH E 1 401 2 HOH HOH . 
X 11 HOH E 2 402 22 HOH HOH . 
Y 11 HOH F 1 401 18 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 CLF . . . I 6 170.924 123.186 164.062 1 41 ? FE1 CLF 601 B 1 
HETATM 2 FE FE2 CLF . . . I 6 169.789 124.899 162.653 1 49.75 ? FE2 CLF 601 B 1 
HETATM 3 FE FE3 CLF . . . I 6 168.405 124.143 164.88 1 59.67 ? FE3 CLF 601 B 1 
HETATM 4 FE FE4 CLF . . . I 6 170.656 125.692 164.968 1 62.07 ? FE4 CLF 601 B 1 
HETATM 5 S S1 CLF . . . I 6 172.173 125.043 163.272 1 34.8 ? S1 CLF 601 B 1 
HETATM 6 S S2A CLF . . . I 6 168.876 122.846 163.047 1 21.7 ? S2A CLF 601 B 1 
HETATM 7 S S4A CLF . . . I 6 168.63 126.233 164.069 1 40.46 ? S4A CLF 601 B 1 
HETATM 8 S S3A CLF . . . I 6 170.279 123.796 166.177 1 44.91 ? S3A CLF 601 B 1 
HETATM 9 FE FE5 CLF . . . I 6 172.397 127.592 163.591 1 51.17 ? FE5 CLF 601 B 1 
HETATM 10 FE FE6 CLF . . . I 6 174.173 126.292 162.271 1 54.8 ? FE6 CLF 601 B 1 
HETATM 11 FE FE7 CLF . . . I 6 173.321 128.822 161.294 1 39.59 ? FE7 CLF 601 B 1 
HETATM 12 FE FE8 CLF . . . I 6 171.969 126.453 161.422 1 30.54 ? FE8 CLF 601 B 1 
HETATM 13 S S2B CLF . . . I 6 174.565 128.64 163.212 1 32.2 ? S2B CLF 601 B 1 
HETATM 14 S S3B CLF . . . I 6 173.741 126.908 160.091 1 27.54 ? S3B CLF 601 B 1 
HETATM 15 S S4B CLF . . . I 6 171.178 128.545 162.018 1 29.86 ? S4B CLF 601 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              16 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    23 
_model_server_stats.query_time_ms           311 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           15 
#